Sachverhalt:
Am Mittwoch, 5. November 2008, stellte die Kantonspolizei St. Gallen um 14.58 Uhr auf der Umfahrung Süd in Altstätten mittels automatischen Verkehrsüberwachungsgeräts fest, dass der Lenker eines Lieferwagens in Fahrtrichtung Industrie Baffles auf der Höhe der Firma Z die signalisierte Höchstgeschwindigkeit innerorts von 60 km/h nach Abzug der Sicherheitsmarge um 24 km/h überschritt. X anerkannte am 19. Dezember 2008 in einer polizeilichen Befragung, das Fahrzeug gelenkt zu haben. Er wurde mit Bussenverfügung der Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen vom 16. Januar 2009 wegen Überschreitens der zulässigen Höchstgeschwindigkeit innerorts mit Fr. 470.-- gebüsst. Das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons St. Gallen entzog ihm mit Verfügung vom 6. Februar 2009 den Führerausweis wegen einer mittelschweren Widerhandlung gegen die Strassenverkehrsvorschriften für die Dauer von einem Monat.
Aus den Erwägungen:
3.- Gemäss Art. 16 Abs. 2 des Strassenverkehrsgesetzes (SR 741.01, abgekürzt: SVG) wird nach Widerhandlungen gegen die Strassenverkehrsvorschriften, bei denen das Verfahren nach dem Ordnungsbussengesetz vom 24. Juni 1970 ausgeschlossen ist, der Lernfahr- oder Führerausweis entzogen oder eine Verwarnung ausgesprochen. Das Gesetz unterscheidet zwischen leichten (Art. 16a SVG), mittelschweren (Art. 16b SVG) und schweren Widerhandlungen (Art. 16c SVG). Eine leichte Widerhandlung begeht, wer durch Verletzung von Verkehrsregeln eine geringe Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft und ihn dabei nur ein leichtes Verschulden trifft (Art. 16a Abs. 1 lit. a SVG). Ist die Verletzung der Verkehrsregeln grob und wird dadurch eine ernstliche Gefahr für die Sicherheit anderer hervorgerufen oder in Kauf genommen, ist die Widerhandlung schwer (Art. 16c Abs. 1 lit. a SVG). Eine mittelschwere Widerhandlung begeht, wer durch Verletzung von Verkehrsregeln eine Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft oder in Kauf nimmt (Art. 16b Abs. 1 lit. a SVG). Von einer mittelschweren Widerhandlung ist immer dann auszugehen, wenn nicht alle privilegierenden Elemente einer leichten und nicht alle qualifizierenden einer schweren Widerhandlung erfüllt sind (vgl. Botschaft, in: BBl 1999 S. 4487).
4.- In tatsächlicher Hinsicht wurde in der Bussenverfügung der Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen vom 16. Januar 2009 gestützt auf die Angaben in der Übertretungsanzeige vom 11. November 2008 und die polizeiliche Befragung des Rekurrenten vom 19. Dezember 2008 festgestellt, der Rekurrent habe am 5. November 2008 in Altstätten auf der Umfahrung Süd die zulässige Höchstgeschwindigkeit innerorts von 60 km/h nach Abzug der Sicherheitsmarge um 24 km/h überschritten.
a) Im Rekurs wird die Geschwindigkeitsüberschreitung als solche nicht bestritten. Jedoch wird geltend gemacht, im Strafverfahren seien die Tatsachen augenscheinlich nicht umfassend geklärt worden. Laut einem Bericht der Kantonspolizei St. Gallen, Verkehrspolizei, vom 6. Juli 2005 zuhanden des Stadtrates Altstätten zu den mit der Entlastungsstrasse Süd verbundenen Verkehrsmassnahmen sei die allgemeine Höchstgeschwindigkeit ausserorts von 80 km/h im fraglichen Bereich auf 60 km/h herabgesetzt worden. Dem hält die Vorinstanz die bundesgerichtliche Rechtsprechung entgegen (Urteil 6A.81/2006 vom 22. Dezember 2006).
b) aa) Ob die Messstelle im Ausserorts- oder im Innerortsbereich lag, ist von Belang, da die Grenzen der leichten, mittelschweren und schweren Widerhandlung bei Überschreitung der zulässigen Höchstgeschwindigkeit davon abhängen, ob sie innerorts, ausserorts oder auf einer richtungsgetrennten Autobahn begangen wurde. Die Überschreitung der zulässigen Höchstgeschwindigkeit um 24 km/h ist nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ausserorts als leichter Fall – mittelschwer wiegen Überschreitungen um 26 km/h bis 29 km/h (vgl. BGE 124 II 259 E. 2b/bb, 128 II 133 E. 2b) – innerorts jedoch als mittelschwerer Fall – mittelschwer wiegen Überschreitungen um 21 km/h bis 24 km/h (vgl. BGE 124 II 97 E. 2c) – einzustufen. Das Bundesgericht hat es zudem abgelehnt, Innerortsstrecken, auf denen eine Höchstgeschwindigkeit von 60 km/h gilt, anders zu beurteilen als solche mit der allgemeinen Höchstgeschwindigkeit von 50 km/h; eine Differenzierung zu prüfen hat es nur für Höchstgeschwindigkeiten im Innerortsbereich von 70 km/h und 80 km/h angedeutet (Urteile des Bundesgerichts 6S.99/2004 vom 25. August 2004, E. 2.4; 6A.13/2005 vom 3. Juni 2005, E. 2).
Der Bereich "innerorts" beginnt gemäss Art. 1 Abs. 4 der Signalisationsverordnung (SR 741.21, abgekürzt: SSV) beim Signal "Ortsbeginn auf Hauptstrassen" (4.27) oder "Ortsbeginn auf Nebenstrassen" (4.29) und endet beim Signal "Ortsende auf Hauptstrassen" (4.28) oder "Ortsende auf Nebenstrasse" (4.30). Der Bereich "ausserorts" beginnt beim Signal "Ortsende auf Hauptstrassen" oder "Ortsende auf Nebenstrassen" und endet beim Signal "Ortsbeginn auf Hauptstrassen" oder "Ortsbeginn auf Nebenstrassen". Bei der Beurteilung von Geschwindigkeitsüberschreitungen darf auf diese Signalisation abgestellt werden (Urteil des Bundesgerichts 6A.81/2006 vom 22. Dezember 2006, E. 2.4). Es kommt ihr deshalb entgegen der Auffassung des Vertreters des Rekurrenten eigenständige Bedeutung zu.
bb) Weder der vom Rekurrenten eingereichte Bericht der Verkehrspolizei vom 6. Juli 2005 noch die publizierte Verkehrsanordnung des Polizeikommandos vom 18. Juli 2005 (vgl. ABl 2005 S. 1434) schaffen ausreichende Klarheit über die Signalisation des Ortsendes und des Ortsbeginns im Bereich der Südumfahrung. Die für den Führerausweisentzug zuständige Verwaltungsbehörde darf zwar grundsätzlich nicht von den Tatsachenfeststellungen des rechtskräftigen Strafentscheids abweichen (BGE 123 II 97 E. 3c/aa; 121 II 214 E. 3a). Sie ist aber zu eigenen Sachverhaltserhebungen verpflichtet, wenn klare Anhaltspunkte dafür bestehen, dass die Feststellungen im Strafurteil unrichtig sind. In diesem Fall müssen die Entzugsbehörden soweit nötig selbständige Beweiserhebungen durchführen (vgl. Urteil des Bundesgerichts 6A.35/2004 vom 1. September 2004, E. 3.3 mit Hinweis auf BGE 119 Ib 158 E. 3c/aa).
Bei der Anfahrt zum Augenschein hat das Gericht festgestellt, dass auf der Oberrieterstrasse in Fahrtrichtung Altstätten bei der Einmündung der Luchsstrasse rund 300 Meter vor dem Kreisel, von welchem die Umfahrungsstrasse nach rechts abzweigt, der Ortsbeginn signalisiert ist. Darauf wurde am Augenschein ausdrücklich hingewiesen. Das Ortsende ist auf der Umfahrungsstrasse rund 300 Meter vor dem Kreisel mit der Kriessernstrasse signalisiert. Die Messstelle bei der Firma Z liegt damit im Innerortsbereich. Daran ändert auch der Umstand nichts, dass im Bericht der Verkehrspolizei vom 6. Juli 2005 die Höchstgeschwindigkeit von 60 km/h "in Anlehnung an Art. 108 Abs. 2 SSV" festgelegt wurde. Die Signalisation einer Höchstgeschwindigkeit von 60 km/h kann sich – je nach dem ob aus dem Innerorts- oder dem Ausserortsbereich auf sie zugefahren wird – als Herabsetzung der allgemeinen Höchstgeschwindigkeit von 80 km/h ausserorts oder als Heraufsetzung der generellen Höchstgeschwindigkeit von 50 km/h innerorts darstellen.
c) Die tatsächliche Feststellung in der Übertretungsanzeige vom 11. November 2008 und im Rechtshilfegesuch der Kantonspolizei St. Gallen vom 4. Dezember 2008 sowie in der Bussenverfügung vom 16. Januar 2009, wonach die Geschwindigkeit im Innerortsbereich überschritten wurde, ist zutreffend und es besteht kein Anlass, im Administrativverfahren davon abzuweichen.
5.- Die Überschreitung der zulässigen Höchstgeschwindigkeit innerorts um 24 km/h stellt nach der dargelegten bundesgerichtlichen Rechtsprechung in objektiver Hinsicht eine mittelschwere Widerhandlung im Sinn von Art. 16b Abs. 1 lit. a SVG dar. In subjektiver Hinsicht kommt ein leichter Fall nur in Betracht, wenn der Lenker aus nachvollziehbaren Gründen gemeint hat, er befinde sich noch nicht oder nicht mehr im Innerortsbereich; unter Umständen kann sogar jeder Schuldvorwurf entfallen (vgl. BGE 124 II 97 E. 2c, 126 II 196 E. 2a, 126 II 202 E. 1a). Das Bundesgericht hat zudem zu Geschwindigkeitsüberschreitungen bei "atypischen" Innerortsstrecken ausgeführt, die Berücksichtigung der konkreten baulichen und sonstigen Verhältnisse im fraglichen Streckenabschnitt würde den Unterschieden in der Gefahrenlage zwischen Strecken innerorts und ausserorts nicht angemessen Rechnung tragen. Es sei deshalb fraglich, ob es so etwas wie "typische" Innerorts- und Ausserortsstrecken überhaupt gebe. So liessen sich zum Beispiel Ausserortsbereiche in dicht besiedelten Agglomerationen mitunter kaum von Innerortsstrecken im Bereich von Weilern oder gegen den Ausgang von Dörfern unterscheiden. Zu beachten sei auch, dass der Übergang vom Innerortsbereich zum Ausserortsbereich häufig fliessend sei und es sich bei so genannten atypischen Innerortsstrecken meist nur um kurze bis sehr kurze Strassenstücke handle. Gerade auf solchen Strecken neigten Fahrzeuglenker aber häufig zu nachlassender Aufmerksamkeit bzw. Disziplin, weshalb die Einhaltung der signalisierten Höchstgeschwindigkeit besonders unerlässlich sei (vgl. Urteil des Bundesgerichts 6S.99/2004 vom 25. August 2004, E. 2.4 für die schwere Widerhandlung).
Laut Angaben am Augenschein fuhr der Rekurrent auf der Oberrieterstrasse aus Richtung Oberriet auf den Kreisel, von welchem die Südumfahrung nach rechts abzweigt, zu. Er war unterwegs, um über die Umfahrung und die Kriessernstrasse ins Industriegebiet Baffles zu gelangen und dort einen Umschlagplatz zu besichtigen. Der Rekurrent ist ortskundig. Insbesondere ist davon auszugehen, dass ihm die Signalisation des Ortsendes auf der Umfahrungsstrasse erst rund 350 Meter nach der Messstelle in Fahrtrichtung Kriessernstrasse bekannt ist. Allein schon die Ortskunde lässt einen Irrtum über den Verlauf der Strecke im Innerortsbereich als unwahrscheinlich erscheinen (vgl. dazu Urteil des Bundesgerichts 6A.97/1999 vom 30. März 2000, E. 1b).
Aus dem Signalisationsplan ergibt sich, dass zwischen dem Kreisel und der Messstelle bei der Firma Z dreimal die "Höchstgeschwindigkeit 60" signalisiert ist, nämlich unmittelbar nach der Ausfahrt aus dem Kreisel, nach der Einmündung einer nicht namentlich bezeichneten Gemeindestrasse 3. Klasse und der als Gemeindestrasse 2. Klasse eingeteilten Alten Landstrasse jeweils von links. Rund 250 Meter nach der letzten Signalisation folgt die Messstelle. Nach dem Kreisel unterquert die Umfahrungsstrasse das Eisenbahntrassee in einer Linkskurve, die aufgrund der beidseitigen rund 300 Meter langen Betonmauern unübersichtlich ist. Der folgende Abschnitt von wiederum rund 300 Metern bis zur Einmündung der Alten Landstrasse von links und der Ochsengasse von rechts ist charakterisiert durch die Einmündung der Brittlerenstrasse von rechts, einer nicht namentlich bezeichneten Gemeindestrasse 3. Klasse und zweier weiterer Einmündungen aus den links an die Umfahrungsstrasse angrenzenden und überbauten Grundstücken, auf denen verschiedene Gewerbe betrieben werden. Anschliessend verläuft die Umfahrungsstrasse während rund 250 Metern über offenes Feld, bevor – kurz vor der Messstelle – die Zufahrt zum überbauten Gelände der Firma Z von links einmündet. Kurz nach der Messstelle und einer leichten Linkskurve treffen von links die Bleichemühlistrasse und von rechts der Hinterdammweg von der Abwasserreinigungsanlage auf die Umfahrungsstrasse. Topografie und Strassenverlauf erschweren zudem teilweise die Übersichtlichkeit der Einmündungen. Nach weiteren rund 100 Metern folgt die Signalisation des Ortsendes und des Endes der "Höchstgeschwindigkeit 60".
Die Umfahrungsstrasse weist damit auf dem Abschnitt zwischen dem Kreisel mit der Oberrieterstrasse und der Signalisation des Ortsendes zahlreiche Elemente einer Innerortsstrecke auf. In ausgeprägter Weise trifft dies auf die Strecke bis zur Einmündung der Alten Landstrasse und der Ochsengasse mit einer unübersichtlich verlaufenden Bahnunterführung, linksseitigem überbautem Gewerbegelände mit mehreren Einfahrten und weiteren Einfahrten von rechts zu. Zwar ist – wie am Augenschein festgestellt – vor dem Gelände der Firma Z mit der Messstelle ein grösseres Gebiet beidseitig der Umfahrungsstrasse nicht überbaut. Das Ortsende ist jedoch nicht nach den Einmündungen der Alten Landstrasse und der Ochsengasse, sondern erst nach den Einmündungen der Bleichemühlistrasse und des Hinterdammweges signalisiert.
Unter Berücksichtigung all dieser Umstände liegen keine nachvollziehbaren Gründe vor, aus denen der ortskundige Rekurrent annehmen durfte, er habe sich im Bereich der Messstelle nicht mehr im Innerortsbereich befunden. Die Voraussetzungen einer mittelschweren Widerhandlung sind deshalb auch in subjektiver Hinsicht erfüllt.