Erwägungen
I.
1. Am 4. August 2006 schlossen A (Bestellerin) und B (Unternehmer) einen Werkvertrag betreffend den Umbau eines Bauernhauses ab, zum Preis von 122'400.-. Für die in der Folge ausgeführten Arbeiten erstellte B am 10. November 2006 eine Schlussrechnung über den Betrag von Fr. 52'586.- (Fr. 132'336.- ./. Fr. 80'750.- Akontozahlungen).
Als sich A unter Berufung auf Baumängel weigerte zu zahlen, erwirkte B am 25. April 2007 die provisorische Eintragung eines Bauhandwerkerpfandrechts für eine Forderung im streitigen Betrag und klagte in der Folge am 15. Januar 2008 beim Kreisgericht auf Zahlung des restlichen Werklohns von Fr. 52'586.- samt Zins sowie auf definitive Eintragung des Bauhandwerkerpfandrechts. Alsdann ruhte das Verfahren wegen eines von der Bestellerin gestützt auf Art. 367 Abs. 2 OR angestrengten Verfahrens betreffend Sicherstellung gefährdeter Beweise. Am 14. April 2008 zog B - wohl unter dem Eindruck des zu erwartenden Gutachtens - seine Klage wieder zurück, worauf das Verfahren als erledigt abgeschrieben und das Grundbuchamt angewiesen wurde, das vorläufig eingetragene Bauhandwerkerpfandrecht wieder zu löschen (Abschreibungsbeschluss vom 22. Mai 2008).
2. Mit Eingabe vom 23. März 2007 hatte A wie erwähnt das Gesuch gestellt, über die in ihrer Liegenschaft ausgeführten Baumeister-, Gipser- und Plattenlegerarbeiten zwecks Sicherstellung gefährdeter Beweise eine Expertise anzuordnen. Mit "Nachtragsgesuch" vom 1. Juli 2007, in welches sie auch Bauführer C einbezog, stellte A weitere Fragen, welche der Experte zu beantworten habe, und am 15. August 2007 fand die Experteninstruktion statt (Experte E), an welcher B nicht teilnahm. Als dieser daraufhin eingeladen wurde, dem Experten seinerseits Fragen zu stellen, antwortete er mit Schreiben vom 21. August 2007, dass er die von der Gegenpartei gestellten Expertenfragen nach wie vor für unzweckmässig … und deren Beantwortung - gleich wie sie ausfallen mag - als nicht verwertbar im Prozess" erachte (vi-act. 24). Am 19. Oktober 2007 lieferte E sein Gutachten ab, worauf die Gesuchstellerin am 20. November 2007 zahlreiche Ergänzungsfragen stellte. B seinerseits stellte wiederum keine Fragen, setzte stattdessen mit Stellungnahme vom 21. November 2007 unaufgefordert zu einer einlässlichen Kritik an der Expertise an und stellte, soweit dies überhaupt nötig sei, den prozessualen Beweisantrag auf Anordnung einer gerichtlichen Expertise (vi-act. 39 und 40). Darauf ging der Gerichtspräsident, der zunächst das Verfahren betreffend Sicherstellung von Beweisen abschliessen wollte, jedoch nicht ein.
Am 15. April 2008 beantwortete E - nach Vornahme einer weiteren Beweisaufnahme vom 12. Dezember 2007 - die Ergänzungsfragen der Gesuchstellerin. Alsdann stellte der Gerichtspräsident die Expertisenergänzung mit Schreiben vom 28. April 2008 den Parteien zu, und zwar ohne zur Stellungnahme einzuladen, an die Adresse der Gesuchstellerin zudem mit dem Vermerk, dass die Rechnung des Experten über Fr. 5'143.30 (welche er aber nicht beilegte) ohne Gegenbericht bis 30. April 2008 bezahlt werde. Am 5. Mai 2008 fällte er dann folgenden Entscheid:
" 1. Das Verfahren wird als erledigt abgeschlossen.
2. Die Gerichtskosten, Entscheidgebühr Fr. 2'000.-, sowie Expertisekosten von Fr. 14'764.50, total Fr. 16'764.50, hat die Gesuchstellerin, unter Verrechnung des geleisteten Kostenvorschusses von Fr. 11'000.-, zu bezahlen. Eine andere Regelung im Rahmen eines allfälligen ordentlichen Prozess bleibt vorbehalten."
Das Gesuch von A vom 5. Mai 2007 um Zustellung der Rechnung sowie um Ansetzung einer Frist zur Stellungnahme von mindestens 7 Tagen kreuzte sich mit dem Entscheid und traf erst am 6. Mai 2008 beim Gerichtspräsidenten ein, der die Rechnung der Gesuchstellerin dann noch am selben Tag per Fax zugehen liess. Deren weitere Eingabe vom 9. Mai 2008 mit dem Antrag auf Berichtigung und Ergänzung der Expertise nahm er als "verspätete Eingabe" zu den Akten (vi-act. 58-60).
3. Mit Eingabe vom 15. Mai 2008 erhob die Gesuchstellerin gegen den Entscheid vom 5. Mai 2008 Rekurs beim Einzelrichter des Kantonsgericht mit dem Antrag, dieser sei aufzuheben und die Sache zur Berichtigung und Ergänzung des Berichts des Experten E an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die zur Rekursantwort aufgeforderten B und C beteiligten sich nicht am Rekursverfahren.
II.
Die von Amtes wegen vorzunehmende Prüfung der Prozessvoraussetzungen (Art. 79 ZPO) ergibt, dass diese erfüllt sind (Art. 217 lit. a und 219 Abs. 1 ZPO; Art. 82 Abs. 1 und 84 Abs. 1 GerG).
Auf den Rekurs ist einzutreten.
III.
1. Die Rekurrentin rügt zunächst eine Verletzung des in Art. 29 Abs. 2 BV verankerten Anspruchs auf rechtliches Gehör, begangen dadurch, dass der Vorderrichter ihr zur Stellungnahme zur Rechnung des Experten - zudem ohne dieselbe beizulegen - lediglich eine eintägige Frist angesetzt habe.
Diese Rüge ist nach dem oben Dargestellten (Erw. I/2) zweifellos berechtigt; das versteht sich von selbst und bedarf keiner langen Begründung. Weshalb in einem Verfahren, das sich über mehr als ein Jahr dahingezogen hatte, zum Abschluss eine derart kurze Frist angesetzt wurde, ist schlechterdings nicht nachvollziehbar.
Diese formelle Rechtsverweigerung allein würde freilich noch keine Rückweisung der Angelegenheit rechtfertigen, denn solche Mängel sind grundsätzlich heilbar, wenn die Kognition der Rechtsmittelinstanz - wie im vorliegenden Rekursverfahren - nicht eingeschränkt ist, und der Partei daraus kein Nachteil erwächst, wovon hier ebenfalls auszugehen ist: Die Rekurrentin hätte allfällige Einwendungen gegen die Rechnung des Experten, welche ihm post festum (mit Fax vom 06.05.2008) doch noch zugestellt wurde, wenigstens im Rekurs vorbringen können. Dies hat sie unterlassen, weshalb auf den Rekurs, soweit er sich überhaupt gegen die Höhe der Expertenrechnung richten sollte (vgl. dazu die Schlussbemerkung in der Eingabe vom 09.05.2008; vi-act. 59), mangels Substanziierung wohl nicht eingetreten werden könnte. Da der angefochtene Entscheid, wie im Folgenden auszuführen sein wird, aber ohnehin aufzuheben ist, kann diese Frage offen gelassen werden.
2. Ausreichend substanziiert sind demgegenüber die Einwendungen der Rekurrentin gegen die Expertise als solche, welche sie berichtigt und ergänzt haben will (Rekurs, 5 Ziff. 3 mit Hinweis auf die Stellungnahme an die Vorinstanz vom 09.05.2008; vi-act. 59). Dazu fällt was folgt in Betracht:
a) Die im Verfahren der freiwilligen Gerichtsbarkeit angeordnete Prüfung des Werks und Beurkundung des Befundes durch einen amtlich ernannten Sachverständigen dient der Sicherung des Beweises für die Mangelhaftigkeit oder Mängelfreiheit des abgelieferten Werkes (GVP 1988 Nr. 50; Zindel/Pulver, Basler Kommentar, N 22 zu Art. 367 OR). Der Experte hat daher einen den Anforderungen gemäss der Zweckbestimmung genügenden Bericht abzuliefern; darauf hat der Besteller, auf dessen alleinige Kosten die Beweissicherung geht, Anspruch. Ist die Expertise ungenügend, so muss der Besteller auch Anspruch auf Ergänzung derselben haben (analog der auf gerichtlich angeordnete Gutachten anwendbaren Bestimmung von Art. 115 Abs. 2 ZPO). Dies gilt unabhängig von deren Verwertbarkeit in einem Prozess, welche in casu, soweit mehr als die blossen Befunde festgehalten wurden, mangels Zustimmung der Gegenpartei als eher zweifelhaft erscheint (vgl. Peter Gauch, Der Werkvertrag, 4. A., Rz 1514 ff., 1522 mit Hinweisen).
Daraus folgt, dass der Richter sich mit allfälligen Einwendungen gegen die Expertise
Indem der Vorderrichter nach Erhalt des Ergänzungsgutachtens das Verfahren abschloss, ohne die Gesuchstellerin zur Stellungnahme einzuladen, verletzte er auch aus diesem Grund deren Gehörsanspruch.
b) Grundsätzlich wäre zwar auch dieser Fehler im Rekursverfahren heilbar bzw. ein reformatorischer Entscheid möglich. Es kann indessen nicht Aufgabe des mit der Sache nicht vertrauten Rekursrichters sein, sich mit den Einwendungen des Rekurrenten im Einzelnen auseinanderzusetzen. Die Prüfung der Expertise auf deren Eignung als Beweismittel (für die Mangelhaftigkeit oder Mängelfreiheit) obliegt aus prozessökonomischen Gründen vielmehr primär dem Richter, der sich mit der Angelegenheit näher befasst und die Beweisanordnung getroffen hat.
3. Der angefochtene Entscheid ist daher antragsgemäss aufzuheben und die Sache im Sinne der Erwägungen (Erw. III/2) an die Vorinstanz zurückzuweisen.