Erwägungen
1. Mit Eingabe vom 8. Februar 2012 machte der Kläger die vorliegende Klage anhängig und verlangte, es sei festzustellen, dass die anlässlich der Generalversammlung vom 9. Dezember 2011 gefassten Beschlüsse nichtig seien; eventualiter seien sämtliche anlässlich der Generalversammlung vom 9. Dezember 2011 gefassten Beschlüsse aufzuheben.
2. Mit Schreiben vom 9. Februar 2012 wurde der Kläger aufgefordert, innert 10 Tagen einen Kostenvorschuss von Fr. 5'000.-- zu leisten. In der Folge wurde die Frist zur Bezahlung des Kostenvorschusses verschiedentlich erstreckt. (…) Mit Schreiben vom 2. Juli 2012 wurde dem Kläger eine letzte Nachfrist zur Bezahlung des Kostenvorschusses bis 16. August 2012 gesetzt. Die Fristansetzung war mit dem Hinweis versehen, dass auf die Klage nicht eingetreten werde, wenn der Kostenvorschuss nicht fristgerecht bezahlt werde. (…) Mit Schreiben vom 19. Juli 2012 informierte die Rechtsvertreterin des Klägers das Gericht über die Niederlegung ihres Mandats. Der Kostenvorschuss ist bis zum heutigen Datum nicht beim Gericht einbezahlt worden.
3. Wird der Kostenvorschuss auch nicht innert einer Nachfrist geleistet, so tritt das Gericht auf die Klage nicht ein (Art. 101 Abs. 3 ZPO). Sachlich zuständig für Nichteintretensentscheide im Bereiche der Streitigkeiten über die Handelsgesellschaften und Genossenschaften ist grundsätzlich das Handelsgericht (Art. 6 Abs. 4 lit. b ZPO i.V.m. Art. 11 Abs. 1 lit. b EG ZPO) in der Besetzung von fünf Richtern (zwei Kantonsrichter und drei Handelsrichter; Art. 13 Abs. 2 GerG). Der Präsidenten des Handelsgerichts entscheidet als Verfahrensleiter unter anderem über die Abschreibung des Verfahrens (Art. 17 Abs. 1 lit. e EG ZPO).
a) In einem Urteil vom 11. März 2011 führte der Präsident des Handelsgerichts aus, er sei als verfahrensleitender Richter sachlich zuständig, bei Nichtleistung des Kostenvorschusses über das Nichteintreten auf die Klage zu entscheiden. Bei Nichtbezahlung des Kostenvorschusses habe der Richter in vergleichbarer Weise wie bei der Abschreibung die Beendigung des Verfahrens zu verfügen. In analoger Anwendung von Art. 17 Abs. 1 lit. e EG ZPO sei deshalb davon auszugehen, dass der verfahrensleitende Richter auch sachlich zuständig sei, bei Nichtleistung des Kostenvorschusses über das Nichteintreten der Klage zu entscheiden (HG.2011.24). An dieser Ansicht lässt sich nicht mehr festhalten, nachdem das Bundesgericht in einem veröffentlichten Leitentscheid vom 7. Juni 2011 (BGE 137 I 161) ausführte, in Anbetracht der von Grund auf unterschiedlichen Natur der Begriffe des Eintretens und der Abschreibung sei es willkürlich, aus der Zuständigkeit des Instruktionsrichters zur Abschreibung von Verfahren abzuleiten, dieser sei auch zuständig, über das Nichteintreten wegen verspäteter Bezahlung des Kostenvorschusses zu entscheiden. Zwar betraf der bundesgerichtliche Entscheid die Auslegung des waadtländischen Verwaltungsverfahrensgesetzes. Doch ändert dies nichts daran, dass auch im Zivilprozessrecht die Natur der Begriffe des Nichteintretens und der Abschreibung von Grund auf verschieden sind. Ein Nichteintretensentscheid setzt voraus, dass es an einer Prozessvoraussetzung fehlt (Art. 59 ff. ZPO). Eine Abschreibung hat demgegenüber zu erfolgen, wenn das Verfahren gegenstandslos geworden ist (Art. 241/242 ZPO). Aufgrund der bestehenden Gesetzeslage und höchstrichterlichen Rechtsprechung führt deshalb kein Weg daran vorbei, dass ein Nichteintretensentscheid infolge Nichtbezahlung des Kostenvorschusses vom Gericht und nicht vom verfahrensleitenden Richter zu fällen ist. Dies, obwohl der mit der Verfahrenserledigung verbundene Aufwand, namentlich für Gerichte mit Fach- oder Laienrichtern, unverhältnismässig hoch ist und die Zuständigkeit eines Kollegialgerichtes der Bedeutung eines solchen Entscheides kaum angemessen erscheint.
b) Es ist zwar durchaus denkbar, dass im Einzelfall aus der Weigerung, den Kostenvorschuss zu bezahlen, allenfalls in Verbindung mit weiteren Begleitumständen, geschlossen werden kann, die klagende Partei wolle das Verfahren nicht fortsetzen, was als Klagerückzug zu betrachten sei, der zur Abschreibung des Verfahrens führt.
c) Im vorliegenden Fall kann jedoch nicht auf einen (konkludent) erklärten Klagerückzug geschlossen werden. Hätte der am Anfang des Verfahrens anwaltlich vertretene Kläger die Klage zurückziehen wollen, so wäre anzunehmen, dass er seine Vertreterin entsprechend instruiert hätte. Dies war aber offensichtlich nicht der Fall. Die Gründe, weshalb der Kostenvorschuss nicht bezahlt wurde, bleiben damit letztendlich im Dunkeln. Die Voraussetzungen für eine Abschreibung des Verfahrens durch den Präsidenten des Handelsgerichts sind somit nicht erfüllt. Vielmehr ist ein Nichteintretensentscheid zu fällen, der nach dem Gesagten in die sachliche Zuständigkeit des Handelsgerichts fällt.