Aus den Erwägungen:
Der Ehemann macht geltend, er sei im Februar 2008 bei der Ehefrau eingezogen und habe den neu begründeten gemeinsamen Haushalt erst Ende September 2008 wieder verlassen. Damit seien die für das Getrenntleben angeordneten Massnahmen dahingefallen. Die Ehefrau erklärt hingegen, eine Wohngemeinschaft habe nur zwischen Juli und September 2008 bestanden und sei von Anfang an als befristetes Provisorium gedacht gewesen.
Von einer Wiederaufnahme des gemeinsamen Haushalts gemäss Art. 179 Abs. 2 ZGB kann erst gesprochen werden, wenn beide Ehepartner den klaren Willen haben, ihre Gemeinschaft nochmals aufzunehmen und tatsächlich vorbehaltlos für unbestimmte Zeit wieder zusammenleben (Pra 2002 Nr. 108; BaslerKomm/Hasenböhler/Opel, Art. 179 ZGB N 12; BernerKomm/Hausheer/Reusser/Geiser, Art. 179 ZGB N 15a; Bachmann, Die Regelung des Getrenntlebens, Diss. St.Gallen 1995, 247). Sie muss ernst gemeint und auf Dauer angelegt sein (ZürcherKomm/Bräm, Art. 179 ZGB N 47). Daran fehlt es, wenn die Eheleute nur auf Zusehen hin oder unter dem Druck der Verhältnisse zusammenbleiben (OGer ZH, ZR 1994 Nr. 126) oder auf Probe wieder zusammenziehen (BGE 42 I 97; 68 II 246; 88 II 138). Da das Getrenntleben im Hinblick auf eine Scheidung erst unterbrochen wird, wenn Eheleute längere Zeit miteinander verlebt haben, kann auch die Regelung der Trennungsfolgen nicht vorher aufgegeben werden. Danach sollen die Ehegatten die Trennungsordnung aber nicht mehr in Reserve halten und sich zu beliebiger Zeit darauf berufen können (FamKomm Scheidung/Vetterli, Art. 179 ZGB N 5 f.).
Ist die Wiederaufnahme der Wohngemeinschaft umstritten, so liegt die Beweislast bei demjenigen Ehegatten, der geltend macht, die Eheschutzmassnahme sei aufgehoben. Er muss die Wiedervereinigung zumindest glaubhaft machen (BernerKomm/Hausheer/Reusser/Geiser, Art. 179 ZGB N 15a mit weiteren Hinweisen). Eine gerichtliche Überprüfung, ob die wieder neu begründete Haushaltsgemeinschaft der Ehegatten alle Voraussetzungen einer umfassenden ehelichen Lebensgemeinschaft aufweist, findet nicht statt. Es darf auf die äusseren Umstände abgestellt werden (ZürcherKomm/Bräm, Art. 179 ZGB N 47).
Die Ehefrau bestreitet nicht, dass der Ehemann bei ihr eingezogen sei. Allerdings äussert sie sich zum Zeitpunkt der Wiederaufnahme des Zusammenlebens widersprüchlich. Einerseits stellt sie sich auf den Standpunkt, der Ehemann sei erst im Juli 2008 zu ihr zurückgekehrt. Andererseits räumt sie mehrfach ein, er habe sich bereits vorher häufig oder mehrheitlich bei ihr aufgehalten und nur zum Teil noch in seiner Wohnung übernachtet. Schliesslich gibt sie an, dass der Ehemann ab April 2008 die gemeinsamen Wohnkosten bezahlt und auf diesen Zeitpunkt hin seine eigene Wohnung weitervermietet habe. Der Vorinstanz fehlten genaue Angaben über den Zeitpunkt der Wohnungsaufgabe. Der Ehemann reicht nun einen Mietvertrag ein, aus welchem ersichtlich wird, dass er die Wohnung auf April 2008 weitervermietete. Ein Einzug des Ehemanns bei der Ehefrau ist damit spätestens Ende März 2008 glaubhaft. Die Beziehung war sodann ernst gemeint und auf Dauer angelegt, zumal die Eheleute offenbar eine gemeinsame Zukunft planten. Zum einen hatten sie sich zu einer gemeinsamen Pferdehaltung entschlossen und für den Umbau einer Scheune bereits eine Baubewilligung eingeholt. Zum anderen war die Ehefrau damit einverstanden, den behinderten Bruder des Ehemanns bei sich aufzunehmen und sich um ihn zu kümmern. Auch gegenüber der Vormundschaftsbehörde setzte sie sich im Juni 2008 für dessen Verbleib ein, weil sie gemäss eigenen Aussagen in diesem Zeitpunkt immer noch an ein Familienleben glaubte. Schliesslich machte man auch gemeinsame Ausflüge. Dem äusseren Anschein nach deutet also alles darauf hin, dass in diesem Zeitraum die Normalität des ehelichen Alltags wieder eingekehrt ist. Ein auf eine Krisensituation zugeschnittener Eheschutz hat damit keine Berechtigung mehr (BaslerKomm/Hasenböhler/Opel, Art. 179 ZGB N 11). Gegen die Wiedervereinigung vermag ferner auch nicht der Umstand zu sprechen, dass der steuerrechtliche Wohnsitz des Ehemanns bestehen blieb. Der Ort, an welchem die Steuern bezahlt werden, ist für die Bestimmung des Mittelpunkts der Lebensverhältnisse nicht entscheidend (BGE 122 II 56 ff.; 133 V 313; Bucher, Natürliche Personen und Persönlichkeitsschutz, 4. Aufl., N 351).