Erwägungen
1. Mit Eingabe vom 31. August 2012 (Eingang: 3. September 2012) machte die Klägerin die vorliegende Klage (….) anhängig. Sie teilte dem Gericht in einem Begleitschreiben mit, dass mit der Klage bloss die Verjährung unterbrochen werden solle. Sie werde deshalb die Klage zurückziehen, sobald die Frist zur Bezahlung des Kostenvorschusses angesetzt werde.
2. Mit Schreiben vom 4. September 2012 wurde die Klägerin aufgefordert, innert 10 Tagen einen Kostenvorschuss von Fr. 100'000.-- zu leisten. Mit Eingabe vom 16. September 2012 teilte die Klägern mit, dass sie die Klage zurückziehe und deshalb den Kostenvorschuss nicht leisten werde. Die Klägerin behalte sich vor, die Klage zu einem späteren Zeitpunkt wieder einzureichen.
3. Die Klage wurde von der Klägerin zurückgezogen, bevor die Frist zur Bezahlung des Kostenvorschusses abgelaufen ist. Die Klageschrift wurde der Gegenpartei nicht zugestellt (zu den Wirkungen vgl. Art. 65 ZPO e contrario), da die Zustellung im ordentlichen Verfahren (Art. 219 ff. ZPO) erst nach Eingang des Kostenvorschusses erfolgt.
4. Die sachliche und örtliche Zuständigkeit des Handelsgerichts St. Gallen ist zweifelsfrei gegeben (Art. 6 Abs. 2 ZPO i.V.m. Art. 10 EG ZPO; Art. 10 Abs. 1 lit. b ZPO). Nachdem die Klägerin die Klage zurückgezogen hat, ist das Verfahren abzuschreiben (Art. 241 ZPO). Zuständig ist der Präsident des Handelsgerichts in seiner Eigenschaft als Verfahrensleiter (Art. 17 Abs. 1 lit. e EG zur ZPO). Er ist damit auch zuständig für die Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen (Leumann Liebster, Kommentar zur Schweizerischen ZPO, Art. 241 N 22 f.).
5. Bei Klagerückzug gilt die klägerische Partei als unterliegend und trägt damit die Prozesskosten (Art. 106 Abs. 1 ZPO), bestehend aus Gerichtskosten und Parteientschädigung (Art. 95 Abs. 1 ZPO).
a) Was die Gerichtskosten anbelangt, so beschränkte sich der Aufwand des Gerichtes im Wesentlichen auf das Einschreiben der Klage und die Entgegennahme des Klagerückzugs. Der Aufwand des Gerichts war damit aussergewöhnlich gering. Der minimale Gebührenansatz gemäss Art. 10 Ziffer 312 GKV kann somit unterschritten werden (5 Abs. 1 GKV). (….)
b) Der Präsident des Handelsgerichts orientiert sich (….) bei der Ausübung seines Ermessens im Rahmen der Anwendung von Art. 10 Ziffer 312 GKV i.V.m Art. 5 Abs. 1 GKV in Fällen, in denen die Verfahrenseinleitung alleine dem Zwecke der Verjährungsunterbrechung dient (Art. 65 ZPO i.V.m Art. 135 Ziff. 2 OR), an der Gebührenhöhe des Betreibungsamtes für die Ausstellung eines Zahlungsbefehles (Art. 16 der Gebührenverordnung zum SchKG) bzw. des Vermittlungsamtes für die Abschreibung des Vermittlungsverfahrens infolge Rückzugs des Schlichtungsgesuchs in nicht handelsgerichtlichen Streitsachen (Art. 8 Abs. 1 Ziff. 3 GKV i.V.m. Art. 198 lit. f ZPO); unter leichter Erhöhung der erwähnten Ansätze.
c) Die Klage wurde der Beklagten nicht zugestellt. Der Beklagten ist somit auch kein Aufwand entstanden. Eine Parteientschädigung ist deshalb nicht geschuldet.