Aus den Erwägungen:
1. Mit Eingabe vom 24. April 2012 machte die Klägerin die vorliegende Klage bei der Schlichtungsstelle für Miet- und Pachtverhältnisse St. Gallen anhängig. Am 4. Juli 2012 fand die Schlichtungsverhandlung statt, an der keine Einigung erzielt wurde. Mit Eingabe vom 31. Juli 2012 machte die Klägerin die Klage beim Kreisgericht St. Gallen anhängig. In der Klageantwort bestritten die Beklagten die Zuständigkeit des Kreisgerichtes, da die Streitigkeit in die Zuständigkeit des Handelsgerichtes falle. Mit Schreiben vom 20. Dezember 2012 schloss sich die Klägerin diesem Standpunkt an und zog die Klage am Kreisgericht St. Gallen unter Vorbehalt der Wiedereinbringung am Handelsgericht zurück. Am 26. Februar 2013 erging am Kreisgericht St. Gallen der Abschreibungsbeschuss.
2. Am 21. Dezember 2012 machte die Klägerin die Klage am Handelsgericht anhängig. In der Folge erhob der Handelsgerichtspräsident einen Kostenvorschuss von Fr. 5'000.-- und teilte den Parteien mit, das Handelsgericht prüfe seine Zuständigkeit von Amtes wegen und beschränke das Verfahren vorläufig auf die Vorfrage der Zuständigkeit. Am 14. Februar 2013 erstatteten die Beklagten die Klageantwort zur Vorfrage der Zuständigkeit. Am 22. März 2013 reichte die Klägerin die Vorfrage-Replik ein. Am 4. April 2013 erstatteten die Beklagten die Vorfrage-Duplik. Nachdem beide Parteien auf eine Verhandlung verzichtet hatten, fand am 24. Juli 2013 eine interne Beratung statt, an der das Gericht seinen Entscheid fällte.
3. Die Prozessvoraussetzungen, namentlich die Prüfung der Zuständigkeit, hat von Amtes wegen zu erfolgen (Art. 60 ZPO). Die örtliche Zuständigkeit des Handelsgerichtes St. Gallen ist zweifelsfrei gegeben, haben doch sämtliche Parteien ihren Sitz im Kanton St. Gallen und befindet sich auch das streitgegegenständliche Mietobjekt auf dem Gebiet des Kantons St. Gallen. Eine vom gesetzlichen Gerichtsstand abweichende Gerichtsstandvereinbarung wird von keiner Seite behauptet.
4. Was die sachliche Zuständigkeit anbelangt, so gilt eine Streitigkeit als handelsrechtlich, wenn die geschäftliche Tätigkeit mindestens einer Partei betroffen ist, gegen den Entscheid die Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht offen steht und die Parteien im schweizerischen Handelsregister oder in einem vergleichbaren ausländischen Register eingetragen sind (Art. 6 Abs. 2 ZPO).
a) Die genannten drei Voraussetzungen sind im vorliegenden Fall offensichtlich erfüllt, betrifft die Streitigkeit doch den Mietvertrag über die Geschäftsräumlichkeiten der Klägerin, womit zumindest deren geschäftliche Tätigkeit betroffen ist (Art. 6 Abs. 2 lit. a ZPO). Zudem sind alle Parteien des vorliegenden Verfahrens im schweizerischen Handelsregister eingetragen (Art. 6 Abs. 2 lit. c ZPO). Soweit die Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht offen stehen muss, so ist dies der Fall, wenn die entsprechende allgemeine Streitwertgrenze von Fr. 30'000.-- (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG) bzw. die spezielle Streitwertgrenze von Fr. 15'000.-- in arbeits- und mietrechtlichen Fällen (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG) nicht unterschritten ist (BGE 139 III 67 E. 1.2). Sowohl die Klägerin wie auch die Beklagte gehen davon aus, dass der Streitwert der vorliegenden Klage den Betrag von Fr. 30'000.-- übersteigt (Klageantwort vor Kreisgericht gemäss kläg.act. 4, S. 5, Ziff. 13; Klage, S. 4). Da die Angaben nicht offensichtlich unrichtig sind (Art. 91 Abs. 2 ZPO), ist das Gericht daran gebunden.
b) Es stellt sich allerdings die Frage, ob der Umstand, dass der Gesetzgeber für Streitigkeiten aus Miete und Pacht von Wohn- und Geschäftsräumen keine gewöhnliche, sondern eine paritätische Schlichtungsbehörde vorsieht, die aus einer vorsitzenden Person und einer paritätischen Vertretung von Mietern und Vermietern bestehen muss (Art. 200 Abs. 1 ZPO), der Zuständigkeit des Handelsgerichtes entgegensteht. Zum einen führt der Wegfall der Schlichtungsstelle (Art. 198 lit. f ZPO) nämlich dazu, dass die gesetzgeberische Grundidee, in Mietstreitigkeiten solle die erste Behörde paritätisch zusammengesetzt und der erste Verfahrensabschnitt kostenlos (Art. 113 Abs. 2 lit. c ZPO) sein, verloren geht. Zum anderen ist der Wegfall des Schlichtungsverfahrens in den Fällen von Art. 5, 6 und 7 ZPO unter anderem auch darin begründet, dass es sich teilweise um Spezialmaterien handelt, die ein besonderes Fachwissen erfordern, das bei einer nichtspezialisierten Schlichtungsbehörde nicht vorausgesetzt werden kann (BGE 138 III 558 E. 4.5). Die Schlichtungsbehörden in Mietsachen sind jedoch spezialisiert, verfügen durchaus über besonderes Fachwissen im Mietrecht und sind regional organisiert, das heisst mit den lokalen Gegebenheiten gut vertraut.
c) Einer Auslegung, wonach in Mietstreitigkeiten das Handelsgericht nicht zuständig sei, da eine paritätische bzw. spezialisierte Schlichtungsstelle bestehe, steht allerdings der klare Wortlaut des Gesetzes entgegen. Danach entfällt bei Streitigkeiten, für die nach Artikel 6 eine einzige kantonale Instanz zuständig ist, das Schlichtungsverfahren (Art. 198 lit. f ZPO). Das Gesetz unterscheidet dabei nicht zwischen den paritätisch zusammengesetzten (Art. 200 ZPO) und den übrigen Schlichtungsbehörden. Ebensowenig unterscheidet es danach, ob die Zuständigkeit des Handelsgerichtes in einer eigentlichen Spezialmaterie (Art. 6 Abs. 4 ZPO) oder anderen Umständen (Art. 6 Abs. 2 und 3 ZPO) begründet ist. Zudem liegt der Sinn und Zweck der besonderen Handelsgerichtsbarkeit unter anderem darin, dass eine Streitigkeit, die zwischen im Handelsregister eingetragenen Personen ausgetragen wird, rasch letztinstanzlich entschieden sein soll. Dem würde es widersprechen, wenn Mietstreitigkeiten, welche die Voraussetzungen von Art. 6 Abs. 2 ZPO erfüllen, vor den Schlichtungsbehörden und zwei kantonalen Vorinstanzen ausgetragen werden müssten, bevor letztinstanzlich das Bundesgericht entscheidet. Es ist deshalb davon auszugehen, dass sich der Gesetzgeber mit der Regelung von Art. 198 lit. f ZPO auch im Bereich des Mietrechts bewusst für einen kurzen Instanzenzug und damit gegen eine zwingende Verfahrenseinleitung vor einer paritätischen, ebenfalls fachkompetenten, aber grundsätzlich nicht entscheidbefugten Schlichtungsbehörde ausgesprochen hat. Dies gilt jedenfalls in denjenigen Fällen, die im ordentlichen Verfahren (Art. 219 ff. ZPO) zu behandeln sind.
d) Nicht zu beurteilen ist vorliegend, ob allenfalls diejenigen Mietstreitigkeiten, die gemäss Art. 243 ZPO grundsätzlich im vereinfachten Verfahren zu behandeln sind, in die Zuständigkeit des Handelsgerichtes fallen (ablehnend für eine angefochtenen Mietzinserhöhung [Art. 243 Abs. 2 lit. c ZPO i.V.m. Art. 270b Abs. 1 OR] Entscheid des Handelsgerichtes Aargau vom 29. November 2011, publiziert in CAN 2012 Nr. 3, S. 23; bejahend für Mietstreitigkeiten mit einem Streitwert zwischen Fr. 15'000.-- und Fr. 30'000.-- [Art. 243 Abs. 1 ZPO i.V.m. Art. 6 Abs. 2 lit. b ZPO] Entscheid des Handelsgerichtes des Kantons Bern vom 3. Mai 2013).
Der Zwischenentscheid ist noch nicht rechtskräftig.