Präsident Thomas Vögeli, Richter Fritz Buchschacher und Markus Frei, Gerichtsschreiber Philipp Lenz
X AG, Beschwerdeführerin,
vertreten durch Z AG
gegen
Kantonales Steueramt, Davidstrasse 41, 9001 St. Gallen, Vorinstanz,
und
Eidgenössische Steuerverwaltung, Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Abteilung Recht, Eigerstrasse 65, 3003 Bern, Beschwerdebeteiligte
betreffend
Direkte Bundessteuer aufgrund der Rechnungsabschlüsse per 31. Dezember 2009, 31. Dezember 2010 und 31. Dezember 2011
Sachverhalt:
A.- Die X AG mit Sitz in S. wurde am 8. Juli 1961 ins Handelsregister eingetragen. Das Aktienkapital in der Höhe von Fr. 70'000.– wird im vollen Umfang von der Z AG, gehalten. Beide Gesellschaften bezwecken im Wesentlichen den Erwerb, die Verwaltung und die Veräusserung von Immobilien ausschliesslich in der Schweiz. Die an der Berner Börse kotierte Z AG ist an weiteren Firmen beteiligt, unter anderem an der B AG und der C AG (bis 22. Juli 2011: C Management AG). Im Jahre 2009 belastete die C Management AG 50 Prozent ihrer Kosten den übrigen Konzerngesellschaften, davon Fr. 48'186.79 der X AG. Letztere gewährte verschiedenen Gruppenunternehmen Kredite; unter anderem auch der Z AG. Diese Darlehensschuld wurde in den Jahren 2009, 2010 und 2011 mit Fr. 3'097'107.05, Fr. 3'424'137.30 bzw. Fr. 3'664'892.15 in den Büchern der X AG geführt.
Auf Anfrage der Veranlagungsbehörde äusserte sich die X AG zu den ihr von der C Management AG belasteten Kosten in der Höhe von Fr. 48'186.79 und dem Darlehen an die Z AG. Sie führte aus, für das Darlehen seien der Muttergesellschaft in Übereinstimmung mit den einschlägigen Rundschreiben der Eidgenössischen Steuerverwaltung die effektiven Hypothekarzinse zuzüglich eines Zuschlages von 0.5 % verrechnet worden. Im Jahre 2009 habe die C AG den Aufwand der gesamten Gruppe getragen. Diese Gesellschaft habe das Personal, die Büros usw. für die anderen Gruppen-Gesellschaften zur Verfügung gestellt. Die Firmengruppe habe sich erst im Aufbau befunden, und aufgrund des Börsengangs sei der Verwaltungsaufwand hoch ausgefallen. Weiterer Aufwand sei durch einen Rechtsstreit im Zusammenhang mit der Beteiligung an einer weiteren Tochtergesellschaft (G AG) entstanden. Aufgrund dieser Umstände sei entschieden worden, den übrigen Gesellschaften lediglich 50 Prozent des Gesamtaufwandes der C AG zu belasten. Die andere Hälfte der Kosten sei im Verhältnis des Umsatzes auf die weiteren Gruppengesellschaften verteilt worden. Die Kosten des Rechtsstreites seien folglich von der C AG getragen worden. Zudem habe die Zürcher Steuerbehörde im Rahmen einer Steuerrevision bei der Z AG die Meinung vertreten, den Tochtergesellschaften seien zu tiefe Kosten verrechnet worden.
Mit Schreiben vom 27. Mai 2013 stellte die Veranlagungsbehörde der X AG die Berechnungen für die Steuerveranlagungen der Rechnungsabschlüsse per 31. Dezember 2009, 2010 und 2011 zu. Sie führte dazu unter anderem aus, die der Z AG gewährten Kredite (Darlehen und Kontokorrentkredit) seien teilweise mit Fremdkapital finanziert (Aufstockung der Hypotheken) und zu tief verzinst worden. In derartigen Fällen habe die Verzinsung zu Selbstkosten plus eines Zuschlages von 0.5 Prozent zu erfolgen. Die Differenz zu den tieferen effektiv verbuchten Zinserträgen stelle eine verdeckte Gewinnausschüttung dar, welche in den Jahren 2009 bis 2011 mit Fr. 26'324.–, Fr. 12'161.– und Fr. 4'783.– zu berücksichtigen sei. Im Weiteren sei es grundsätzlich möglich, den gesamten Aufwand einer Gruppe in einer Management-Gesellschaft zu verbuchen. Die Verrechnung der Management-Fee müsse jedoch nachvollziehbar sein und direkt mit der Geschäftstätigkeit der betreffenden Gesellschaft zusammenhängen. Dies sei bei den im Jahre 2009 im Zusammenhang mit der Börsenregistrierung der Z AG angefallenen und bei der X AG verbuchten Kosten nicht nachgewiesen. Sie seien deshalb in der Höhe von Fr. 48'187.– aufzurechnen. Unter Berücksichtigung weiterer Korrekturen wurde die X AG für die Geschäftsjahre 2009, 2010 und 2011 mit steuerbaren Reingewinnen von Fr. 416'100.–, Fr. 410'700.– und Fr. 366'700.– veranlagt. Die dagegen erhobene Einsprache hiess das Kantonale Steueramt mit Einspracheentscheid vom 9. Juli 2013 teilweise gut. Es befand, im Jahre 2010 sei eine zusätzliche Zinsabgrenzung in der Höhe von Fr. 10'000.– zu berücksichtigen und korrigierte den steuerbaren Reingewinn für das Jahr 2010 auf Fr. 400'700.–. Die veranlagten Gewinne der beiden anderen Jahre blieben unverändert.
B.- Gegen den Einsprache-Entscheid vom 9. Juli 2013 erhob die X AG durch Eingabe der Z AG vom 8. August 2013 (Poststempel: 9. August 2013) Beschwerde bei der Verwaltungsrekurskommission. Sie beantragte, auf die Aufrechnung der Mindestverzinsung für Vorschüsse an Beteiligte (2009 bis 2011) und des als verdeckte Gewinnausschüttung erfassten Aufwandes (2009) sei zu verzichten.
Mit Stellungnahme vom 16. September 2013 beantragte die Vorinstanz die kostenfällige Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtete stillschweigend auf eine Vernehmlassung.
Auf die weiteren Ausführungen der Beschwerdebeteiligten wird, soweit wesentlich, in den nachstehenden Erwägungen eingegangen.
Erwägungen:
1.- Die Eintretensvoraussetzungen sind von Amtes wegen zu prüfen. Die Verwaltungsrekurskommission ist zum Sachentscheid zuständig. Die Befugnis zur Rechtsmittelerhebung ist gegeben. Die Beschwerde vom 8. August 2013 ist rechtzeitig eingereicht worden. Sie erfüllt in formeller und inhaltlicher Hinsicht die gesetzlichen Anforderungen (Art. 140 Abs. 2 des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer, SR 642.11, abgekürzt: DBG; Art. 7 der Verordnung zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, sGS 815.1). Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2.- Zu prüfen ist, ob mit der – nach Ansicht der Vorinstanz zu tiefen – Verzinsung des Darlehens an die Z AG eine Vorteilungszuwendung zu Gunsten der empfangenden Gesellschaft bzw. eine verdeckte Gewinnausschüttung verbunden ist (hinten E. 2b). Weiter ist streitig, ob die Vorinstanz den mit Fr. 48'186.79 in der Jahresrechnung 2009 erfassten "Aufwand für Drittleistungen" zu Recht als verdeckte Gewinnausschüttung dem steuerbaren Reingewinn des Jahres 2009 zurechnete (hinten E. 2c).
a) Gemäss Art. 58 Abs. 1 lit. b al. 5 DBG sind offene und verdeckte Gewinnausschüttungen und geschäftsmässig nicht begründete Zuwendungen an Dritte dem steuerbaren Reingewinn zuzurechnen. Besteht die verdeckte Gewinnausschüttung in einem unverzinslichen oder niedrig verzinslichen Darlehen an den Aktionär, stellt der Verzicht der Verzinsung bei der Aktiengesellschaft steuerbaren Ertrag dar. Solche geldwerten Leistungen unterliegen gemäss Art. 4 Abs. 1 lit. b des Bundesgesetzes über die Verrechnungssteuer (SR 642.21, abgekürzt: VStG) und Art. 20 Abs. 1 der Verordnung über die Verrechnungssteuer (SR 642.211, abgekürzt: VStV) der Verrechnungssteuer. Für die Bemessung derselben stellt die Eidgenössische Steuerverwaltung auf die von ihr in jährlich publizierten Rundschreiben festgesetzten Zinssätze ab (vgl. Eidgenössische Steuerverwaltung, Kreisschreiben Nr. 3, Zinssätze für die Berechnung geldwerter Leistungen, 27. Januar 2003, und dazugehörende Rundschreiben vom 3. Februar 2009, 28. Januar 2010 und 3. Februar 2011, unter: www.estv.admin.ch). In der Veranlagungspraxis wird auf diese Rundschreiben abgestellt (Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, N 124 zu Art. 58 DBG).
Wenn eine Gesellschaft Vorteile an natürliche oder juristische Personen zuwendet, die dem Beteiligungsinhaber nahe stehen, stellt sich das Problem der sog. "Dreieckstherorie", die auch bei Vorteilszuwendungen zwischen Schwestergesellschaften Anwendung findet. Danach wird die geldwerte Leistung steuerlich einerseits als Ausschüttung an den Aktionär und andererseits als verdeckte Kapitaleinlage bei der begünstigten Gesellschaft behandelt (Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, a.a.O., N 146 ff. zu Art. 20 DBG). Auf die Aufrechnung beim Beteiligungsinhaber wird im Sinne der "modifizierten Dreieckstheorie" nur dann verzichtet, wenn sowohl die Beteiligungsrechte an der leistenden als auch diejenigen an der begünstigten Gesellschaft Geschäftsvermögen beim Inhaber der Beteiligungsrechte bilden, die geldwerte Leistung keinen Abschreibungsbedarf verursacht und auch tatsächlich keine Abschreibung der Beteiligung an der leistenden Gesellschaft vorgenommen worden ist. Zudem dürfen die Beteiligungsrechte an der begünstigten Gesellschaft während fünf Jahren nicht veräussert werden, und die Transaktion muss vorgängig von der Steuerbehörde bewilligt werden (Richner/Frei/Kaufmann/ Meuter, a.a.O., N 142 zu Art. 58 DBG).
b) Die Vorinstanz erwog im Einsprache-Entscheid, die Eidgenössische Steuerverwaltung habe die Zinssätze für die Berechnung von geldwerten Leistungen in dem Kreisschreiben Nr. 3 vom 27. Januar 2003 geregelt und den Mindestzinssatz für das Kalenderjahr 2009 auf 2.5 % und für die beiden Folgejahre auf 2.25 % festgelegt. Das Darlehen an die Z AG sei deutlich unter diesen Mindestsätzen vergeben worden. Eine Gruppenbetrachtung, bei der die höher verzinsten Darlehen an die anderen Gruppen-Gesellschaften berücksichtigt würden – wie von der Beschwerdeführerin verlangt –, sei im schweizerischen Steuerrecht nicht vorgesehen. Es liege eine Aktionärsbegünstigung vor, so dass die entsprechende Leistung eine verdeckte Gewinnausschüttung nach Art. 58 Abs. 1 lit. b al. 5 DBG darstelle. Deshalb seien in den Steuerperioden 2009 bis 2011 Fr. 26'324.–, Fr. 12'161.– und Fr. 4'783.– als verdeckte Gewinnausschüttungen aufzurechnen.
Die Beschwerdeführerin führt zur betriebswirtschaftlichen Sicht aus, sowohl sie als auch die Z AG hielten Immobilien, die von derselben Bank finanziert worden seien. Sie habe die Hypotheken auf den von ihr gehaltenen Immobilien erhöht. Dies habe es ermöglicht, der Z AG ein Darlehen für den Kauf einer grösseren Liegenschaft zur Verfügung zu stellen. Aufgrund des grösseren Gesamtvolumens hätten beide Unternehmen von besseren Finanzierungskonditionen profitiert. Sie habe folglich auch Profit daraus gezogen. Das Darlehen an die Z AG habe aus einem fremdfinanzierten und einem aus eigenen Mitteln der X AG finanzierten Teil bestanden. Während die Zinsen des fremdfinanzierten Teils zu Selbstkosten zuzüglich eines Zuschlags von 0.5 % berechnet worden seien, habe sie die Zinsen für den aus eigenen Mitteln finanzierten Teil mit pauschal 3.5 % kalkuliert. Eine Gruppenbetrachtung sei nicht vorgenommen worden. In der Summe ergebe sich ein Mischsatz, der über der von der Beschwerdebeteiligten geforderten Mindestverzinsung liege.
Fest steht, dass die Z AG sämtliche Aktien der Beschwerdeführerin hält. Deshalb prüfte die Vorinstanz zu Recht, ob mit den Darlehen der Beschwerdeführerin an die Anteilseignerin Vorteilszuwendungen im Sinne der Dreieckstheorie verbunden waren. Das Kreditverhältnis stellte sich in den Jahren 2009, 2010 und 2011 wie folgt dar:Spalte 1 Spalte 2 Spalte 3 Spalte 4 Spalte 5 Spalte 6 Darlehen Verzinsung Jahr 1. Januar 31. Dezember Durchschnitt Jahreszins Ø-Verzinsung 2009 Fr. 2'744'281.10 Fr. 3'097'107.05 Fr. 3'097.107.05 Fr. 48'966.88 1.58% 2010 Fr. 3'097'107.05 Fr. 3'424'137.30 Fr. 3'424'137.30 Fr. 61'240.15 1.79% 2011 Fr. 3'424'137.30 Fr. 3'664'892.15 Fr. 3'664'892.15 Fr. 73'891.85 2.02%
Die Durchschnittsverzinsung lag demnach in allen drei Jahren unter den in den Rundschreiben "Berechnung der geldwerten Leistungen" der Eidgenössischen Steuerverwaltung vorgeschriebenen Mindestzinssätzen. Diese sahen für Vorschüsse an Beteiligte im Jahre 2009 2.5 % und in den Jahren 2010 und 2011 2.25 % vor, und zwar unabhängig davon, ob die Vorschüsse (teilweise) durch Fremdkapital finanziert wurden oder nicht. Weder die Rundschreiben noch das ihr zugrunde liegende Kreisschreiben der Eidgenössischen Steuerverwaltung haben jedoch Gesetzescharakter. Sie dienen vielmehr den kantonalen Steuerverwaltungen für die Einschätzung der direkten Bundessteuer. Es wäre deshalb zu prüfen, ob die von der Eidgenössischen Steuerverwaltung publizierten – und vom Bundesgericht grundsätzlich anerkannten (vgl. StR 2005 S. 963) – Zinssätze für langfristige Darlehen absolut gelten oder ein Drittvergleich des Steuerpflichtigen zuzulassen wäre (vgl. StR 2008 S. 266 ff.). Dies kann jedoch offen bleiben, da die Beschwerdeführerin keinen solchen anstellt. Sie bringt lediglich vor, der Zins auf dem Darlehen entspreche "ca. 3.5 % auf Darlehenspositionen" (act. 2/9) bzw. die Zinsen für den Teil (des Darlehens), der aus eigenen Mitteln finanziert worden sei, sei pauschal mit 3.5 % kalkuliert worden (act. 1 S. 2). Diese Berechnung, die nach Angaben der Beschwerdeführerin zu einem über den vorgegebenen Mindestzinssätzen liegenden Mischsatz von 3.5 % geführt haben soll, ist indes nicht nachvollziehbar. Die effektiv verbuchten Zinserträge fielen – wie vorne dargestellt – deutlich tiefer aus. Insbesondere wird auch nicht aufgezeigt, wie hoch der Anteil der eingesetzten eigenen Mittel effektiv war. Zudem ist es fraglich, ob in den drei Jahren überhaupt genügend eigene Mittel vorhanden waren, um das Darlehen zu finanzieren. Aus den Abschlussunterlagen geht hervor, dass die Beschwerdeführerin in den fraglichen Jahren in hohem Masse fremdfinanziert war. Zudem führte sie im Schreiben an die Vorinstanz vom 24. Mai 2013 aus, bei dem Grossteil der gegenseitigen Darlehen handle es sich um Hypotheken, die von ihr aufgenommen worden und zur Finanzierung einer Liegenschaft in der Z AG verwendet worden seien. Es handle sich also um aus Fremdkapital finanzierte Darlehen. Dabei seien jeweils die effektiven Hypothekarzinsen zuzüglich eines Zuschlages von 0.5 % (gemäss Rundschreiben) weiterbelastet worden (act. 2/6). Dies entspricht im Übrigen der Finanzierungsvereinbarung, die die Beschwerdeführerin mit der Z AG abschloss (act. 6-V/02). Damit wurde jedoch die vorgeschriebene Mindestverzinsung nicht erreicht. Die Vorinstanz stellte deshalb eigene Berechnungen an und legte dazu eine Zusammenstellung ins Recht, auf der die Zinsberechnungen für die Jahre 2009 bis 2011 in nachvollziehbarer Weise dargestellt sind (act. 6-IV/01). Daraus geht hervor, dass sich die Zinsbetreffnisse unter Anwendung der in den Rundschreiben aufgeführten Mindestzinssätze in den Jahren 2009, 2010 und 2011 auf Fr. 75'290.92, Fr. 73'401.04 und Fr. 78'674.62 beliefen. Die Aufrechnungen von Fr. 26'324.– (Jahr 2009), Fr. 12'161.– (Jahr 2010) und Fr. 4'783.– Jahr 2011) erfolgten deshalb zu Recht.
c) aa) In der Jahresrechnung 2009 der Beschwerdeführerin wurden unter dem Konto "Aufwand für Drittleistungen" (Kto.-Nr. 4400) Fr. 48'186.79 ausgewiesen (act. 6-I/03). Die Vorinstanz befand, diesem Betrag habe keine angemessene Leistung der C AG entgegengestanden. Sie erwog, die Beschwerdeführerin sei nicht an der Berner Börse (Berne eXchange) registriert worden und habe deshalb auch keine entsprechenden Registrierungskosten (Shareholder-Costs) zu tragen gehabt. Ebenso verhalte es sich mit den Kosten, die im Zusammenhang mit der Beteiligung der Z Immobilien AG an der Generalbau L AG angefallen seien. Es sei nicht erkennbar, inwiefern die Beschwerdeführerin in dieses Verfahren involviert gewesen sei. Die Ausführungen des kantonalen Steueramts Zürich bezüglich nicht weiterverrechneter Kosten entsprächen nicht den Tatsachen. Nach den ihr vorliegenden Unterlagen sei der Beschwerdeführerin im Geschäftsjahr 2009 von der Z AG ein "Kostenanteil Revision" in der Höhe von Fr. 10'000.– belastet worden. Sie habe zudem festgestellt, dass die Beschwerdeführerin in den zu beurteilenden Steuerperioden (2009 bis 2011) – abgesehen von den konzerninternen Darlehen – keine weitere Geschäftstätigkeit entfaltet habe. Die vier in ihren Büchern gehaltenen Liegenschaften seien durch Dritte verwaltet worden. Die Beschwerdeführerin sei deshalb aufgefordert worden, die Leistungen der C AG genauer zu umschreiben. Dies habe sie nicht getan. Der nicht nachgewiesene Aufwand in der Höhe von Fr. 48'186.79 sei deshalb als verdeckte Gewinnausschüttung aufzurechnen.
bb) Die Beschwerdeführerin hält dem in Ergänzung ihres Schreibens vom 24. Mai 2013 entgegen, dass nur die Aktien und Partizipationsscheine der Z AG an der Berner Börse gehandelt würden, sei logisch, da sie eine 100 %-ige Tochter dieser Gesellschaft sei. Gleichwohl flössen ihre Vermögenswerte in der Konzernbetrachtung – und somit in der Betrachtung der Aktionäre und der Partizipanten – in die Z AG ein und bildeten einen Bestandteil davon. Sie (die Beschwerdeführerin) sei Teil der Z-Gruppe. Aus Anlegersicht sei nicht die einzelne Gesellschaft relevant, sondern die als Konzern zusammengefasste Gruppe. Es liege in der Natur der Sache, dass die die ganze Gruppe betreffenden Arbeiten in einer Gruppengesellschaft erledigt würden. Die dabei anfallenden Kosten seien jedoch auf die einzelnen Gesellschaften zu verteilen. Es habe sich bei den im Jahre 2009 verrechneten Kosten nicht um "Shareholder-Costs" gehandelt, sondern um Kosten, die direkt durch die von den Tochtergesellschaften gehaltenen Aktiven verursacht worden seien. Die Kosten seien in Form des Jahresabschlusses der C AG, die damals ausschliesslich für die anderen Gruppenunternehmen tätig gewesen sei, vollständig nachgewiesen worden. Beim Rechtsstreit um die Generalbau L AG habe es sich nicht um einen isolierten Vorgang in einer anderen Tochtergesellschaft gehandelt; vielmehr habe er die ganze Gruppe betroffen. Die dadurch verursachten Kosten seien jedoch vollumfänglich der C AG belastet worden. Aus steuerlicher Sicht sei dieser Punkt damit irrelevant. Im Weiteren sei nicht nachvollziehbar, weshalb die Ausführungen eines anderen kantonalen Steueramts grundsätzlich als unwahr qualifiziert würden. Es sei korrekt, dass Kostenanteile für die Revision, Buchhaltung und Dienstleistungen verrechnet worden seien. Das Steueramt des Kantons Zürich sei jedoch der Meinung, der weiterverrechnete Betrag sei zu gering ausgefallen.
cc) Vorab ist festzustellen, dass juristische Personen als Gebilde mit eigener zivilrechtlicher Persönlichkeit auch steuerrechtlich als eigenständige Steuersubjekte behandelt werden. Da das schweizerische Recht jede Gesellschaft als rechtlich selbständiges Gebilde betrachtet, besteht auch hinsichtlich der Besteuerung kein Konzernrecht (Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, a.a.O., N 1 f. zu Art. 49 DBG). Demnach kommt vorliegend aus steuerrechtlicher Sicht eine Konzernbetrachtung nicht in Frage, und der steuerbare Reingewinn ist für jede Gesellschaft separat zu ermitteln. Dabei sind Rechtsgeschäfte zwischen Konzerngesellschaften zu den gleichen Bedingungen abzuwickeln, wie sie auch mit aussenstehenden Dritten vereinbart würden (Prinzip des dealing at arm's length). Insbesondere ist es der Konzernleitung nicht erlaubt, die von den verschiedenen Gesellschaften erzielten Gewinne (vielfach über solche Rechtsgeschäfte) frei auf diese Gesellschaften zu verteilen (ASA 65, S. 57). Ist wie vorliegend streitig, ob einer Leistung der Gesellschaft überhaupt eine Leistung des Beteiligten gegenübersteht, trägt die Gesellschaft die Beweislast für das Vorhandensein einer solchen Gegenleistung bzw. für die geschäftsmässige Begründetheit der Leistung (Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, a.a.O., N 109 zu Art. 58 DBG).
Die Beschwerdeführerin verweist auf den Jahresabschluss 2009 der C AG und eine Berechnung, aus der hervorgeht, wie die von den anderen Gesellschaften an die C AG zu leistenden Beträge berechnet wurden (act. 2/10). Dabei fällt auf, dass die Berechnung auf einem provisorischen Verlust von Fr. 452'592.78 basiert. Es ist deshalb davon auszugehen, dass der Beschwerdeführerin nicht Arbeitsleistungen in Rechnung gestellt wurden. Vielmehr musste sie sich unabhängig von der Gegenleistung am Verlust der C AG beteiligen. Damit ist aber nicht überprüfbar, ob den streitigen Fr. 48'186.79 eine angemessene Gegenleistung gegenüberstand, die einem Drittvergleich standgehalten hätte (dealing at arm's length). Dieses Vorgehen widerspricht dem sowohl in der Betriebswirtschaft als auch im Steuerrecht zu beachtenden Grundsatz, wonach nur die wirklichen Kosten auf die Untergesellschaft überwälzt werden; jene Kosten also, die dem wirklich erzielten Nutzen entsprechen. Dazu gehören unter anderem auch zentrale Managementleistungen und andere Dienstleistungen, die den einzelnen Konzerngesellschaften zugutekommen und nach einem sachgerechten Schlüssel auf die Untergesellschaften verteilt werden (vgl. P. Böckli, Schweizer Aktienrecht, 4. Aufl. 2009, S. 1302 f.). Was für Leistungen den von der Beschwerdeführerin zu bezahlenden Fr. 48'186.79 entgegenstanden, ist unklar. Aufgrund der Angaben der Beschwerdeführerin ist jedoch davon auszugehen, dass ein grosser Anteil der Kosten im Zusammenhang mit der Börsenregistrierung anfiel (act. 2/6). Derartige mit der juristischen Struktur der Obergesellschaft zusammenhängende Aktionärs- bzw. Gesellschafterleistungen (auch als shareholder bzw. stewardship activities bezeichnet) fallen bei der Muttergesellschaft an und stellen keine entgeltliche Leistung dar (vgl. Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1518/2006 vom 6. November 2008 E. 3.3.2 mit Hinweisen, unter: www.bvger.ch). Kommt dazu, dass die Beschwerdeführerin vorbringt, im Jahr 2009 sei sämtlicher Aufwand der gesamten Gruppe von der C AG getragen worden und sich damit in Widerspruch zu ihrem Jahresabschluss 2009 setzt. Darin wurden Personalaufwand, Kosten für Sachversicherungen, Abgaben, Gebühren und Bewilligungen sowie Verwaltungs- und Informatikaufwand in der Gesamthöhe von Fr. 28'784.25 ausgewiesen. Die Aussage der Beschwerdeführerin, alles (Personal, Büro, Verwaltung, usw.) sei den Gesellschaften von der C AG zur Verfügung gestellt worden, ist nicht nachvollziehbar. Damit kommt die Beschwerdeführerin ihrer Beweispflicht nicht nach, und es ist nichts dagegen einzuwenden, dass die Vorinstanz den Betrag von Fr. 48'186.79 als Aufwand für Drittleistungen ohne Nachweis dem Jahresgewinn 2009 zurechnete. Daran vermag auch eine allenfalls andere Beurteilung der Steuerbehörde des Kantons Zürich nichts zu ändern. Ob eine solche für das Jahr 2009 tatsächlich vorliegt, ist offen, denn der den Akten angefügte Auszug aus den Revisionsunterlagen betrifft offensichtlich das Jahr 2010 (act. 2/5).
d) Zusammenfassend ist festzustellen, dass die Beschwerde abzuweisen ist. Die Aufrechnungen von Fr. 26'324.– (Jahr 2009), Fr. 12'161.– (Jahr 2010) und Fr. 4'783.– (Jahr 2011) im Zusammenhang mit der Mindestverzinsung der Darlehensschuld und von Fr. 48'186.79 (Jahr 2009) wegen nicht nachgewiesener Leistungen der Z AG erfolgten zu Recht.
3.- Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die amtlichen Kosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (144 Abs. 1 DBG). Eine Entscheidgebühr von Fr. 1'500.– ist angemessen (vgl. Art. 144 Abs. 5 DBG in Verbindung mit Art. 7 Ziff. 122 der Gerichtskostenverordnung, sGS 941.12). Der Kostenvorschuss von Fr. 1'500.– ist zu verrechnen.
Entscheid:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Beschwerdeführerin bezahlt die amtlichen Kosten von Fr. 1'500.– unter Verrechnung
des Kostenvorschusses in gleicher Höhe.