Erwägungen
I.
1. Am 6. Januar 2011 ersuchten die Gesuchstellerinnen im wesentlichen darum, dass den Gesuchsgegnerinnen vorsorglich zu untersagen sei, die Kapseln Denner Espresso Milano, Denner Ethiopian Dream, Denner Indian Summer und Denner Dolce Vita anzubieten, zu vertreiben, zu verkaufen, zu bewerben, zu exportieren oder sonstwie in Verkehr zu bringen (Ziffer 1 des Gesuchs). Beschränkt auf die Gesuchsgegnerin 1 wurde weiter beantragt, es sei ihr vorsorglich zu untersagen, unter dem Slogan "Denner - was suscht?", "Denner - quoi d'autre?" bzw. "Denner - cosa sennò?", und/oder mit der Behauptung "Kompatibel zu lhrer Nespresso-Maschine", Kaffee anzubieten, zu vertreiben, zu verkaufen, zu bewerben oder sonstwie in Verkehr zu bringen (Ziffer 2 des Gesuchs).
2. Mit superprovisorischer Verfügung vom 10. Januar 2011 untersagte der Handelsgerichtspräsident den Gesuchsgegnerinnen mit sofortiger Wirkung vorsorglich, die genannten Kaffeekapseln u.a. zu verkaufen und zu bewerben (Ziffer 1 der superprovisorischen Massnahmen vom 10. Januar 2011). Ferner untersagte er der Gesuchsgegnerin 1 mit sofortiger Wirkung vorsorglich, unter dem Slogan "Denner − was suscht?", "Denner − quoi d'autre?" und "Denner − cosa sennó?", und/oder mit der Behauptung "Kompatibel zu Ihrer Nespresso-Maschine", Kaffee zu verkaufen und zu bewerben (Ziffer 2 der superprovisorischen Massnahmen vom 10. Januar 2011).
3. Am 26. Januar 2011 reichten die Gesuchsgegnerinnen die Massnahmenantwort ein, wobei sie neben der kostenfälligen Abweisung des Massnahmengesuchs u.a. die "superprovisorische" Aufhebung der mit Verfügung vom 10. Januar 2011, Dispositiv Ziff. 1-3 angeordneten superprovisorischen Massnahmen beantragten. Die Gesuchstellerinnen erstatteten die Massnahmenreplik am 17. Februar 2011, wobei sie an ihren Anträgen gemäss Gesuch festhielten.
4. Mit Entscheid vom 4. März 2011 verfügte der Präsident des Handelsgerichts St. Gallen, dass das Gesuch um Anordnung eines Verbots, die Kapseln Denner Espresso Milano, Denner Ethiopian Dream, Denner Indian Summer und Denner Dolce Vita anzubieten, zu vertreiben, zu verkaufen, zu bewerben, zu exportieren oder sonstwie in Verkehr zu bringen (Ziffer 1 des Gesuchs vom 6. Januar 2011), abgewiesen wird. Dementsprechend wurde das am 10. Januar 2011 superprovisorisch angeordnete diesbezügliche Verbot aufgehoben. In weitgehender Bestätigung von Ziffer 2 der superprovisorischen Verfügung vom 10. Januar 2011 blieb der Gesuchsgegnerin 1 jedoch weiterhin vorsorglich untersagt, unter dem Slogan "Denner − was suscht?", "Denner − quoi d'autre?" bzw. "Denner − cosa sennó?" und/oder mit der Behauptung "Kompatibel zu Ihrer Nespresso-Maschine" Kaffee anzubieten, zu vertreiben, zu verkaufen, zu bewerben oder sonstwie in Verkehr zu bringen. Hingegen sollte es der Gesuchsgegnerin 1 erlaubt werden, in der Werbung und auf den Produkten bzw. der Verpackung den Hinweis anzubringen: "Kompatibel zu Nespresso-Maschinen", sofern der Schriftzug klein sei.
5. Mit Beschwerde vom 17. März 2011 zogen die Gesuchstellerinnen den Entscheid des Präsidenten des Handelsgerichts vom 4. März 2011 an das Bundesgericht weiter und verlangten unter anderem, der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu erteilen. Mit Verfügung vom 22. März 2011 entschied die Präsidentin der I. zivilrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts, dass über die aufschiebende Wirkung erst nach Anhörung der Gegenpartei zu entscheiden sei. Nach Anhörung der Gegenpartei wies die Präsidentin der I. zivilrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts mit Verfügung vom 19. April 2011 das Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung ab. Mit Entscheid vom 28. Juni 2011 [Eingang des Dispositivs beim Handelsgericht St. Gallen am 29. Juni 2011] hiess das Bundesgericht die Beschwerde gut, hob die Ziffern 1, 5 und 6 des Entscheides vom 4. März 2011 auf und wies die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurück. Die Begründung des bundesgerichtlichen Entscheides ist ausstehend.
6. Mit Eingabe vom 29. Juni 2011 stellten die Gesuchgegnerinnen die eingangs erwähnten Anträge. Das Gesuch ging beim Handelsgericht am 29. Juni 2011 per Fax und am 30. Juni 2011 mit ordentlicher Post ein.
II.
1. Mit dem vorliegenden Gesuch wird ein Zwischenentscheid in einem Massnahmeverfahren verlangt. Voraussetzung für die Zuständigkeit des Präsidenten des Handelsgerichts St. Gallen ist somit, dass bei ihm ein Massnahmeverfahren hängig ist.
2. Gemäss Art. 61 BGG erwachsen Entscheide des Bundesgerichts am Tag ihrer Ausfällung in Rechtskraft. Dies ist allerdings in verschiedener Hinsicht zu präzisieren. Zum einen kommt es de facto auf den Tag der Eröffnung des Urteilsanspruchs an (BSK BGG-Heimgartner/Wi-prächtiger, Art. 61 N 8 f). Zum anderen kann es bei Rückweisungsentscheiden nur darum gehen, dass der Entscheid damit unabänderlich ist (BSK BGG-Heimgartner/Wiprächtiger, Art. 61 N 8) und die rechtlichen Erwägungen für die nachfolgend mit der Sache befassten Gerichte bindend sind (BSK BGG-Heimgartner/Wiprächtiger, Art. 107 N 18). Grundsätzlich bedeutungslos ist hingegen, ob der Rechtsspruch bereits mit einer schriftlichen Begründung eröffnet wird oder nicht (BSK BGG-Heimgartner/Wiprächtiger, Art. 61 N 11).
3. Im vorliegenden Fall hat das Bundesgericht seinen Urteilsspruch vom 28. Juni 2011 eröffnet. Damit ist davon auszugehen, dass der Rückweisungsentscheid des Bundesgerichts die erwähnten Wirkungen entfaltet, namentlich das Massnahmeverfahren wiederum beim Handelsgericht St. Gallen anhängig ist. Damit ist die Zuständigkeit des Präsidenten des Handelsgerichts St. Gallen gegeben. Auf das Gesuch ist grundsätzlich einzutreten.
III.
1. Die Gesuchsgegnerinnen gehen grundsätzlich von der Auffassung aus, dass die superprovisorische Verfügung des Handelsgerichtspräsidenten vom 10. Januar 2011 mit dem Entscheid vom 4. März 2011 dahingefallen sei und keine Wirkung mehr habe, zumal die Verfügung auch während des Beschwerdeverfahrens keine Gültigkeit mehr gehabt habe. Letzteres ergebe sich unter anderem aus den Entscheiden der Präsidentin der I. Zivilkammer des Bundesgerichts zur Abweisung des Gesuchs um aufschiebende Wirkung. Wie es sich letztlich damit verhält, braucht im vorliegenden Entscheid nicht abschliessend beurteilt zu werden. Würden die mit Verfügung vom 10. Januar 2011 angeordneten Verbote nicht mehr gelten, so wäre auf das vorliegende Gesuch um Aufhebung derselben offensichtlich nicht einzutreten. Gelten die Verbote hingegen noch, so ist das Gesuch um superprovisorische Aufhebung dieser Verbote gemäss den folgenden Erwägungen – zumindest vorläufig – abzuweisen.
2. Das Gericht trifft die notwendigen vorsorglichen Massnahmen, wenn die gesuchstellende Partei glaubhaft macht, dass ein ihr zustehender Anspruch verletzt ist oder eine Verletzung zu befürchten ist; und ihr aus der Verletzung ein nicht leicht wiedergutzumachender Nachteil droht (Art. 261 Abs. 1 ZPO). Unter der Marginalie "Superprovisorische Massnahme" hält das Gesetz fest, dass bei besonderer Dringlichkeit das Gericht die vorsorgliche Massnahme sofort und ohne Anhörung der Gegenpartei anordnen kann (Art. 265 Abs. 1 ZPO). Mit der Anordnung lädt das Gericht die Parteien zu einer Verhandlung vor, die unverzüglich stattzufinden hat, oder setzt der Gegenpartei eine Frist zur schriftlichen Stellungnahme. Nach Anhörung der Gegenpartei entscheidet das Gericht unverzüglich über das Gesuch (Art. 265 Abs. 2 ZPO).
a) In der vorliegenden Streitigkeit hat das Gericht mit Verfügung vom 10. Januar 2011 eine superprovisorische Massnahme im Sinne von Art. 265 Abs. 1 ZPO gefällt und die erwähnten Verbote ausgesprochen. In der Folge wurde eine Stellungnahme der Gegenpartei eingeholt. Am 26. Januar 2011 reichten die Gesuchsgegnerinnen die Massnahmenantwort ein, wobei sie neben der kostenfälligen Abweisung des Massnahmengesuchs auch zu den superprovisorischen Massnahmen Stellung nahmen, indem sie unter anderem die "superprovisorische" Aufhebung der mit Verfügung vom 10. Januar 2011 angeordneten superprovisorischen Massnahmen beantragten.
b) Das Gericht war nach Eingang der Stellungnahme der Gesuchsgegnerinnen verpflichtet, unverzüglich über das Schicksal der angeordneten superprovisorischen Massnahmen zu befinden. Es hatte sich darüber auszusprechen, ob die Massnahmen aufrecht erhalten oder aufgehoben werden. Dem kam das Gericht mit seinem Entscheid vom 4. März 2011 nach, mit dem verfügt wurde, dass Ziffer 1 der superprovisorischen Verfügung des Handelsgerichtspräsidenten vom 10. Januar 2011 aufgehoben wird. Gleichzeitig wurde auch die Ziffer 1 der Anträge des Massnahmegesuchs vom 6. Januar 2011 abgewiesen. Das Gericht hat sich damit über das Schicksal der superprovisorischen Massnahmen ausdrücklich ausgesprochen. Der Entscheid über das Schicksal der superprovisorisch angeordneten Massnahmen (Art. 265 Abs. 1 ZPO) und der von den Gesuchstellerin beantragten Massnahmen (Art. 261 ZPO) wurde in einem einheitlichen Akt gefällt. Dieser Entscheid war Gegenstand des bundesgerichtlichen Verfahrens.
c) Mit dem Rückweisungsentscheid des Bundesgerichts wird der Entscheid des Präsidenten des Handelsgerichts St. Gallen vom 4. März 2011 aufgehoben. Der Bundesgerichtsentscheid wirkt damit grundsätzlich kassatorisch. Der Rückweisungsbeschluss beendet das zwischen den Parteien geführte Verfahren nicht, namentlich kommt dem Entscheid keine materielle Rechtskraft zu, weshalb es sich um einen blossen Zwischenentscheid handelt (vgl. analog BSK ZPO-Spühler, Art. 327 N 7). Die Vorinstanz ist nun gehalten, das Verfahren an der Stelle, an dem es sich vor dem bundesgerichtlichen Entscheid befand, wieder aufzunehmen. Es gilt damit, über alle Anträge, über die noch nicht rechtskräftig entschieden wurde, (neu) zu entscheiden. Dabei kommt den bundesgerichtlichen Erwägungen eine doppelte Bedeutung zu. Zum einen ergibt sich aus ihnen, in welchem Umfang der vorinstanzliche Entscheid überhaupt aufgehoben ist. Obschon formell dem Wortlaut des Dispositivs nach das Urteil oder eine Ziffer insgesamt aufgehoben wird, beschränkt sich die Aufhebung materiell in der Regel auf einzelne Punkte. Demgemäss sind jeweils die Erwägungen beizuziehen, um festzustellen, ob der angefochtene Entscheid ganz oder nur teilweise aufgehoben wurde. Ist letzteres der Fall, gilt das angefochtene Urteil hinsichtlich der nicht gerügten und nicht aufgehobenen Punkte als bestätigt (BSK BGG-Heimgartner/Wiprächtiger, Art. 61 N 14). Zum anderen ist die Vorinstanz bei ihrem Entscheid an die Erwägungen des Bundesgerichts gebunden (BSK BGG-Heimgartner/Wiprächtiger, Art. 107 N 18).
d) Nach dem Gesagten lässt sich erst den bundesgerichtlichen Ausführungen entnehmen, welche Punkte des Entscheides vom 4. März 2011 als bestätigt und welche als aufgehoben zu gelten haben. Sobald bekannt sein wird, in welchem Umfang neu zu entscheiden ist, gilt es die in den Erwägungen enthaltenen Weisungen des Bundesgerichts zu beachten. Bevor das begründete Urteil des Bundesgerichts vorliegt, ist es dem Präsidenten des Handelsgerichts des Kantons St. Gallen somit nicht möglich, in dieser Sache zu entscheiden. Alles andere würde eine Missachtung des bundesgerichtlichen Urteils bedeuten. Dies gilt umso mehr, als sich der Entscheid vom 4. März 2011 in Ziffer 1 ausdrücklich und selbständig zum Schicksal der am 10. Januar 2011 angeordneten superprovisorischen Massnahmen (Art. 265 Abs. 1 ZPO) aussprach, indem er diese aufhob. Diese Aufhebung stand grundsätzlich selbständig neben dem Entscheid über das eigentliche Gesuch (Art. 261 ZPO). Es gilt damit abzuwarten, ob sich das Bundesgericht über den Bestand das Superprovisoriums ausspricht, namentlich der Entscheid Erwägungen enthält, welche die am 4. März 2011 selbständig verfügte Aufhebung des Superprovisoriums beanstanden. Wäre dies der Fall, müsste wohl als erstellt gelten, dass das Bundesgericht davon ausging, das Superprovisorium sei nicht einfach unabhängig vom bundesgerichtlichen Entscheid am 4. März 2011 dahingefallen. Es ist nämlich nicht ersichtlich, wieso sich das Bundesgericht diesfalls hätte mit einer Frage hätte befassen sollen, die bereits längst hinfällig war.
4. Somit wäre selbst für den Fall, dass nach dem Entscheid des Bundesgerichts vom 28. Juni 2011 die am 10. Januar 2011 superprovisorisch angeordneten Verbote wieder gültig wären, das Gesuch um deren Aufhebung des abzuweisen, gilt es doch die allfälligen bundesgerichtlichen Erwägungen zu dieser Frage abzuwarten, an welche die Vorinstanz gebunden ist. Das Gesuch um superprovisorische Aufhebung der am 10. Januar 2011 verfügten Verbote ist somit abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Eingabe ist den Gesuchstellerinnen zur Vernehmlassung zuzustellen. Nach Eingang der Stellungnahme wird über das Schicksal der superprovisorischen Massnahmen neu zu entscheiden sei, wobei bis dahin wohl die bundesgerichtlichen Erwägungen dazu berücksichtigt werden können.