Sachverhalt:
Die Beschwerdeführerin arbeitete bis 30. Juni 2005 als Corporate Finance Consult bei der X. AG in Zürich. Danach absolvierte sie vollzeitlich das 18 Monate dauernde Studium "Master of Business Administration" an der Universität St. Gallen (MBA-Studium) und erzielte in geringem Umfang Einkünfte aus unselbständiger Tätigkeit.
Aus den Erwägungen:
2.- Zu entscheiden ist, ob für 2006 die Auslagen für das MBA-Studium an der Universität St. Gallen steuerlich als Weiterbildungskosten abziehbar sind. … Die Vorinstanz hat das MBA-Studium im Einsprache-Entscheid grundsätzlich als abzugsfähige Weiterbildung qualifiziert. Auch wenn diese Frage im Beschwerdeverfahren nicht umstritten ist, ist die Verwaltungsrekurskommission nicht an diese Beurteilung gebunden. Sie hat volle Überprüfungsbefugnis und entscheidet, ohne an die Anträge der Beteiligten gebunden zu sein (Art. 143 Abs. 1 DBG).
a) In der Beschwerde wird im Wesentlichen geltend gemacht, dass die Beschwerdeführerin in der Finanzindustrie gearbeitet und sich während dieser Zeit intern sowie extern weitergebildet habe. So sei sie beruflich aufgestiegen. In der Finanzbranche seien Weiterbildungen kurzlebig und die Ansprüche an neu Anzustellende würden stetig höher. Für "gewöhnliche" Analysten-Jobs werde bereits ein CFA-Diplom oder ein MBA verlangt, selbst wenn man nicht im Management beschäftigt werde.
b) Bei der direkten Bundessteuer werden zur Ermittlung des Reineinkommens von den gesamten steuerbaren Einkünften die Aufwendungen und die allgemeinen Abzüge nach Art. 26-33 DBG abgezogen (Art. 25 DBG). Nach Art. 26 Abs. 1 lit. d DBG können Unselbständigerwerbende als Berufskosten unter anderem die mit dem Beruf zusammenhängenden Weiterbildungs- und Umschulungskosten vom Erwerbseinkommen in Abzug bringen. Nach Art. 8 der Verordnung über den Abzug von Berufskosten der unselbständigen Erwerbstätigkeit bei der direkten Bundessteuer (SR 642.118.1) sind die mit der gegenwärtigen Berufsausübung unmittelbar zusammenhängenden Weiterbildungs- und Umschulungskosten abziehbar. Nicht abzugsfähig sind eigentliche Ausbildungskosten (Art. 34 lit. b DBG).
c) Abzugsfähig sind nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung alle, auch die nicht völlig unerlässlichen Kosten der Weiterbildung, die objektiv mit dem gegenwärtigen Beruf des Steuerpflichtigen im Zusammenhang stehen und die dieser zur Erhaltung seiner beruflichen Stellung als angezeigt hält. Als mit dem Beruf zusammenhängende Weiterbildungskosten sind nur solche abziehbar, die im Rahmen des bereits erlernten und ausgeübten Berufs anfallen. Zur Anerkennung als abzugsfähige Weiterbildungskosten ist darauf abzustellen, ob die Aufwendungen für die Erzielung des Einkommens nützlich sind und nach der Verkehrsauffassung im Rahmen des Üblichen liegen. Dazu gehören vor allem auch verbesserte Kenntnisse für die Ausübung des gleichen Berufs. Hingegen sind Auslagen für eine Fortbildung, die zum Aufstieg in eine eindeutig vom bisherigen Beruf zu unterscheidende höhere Berufsstellung dient, keine solchen Weiterbildungskosten; diese sogenannten Berufsaufstiegskosten werden letztlich für eine neue Ausbildung erbracht. Auslagen, die das Erlernen notwendiger Fähigkeiten und Kenntnisse zur Ausübung eines eigentlichen Berufs betreffen (z.B. Lehre, Handelsschule, Matura, Studium, Nachdiplomstudium), sind demnach als Ausbildungskosten auch dann nicht abziehbar, wenn die Ausbildung berufsbegleitend absolviert wird (BGE 124 II 29 E. 3a und 3d, BGE 2C_589/2007 vom 9. April 2008 E. 3.2 mit Hinweisen).
In der Praxis wurden etwa die Auslagen für den Besuch eines Nachdiplomstudiums in Unternehmungsführung durch einen ausgebildeten Juristen, durch einen Mathematiker oder Computerfachmann, die Kosten für den Besuch eines Lehrgangs zum diplomierten Wirtschaftsinformatiker für einen Juristen oder die Auslagen des Primarlehrers, der sich zum Mittelschullehrer ausbilden lässt, nicht als Weiterbildungskosten akzeptiert. Insbesondere wurde auch die berufsbegleitend absolvierte Ausbildung zum Master of Business Administration (MBA) eines Steuerpflichtigen, der sein Ökonomiestudium abgebrochen hatte, sich später zum Bachelor of Business Administration (BBA) ausbildete und in der Folge noch den MBA erwarb, nicht zum Abzug zugelassen (BGE 2A.671/2004 vom 6. Juli 2005 E. 2.2 mit Hinweisen). Ebenso wurde keine Weiterbildung oder Umschulung bei einem kaufmännischen Angestellten in der Versicherungsbranche angenommen, der ein juristisches Studium absolviert (SGE 2007 Nr. 23).
d) Eigenen unbestrittenen Angaben zufolge war die Beschwerdeführerin zuletzt in der Finanzbranche als Corporate Finance Consult bei der X. AG in Zürich tätig. Nach Aufgabe dieser Tätigkeit absolvierte sie vollzeitlich das 18 Monate dauernde MBA-Studium. Dieses richtet sich insbesondere an Führungskräfte. Es erfasst im Hauptmodul die Fächer "Einführung in das St. Galler Managementmodell/Einführung in die Volkswirtschaftslehre", "Ökonomische Rahmenbedingungen der Unternehmensführung: Makroökonomie", "Integratives Management", "Ökonomische Rahmenbedingungen der Unternehmensführung: Mikroökonomie", "Strategisches Management", "Entrepreneurship", "Marketing", "Finanzielle Rechnungslegung und Revision", "Controlling", "Management finanzieller Investitionen" und "Leadership und Sozialkompetenz". Zudem sind Wahlmodule und ein Auslandsmodul zu absolvieren. Zulassungsvoraussetzungen sind eine abgeschlossene Erstausbildung an einer anerkannten Universität, Hochschule oder Fachhochschule sowie eine mindestens fünfjährige Berufserfahrung, davon mindestens drei Jahre Führungserfahrung. In begründeten Ausnahmefällen können Nichtakademiker zum Bewerbungsverfahren zugelassen werden (max. zehn Prozent). Erfolgreiche Absolventen des MBA-Studiums erhalten den akademischen Grad "Executive MBA HSG" der Universität St. Gallen verliehen (vgl. www.emba.unisg.ch).
Die Ausbildung zum MBA stellt grundsätzlich eine eigentliche Grundausbildung dar. Eine abgeschlossene Erstausbildung ist vorausgesetzt. Sie führt zu einem eigenständigen Berufsabschluss, der für den Absolventen über einen Eigenwert verfügt. Auch bei bereits vorhandener ökonomischer Grundausbildung bedeutet der MBA nicht lediglich eine Vertiefung und Aktualisierung der schon vorhandenen Kenntnisse etwa an einzelnen Tagungen oder einwöchigen Weiterbildungskursen, sondern er führt zu wesentlichen Zusatzkenntnissen mit einem zusätzlichen Titel mit eigenem Wert (BGE 2A.623/2004 vom 6. Juli 2005, E. 3.2). Beim MBA-Studium handelt es sich daher nicht lediglich um eine Vertiefung und Aktualisierung bereits vorhandener Kenntnisse; ein unmittelbarer ursächlicher Zusammenhang mit dem früher ausgeübten Beruf der Beschwerdeführerin fehlt. Das wird auch anhand der Studienfächer deutlich. Ob das MBA-Studium berufsbegleitend oder vollzeitlich absolviert wird, ist nicht entscheidend.
Auch die Kursdauer, die Höhe der Kurskosten und der Umstand, dass ein akademischer Titel erworben werden kann, machen deutlich, dass es sich beim MBA-Studium nicht um eine Weiterbildung handelt, die nur dazu dient, bereits vorhandenes Wissen zu vertiefen, zu wiederholen oder anzupassen. Vielmehr werden der Beschwerdeführerin umfangreiche Kenntnisse vermittelt, welche fachlich weit über den Rahmen ihrer angestammten Tätigkeit als Corporate Finance Consult hinausgehen. Das MBA-Studium stellt folglich für die Beschwerdeführerin einen Gegenwert dar; sie erhöht aufgrund des zusätzlich erworbenen Wissens ihre berufliche Leistungsfähigkeit und Chancen auf dem Arbeitsmarkt. Die gesamten Kurskosten belaufen sich auf Fr. 52'000.--. Eine solche Summe bildet einen klaren Anhaltspunkt dafür, dass es um eine langfristige Investition und nicht lediglich um die Auffrischung des bereits vorhandenen Ausbildungsniveaus geht (vgl. BGE 2A.623/2004 vom 6. Juli 2005 E. 3.3).
3.- Zusammengefasst steht fest, dass es sich beim MBA-Studium im Fall der Beschwerdeführerin nicht um eine Weiterbildung oder Umschulung handelt, sondern um eine Ausbildung, die für sie einen dauernden Gegenwert darstellt, indem sie aufgrund des zusätzlich erworbenen Wissens ihre berufliche Leistungsfähigkeit und ihre Chancen auf dem Arbeitsmarkt erheblich erhöht. Zudem kann der betriebene Aufwand nicht mehr als im Rahmen des Üblichen liegend angesehen werden. Bei den aufgebrachten Auslagen handelt es sich daher nicht um abzugsfähige Weiterbildungskosten, sondern um Ausbildungskosten, die nicht vom steuerbaren Einkommen abgezogen werden können.