Aus den Erwägungen:
A.- Die Unterhaltsgenossenschaft der Melioration Jonschwil ist Eigentümerin der Grundstücke Nr. 1876, Süsack, und Nr. 2156, Bisacht, beide Bichwil, in der politischen Gemeinde Oberuzwil. Bei beiden Grundstücken handelt es sich um als übriges Gemeindegebiet ausparzellierte Strassengrundstücke, die im Wald (Nr. 1876) bzw. im Landwirtschaftsgebiet (Nr. 2156) liegen. Mit Rechnung Nr. 400.1188/2007 vom 10. April 2007 erhob die Abteilung "Liegenschaftsabgaben" der Gemeinde Oberuzwil für die beiden Grundstücke Abwassergrundgebühren von Fr. 237.15 und von Fr. 168.85 (1'215 m2 und 865 m2 jeweils à 2.44 à Fr. -.08) inklusive 7,6 % Mehrwertsteuer. Gegen diese Rechnung erhob die Unterhaltsgenossenschaft der Melioration Jonschwil mit Eingabe vom 20. April 2007 Rekurs beim Gemeinderat Oberuzwil mit dem Rechtsbegehren, die Rechnung sei zu erlassen, da es sich um Strassengrundstücke handle, die weder einer ARA angeschlossen seien noch in deren Bereich lägen. Der Gemeinderat Oberuzwil wies den Rekurs mit Beschluss vom 8. Mai 2007 (Versand: 9. Mai 2007) im Wesentlichen mit der Begründung, die Grundgebühr stehe nicht mit dem Verbraucherverhalten in Verbindung, ab und verzichtete auf die Erhebung einer Entscheidgebühr.
B.- Gegen diesen Beschluss erhob die Unterhaltsgenossenschaft Melioration Jonschwil mit Eingabe vom 21. Mai 2007 Rekurs bei der Verwaltungsrekurskommission mit dem Antrag, auf die Erhebung des ARA-Beitrages für die beiden Strassenparzellen Nrn. 1876 und 2156 sei zu verzichten. - Auf die Ausführungen zur Begründung des Antrags wird, soweit notwendig, in den Erwägungen eingegangen.
Mit Eingabe vom 25. Juni 2007 beantragte die Vorinstanz unter Verweis auf die Erwägungen des angefochtenen Entscheides die Abweisung des Rekurses. Die Verwaltungsrekurskommission zog den Gebührentarif Abwasser vom 19. September 2006 bei.
Erwägungen:
2.- Die Eintretensvoraussetzungen sind von Amtes wegen zu prüfen. Die Verwaltungsrekurskommission ist zum Sachentscheid zuständig. Die Befugnis zur Rekurserhebung ist gegeben. Der Rekurs vom 21. Mai 2007 (Postaufgabe: 22.05.07) ist rechtzeitig eingereicht worden. Er erfüllt in formeller und inhaltlicher Hinsicht die gesetzlichen Anforderungen (Art. 41 lit. h Ziff. 5, 45, 47 und 48 des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege, sGS 951.1, abgekürzt: VRP). Auf den Rekurs ist einzutreten.
3.- Im Rekurs ist umstritten, ob bei den Grundstücken Nrn. 1876 und 2156 der Rekurrentin die Voraussetzungen für die Erhebung einer Abwassergrundgebühr erfüllt sind.
a) Die Vorinstanz hat den angefochtenen Beschluss damit begründet, mit dem im Jahr 2003 verabschiedeten Abwasserreglement sei die vom Kanton geforderte Grundgebühr eingeführt worden, welche die Fixkosten im Abwasserwesen mitfinanziere. Diese stehe nicht mit dem Verbraucherverhalten in Verbindung. In der Tarifstruktur sei wie bisher auch eine Mengengebühr vorhanden, welche direkt im Zusammenhang mit dem Frischwasserverbrauch stehe. Gemäss Art. 27 lit. d Abs. 3 des Abwasserreglements sei bei Strassengrundstücken ausserhalb der Bauzone die ganze Fläche beitragspflichtig. Darin eingeschlossen seien die Kosten für die Beseitigung von nicht verschmutztem Abwasser.
Dagegen wird im Rekurs vorgebracht, auf den Strassengrundstücken anfallendes Oberflächenwasser könne versickern oder werde bei sehr starkem Regen über den vorhandenen Bach, der ohne öffentliche Mittel durch die Rekurrentin unterhalten werde, weggeführt. Das kantonale Recht legitimiere die Gemeinden zur Erhebung einer Grundgebühr, sage jedoch direkt nichts über den Kreis der Personen aus, von denen sie eingefordert werden dürften. Die Erhebung von Gebühren zur Deckung von Fixkosten wie denen eines Klärbeckens sollte daher nicht in Relation dazu stehen, wie viel Abwasser generiert werde oder ob überhaupt welches generiert werde, sondern davon, ob potenziell Abwasser eingeleitet werden könnte. Aus einer ökonomischen Sicht könnte man sagen, dass die Grundgebühr einer Gebühr für die reelle Inanspruchnahme der Infrastruktur oder einer zu zahlenden Prämie für eine Realoption gleichkomme. Der Kreis der abgabepflichtigen Personen beschränke sich auf diejenigen, welche Abwasser generierten und diejenigen, welche die Option dazu hätten. Beispielsweise hätten Grundeigentümer von Waldgrundstücken mangels potenzieller Überbauung und Anschlusses an die ARA keine Grundgebühren zu entrichten. Auch bei Parzellen der Landwirtschaftszone werde dieser teleologischen Sichtweise gefolgt. Gleiches gelte für die lediglich vier Meter breiten Parzellen der Rekurrentin, bei denen die Wahrscheinlichkeit der Überbauung minimal sei. Das Gebot der Rechtsgleichheit verlange nach derselben Lösung. Gemäss Nachfragen werde für die - nicht ausgemarchten - Erschliessungsstrassen im Staatswald und die teilweise mit Hartbelägen versehenen privaten Hofzufahrten, die regelmässig von Motorfahrzeugen benutzt würden, keine Grundgebühr erhoben.
b) aa) Öffentliche Abgaben bedürfen einer gesetzlichen Grundlage. Der Gesetzgeber hat Subjekt, Objekt und Bemessungsgrundlage der Abgabe in einem formellen Gesetz zu verankern. Kommunale Erlasse sind einem formellen Gesetz gleichgestellt, wenn sie von der nach dem kantonalen Recht ermächtigten Gemeindelegislative beschlossen wurden oder wenn der Erlass der Gemeindeexekutive dem obligatorischen oder fakultativen Referendum unterstand. Eine Blankodelegation an die Gemeindeexekutive zur Festsetzung von öffentlichen Abgaben vermag dem Erfordernis der gesetzlichen Grundlage nicht zu genügen. Weder das Kostendeckungs- noch das Äquivalenzprinzip vermögen eine wirksame Begrenzung der Gebühren und Beiträge sicherzustellen, wo es um die Finanzierung von kommunalen Ver- und Entsorgungsanlagen mit offenem Benützerkreis und nicht klar abgrenzbaren Kosten geht (vgl. BGE 120 Ia 265 und GVP 1995 Nr. 17).
Sowohl das Bundesrecht als auch das kantonale Recht enthalten Regelungen zum Gewässerschutz und dessen Finanzierung.
Verschmutztes Abwasser muss behandelt werden. Man darf es nur mit Bewilligung der kantonalen Behörde in ein Gewässer einleiten oder versickern lassen (Art. 7 Abs. 1 des Bundesgesetzes über den Schutz der Gewässer; SR 814.20, abgekürzt: GSchG). Nicht verschmutztes Abwasser ist nach den Anordnungen der kantonalen Behörde versickern zu lassen. Erlauben die örtlichen Verhältnisse dies nicht, so kann es mit Bewilligung der kantonalen Behörde in ein oberirdisches Gewässer eingeleitet werden (Art. 7 Abs. 2 GSchG). Gemäss Art. 11 GSchG muss das verschmutzte Abwasser im Bereich öffentlicher Kanalisationen in die Kanalisation eingeleitet werden (Abs. 1). Der Bereich öffentlicher Kanalisationen umfasst nach Art. 11 Abs. 2 GSchG die Bauzonen (lit. a), weitere Gebiete, sobald für sie eine Kanalisation erstellt worden ist (lit. b), sowie Gebiete, in welchen der Anschluss an die Kanalisation zweckmässig und zumutbar ist (lit. c). Art. 45 GSchG bestimmt, dass die Kantone das Gesetz vollziehen und die erforderlichen Vorschriften erlassen, soweit nicht besondere Vollzugskompetenzen des Bundes betroffen sind. Über die Art und Weise der Finanzierung enthielt das eidgenössische Gewässerschutzgesetz beim Erlass am 24. Januar 1991 keine besonderen Vorschriften. Am 1. November 1997 trat jedoch Art. 60a GSchG in Kraft, der das Verursacherprinzip bei der Abgabenerhebung verankert. Im Übrigen wird die Abgabenerhebung ausschliesslich durch kantonales und kommunales Recht geregelt (vgl. BGE 112 Ib 235 ff.).
Das Vollzugsgesetz zur eidgenössischen Gewässerschutzgesetzgebung (sGS 752.2, abgekürzt: GSchVG) schreibt den politischen Gemeinden vor, für Erstellung und Betrieb öffentlicher Abwasseranlagen entsprechend den Vorgaben des Gesetzes Abgaben zu erheben, welche die nach Abzug von Abgeltungen von Bund und Kanton verbleibenden Kosten decken (Art. 15 Abs. 1 und 2 GSchVG). Art. 16 bis 19 GSchVG regeln die Gebühren, während in Art. 20 und 21 GSchVG die Beiträge verankert sind. Gemäss Art. 16 GSchVG erhebt die politische Gemeinde vom Verursacher oder vom Grundeigentümer Gebühren, die der Belastung der Abwasseranlagen durch den Verursacher entsprechen. Art. 17 ff. GSchVG treffen Regelungen zur Grundgebühr (Art. 17), zur Gebühr für verschmutztes (Art. 18) sowie zur Gebühr für nicht verschmutztes Abwasser (Art. 19), wobei die Kosten für die Beseitigung von nicht verschmutztem Abwasser in die Grundgebühr eingeschlossen werden können (Art. 17 Abs. 2).
Eine Grundgebühr kann insbesondere zur Deckung der Kosten erhoben werden, die unabhängig von der Belastung der Abwasseranlagen anfallen (Art. 17 Abs. 1 GSchVG). Werden die Kosten für die Beseitigung des nicht verschmutzten Abwassers in die Grundgebühr eingeschlossen (vgl. Art. 17 Abs. 2 GSchVG), kommen in Anlehnung an die für die Bemessung von Benützungsgebühren für nicht verschmutztes Abwasser geltenden Kriterien (vgl. Art. 19 GSchVG) etwa die zonengewichtete Grundstücksfläche, die Gebäudegrundfläche oder die befestigte Fläche eines Grundstücks als Bemessungsgrundlagen in Frage (vgl. Bemerkungen zum Muster-Abwasserreglement in der Fassung vom 1. Januar 2003, S. 10/11).
c) Gemäss Art. 22 Abs. 1 des Abwasserreglements der politischen Gemeinde Oberuzwil vom 26. Mai 2003 werden die Kosten für Erstellung und Betrieb der öffentlichen Abwasseranlagen durch jährlich wiederkehrende Gebühren der Verursacher für die Behandlung und Beseitigung des Abwassers (lit. a), Beiträge der Grundeigentümer im Einzugsgebiet (lit. b), Abgeltungen aus öffentlichen Haushalten für Meteorwasser bei Staats- und Gemeindestrassen (Anteil Strassenentwässerung; lit. c) und Abgeltungen von Bund und Kanton (lit. d) gedeckt. Als wiederkehrende Gebühren werden eine Grundgebühr (Art. 24 ff.) und eine Schmutzwassergebühr (Art. 28 ff.) erhoben.
Für jedes Grundstück, für welches die Anschlusspflicht an die öffentliche Kanalisation besteht, ist gemäss Art. 24 des Abwasserreglements jährlich eine Grundgebühr, in welcher die Kosten für die Beseitigung von nicht verschmutztem Abwasser eingeschlossen sind, zu entrichten. Sie bemisst sich nach der zonengewichteten Grundstücksfläche gemäss Grundbuch, unabhängig vom Stand der Überbauung, wobei die Zonengewichtung für Strassen und Wege des übrigen Gemeindegebietes 2,44 beträgt (Art. 25). Die Grundgebühr wird nicht reduziert. Alleiniges Bemessungskriterium ist die Grundstücksfläche, unabhängig von deren Nutzung (z.B. Anteil Strassenfläche in der Bauzone) oder der Art der Ableitung des Meteorwassers (z.B. Versickerungsbauwerk, Retentionsanlage usw.). Die Nutzung einer eigenen Wassergewinnung (Regenwassernutzung, eigene Quelle) hat keine Reduktion der Grundgebühr zur Folge. Gemäss Art. 27 des Abwasserreglements wird für Grundstücke ohne Kanalisationsanschluss ausserhalb der Bauzone keine Gebühr erhoben (Abs. 1). Bei Strassengrundstücken ausserhalb der Bauzone ist die ganze Fläche beitragspflichtig. Darin eingeschlossen sind die Kosten für die Beseitigung von nicht verschmutztem Abwasser (Abs. 3). Gemäss Ziff. I des Gebührentarifs Abwasser beträgt die Grundgebühr Fr. -.08 je m2 der gewichteten Grundstücksfläche.
d) aa) Zwischen den Verfahrensbeteiligten ist zu Recht unumstritten, dass die Bestimmungen betreffend die Grundgebühr des vom Gemeinderat am 26. Mai 2003 beschlossenen, vom 6. Juni bis 4. Juli 2003 dem fakultativen Referendum unterstellten, am 6. August 2003 vom Baudepartement des Kantons St. Gallen genehmigten und mit Beschluss der Vorinstanz vom 2. September 2003 auf den 1. Oktober 2003 in Kraft gesetzten Abwasserreglements zusammen mit Ziff. I des vom Gemeinderat am 19. September 2006 erlassenen und ab dem 1. Oktober 2006 bis auf weiteres anwendbaren Gebührentarifs zum Abwasserreglement die formellen Voraussetzungen für die Erhebung der Grundgebühr für das Grundstück des Rekurrenten grundsätzlich erfüllen (vgl. dazu GVP 2001 Nr. 13 mit Hinweisen auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung).
In tatsächlicher Hinsicht ist davon auszugehen, dass es sich bei den Grundstücken Nrn. 1876 und 2156 um Gemeindestrassen 3. Klasse handelt, die ausserhalb der Bauzone liegen und nicht über die öffentliche Kanalisation entwässert werden und für die auch keine Anschlusspflicht gemäss Art. 24 des Abwasserreglements besteht. Bezüglich der Anschlusspflicht verweist Art. 24 auf Art. 11 Abs. 2 des Eidgenössischen Gewässerschutzgesetzes (SR 814.20, abgekürzt: GSchG). Danach sind Bauzonen (lit. a) und weitere Gebiete, sobald für sie eine Kanalisation erstellt worden ist (lit. b) oder in welchen der Anschluss an die Kanalisation zweckmässig und zumutbar ist (lit. c) anschlusspflichtig. Damit fallen die Grundstücke der Rekurrentin offensichtlich nicht in den Anwendungsbereich von Art. 25 des Abwasserreglementes. Damit im Einklang steht auch Art. 27 des Abwasserreglements, welcher die Erhebung der Grundgebühr auf Grundstücken ausserhalb der Bauzone regelt. Für Grundstücke ohne Kanalisationsanschluss ausserhalb der Bauzone wird keine Gebühr erhoben (Abs. 1). Für Grundstücke mit Kanalisationsanschluss ausserhalb der Bauzone wird eine Hoffläche von maximal 800 m2 beitragspflichtig (Abs. 2); bei Strassengrundstücken ausserhalb der Bauzone ist die ganze Fläche beitragspflichtig (Abs. 3). Art 27 des Abwasserreglements unterscheidet dementsprechend zunächst zwischen Grundstücken ohne und mit Kanalisationsanschluss und anschliessend bei den Grundstücken mit Kanalisationsanschluss zwischen Strassengrundstücken und den übrigen Grundstücken. Die systematische Auslegung von Art. 27 des Abwasserreglement führt deshalb zum Schluss, dass auf Strassengrundstücken ausserhalb der Bauzone, welche nicht an die Kanalisation angeschlossen sind, keine Grundgebühr erhoben werden darf.
Die vom Abwasserreglement getroffene Lösung entspricht im Übrigen auch dem übergeordneten, in Art. 3a und 60a GSchG verankerten Verursacherprinzip. Art. 60a GSchG enthält in dem Sinn ein Lenkungselement, als er vorschreibt, dass bei der Bemessung der periodischen Abwasserabgaben Parameter zu berücksichtigen sind, welche einen Bezug zur tatsächlichen Benützung der Abwasseranlagen haben, selbst wenn auf gewisse Installationen entfallende Kosten unabhängig von der Menge des tatsächlich verbrauchten Wassers zu sein scheinen (vgl. BGE 128 I 46 E. 5). (Periodische) Benützungsgebühren, um welche es vorliegend geht, dürfen im Grundsatz nur nach Massgabe der tatsächlichen Benützung der betreffenden Einrichtung erhoben werden. Unter gewissen Voraussetzungen kann aber auch schon die Bereithaltung einer Einrichtung zur jederzeitigen Benützung die Erhebung einer entsprechenden Abgabe rechtfertigen. Da die Infrastruktur für die Abfall- und Abwasserentsorgung unabhängig von der tatsächlichen Inanspruchnahme durch die einzelnen Liegenschaften aufrechterhalten werden muss, ist es nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung zulässig, den Benützern einen Teil der damit verbundenen Aufwendungen durch eine mengenunabhängige Grundgebühr (sog. Bereitstellungsgebühr) zu überbinden (vgl. BGE vom 8. Mai 2006, 2P.223/2005). Auch die mengenunabhängige Grundgebühr bedarf im Sinn einer Bemessungsgrundlage eines Anknüpfungspunktes. Die Bemessungsgrundlage kann je nach Ausgestaltung des Gebührensystems, der vorhandenen Infrastruktur und der wirtschaftlichen Ausrichtung einer Gemeinde unterschiedlich gewählt und zusammengesetzt werden. Wird neben der Schmutzwasser- und der Grundgebühr eine Entwässerungsgebühr erhoben, so kommen als Bemessungskriterien für die Grundgebühr beispielsweise die Grundstücksfläche, die Baufläche, die bebaute und befestigte Fläche, die Bruttogeschossfläche, das Gebäudevolumen, der Gebäudeversicherungswert, der Steuerwert der Liegenschaft oder auch der Einwohnergleichwert in Betracht (vgl. Kanton St. Gallen, Bemerkungen zum Muster-Abwasserreglement, Fassung vom 1. Januar 2003, S. 10). Art. 60a GSchG wird dementsprechend durch die Festsetzung kantonaler periodischer Abwassergebühren verletzt, die keinen Bezug zur tatsächlichen Benützung der Abwasseranlagen haben (vgl. BGE 128 I 46 E. 5c). Dies gilt umso mehr, als mit der umstrittenen Grundgebühr auch die Kosten für die Beseitigung von nicht verschmutztem Abwasser gedeckt werden (Art. 24 Satz 2 des Abwasserreglements). Mangels Anschlusses der Grundstücke der Rekurrentin an die öffentliche Kanalisation besteht vorliegend weder eine tatsächliche Nutzung noch selbst die Möglichkeit dazu.
Die bundesrechtlichen Vorgaben werden im vorliegenden Fall mit der korrekten Anwendung der Bestimmungen des Abwasserreglements der politischen Gemeinde Oberuzwil betreffend die Erhebung einer mengenunabhängigen Grundgebühr gewahrt. In diesem Zusammenhang ist anzumerken, dass auch Art. 17 Abs. 1 GSchVG, wonach eine Grundgebühr insbesondere zur Deckung der Kosten erhoben werden, die unabhängig von der Belastung der Abwasseranlagen anfallen, hinsichtlich des Kreises der Abgabepflichtigen bundesrechtskonform und damit dessen Wortlaut einschränkend auszulegen ist. Mit anderen Worten kann Art. 17 Abs. 1 GSchVG nicht herangezogen werden, um eine Grundgebühr losgelöst von der tatsächlichen oder möglichen Nutzung der Abwasseranlagen zu erheben.
e) Zusammenfassend ist festzustellen, dass die Erhebung einer Abwassergrundgebühr bei der Rekurrentin für deren ausserhalb der Bauzone gelegene, nicht an die öffentliche Kanalisation angeschlossene Strassengrundstücke weder den einschlägigen Bestimmungen des Abwasserreglements noch im Ergebnis dem übergeordneten Verursacherprinzip entspricht.
4.- Dementsprechend ist der Rekurs gutzuheissen, und der angefochtene Entscheid der Vorinstanz vom 8. Mai 2007 und die ihm zugrunde liegende Rechnung Nr. 400.1188/2007 vom 10. April 2007 sind aufzuheben.
5.- Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die amtlichen Kosten von der politischen Gemeinde Oberuzwil aufzuerlegen (Art. 95 Abs. 1 VRP). Eine Entscheidgebühr von Fr. 600.-- ist angemessen (vgl. Ziff. 362 Gerichtskostentarif, sGS 941.12). Auf die Erhebung der Kosten ist nicht zu verzichten, da das Gemeinwesen überwiegend finanzielle Interessen verfolgt (Art. 95 Abs. 3 VRP; ABl 1998 S. 1315). Die Finanzverwaltung ist anzuweisen, der Rekurrentin den geleisteten Kostenvorschuss von Fr. 400.-- zurückzuerstatten.