Aus den Erwägungen:
1. Vorliegend erhob die Beschwerdeführerin als für die Kinderbelange zuständige KESB Beschwerde gegen den Entscheid der VRK betreffend Weisung. Es stellt sich daher zunächst die Frage nach der Beschwerdelegitimation im Rechtsmittelverfahren, welche als Prozessvoraussetzung von Amtes wegen zu prüfen ist (Art. 60 ZPO; Zürcher, in: Sutter-Somm/Hasenböhler/Leuenberger, ZPO Komm., Art. 59 ZPO, N 90).
In Art. 450 Abs. 2 ZGB (i.V.m. Art. 314 ZGB) sind die zu einer Beschwerde legitimierten Personen abschliessend aufgezählt. Es sind dies die Betroffenen selbst, ihnen nahestehende Personen und solche, die ein eigenes rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids haben. Nicht erwähnt wird eine allfällige Beschwerdelegitimation der KESB. Eine solche lässt sich auch nicht aus den genannten Kategorien ableiten. Zudem sieht das Gesetz ausdrücklich nur die Einladung der KESB zur Vernehmlassung vor (Art. 450d ZGB); ein gesetzgeberisches Versehen scheint angesichts der Neuregelung der Materie ausgeschlossen. Die Rechtsmittellegitimation des Gemeinwesens, und damit auch der KESB, ist daher nicht gegeben (OGer ZH, 21. Februar 2013, PA130005, www.gerichte-zh.ch, m.w.H. = SJZ 2013, 509; BaslerKomm Erwachsenenschutz/Steck, Art. 450 ZGB, N 31, 39; BaslerKomm ZGB I/Steck, Art. 450 ZGB, N 31c; FamKomm Erwachsenenschutz/Steck, Art. 450 ZGB, N 23; Bernhart, Handbuch der fürsorgerischen Unterbringung, N 803; Häfeli, Grundriss zum Kindes- und Erwachsenenschutzrecht, N 34.12a; vgl. aber Schmid, Erwachsenenschutz, Art. 450 ZGB, N 26 [überholt durch BGer 5A_979/2013, E. 4] und zum alten Recht BGer, ZVW 1961, 32; Verwaltungsgericht TG, TRV 2005 Nr. 15, www.vgbuch.tg.ch). Der KESB kommt im Verfahren vor der gerichtlichen Beschwerdeinstanz keine Parteistellung zu (Häfeli, Grundriss zum Kindes- und Erwachsenenschutzrecht, N 34.12a; Murphy/Steck, in: Fountoulakis/Affolter-Fringeli/Biderbost/Steck, Fachhandbuch Kindes- und Erwachsenenschutzrecht, N 19.22; Rosch/Büchler/Jakob, Das neue Erwachsenenschutzrecht, Art. 450 ZGB, N 10c). Diese gilt mithin als reine Vorinstanz (KGer SG, Nachrichten zum Familienrecht Nr. 2/13, www.gerichte.sg.ch).
Unlängst entschied das Bundesgericht entsprechend, dass die KESB als verfügende Behörde zwar sowohl im kantonalen Beschwerdeverfahren wie auch bei der Beschwerde in Zivilsachen am Verfahren beteiligt sei, ihr aber grundsätzlich keine Parteistellung und somit keine Beschwerdelegitimation zukomme (BGE 141 III 353, E. 4.2). Dieser Entscheid wurde von der Lehre mit Zustimmung aufgenommen (Wolf/Nuspliger, Die privatrechtliche Rechtsprechung des Bundesgerichts im Jahr 2015, ZBJV 152/2016, 662, 684; Jucker, ius.focus 2015, Nr. 274). Das Bundesgericht erwog insbesondere, die Tatsache, dass eine Behörde im Beschwerdeverfahren zur Vernehmlassung eingeladen werde, begründe keine Parteistellung im Sinn von Art. 450 Abs. 2 ZGB (mit Verweis auf BGer 5A_979/2013, E. 6 in: FamPra.ch 2014, 767). Zwar verfolge die KESB die Wahrung der Interessen der schutzbedürftigen Personen und könne ihr Entscheid in die Rechtsstellung der Betroffenen eingreifen. Diese Argumentation ändere aber nichts daran, dass sie im konkreten Fall als verfügende Behörde amte. Gemeinwesen seien nur restriktiv zur Beschwerdeführung zuzulassen. Sie seien ausnahmsweise dann beschwerdelegitimiert, falls sie durch einen angefochtenen Entscheid gleich oder ähnlich wie Private oder aber in spezifischer, schutzwürdiger Weise in der Wahrnehmung einer hoheitlichen Aufgabe betroffen würden, namentlich, wenn einem Entscheid präjudizielle Bedeutung für die öffentliche Aufgabenerfüllung zukomme. Die Beschwerdebefugnis zur Durchsetzung hoheitlicher Anliegen setze eine erhebliche Betroffenheit in wichtigen öffentlichen Interessen voraus. Das Interesse an der richtigen Rechtsanwendung verschaffe jedenfalls keine Beschwerdeberechtigung.
Die KESB X (…) äussert sich zu ihrer Beschwerdeberechtigung überhaupt nicht. Sie macht weder geltend, sie sei als verfügende Behörde durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt, noch, dass ihr ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung zukomme. Mangels Legitimation kann auf ihre Beschwerde in der Sache daher nicht eingetreten werden (Art. 59 Abs. 1 ZPO; Zürcher, in: Sutter-Somm/Hasenböhler/Leuenberger, ZPO Komm., Art. 60 ZPO, N 29).
2. Eine Ausnahme hinsichtlich der Beschwerdelegitimation von Gemeinwesen wurde im alten Recht und vereinzelt dann gesehen, wenn sich eine KESB gegen die Kosten wendet, die ihr von der Gerichtsinstanz auferlegt wurden (BaslerKomm ZGB I/Geiser, aArt. 420 ZGB, N 34; ZR 2005 Nr. 17, E. 3). Unter neuem Recht lässt sich diese Ansicht – (…) – nicht halten. Der Umstand, dass eine Behörde zur Tragung von Gerichts- und Parteikosten verpflichtet wird, berührt nämlich kein rechtlich geschütztes Interesse, da es sich dabei lediglich um die wirtschaftlichen Folgen ihrer Verwaltungstätigkeit handelt, welche sie in ihrer Eigenschaft als Hoheitsträger trifft (BGE 138 II 506, E. 2.1.3, 2.3). Wenn also einem Gemeinwesen in Beschwerdeentscheiden gegen seine Verfügungen Verfahrens- oder Parteikosten auferlegt werden, ist es zu einem Rechtsmittel dagegen nicht legitimiert (BGE 138 II 506, E. 2.1.3; 133 II 400, E. 2.4.2; BGer 1C_220/2009, E. 2.2.2, teilw. publ. in BGE 136 II 204). Das ergibt sich schon daraus, dass jemand, der in der Sache selber nicht legitimiert ist, Beschwerde zu führen, grundsätzlich auch den damit verbundenen Kostenentscheid nicht beanstanden kann (BGE 134 II 45, E. 2.2.2). In BGer 5A_83/2014, E. 3, wird schliesslich bezüglich einer KESB (bzw. einem Zweckverband Sozialdienst) ausdrücklich festgehalten, dass sie bei der Frage der Kostenverlegung nicht beschwerdeberechtigt sei, da das allgemeine Interesse an der richtigen Rechtsanwendung kein schützenswertes Interesse im Sinne des Gesetzes darstelle (vgl. dazu BGE 141 III 353, E. 5.2).
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.