Aus den Erwägungen:
2.- Gegenstand des Rekurses ist die Veranlagung des Beitrags für den Anschluss des bestehenden Mehrfamilienhauses der Rekurrenten an die Kanalisation.
a) Öffentliche Abgaben – wie der im Streit liegende einmalige Beitrag des Grundeigentümers für den Anschluss seiner Liegenschaft an die öffentlichen Abwasseranlagen – bedürfen nach ständiger Rechtsprechung in aller Regel der Grundlage in einem formellen Gesetz, d.h. normalerweise in einem dem Referendum unterstehenden Erlass. Delegiert das Gesetz die Kompetenz zur (rechtssatzmässigen) Festsetzung einer Abgabe an den Verordnungsgeber, so muss es zumindest den Kreis der Abgabepflichtigen sowie Gegenstand und Bemessungsgrundlage der Abgabe selber festlegen. Dieser Grundsatz kann gelockert werden, wenn dem Bürger die Überprüfung der Abgabe auf ihre Rechtmässigkeit anhand von verfassungsrechtlichen Prinzipien (Kostendeckungs- und Äquivalenzprinzip) offensteht, so dass nicht allein der Gesetzesvorbehalt diese Schutzfunktion erfüllt (BGE 120 Ia 1 E. 3c mit Hinweisen). Das Gesagte gilt auch dort, wo die Regelungskompetenz - aufgrund einer einschlägigen Kompetenzausscheidung - bei der Gemeinde liegt. Ein kommunaler Erlass kann einem eigentlichen formellen Gesetz gleichgestellt werden, wenn er von der nach dem kantonalen Recht ermächtigten Gemeindelegislative (Gemeindeversammlung oder -parlament) beschlossen wurde oder aber dem (obligatorischen oder fakultativen) Referendum unterstand (BGE 120 Ia 265 E. 2a).
Das st. gallische Recht stellt an die gesetzliche Grundlage von Beiträgen strenge Anforderungen. Sie sind – im Gegensatz zu den Gebühren – umfassend in der formell-gesetzlichen Grundlage zu regeln, d.h. eine Delegation der Bestimmung der absoluten Höhe der Abgabe bzw. der für deren Berechnung massgebenden Ansätze an die vollziehende Behörde ist nicht zulässig (Art. 36 lit. a des Gemeindegesetzes in der bis 31. Dezember 2009 gültigen Fassung, nGS 36-29, abgekürzt: GG; H. Arta, Die Zuständigkeitsordnung nach dem st. gallischen Gemeindegesetz in der politischen Gemeinde mit Bürgerversammlung, St. Gallen 1990, S. 82 ff.). Die erhöhten Anforderungen an die gesetzliche Grundlage bei den Beiträgen sind damit zu begründen, dass die individuelle Beitragsleistung dem individuellen Sondervorteil zu entsprechen hat und der Wert dieses Vorteils nach objektiven, sachlichen Gesichtspunkten messbar erscheinen muss. Für den Pflichtigen muss der zu entrichtende Kostenbeitrag deshalb anhand der Angaben im rechtsetzenden Erlass bestimmbar sein (GVP 1981 Nr. 49). Dem Legalitätsprinzip ist Genüge getan, wenn der die Abgabe regelnde kommunale Erlass in einem demokratischen Rechtsetzungsverfahren ergeht und auf einer klaren, durch Verfassung oder Gesetz erteilten Ermächtigung an den Gemeindegesetzgeber zur Einführung der betreffenden Abgabe beruht (GVP 1990 Nr. 21; 1995 Nr. 18 mit weiteren Hinweisen).
b) aa) Art. 13 Abs. 1 des Einführungsgesetzes zum eidgenössischen Gewässerschutzgesetz vom 2. Dezember 1973 (nGS 14-106, abgekürzt: EG zum GSchG), der ab 1. Juli 1974 in Vollzug stand, ermächtigte die politische Gemeinde zur Einführung einer solchen Abgabe. Danach war die politische Gemeinde oder die öffentlich-rechtliche Korporation verpflichtet, für Erstellung, Betrieb und Unterhalt öffentlicher Abwasseranlagen von den Grundeigentümern des Einzugsgebietes angemessene Beiträge und von den Verursachern oder Grundeigentümern angemessene Gebühren zu erheben. Bau und Betrieb öffentlicher Kanalisationen und Abwasserreinigungsanlagen, die Anschlusspflicht, die Anschlussvoraussetzungen, das Verfahren und die Deckung der Bau- und Betriebskosten sollten nach Art. 12 Abs. 1 EG zum GSchG durch Gemeinde- oder Korporationsreglement geordnet werden. Diese Bestimmungen wurden durch das Vollzugsgesetz zur eidgenössischen Gewässerschutzgesetzgebung vom 11. April 1996 (sGS 752.2, abgekürzt: GSchVG), das seit dem 1. März 1997 vollzogen wird, aufgehoben.
Gestützt auf die Ermächtigung des kantonalen Gesetzgebers im Einführungsgesetz zum eidgenössischen Gewässerschutzgesetz erliess der Gemeinderat als Exekutive der Gemeinde am 19. Juli 1978 das Kanalisationsreglement. Es wurde nach Art. 61 Abs. 5 des bis zum 31. Dezember 1980 gültigen Organisationsgesetzes (nGS 8 395, abgekürzt: OG) vom 27. Oktober bis 27. November 1978 öffentlich aufgelegt und am 22. März 1979 vom Baudepartement des Kantons St. Gallen genehmigt. Mit dieser Genehmigung trat es in Kraft (Art. 80 des Abwasserreglements). Es wurde weder von der Bürgerversammlung als Legislative der Gemeinde beschlossen oder genehmigt, noch unterstand es dem fakultativen Referendum, was der damals gültigen Regelung gemäss Organisationsgesetz entsprach (Art. 11 Abs. 4 in Verbindung mit Art. 32 sowie Art. 128 Ziff. 1 OG). Es wurde auch nicht nachträglich, sei es nach dem Inkrafttreten von Art. 36 lit. a GG am 1. Januar 1981, sei es aufgrund der die gesetzliche Grundlage von Beiträgen im Kanton St. Gallen betreffenden bundesgerichtlichen Rechtsprechung (BGE 120 Ia 265), dem fakultativen Referendum unterstellt.
Zufolge fehlender demokratischer Legitimation auf kommunaler Ebene stellt das Abwasserreglement vom 19. Juli 1978 keine formell ausreichende Gesetzesgrundlage für die bestrittene Abgabeveranlagung dar.
bb) Die Erhebung von Abgaben zur Deckung der Kosten für Abwasseranlagen ist auch im einschlägigen Bundesrecht und im kantonalen Recht geregelt. Sie genügen zwar den formellen Anforderungen an die gesetzliche Grundlage, sind jedoch in inhaltlicher Hinsicht zu wenig bestimmt.
Nach Art. 3a des Bundesgesetzes über den Schutz der Gewässer (Gewässerschutzgesetz, SR 814.20, abgekürzt: GSchG) trägt, wer Massnahmen nach diesem Gesetz verursacht, die Kosten dafür. Die Kantone sorgen nach Art. 60a Abs. 1 GSchG dafür, dass die Kosten für Bau, Betrieb, Unterhalt, Sanierung und Ersatz der Abwasseranlagen, die öffentlichen Zwecken dienen, mit Gebühren oder anderen Abgaben den Verursachern überbunden werden. Bei der Ausgestaltung der Abgaben werden insbesondere die Art und die Menge des erzeugten Abwassers (lit. a), die zur Substanzerhaltung der Anlagen erforderlichen Abschreibungen (lit. b), die Zinsen (lit. c), der geplante Investitionsbedarf für Unterhalt, Sanierung und Ersatz, für Anpassungen an gesetzliche Anforderungen sowie für betriebliche Optimierungen (lit. d) berücksichtigt. Soweit das Bundesrecht die formellen Anforderungen an die gesetzliche Grundlage für die Erhebung von Beiträgen erfüllt, enthält es damit keine Bestimmungen, mit deren Anwendung die Höhe der Abgabe im Einzelfall bestimmbar wäre.
Nach kantonalem Recht regelt gemäss Art. 14 lit. c GSchVG die politische Gemeinde durch Reglement die Deckung der Erstellungs- und Betriebskosten der öffentlichen Kanalisationen und zentralen Abwasserreinigungsanlagen. Sie kann entsprechend Art. 20 Abs. 1 GSchVG Beiträge von den Grundeigentümern des Einzugsgebiets erheben. Als Kriterien für die Beitragsbemessung nennt Art. 21 Abs. 1 GSchVG Fläche oder Wert des im Einzugsgebiet gelegenen Bodens (lit. a), Wert der im Einzugsgebiet gelegenen Bauten und Anlagen (lit. b) und besondere Vorteile für den Grundeigentümer (lit. c), wobei die Bemessungsgrundlagen miteinander verbunden werden können (Art. 21 Abs. 2 GSchVG) und die Höhe der Beiträge für Bauten und Anlagen mit ausserordentlich grossem oder kleinem Abwasseranfall oder frachtmässiger Belastung besonders geregelt werden kann (Art. 21 Abs. 3 GSchVG). Im Zusammenhang mit der Erschliessung von Bauland schreibt Art. 51 Abs. 1 des Gesetzes über die Raumplanung und das öffentliche Baurecht (Baugesetz, sGS 731.1, abgekürzt: BauG) den Gemeinden vor, vom Grundeigentümer im Rahmen des ihm zukommenden Sondervorteils Beiträge an die Erschliessung zu erheben. Beitragspflicht, Bemessung und Verteilung der Beiträge sowie das Verfahren der Einschätzung und der Erhebung sind nach Art. 51 Abs. 3 BauG in Reglementen, Überbauungs- oder Gestaltungsplänen zu regeln. Die kantonalen Vorgaben umschreiben die kommunalen Abgaben nicht in abschliessender Weise. Den Gemeinden wird beispielsweise freigestellt, nach welchen Bemessungsgrundlagen sie die Abgaben erheben wollen. Im Baugesetz wird einzig das Prinzip des Sondervorteils verankert. In welchem Zeitpunkt die Abgabe geschuldet ist und nach welchen Regeln das Ausmass des Sondervorteils bestimmt wird, wird nicht geregelt. Ausserdem begrenzen weder das Kostendeckungs- noch das Äquivalenzprinzip die Höhe des umstrittenen Anschlussbeitrags in wirksamer Weise (vgl. Urteil des Bundesgerichts 2C_150/2007 vom 9. August 2007, E. 4). Auch die kantonalen gesetzlichen Vorgaben enthalten damit keine Regeln, aus denen sich die Höhe des Beitrags im Einzelfall errechnen liesse.
c) Fehlt es sowohl auf kommunaler als auch auf kantonaler und Bundesebene an einer ausreichenden gesetzlichen Grundlage für die Veranlagung des Beitrages, ist die angefochtene Verfügung der Vorinstanz vom 27. August 2008 aufzuheben.