Aus den Erwägungen:
II.
1. Über Gesuche um unentgeltliche Rechtsverbeiständung und unentgeltliche Rechtspflege vor der Verwaltungsrekurskommission entscheidet deren Abteilungspräsident (Art. 13 lit. d des Reglements über den Geschäftsgang der Verwaltungsrekurskommission). Die Vorschriften der ZPO über die unentgeltliche Rechtspflege finden sachgemäss Anwendung (Art. 99 Abs. 2 VRP). Für die Beurteilung von Beschwerden gegen Verfügungen des Abteilungspräsidenten der VRK über die unentgeltliche Rechtspflege und Rechtsverbeiständung im Kindes- und Erwachsenenschutzrecht ist der Einzelrichter des Kantonsgerichts zuständig (Art. 28 Abs. 2 lit. b EG KES). Für das Verfahren gelten im Sinn einer Kaskade die Regeln des ZGB, des EG KES bzw. der ZPO (Art. 450f ZGB und Art. 11 lit. b EG KES), wobei hinsichtlich der Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege – mangels Regelung in ZGB und EG KES – auch für das Beschwerdeverfahren vor dem Einzelrichter des Kantonsgerichts die Bestimmungen von Art. 117 ff. ZPO anwendbar sind.
2. Die Vorinstanz stützte ihren Entscheid auf die Richtlinien des Kantonsgerichts zur unentgeltlichen Rechtspflege im Zivilprozess und für die Privatklägerschaft im Strafprozess (www.gerichte.sg.ch), welche in Ziff. I.5.2 bestimmen, dass im Zeitpunkt der Bewilligung bereits geleistete Vorschüsse nicht zurückerstattet, sondern an die Verfahrenskosten angerechnet werden.
Die Beschwerdeführerin ist damit nicht einverstanden und macht namentlich geltend, es könne ihr nicht zum Nachteil gereichen, dass sie, obschon völlig mittellos, vorsorglich den ihr auferlegten Kostenvorschuss habe einzahlen lassen. Die ZPO regle die unentgeltliche Rechtspflege abschliessend, weshalb die Richtlinien in diesem Bereich keine Wirkung entfalten könnten.
3. Voraussetzung für die Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege ist das Vorhandensein einer Bedürftigkeit. Kostenvorschüsse, die bereits bezahlt sind, werden darum nach der Bewilligung derselben in der Regel nicht zurückerstattet, da die Zahlung beweist, dass die betreffende Partei zu jenem Zeitpunkt in der Lage gewesen ist, den Vorschuss aufzubringen, mithin nicht bedürftig gewesen ist (Leuenberger/Uffer-Tobler, Kommentar ZPO SG, Art. 282 ZPO, N 2). Dieser Grundsatz entspricht langjähriger kantonaler Praxis (GVP 1993 Nr. 68; ZR 53 Nr. 46; VerwG SG vom 9. Mai 2006, E. 3, B 2006/13, www.gerichte.sg.ch; Sträuli/Messmer, Kommentar zur zürcherischen Zivilprozessordnung, §90, N 2; Ries, Unentgeltliche Rechtspflege nach aargauischer Zivilprozessordnung, 155; Hirt, Die Regelung der Kosten nach st. gallischem Verwaltungsrechtspflegegesetz, Diss., 249), wobei die vorinstanzlich erwähnten Richtlinien als Ausdruck derselben zu gelten haben. Der bisherigen Lehre und Praxis kommt, namentlich in Bezug auf die Frage der Bedürftigkeit, auch bei der Anwendung und Auslegung der Art. 117 ff. ZPO erhebliche Bedeutung zu (BSK ZPO-Rüegg/Rüegg, Art. 117 ZPO, N 5; vgl. auch BSK ZPO-Rüegg/Rüegg, Art. 118 ZPO, N 5, wonach vor Einreichen des Gesuchs [besser wohl: vor dem Entscheid über die unentgeltliche Rechtspflege; vgl. zum massgebenden Zeitpunkt BGer 5A_124/2012, E. 3.3] geleistete Vorschüsse nicht zurückzuerstatten sind; a.M. bezüglich Anwaltshonorar Staehelin/Staehelin/Grolimund, Zivilprozessrecht - Unter Einbezug des Anwaltsrechts und des internationalen Zivilprozessrechts, §16, N 64).
Die Beschwerdeführerin macht keine Vorbringen geltend, die ein Abweichen vom geschilderten Grundsatz rechtfertigen liessen (vgl. eine solche Ausnahmesituation z.B. in KGer SG vom 10. Februar 2017, BE.2016.35, www.gerichte.sg.ch).
4. Im Übrigen ist zu beachten, dass die unentgeltliche Rechtspflege auch nur teilweise gewährt werden kann (Art. 118 Abs. 2 ZPO). Dem oben genannten Grundsatz entspricht ferner, dass z.B. nicht einmal dann eine Rückwirkung der unentgeltlichen Rechtspflege erlaubt ist, wenn die bedürftige Partei zur Prozessfinanzierung ein Darlehen aufgenommen hat (Emmel, in: Sutter-Somm/Hasenböhler/Leuenberger, ZPO Komm., Art. 119 ZPO, N 4). Nach der Praxis des Bundesgerichts gehört nämlich der Schutz der unbemittelten Partei vor ihrer eigenen Unwissenheit oder Unvorsichtigkeit oder vor mangelnder Beratung seitens ihres Anwalts nicht mehr zu den eigentlichen Aufgaben der unentgeltlichen Rechtspflege; eine Partei, die – aus welchen Gründen auch immer – auf Kredit Dritter oder ihres Anwalts prozessiert, obwohl sie unentgeltliche Rechtspflege hätte verlangen können, kann daher nicht damit rechnen, dass der Staat ihre Prozesskosten später rückwirkend übernehmen wird (BGE 122 I 203, E. 2d; BGer 5A_181/2012, E. 2.3.3). Solange eine "nicht eben auf Rosen gebettete" Partei die Kostenvorschüsse, zu deren Einforderung der Anwalt standesrechtlich verpflichtet ist, bezahlen kann, steht ihr folglich mangels Bedürftigkeit noch gar kein unentgeltlicher Rechtsbeistand zu (BGE 122 I 203, E. 2g).
Wenn also die anwaltlich vertretene Beschwerdeführerin trotz hängigem Beschwerdeverfahren den Kostenvorschuss einbezahlt, hat dafür nicht die unentgeltliche Rechtspflege einzustehen, zumal im Entscheid der VRK (ZV-2018/13) explizit darauf hingewiesen wurde, dass die Frist zur Zahlung des Kostenvorschusses neu angesetzt würde, sollte Beschwerde beim Kantonsgericht erhoben werden (S. 3). Vielmehr durfte die Vorinstanz in der vorliegenden Situation zu Recht annehmen, dass keine umfassende Bedürftigkeit bestand bzw. der Kostenvorschuss das Lebenshaltungsbudget der Beschwerdeführerin nicht sprengte, zumal diese im ersten Beschwerdeverfahren vor Kantonsgericht (KES.2018.7-EZE2) nicht einmal ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gestellt hatte. Ferner fehlt jeglicher Hinweis darauf, aus welchen Quellen der Kostenvorschuss geleistet wurde.
Die Beschwerde wird abgewiesen.