Aus den Erwägungen:
II/1. Die Abschreibung des Verfahrens und die Anweisung an das Grundbuchamt A, das auf dem Grundstück Nr. Z vorläufig eingetragene Bauhandwerkerpfandrecht zu löschen, wurden nicht angefochten; dabei hat es sein Bewenden.
a) Gestützt auf Art. 837 Abs. 1 Ziff. 3 ZGB hat die Gesuchstellerin als Subunternehmerin einen eigenständigen Anspruch auf Pfanderrichtung (vgl. Schmid/Hürlimann-Kaup, Sachenrecht, 2. Aufl., Zürich 2003, N 1714). Eine Vertragsbeziehung zur Grundeigentümerin ist keine Voraussetzung des Baupfandanspruchs (Schumacher, Das Bauhandwerkerpfandrecht, 2. Aufl., Zürich 2008, N 936). Die Gesuchsgegnerin hat im Zusammenhang mit der Montage von vier Garagentoren auf ihrem Grundstück Rechnungen der Gesuchstellerin nicht bezahlt; offen geblieben ist ein Betrag von Fr. 14'939.35; dieses Verhalten der Generalunternehmerin, welches sich die Grundeigentümerin anrechnen lassen muss, war ursächlich für die Einleitung des Verfahrens auf vorläufige Eintragung eines Bauhandwerkerpfandrechts.
b) Nach herrschender Rechtsprechung und Lehre darf die vorläufige Eintragung nur verweigert werden, wenn das beantragte Baupfandrecht als ausgeschlossen erscheint oder höchst unwahrscheinlich ist. Bei unklarer oder unsicherer Rechtslage ist die vorläufige Eintragung zu bewilligen bzw. die aufgrund einer superprovisorischen Verfügung bereits erfolgte vorläufige Eintragung zu bestätigen und der Entscheid über die Berechtigung des Baupfandrechts dem Hauptprozess über die definitive Eintragung zu überlassen (Schumacher, a.a.O., N 1394). Die Gesuchsgegnerin räumt ein, dass die Generalunternehmerin die Gesuchstellerin offenbar nicht bezahlt habe. Die übrigen Voraussetzungen für die vorläufige Eintragung eines Baupfandrechts wurden ebenfalls erfüllt, insbesondere wurde Art. 839 Abs. 2 ZGB eingehalten, wonach die Eintragung bis spätestens drei Monate nach der Vollendung der Arbeit zu geschehen hat. Eine Eintragung kann dann nicht verlangt werden, wenn die Eigentümerin für die angemeldete Forderung hinreichende Sicherheit leistet (Art. 839 Abs. 3 ZGB). Mit einer Sicherheitsleistung verliert der Unternehmer jedoch nicht seinen Sicherungsanspruch, sondern nur den Anspruch auf ein Sicherungsgrundpfandrecht. Die Ersatzsicherheit ist gleich wie das Bauhandwerkerpfandrecht ein Verwertungsrecht (Schumacher, a.a.O., N 1237 und 1239). Wird hinreichende Sicherheit geleistet, erreicht der Handwerker oder Unternehmer demnach dasselbe wie mit einem Baupfand: Für seine Forderung besteht ein Haftungssubstrat, auf welches er bei Ausbleiben der Bezahlung zurückgreifen kann. In einem solchen Fall kann die Gesuchstellerin nicht als unterliegend betrachtet werden.
c) Die Gesuchsgegnerin hat eine Bankgarantie geleistet, welche von der Gesuchstellerin zunächst zurückgewiesen (Schreiben vom 21. Mai 2008), später dann aber akzeptiert wurde (Schreiben vom 4. Juli 2008). Die Leistung einer hinreichenden Sicherheit durch die Gesuchsgegnerin führte letztlich zur Beendigung des Verfahrens der vorläufigen Eintragung eines Bauhandwerkerpfandrechts.
d) Die Gesuchsgegnerin macht geltend, dass die Gesuchstellerin keinen Versuch unternommen habe, vor der Stellung des Antrags auf Eintragung eines Bauhandwerkerpfandrechts ihr die Möglichkeit zur Stellung einer Bankgarantie zu gewähren. Nach dem Erlass der superprovisorischen Verfügung habe sie erstmals Gelegenheit erhalten, zum Fall Stellung zu nehmen. Sie habe sofort erkannt, dass ein Anspruch auf Sicherstellung gegeben sei und eine solche auch offeriert. Die Gesuchstellerin habe dies jedoch abgelehnt und erst zwei Stunden vor der Verhandlung "diesbezüglich ein Einsehen gehabt". Die Gesuchsgegnerin wirft der Gesuchstellerin damit sinngemäss vor, unnötigerweise Kosten verursacht zu haben.
Das Baupfandrecht ist gemäss Art. 839 Abs. 2 ZGB bis spätestens drei Monate nach der Arbeitsvollendung im Grundbuch einzutragen. Dabei handelt es sich um eine Verwirkungsfrist. Bei deren Versäumnis ist der Baupfandanspruch definitiv untergegangen. In vielen Fällen, so auch im vorliegenden, wird das Gesuch bloss wenige Tage vor Fristablauf bei der zuständigen Gerichtsbehörde eingereicht. Dies führt in der Praxis dazu, dass Sicherheit erst nach der vorläufigen Vormerkung eines Baupfandrechts im Grundbuch geleistet wird (vgl. Schumacher, a.a.O., N 1238 und 1398). Bevor die Gesuchstellerin den Antrag auf vorläufige Eintragung eines Bauhandwerkerpfandrechts stellte (13. Mai 2008), forderte sie die Generalunternehmerin schriftlich auf, die ausstehenden Zahlung bis spätestens 8. Mai 2008 zu begleichen. Als die entsprechende Vergütung nicht geleistet wurde, blieb ihr nichts anderes übrig, als die vorläufige Eintragung eines Bauhandwerkerpfandrechts zu beantragen. Andernfalls hätte sie ihren Anspruch auf das Pfandrecht verwirkt. Ein Zuwarten mit rechtlichen Schritten konnte von der Gesuchstellerin deshalb nicht mehr erwartet werden. Im Weiteren war sie mangels vertraglicher Abrede nicht verpflichtet, der Gesuchsgegnerin vorgängig Gelegenheit zur Leistung einer hinreichenden Sicherheit zu geben. Dass die Gesuchstellerin unnötig Prozesskosten verursacht habe, trifft demnach nicht zu.