Aus den Erwägungen:
(…)
3. Nach Art. 6 Ziff. 1 EMRK und Art. 30 Abs. 1 BV hat der Einzelne Anspruch darauf, dass seine Sache von einem unparteiischen und unbefangenen Richter beurteilt wird. Liegen bei objektiver Betrachtungsweise Gegebenheiten vor, die den Anschein der Befangenheit und/oder die Gefahr der Voreingenommenheit zu begründen vermögen, so ist die Garantie verletzt (BGE 137 I 227, E. 2.1; BGE 136 I 207, E. 3.1; BGE 135 I 14, E. 2; vgl. auch BSK ZPO-Weber, Art. 47 N 3). Dieser Anspruch steht in einem gewissen Spannungsverhältnis zum – ebenfalls verfassungsmässig garantierten – Anspruch auf eine regelhafte Besetzung des Gerichts. Der Ausstand wegen Befangenheit muss deshalb die Ausnahme bleiben, soll die regelhafte Verfahrensordnung nicht ausgehöhlt werden (BGE 122 II 471, E. 3b, mit Hinweis auf BGE 105 Ia 157, E. 5). Die Befangenheit braucht allerdings nicht nachgewiesen zu werden. Es genügt, wenn Umstände vorliegen, die bei objektiver Betrachtung den Anschein einer – wenn auch tatsächlich allenfalls nicht vorhandenen – Voreingenommenheit erwecken. Ein rein subjektives Empfinden einer Partei ist hingegen nicht ausreichend.
(…)
5. Der Anspruch auf einen unparteiischen Richter umfasst selbstredend nicht die Garantie auf einen jederzeit fehlerfrei arbeitenden Richter (BSK ZPO-Weber, Art. 47 N 4). Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung vermögen Verfahrensmassnahmen eines Richters als solche, seien sie richtig oder falsch, grundsätzlich keinen objektiven Verdacht der Befangenheit des Richters zu begründen, der sie verfügt hat (BGE 114 Ia 153, E. 3b/bb; Pra 2002, Nr. 183; BGer 1B_66/2013, E. 3). Dasselbe gilt für einen allenfalls materiell falschen Entscheid. Eine Ausnahme von diesem Grundsatz fällt nur dann in Betracht, wenn besonders krasse oder wiederholte bzw. gar systematische Fehler vorliegen, die als schwere Verletzung der Richterpflichten bzw. als Amtspflichtverletzungen bewertet werden müssen (Pra 80, Nr. 84; Pra 80, Nr. 4; Pra 79, Nr. 242; vgl. auch BSK ZPO-Weber, Art. 47 N 4). Grundsätzlich aber sind Verfahrensverstösse im dafür vorgesehenen Rechtsmittelverfahren zu rügen und können nicht als Begründung für die Verletzung von Art. 30 Abs. 1 BV herangezogen werden (BGer 5A_309/2016, E. 4.2; BGer 5A_973/2015, E. 4.2.1; BGer 5A_579/2012, E. 2.1, je mit weiteren Hinweisen; BGer 5A_322/2010, E. 2).
Nach der aufgeführten bundesgerichtlichen Rechtsprechung vermag somit nicht bereits jeder Verfahrensmangel oder jeder materielle Makel den Anschein einer Befangenheit zu begründen. Die Bejahung eines solchen setzt vielmehr im genannten Sinn qualifizierte Fehler voraus.
6. Der Beschwerdeführer wirft dem Abteilungspräsidenten namentlich vor, den Antrag auf superprovisorische Massnahmen vom 11. März 2018 nicht ernsthaft geprüft zu haben. Die vorinstanzlichen Ausführungen, wonach es dem Abteilungspräsidenten möglich gewesen sei, 37 Seiten samt zahlreichen Beilagen in einem Tag zu lesen, seien nicht glaubwürdig. Unlogisch sei auch die vorinstanzliche Bemerkung, dass für die Anordnung superprovisorischer Massnahmen lediglich das Vorliegen offenkundiger Gründe zu prüfen sei.
Nach Art. 445 Abs. 2 ZGB kann das Gericht bei besonderer Dringlichkeit vorsorgliche Massnahmen sofort ohne Anhörung der am Verfahren beteiligten Personen treffen (Murphy/Steck, in: FHB Kindes- und Erwachsenenschutzrecht, N 18.73). Dringlich ist eine Angelegenheit dann, wenn es sich als geboten erweist, die fragliche Massnahme sofort zu treffen, weil sonst der Zweck des Hauptverfahrens und sein Erfolg in Frage stehen würden (BSK ZGB I-Auer/Marti, Art. 445 N 9 f.; Murphy/Steck, in: FHB Kindes- und Erwachsenenschutzrecht, N 18.70). An die Bejahung der besonderen Dringlichkeit sind hohe Anforderungen zu stellen. Die Schutzinteressen müssen stärker zu gewichten sein, als die Interessen der betroffenen Person an der Wahrung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (BSK ZGB I-Auer/Marti, Art. 445 N 19 f.). Dies ist namentlich im Kindesschutz in lebensbedrohenden Gefährdungs- situationen der Fall, bei schwerer Vernachlässigung von Säuglingen und Kleinkindern sowie wiederholter und erwiesener schwerer körperlicher Misshandlung (Häfeli, Grundriss zum Kindes- und Erwachsenenschutz, N 33.12).
Dem Beschwerdeführer scheint es in erster Linie darum zu gehen, dass der Abteilungspräsident sein Gesuch um superprovisorische Umteilung der Obhut über seinen Sohn an ihn nicht gutgeheissen hat. Gemäss den vorstehenden Ausführungen erfordert der Erlass einer superprovisorischen Massnahme jedoch klare und eindeutige Verhältnisse, welche sich dem Entscheidungsträger aufgrund der besonderen Dringlichkeit sofort erschliessen müssen. Wie die Vorinstanz zu Recht ausgeführt hat, scheint es zunächst keineswegs ungewöhnlich oder unglaubwürdig, dass sich der Abteilungspräsident innerhalb eines Arbeitstages ein Bild über das ihm vom Beschwerdeführer vorgelegte Gesuch samt Akten verschaffen konnte und zum Schluss kam, dieses sei wegen Weitschweifigkeit zurückzuweisen bzw. die geforderten klaren Verhältnisse für den Erlass einer superprovisorischen Massnahme würden nicht vorliegen. Dies gilt auch unter Berücksichtigung des Umfanges der zur Diskussion stehenden Eingabe. Der Abteilungspräsident setzt sich im Rahmen seiner Tätigkeit oft mit Fragestellungen und Problemen rund um die (dringliche) Regelung von Kinderbelangen auseinander. Dementsprechend verfügt er über eine grosse Erfahrung bei der Beurteilung solcher Fragen. Diese ermöglicht es ihm durchaus, das Wesentliche einer Eingabe rasch zu erfassen und – soweit nötig – rasche Entscheide zu treffen. Zudem scheint der Sachverhalt in diesem konkreten Fall schnell erfassbar. Es kann somit nicht gestützt auf das umgehende Antwortschreiben des Abteilungspräsidenten gesagt werden, dieser habe das Gesuch nicht ernsthaft geprüft. Vielmehr ist er nach Durchsicht der Eingabe und der dazugehörenden Unterlagen offenbar zum Schluss gekommen, dass sich die Verhältnisse in Bezug auf die Zuteilung der Obhut über den Sohn nicht als derart klar erweisen, dass diese superprovisorisch, mithin sofort und ohne Anhörung der Mutter, neu dem Beschwerdeführer zuzuteilen wäre. Dies ist nicht zu beanstanden.
Auch der Umstand, dass nach Ablehnung eines Antrages um Erlass superprovisorischer Massnahmen ein relativ kurze Zeit später gestellter, gleich lautender Antrag wiederum abgelehnt wurde, kann nicht als Hinweis für eine Befangenheit gelten. Dies gilt umso mehr, als bei solchen Anträgen gerade im Zusammenhang mit Kindern eine gewisse Zurückhaltung angebracht ist. Es drängt sich in der Regel auf, über solch einschneidende Begehren erst nach Anhören beider Parteien sowie ev. zusätzlichen Abklärungen zu entscheiden.
Die Frage der vorsorglichen Obhutsregelung für den Sohn ist zentraler Punkt des bei der VRK pendenten Hauptverfahrens. Massgebend bei der Frage, von wem der gemeinsame Sohn fortan hauptsächlich zu betreuen sein wird, ist allein das Kindeswohl. Die Interessen der Eltern haben zurückzustehen. Dabei ist zu beachten, dass gerade für jüngere Kinder Stabilität und Sicherheit wichtig ist. Das Umfeld und die Betreuungssituation sollten konstant sein und es ist eine Lösung anzustreben, welche langfristig dem Kindeswohl dient. Aus Sicht des Kindeswohls sollte daher ein sofortiger Umzug des Kindes zum anderen Elternteil vermieden werden, solange die Situation nicht abschliessend geklärt und dies mit dem Kindeswohl vereinbar ist. Als negativ für das Kind wird vor allem erachtet, wenn dieses einem (unnötigen) Hin- und Her zwischen den Eltern ausgesetzt wird.
Auch unter diesem Gesichtspunkt ist nicht zu beanstanden, dass der Abteilungspräsident die Voraussetzungen für den Erlass der vom Beschwerdeführer beantragten superprovisorischen Verfügung als nicht gegeben erachtete. Zu Recht wollte er die Frage einer allfälligen Änderung der Obhutsregelung, welche für den Sohn von grosser Tragweite ist, im vorsorglichen Massnahmeverfahren mit den darin vorgesehenen Verfahrensrechten der Parteien entscheiden. Sollte sich in jenem Verfahren aus der Gesamtsituation ergeben, dass die Obhutszuteilung an den Beschwerdeführer angezeigt ist, so werden die notwendigen Schritte alsdann vorzunehmen sein.
Als Zwischenergebnis ist damit festzuhalten, dass in der umgehenden Reaktion des Abteilungsleiters sowie im Verzicht desselben auf Erlass einer superprovisorischen Verfügung keine Befangenheit zu erblicken ist. Sondern die Einreichung eines Gesuchs um superprovisorische Massnahmen erfordert geradezu eine rasche Beurteilung, so dass in diesem Zusammenhang auch nicht von Voreingenommenheit gesprochen werden kann. Zudem zielt vor diesem Hintergrund der Vorwurf des Beschwerdeführers, der Abteilungspräsident habe das Kindeswohl nicht gesichert, ohne Weiteres ins Leere.
7. Der Beschwerdeführer beanstandet weiter die Rückweisung des Massnahmegesuchs vom 11. März 2018 durch den Abteilungspräsidenten. Dieser habe die betreffende Eingabe zu Unrecht als weitschweifig qualifiziert und nicht zu den Akten nehmen wollen. Zudem habe der Abteilungspräsident die gesetzlich vorgesehene Möglichkeit zur Verbesserung des angeblich mangelhaften Gesuchs nicht gewährt und die Eingabe nicht einmal als Stellungnahme zu den ihm bisher von der KESB (…) vorenthaltenen Akten oder Ergänzung zur Beschwerdebegründung entgegengenommen. (…) Schliesslich habe der Abteilungspräsident völlig unangebracht gleich mit Kostenauflage und Ordnungsstrafe gedroht.
Gemäss Art. 36 VRP sind Begehren und Begründung auf das Wesentliche zu beschränken (Abs. 1). Der Gerichtspräsident kann weitschweifige oder Sitte und Anstand verletzende Eingaben zurückweisen und Nichtbehandlung androhen für den Fall, dass die Mängel nicht innert gesetzter Frist behoben werden (Abs. 2). Vorbehalten bleibt die Auflage von Kosten oder einer Ordnungsbusse (Abs. 3).
Unter Hinweis auf die vorstehenden Ausführungen zu den Voraussetzungen für den Erlass einer superprovisorischen Massnahme (E. 6) wird rasch ersichtlich, dass sich die 37 Seiten lange, die gesamten KESB-Akten sowie neun eigene Akten umfassende Eingabe nicht auf das Wesentliche beschränkte. Diese setzte sich vielmehr detailliert mit dem gesamten bisherigen Verfahren auseinander, insbesondere mit den gesamten Vorakten der KESB, welche dem Vater – so seine Ausführungen – zunächst vorenthalten worden seien. Die nähere Betrachtung der Eingabe zeigt weiter, dass sich der Beschwerdeführer darin teilweise in ausführlichen Darlegungen verliert, welche für das Gesuch um Erlass einer superprovisorischen Verfügung nicht von Belang sind und zudem vom wirklich Wesentlichen geradezu ablenken. Eine derartige Eingabe widerspricht dem Sinn und Zweck einer superprovisorischen Massnahme – sofortiger Sicherung bestimmter Interessen – und vermag die damit einhergehende Beschneidung der Verfahrensrechte der Gegenpartei nicht zu rechtfertigen. Die Rückweisung der Eingabe durch den Abteilungsleiter zur allfälligen Verbesserung ist daher nicht zu beanstanden.
(…)
Fehl geht die Kritik des Beschwerdeführers auch darin, dass ihm der Abteilungspräsident keine Möglichkeit zur Verbesserung des angeblichen mangelhaften Gesuches gewährt habe. Wie bereits die Vorinstanz zu Recht darlegte, zeigte der Abteilungspräsident dem Beschwerdeführer im Schreiben vom 13. März 2018 konkret auf, wie ein allfällig verbessertes Gesuch um Erlass einer superprovisorischen Massnahme zu formulieren wäre und in welcher Situation ein solches Sinn machen würde. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern die entsprechenden Ausführungen des Abteilungspräsidenten den Beschwerdeführer benachteiligen sollten. Auch die fehlende Fristansetzung hat im Übrigen keine Nachteile für den Beschwerdeführer zur Folge, bedeutet dies doch, dass er ein nach den Vorgaben des Abteilungspräsidenten verbessertes Massnahmegesuch grundsätzlich jederzeit einreichen könnte, was der Beschwerdeführer in der Folge jedoch nicht getan hat.
(…)
Ebenfalls keine Befangenheit des Abteilungspräsidenten zeigt sich in seinem Verweis auf Art. 36 Abs. 3 VRP, wonach die Auflage von Kosten oder einer Ordnungsstrafe vorbehalten bleibe. Den entsprechenden Ausführungen der Vorinstanz kann ohne Weiteres beigepflichtet werden, denn ein blosser Hinweis auf eine gesetzliche Regelung vermag keinen Anschein der Befangenheit zu erzeugen. Von einer (unzulässigen) Drohung kann keine Rede sein.
(…)
8. (…) Damit ist die Beschwerde abzuweisen.
9. Im Sinne einer Ergänzung ist darauf hinzuweisen, dass ein Ausstandsgrund selbst dann nicht zu bejahen wäre, wenn der Abteilungspräsident die Eingabe vom 11. März 2018 fälschlicherweise zurückgewiesen und fälschlicherweise auf eine superprovisorische Verfügung verzichtet hätte. Diesfalls müsste nämlich gesagt werden, dass dem Abteilungspräsidenten zwar tatsächlich ein Fehler unterlaufen wäre, indem er das vom Beschwerdeführer eingereichte Gesuch nicht entgegengenommen und behandelt habe. Jedoch wäre ein solcher Fehler, auch wenn er dem Beschwerdeführer zum Nachteil gereichen würde, nicht dazu angetan, den objektiven Anschein der Befangenheit des Abteilungspräsidenten zu wecken. Es könnte nämlich auch dann nicht gesagt werden, der Abteilungspräsident habe wiederholt oder gar systematisch zum Nachteil des Beschwerdeführers gehandelt. Ein qualifiziertes Fehlverhalten, das einer Amtspflichtverletzung gleichkommen würde, würde auch diesfalls nicht vorliegen, weshalb es an einem Ausstandsgrund fehlen würde.