Aus den Erwägungen:
Es steht den Ehegatten frei, sich über die Geldbeiträge während des Getrenntlebens zu verständigen. Eine solche Vereinbarung kann ausdrücklich oder konkludent zustande kommen (ZürcherKomm/Bräm, Art. 176 ZGB N 2 ff.). Sie gilt auf Zusehen hin, solange die Verständigung andauert (BernerKomm/Hausheer/Reusser/Geiser, Art. 176 ZGB N 5b). Bis dahin müssen sich beide Ehegatten auf den Bestand ihrer Abmachung verlassen können, wenn sich diese nicht als offensichtlich unangemessen erweist. Es ist deshalb in der Regel ausgeschlossen, vom Eheschutzrichter zu verlangen, dass er die Unterhaltsbeiträge rückwirkend neu festsetzt (OGer ZH, ZR 2005 Nr. 58).
Hier verlangte die Ehefrau erstmals im Jahr 2000 angemessene Unterhaltsbeiträge. Danach gaben beide Eheleute an, die familiäre Lage habe sich entspannt. Der Richter schloss im Herbst 2001 aus ihrer Befragung, sie hätten einen "Modus vivendi" gefunden. Ein Jahr später erkundigte er sich wieder nach dem Stand der Angelegenheit. Der Ehemann teilte mit, man habe sich mittlerweile arrangiert. Die seit der Trennung praktizierte Lösung, nach der er die Krankenkassenprämien, Versicherungsbeiträge, Benzinkosten sowie Steuern für die Ehefrau bezahle und allein für die beiden noch bei ihm wohnhaften Kinder sorge, könne beibehalten werden. Die Ehefrau äusserte sich dazu nicht. Auf erneute Anfrage im Herbst 2005 erklärte der Ehemann wiederum, die Eheleute hätten sich über die Folgen des Getrenntlebens längst geeinigt. Die Ehefrau verzögerte hingegen das Verfahren, verlangte weitere Auskünfte über die finanziellen Verhältnisse und erneuerte schliesslich im Frühjahr 2006 ihre Unterhaltsforderung für die ganze Dauer des Getrenntlebens, was der Ehemann als missbräuchlich bezeichnete. Aus bloss passivem Verhalten kann zwar kein Erklärungswille abgeleitet werden. Wer aber jahrelang regelmässig und unwidersprochen Leistungen des anderen Ehepartners entgegennimmt, hat damit zweifellos ausgedrückt, dass er seinen Unterhaltsanspruch als erfüllt betrachte und darauf verzichte, später zusätzliche Beiträge zu fordern (ZürcherKomm/Bräm, Art. 163 ZGB N 150 und Art. 164 ZGB N 45; BaslerKomm/Hasenböhler/Opel, Art. 173 ZGB N 11; Six, Eheschutz – Ein Handbuch für die Praxis, Bern 2008, Rz 02.60; vgl. auch BernerKomm/Bühler/Spühler, aArt. 145 ZGB N 193 f.).