Erwägungen:
I.
1. Die S. GmbH (Klägerin) hat Ihren Sitz in X. (Kanton Glarus) und ist Teil der S.-Unternehmensgruppe, die hauptsächlich Nahrungsmittel, Ausrüstung und Treibstoffe in Krisengebieten an militärische Organisationen liefert. Die Klägerin war vormals eine Aktiengesellschaft (S. AG) und wurde am 29. Juni 2009 als GmbH in das Handelsregister eingetragen (kläg.act. 2). Die T. AG (Beklagte) ist in Y. domiziliert und bezweckt den Handel mit Waren aller Art, insbesondere den Import und Export von Gütern, Gütertransport und -umschlag, Transport- und Finanzberatung sowie entsprechende Vertretungen im internationalen Warenhandel (kläg.act. 3).
Bereits im Jahr 2006 bestanden Kontakte zwischen der Beklagten und der S.-Unternehmensgruppe, indem die Beklagte für die S.-F. GmbH (bzw. vormals S.-F. AG, Z.) Küchenbestandteile und ähnliches von Europa nach Afghanistan transportierte. Ende 2006 führten die Parteien Gespräche, wobei es darum ging, ob die Beklagte für die Klägerin Flugzeugtreibstoff (Aviation Turbine Kerosine = ATK-A1) für die internationalen Friedenstruppen der NATO in Afghanistan liefern könnte. Von Mitte April bis anfangs Juli 2007 kaufte die Klägerin von der Beklagten folgende Mengen Flugzeugtreibstoff, wobei diese an folgende Orte in Afghanistan geliefert wurden bzw. geliefert werden sollten:
a) Im April 2007 bestellte die Klägerin bei der Beklagten zweimal 150'000 Liter Flugzeugtreibstoff für das deutsche Kontingent der ISAF (International Security Systems Force = Schutztruppen der NATO) nach Mazar-e-Sharif (Afghanistan). Die Beklagte stellte am 11. und 17. April 2007 die entsprechenden Proforma-Rechnungen für je 150'000 Liter aus, wobei sich bei einem Preis von EUR 0.91 per Liter Rechnungsbeträge von je EUR 136'500.00 ergaben (kläg.act. 8, 10). Die Klägerin überwies der Beklagten per Valuta 13. und 27. April 2007 die in Rechnung gestellten Beträge von je EUR 136'500.00 (kläg.act. 9, 11).
b) Die Klägerin kaufte im Juni 2007 1'120'000 Liter. Die Beklagte stellte am 19. Juni 2007 eine Proforma-Rechnung für 1'000'000 Liter à EUR 0.85, mithin zu einem Gesamtbetrag von EUR 850'000.00, aus, wobei als Lieferort Herat (Afghanistan; "ITALIAN / SPANISH CAMP") aufgeführt wurde (kläg.act. 14). Ebenfalls am 19. Juni 2007 stellte die Beklagte eine Proforma-Rechnung über 120'000 Liter mit Lieferort Mazar-e-Sharif ("GERMAN CONTI[N]GENT") aus, wobei sich bei einem Preis von EUR 0.91 per Liter ein Gesamtbetrag von EUR 109'200.00 ergab (kläg.act. 15). Die Klägerin leistete für die bestellten 1,12 Mio. Liter Flugtreibstoff am 25. Juni 2007 entsprechend den Proforma-Rechnungen eine Zahlung von EUR 959'200.00 (kläg.act. 16).
c) Ende Juni 2007 bestellte die Klägerin bei der Beklagten 5 Mio. Liter Flugzeugtreibstoff für die ISAF (NATO) in Kandahar (Afghanistan). Die Beklagte stellte am 1. Juli 2007 eine Proforma-Rechnung über 5 Mio. Liter zu einem Preis von EUR 0.91 per Liter aus, was einen Gesamtbetrag von EUR 4'550'000.00 ergibt (kläg.act. 21). In einem Post Scriptum hielt die Beklagte fest, dass diese Proforma-Rechnung ersetzt werde durch eine Schlussrechnung ("Final Invoice"), nachdem die aktuellen Lieferungen erfolgt sind und die exakten Liefermengen feststehen. Ferner wurde festgehalten, dass der obengenannte Proforma-Preis auf den Platt-Durchschnittspreisen basiere ("In fact the above Proforma-price is based on Platt Mediterranean USD 610.- per ton."; kläg.act. 21). Am 3. Juli 2007 überwies die Klägerin der Beklagten den in der Proforma-Rechnung genannten Betrag von EUR 4'550'000.00 (kläg.act. 22).
2. Gemäss den Vorbringen der Klägerin lieferte die Beklagte nur sehr schleppend und stellte am 25. September 2007 ihre Lieferungen ein. Die Klägerin wies darauf hin, dass die Beklagte gemäss ihren eigenen Aufstellungen aus den Treibstoffgeschäften insgesamt 4'407'157 Liter Flugzeugtreibstoff für total EUR 4'351'526.95 geliefert habe (kläg.act. 23: Rechnung vom 21.08.2007, Lieferort Mazar-e-Sharif; kläg.act. 24: Rechnung vom 21.08.2007, Lieferort Mazar-e-Sharif; kläg.act. 25: Rechnung vom 21.08.2007, Lieferort Mazar-e-Sharif; kläg.act. 26: Rechnung vom 21.08.2007, Lieferort Mazar-e-Sharif; kläg.act. 27: Rechnung vom 01.11.2007, Lieferort Herat; kläg.act. 28: Rechnung vom 01.11.2007, Lieferort Kandahar; kläg.act. 29: Rechnung vom 01.11.2007, Lieferort Herat; kläg.act. 30: Rechnung vom 01.11.2007, Lieferort Herat). Die Klägerin führt aus, diese Rechnungen seien in verschiedener Hinsicht falsch. Die Beklagte wirft hingegen der Klägerin in diesem Zusammenhang Annahmeverzug vor, nachdem diese nicht fähig gewesen sei, die Übernahme der Ware in Herat sicherzustellen und die Sicherheit der Transporte von Herat nach Kandahar zu gewährleisten. Mit Schreiben vom 1. Dezember 2008 teilte die Klägerin der Beklagten mit, dass sie per sofort vom Vertrag zurücktrete. Sie forderte von der Beklagten den von ihr berechneten, verbleibenden Vorauszahlungsbetrag von EUR 2'010'358.98 zurück (kläg.act. 33; vgl. die Aufstellung in kläg.act. 31: "Deliveries made against total payments of € 5'782'200.00").
3. a) Am 1. April 2008 reichte die T. AG (Beklagte) als Klägerin beim Kantonsgericht Glarus den Klageschein ein, wobei sie insbesondere das Rechtsbegehren stellte, die S. AG (nunmehr S. GmbH; Klägerin) sei als Beklagte zu verpflichten, der Klägerin Fr. 2'936'352.85 nebst Zins und Kosten zu bezahlen. Die Beklagte erklärte die Verrechnung, worauf die Klägerin vom Gericht aufgefordert wurde, eine schriftliche Klagebegründung einzureichen. Der klageweise geltend gemachte Betrag von Fr. 2'936'352.85 entspricht den Fremdwährungsbeträgen von EUR 1'368'211.95 (Saldo des Euro-Kontos) und USD 584'500.00 (Saldo des US-$-Kontos). Die S. AG bestritt als Beklagte mit Klageantwort vom 28. November 2008 ihre Passivlegitimation und hielt im Eventualstandpunkt für den Fall fest, dass die S. AG gemäss Auffassung des Gerichts auch beim Flugzeugtreibstoff-Geschäft über 5 Mio. Liter, auf dem die von der Klägerin geltend gemachten Forderungen überwiegend basieren würden, Vertragspartnerin der Klägerin (T. AG) gewesen sei, diese Forderungen nicht bestehen würden. Schliesslich hielt die S. AG fest, dass sie, soweit die Klage geschützt werde, im entsprechenden Umfang Verrechnung geltend mache mit der ihr aus dem Geschäft vom 3. Juli 2007 (Kauf von 5 Mio. Liter Flugzeugtreibstoff) gegen die T. AG zustehenden Forderung aus der vorausbezahlten, aber bis heute nicht erbrachten Treibstofflieferung in Höhe von EUR 2'010'358.98 (bekl.act. 1, insbes. Rz. 40, 43 und 54).
b) Das Kantonsgericht Glarus wies die Klage der T. AG mit Entscheid vom 23. Juni 2009 ab. Beide Parteien gehen davon aus, dass "im gleichen Sachverhalt" ein Urteil des Kantonsgerichts Glarus vorliegt. Wie beide Parteien ausführen, ist das Urteil in Rechtskraft erwachsen (kläg.act. 4; nachfolgend Urteil KG GL).
c) Wie erwähnt, entspricht der von der Beklagten (T. AG) eingeklagte Betrag von Fr. 2'936'352.85 den Saldi des von ihr geführten Euro-Kontos in der Höhe von EUR 1'368'211.95 (bekl.act. 3/51) und des US-$-Kontos mit einem Saldo von USD 584'500.00 (bekl.act. 3/50; Urteil KG GL S. 7 f.). Auf dem Euro-Konto werden die Vorauszahlungen der Klägerin von zweimal EUR 136'500.00 (zweimal 150'000 Liter), EUR 959'200.00 (1 Mio. Liter und 120'000 Liter) sowie EUR 4'550'000.00 (5 Mio. Liter) aufgeführt (bekl.act. 3/51 S. 1; Urteil KG GL S. 8 oben). Die Klage der Beklagten und die Klageantwort der Klägerin (S. AG) befassten sich mit den einzelnen Positionen des Euro-Kontos und mit dem Saldo des US-$-Kontos (Urteil KG GL S. 8 Mitte). Gemäss dem Urteil KG GL (S. 8 ff. E. 4) machte die Klägerin gegenüber der Forderung der Beklagten verschiedene Einwände geltend und hielt – wie erwähnt – fest, sie mache "im entsprechenden Umfang Verrechnung geltend mit einer Forderung gegen die Klägerin (d.h. vorliegend die Beklagte) in der Höhe von Fr. (recte: EUR) 2'010'358.98 aus dem Geschäft vom 3. Juli 2007" (Urteil KG GL S. 10 oben mit Hinweis auf Klageantwort [bekl.act. 1] Rz. 45). Das Kantonsgericht Glarus machte anschliessend Ausführungen zu den einzelnen Kontopositionen der T. AG, so zum Geschäft betreffend der Lieferung von zweimal 150'000 Liter Flugzeugtreibstoff und den Vorauszahlungen von zweimal EUR 136'500.00 (Urteil KG GL S. 11 f. E. 7), zur Lieferung von 1.12 Mio. Liter Flugzeugtreibstoff und zur Vorauszahlung von EUR 959'200.00 (Urteil KG GL S. 12 f. E. 8) sowie zum Vertrag über 5 Mio. Liter Flugzeugtreibstoff und zur Vorauszahlung von EUR 4'550'000.00 (Urteil KG GL S. 13 ff. E. 9). In Bezug auf die Rechnungen vom 1. November 2007 (kläg.act. 28 – 30 und zusätzlich bekl.act. 3/31) hielt das Kantonsgericht Glarus fest, dass sich diese auf die Lieferung von Flugzeugtreibstoff gemäss Vertrag, basierend auf der Proforma-Rechnung der Klägerin vom 1. Juli 2007 über 5 Mio. Liter Flugzeugtreibstoff (kläg.act. 21 = bekl.act.2/23), beziehen würde. Es hielt dabei fest, welche von der Klägerin behaupteten Lieferungen nachgewiesen seien (Urteil KG GL S. 20 ff. E. 13). Zusammenfassend hielt das Kantonsgericht Glarus nach Prüfung der vorliegend erwähnten Positionen und der weiteren Ansprüche der Beklagten, insbesondere auch aus dem US-$-Konto (welcher Anspruch abgewiesen wurde), fest, dass die T. AG in ihrem Euro-Konto im Haben Zahlungen der S. AG von insgesamt EUR 5'782'200.00 anerkenne. Dem stünden ausgewiesene Forderungen der T. AG im Soll des Euro-Kontos von insgesamt EUR 5'652'229.95 gegenüber, womit ein Saldo von EUR 129'970.05 zu Gunsten der S. AG resultiere. Da die geleisteten Vorauszahlungen der S. AG an die T. AG die berechtigten Forderungen der T. AG übersteigen würden, sei die Klage vollumfänglich abzuweisen (Urteil KG GL S. 26 E. 18). Angesichts dieser Sachlage hielt das Kantonsgericht Glarus fest, dass damit auch die Verrechnungserklärung der Klägerin gegenstandslos geworden sei (Urteil KG GL S. 27 oben E. 18).
4. Am 28. Oktober 2009 reichte die Klägerin die vorliegende Klage mit dem eingangs wiedergegebenen Rechtsbegehren ein. Sie hielt fest, "im gleichen Sachverhalt" habe das Kantonsgericht Glarus bereits mit Urteil vom 23. Juni 2009 eine Klage der in diesem Verfahren Beklagten gegen die Klägerin vollumfänglich abgewiesen. Zur Begründung der Klage führte sie aus, die Parteien hätten einen Kaufvertrag betreffend die Lieferung von Flugzeugtreibstoff an die Schutztruppen der NATO in Afghanistan gemäss Art. 184 ff. OR abgeschlossen. Die Beklagte sei als Verkäuferin ihren Pflichten nur teilweise nachgekommen. Da sie offensichtlich nicht mehr willig und wohl auch nicht mehr in der Lage gewesen sei, ihre Pflichten aus dem Vertrag vollständig zu erfüllen, sei die Klägerin vom Vertrag zurückgetreten und fordere ihre Zahlungen gemäss den Proforma-Rechnungen zurück, soweit die Beklagte keine Gegenleistung erbracht habe (Art. 107 ff. OR). Weiter hielt die Klägerin fest, die Beklagte habe gemäss ihren Rechnungen (kläg.act. 23 – 30) aus all ihren Treibstoffgeschäften insgesamt 4'407'157 Liter Flugzeugtreibstoff für total EUR 4'351'526.95 geliefert. Diese Rechnungen seien jedoch in verschiedener Hinsicht falsch, da die Beklagte den monatlich neu festzulegenden Literpreis für die jeweiligen Destinationen nicht basierend auf dem Monatsdurchschnitt des Platts Mediterranean Cargoes Jet FOB Med (Italy), wie es die Parteien bei Abschluss der Käufe jeweils vereinbart hätten, kalkuliere, sondern die Perioden, für die sie den Durchschnittspreis berechnet habe, selbst willkürlich festlege. Es stimmten aber auch die Liefermengen in den Rechnungen der Beklagten nicht mit deren Lieferdokumentation überein. Richtigerweise seien basierend auf Platts Mediterranean Cargoes Jet FOB Med (Italy) US-$ 610.00 für die Lieferungen nach Mazar-e-Sharif Lieferpreise für Mai 2007 von EUR 0.9270 pro Liter, für Juni EUR 0.9393 pro Liter, für die Lieferungen nach Kandahar für Juli EUR 0.9542 pro Liter und für die Lieferungen nach Herat für Juli EUR 0.9042 pro Liter und für August EUR 0.9306 pro Liter zu berechnen. Nach den Kontrollaufschrieben der Klägerin habe die Beklagte insgesamt 4'098'477 Liter Flugzeugtreibstoff nach Mazar-e-Sharif, Kandahar und Herat geliefert, was in Berücksichtigung der soeben angeführten Literpreise einen vertraglichen Gegenwert von EUR 3'771'841.02 ergebe. Davon abzuziehen seien die von der Klägerin bezogenen Mengen Flugzeugtreibstoff im Umfang der von ihr früher geleisteten Zahlungen von EUR 1'232'200.00. Es verbleibe ein Betrag von EUR 2'539'641.02 (EUR 3'771'481.02 ./. EUR 1'232'200.00), für den die Beklagte der Klägerin aus dem Geschäft vom 1. Juli 2007 bereits Flugzeugtreibstoff geliefert habe. Als Differenz zu den für dieses Geschäft bereits geleisteten Zahlungen ergebe sich ein offener Betrag von EUR 2'010'358.98 (bzw. aufgerundet 2'010'359.00), den die Klägerin der Beklagten überwiesen habe, für den die Beklagte aber keinen Flugzeugtreibstoff geliefert habe.
5. Die Beklagte beantragt mit Klageantwort und Widerklage vom 29. Januar 2010 Nichteintreten auf die Klage und eventualiter die kostenfällige Abweisung der Klage. Eventualiter für den Fall, dass das Handelsgericht auf die Klage eintreten sollte, verlangt sie widerklageweise, die Klägerin habe ihr US-$ 584'500.00 sowie EUR 1'368'211.95 nebst Verzugszins zu bezahlen. Sie machte geltend, der von der Klägerin unterbreitete Sachverhalt erweise sich als res iudicata. Der Klägerin fehle mithin das Rechtsschutzinteresse. Laut übereinstimmender Darstellung der Parteien liege "im gleichen Sachverhalt" (Klage Rz. 4) ein Urteil des Kantonsgerichts Glarus vom 23. Juni 2009 vor. Wie sich aus der vorliegenden Klage und den kläg.act. 1 – 33 und der klägerischen Klageantwort vor Kantonsgericht Glarus vom 28. November 2008 (bekl.act. 1) samt den in jenem Prozess eingereichten bekl.act. 1 – 21 der heutigen Klägerin ergebe, gehe es um den gleichen Lebensvorgang. Die materielle Rechtskraft des Urteils des Kantonsgerichts Glarus vom 23. Juni 2009 erstrecke sich auf sämtliche unterbreitete Tatsachen einschliesslich der geltend gemachten Ansprüche der Gegenseite und der Verrechnung von Gegenforderungen, soweit sie geschützt oder abgewiesen wurden.
6. Am 2. Februar 2010 wurde das Verfahren auf die Eintretensfrage (Einrede der res iudicata) beschränkt (Art. 84 ZPO). Die Klägerin reichte am 5. März 2010 die Vorfrageantwort ein. Die Beklagte erstattete am 17. Mai 2010 die Vorfragereplik, worauf die Klägerin am 8. Juni 2010 die Vorfrageduplik einreichte. Am 2. März 2011 fand die Hauptverhandlung vor dem Handelsgericht statt, wobei die Parteien an ihren Anträgen festhielten.
II.
1. Die sachliche und örtliche Zuständigkeit des Handelsgerichts ist unbestrittenermassen gegeben, nachdem beide Parteien im schweizerischen Handelsregister eingetragen sind, der Streitwert dieser Geschäftsstreitigkeit Fr. 30'000.00 bei weitem übersteigt (Art. 14 Abs. 1 ZPO) und die Beklagte ihren Sitz im Kanton St. Gallen hat (Art. 3 Abs. 1 lit. b GestG).
2. Dass eine Streitsache bereits rechtskräftig entschieden ist, ist als Prozessvoraussetzung von Amtes wegen zu berücksichtigen (Art. 79, Art. 80 lit. a ZPO; Leuenberger/Uffer-Tobler, Kommentar zu Zivilprozessordnung des Kantons St. Gallen, Bern 1999, N 4 zu Art. 80 ZPO). Auf eine Klage wird nur eingetreten, wenn ein Rechtsschutzinteresse besteht (Art. 63 ZPO). Das Rechtsschutzinteresse und damit eine Prozessvoraussetzung fehlt (Art. 79 ZPO), wenn eine identische Klage bereits rechtskräftig beurteilt worden ist (Art. 89 ZPO; Leuenberger/Uffer-Tobler, N 3a zu Art. 79, N 3 zu Art. 63 ZPO). In Bezug auf die materielle Rechtskraft von Urteilen hält Art. 89 Abs. 1 ZPO fest, dass der Rechtsspruch eines Urteils den Richter in einem späteren Prozess zwischen den gleichen Parteien oder ihren Rechtsnachfolgern bindet, soweit er Rechte und Pflichten der Parteien endgültig festlegt. Mit der materiellen Rechtskraft soll verhindert werden, dass über dieselbe Sache in verschiedenen Prozessen widersprechende Urteile gefällt werden (Leuenberger/Uffer-Tobler, N 1a zu Art. 89 ZPO). Neben der Identität des Streitgegenstands ist die Identität der Prozessparteien für die Bejahung der res iudicata erforderlich (Leuenberger/Uffer-Tobler, N 2 und 4a zu Art. 89 ZPO; Frank/Sträuli/Messmer, Kommentar zur zürcherischen Zivilprozessordnung, 3. Aufl., N 15 zu § 191 ZPO/ZH).
a) Die Parteien sind identisch, wenn vor den Gerichten beider Orte die gleichen Personen auftreten, wobei es auf die Parteirollen nicht ankommt. Unerheblich ist, ob am Verfahren weitere Personen beteiligt sind. Den Parteien gleichgestellt werden sodann deren Rechtsnachfolger, die in ihre Stellung eingetreten sind (Leuenberger/Uffer-Tobler, N 4 zu Art. 89 ZPO; Frank/Sträuli/Messmer, N 15 f. zu § 191 ZPO/ZH; A. Staehelin/D. Staehelin/P. Grolimund, Zivilprozessrecht, Zürich 2008, § 24 N 15).
Vorliegend besteht unbestrittenermassen eine Identität zwischen den Parteien, indem die klagende Partei im Verfahren vor Kantonsgericht Glarus nunmehr die Beklagte ist, und es sich bei der Klägerin im vorliegenden Verfahren um die Rechtsnachfolgerin der S. AG (beklagte Partei im Verfahren vor Kantonsgericht Glarus) handelt.
b) Vom gleichen Streitgegenstand ist auszugehen, wenn der Anspruch dem Richter aus demselben Rechtsgrund und gestützt auf den gleichen Sachverhalt erneut zur Beurteilung unterbreitet wird (BGE 125 III 241 E. 1; 123 III 16 E. 2a; 119 II 89 E. 2a). Die Rechtswirksamkeit tritt soweit ein, als über den geltend gemachten Anspruch entschieden worden ist. In wie weit dies der Fall ist, ergibt sich aus der Auslegung des Urteils, zu welcher dessen ganzer Inhalt heranzuziehen ist. Die Tragweite eines Entscheids ergibt sich vielfach nicht aus dem Dispositiv, sondern erst aus dem Beizug der Urteilserwägungen (BGE 123 III 16 E. 2a; 121 III 474 E. 4a). Es gilt zwar gemäss Lehre und Rechtsprechung der Grundsatz, dass von der materiellen Rechtskraft nur das Urteilsdispositiv betroffen ist. Die in der Urteilsbegründung festgestellten Tatsachen und Rechtsverhältnisse nehmen deshalb grundsätzlich an der materiellen Rechtskraft nicht teil. Zur Feststellung der Identität einer Klage sind aber dennoch die Entscheidungsgründe heranzuziehen (Leuenberger/Uffer-Tobler, N 1 zu Art. 72, N 3a zu Art. 98 ZPO; M. Guldener, Schweizerisches Zivilprozessrecht, Zürich 1979, S. 365 f.; Frank/Sträuli/Messmer, N 11 ff. zu § 191 ZPO/ZH). Eine abgeurteilte Sache liegt vor, wenn der streitige Anspruch mit einer schon rechtskräftig beurteilten identisch ist. Es muss danach gefragt werden, auf welchen Streitgegenstand sich die materielle Rechtskraft eines Urteils erstreckt, mithin welches subjektive Recht, das Verfahrensgegenstand war, vom Gericht beurteilt und zu- oder aberkannt worden war. Die Beschränkung der Rechtskraftwirkung auf den beurteilten Anspruch hat unter anderem zur Folge, dass etwa der Entscheid über eine Teilklage auch spätere Teilklagen nicht ausschliesst, selbst dann, wenn in ihm der Anspruch als Ganzes vorfrageweise zu prüfen war (Guldener, a.a.O., S. 66 Fn. 27; Frank/Sträuli/Messmer, N 12 zu § 191 ZPO/ZH; Leuenberger/Uffer-Tobler, N 2c zu Art. 89 ZPO). Der neue Anspruch ist aber trotz abweichender Umschreibung vom Beurteilten nicht verschieden, wenn er in diesem bereits enthalten war, wenn im neuen Verfahren bloss das kontradiktorische Gegenteil zur Beurteilung gestellt wird oder wenn die im ersten Prozess beurteilte Hauptfrage für die Vorfrage des zweiten Prozesses von präjudizieller Bedeutung ist. Andererseits sind Rechtsbehauptungen trotz gleichen Wortlauts dann nicht identisch, wenn sie nicht auf dem gleichen Entstehungsgrund, d.h. auf denselben Tatsachen und rechtlichen Umständen, beruhen (BGE 121 III 474 E. 4a; 123 III 16 E 2a; Leuenberger/Uffer-Tobler, N 2b zu Art. 89 ZPO; Staehelin/Staehelin/Grolimund, a.a.O., § 24 N 16 f.).
aa) Die Beklagte machte geltend, das Kantonsgericht Glarus habe die Forderung der Beklagten beurteilt, welche die Zahlung einer Geldsumme als Saldo aus diversen, zur Verrechnung gebrachten gegenseitigen Ansprüchen zum Gegenstand gehabt habe. Diese habe auf der Forderungszusammenstellung der Beklagten (bekl.act. 3/51: Saldo des von der Beklagten geführten Euro-Kontos von EUR 1'368'211.95; bekl.act. 3/50: Saldo des von der Beklagten geführten US-Dollar-Kontos mit einem Saldo von USD 584'500.00), der selben in Betreibung gesetzten Summe (bekl.act. 3/37) und der schliesslich erhobenen Klage (Urteil KG GL S. 8) gefusst. Das Kantonsgericht Glarus habe dazu die einzelnen Positionen (Soll / Haben) aufgestellt und den Saldo beurteilt (Urteil KG GL S. 8), wobei es unter anderem die Lieferscheine zugrunde gelegt habe (Urteil KG GL S. 20 ff.). In Erwägung III.18 (Urteil KG GL S. 26) habe es den von der Beklagten eingeforderten Saldo beurteilt, unter anderem unter Einbezug der Positionen der Klägerin. Dieselben Sachverhalte mache nun die Klägerin vor Handelsgericht wieder geltend. Die von der Klägerin vor Kantonsgericht Glarus erhobene Verrechnungsforderung decke sich betragsmässig (bis auf 2 Cent) mit dem Begehren vor Handelsgericht. Die Klägerin habe auch nur Akten, welche schon vor Kantonsgericht Glarus im Recht gelegen hätten, eingereicht. Vergleiche man nun die von der Klägerin vor Handelsgericht ins Recht gelegten Akten mit dem Prozessstoff vor Kantonsgericht Glarus, so ergebe sich eine völlige Übereinstimmung. Mit der Beurteilung des Saldos habe das Kantonsgericht Glarus die darin aufgenommene Gegenforderung der Klägerin schon mitbeurteilt. Insgesamt sei somit der Entscheid über ein Saldoguthaben zwischen zwei Parteien nicht teilbar. Der Anspruch der einen Partei sei die Schuld der anderen.
Die Klägerin bestritt die Ausführungen der Beklagten und brachte insbesondere vor, die Beklagte habe vor Kantonsgericht Glarus einen Anspruch gegen die Klägerin in der Höhe von Fr. 2'936'352.85 geltend gemacht. Dabei habe die Beklagte sämtliche ihr nach eigener Auffassung gegen die Klägerin zukommenden Forderungen zusammen gezählt und davon die von der Klägerin geleisteten Vorauszahlungen abgezogen. Das Kantonsgericht Glarus sei in seinem Urteil zum Ergebnis gekommen, dass die eingeklagte Forderung der Beklagten nicht bestehe. Es habe deshalb die Verrechnungseinrede und die zugrunde liegenden Verrechnungsforderungen der Klägerin nicht geprüft. Es habe ausdrücklich festgehalten, dass auf die Verrechnungserklärung der Klägerin zufolge Abweisung der Klage nicht einzugehen sei.
bb) Die Beklagte machte vor Kantonsgericht Glarus einen Anspruch von Fr. 2'936'352.85 für die Lieferung von Flugzeugtreibstoff, den Ersatz für Kosten der Standtage von Tanklastwagen, Annullierungskosten und weitere Ansprüche, insbesondere Schadenersatzansprüche, geltend. Dabei zählte sie sämtliche Ansprüche, die ihr nach ihrer eigenen Auffassung gegenüber der Klägerin zukommen, zusammen und zog davon die von der Klägerin geleisteten Vorauszahlungen ab. Wie erwähnt, entspricht der Betrag von Fr. 2'936'352.85 den Saldi des von ihr geführten Euro-Kontos von EUR 1'368'211.95 (bekl.act. 3/51) und des US-Dollar-Kontos mit einem Saldo von USD 584'500.00 (bekl.act. 3/50; Urteil KG GL S. 7 f.). Die von der Klägerin im vorliegenden Verfahren genannten Vorauszahlungen für die Lieferung von Flugzeugtreibstoff wurden von der Beklagten im Verfahren vor Kantonsgericht Glarus nicht bestritten. Sie führte diese Beträge (2 mal EUR 136'500.00, EUR 959'200.00, EUR 4'550'000.000) in ihrem Euro-Konto auf, worauf sich als Differenz zwischen den von ihr geltend gemachten Forderungen, den Vorauszahlungen der Klägerin und zwei weiteren Gutschriften nach ihrer Ansicht ein Saldo zu ihren Gunsten von EUR 1'368'211.95 ergab (bekl.act. 3/51), den sie im Verfahren vor Kantonsgericht Glarus geltend machte.
Das Kantonsgericht Glarus führte auf Seite 8 (E. III.3.) die einzelnen Positionen des Euro- und USD-Kontos (bekl.act. 3/51, 3/50) auf und nummerierte die einzelnen Kontopositionen von 1 bis 25. Unter den Kontopositionen Nr. 1, 2, 7 und 8 werden die Vorauszahlungen der Klägerin aufgeführt. Die Kontopositionen Nr. 3 bis 6 (EUR 57'836.70, 28'469.15, 58'872.70 und 151'046.40) schützte das Kantonsgericht Glarus (Urteil KG GL E. III.7. S. 11 f.). In Bezug auf die Kontopositionen Nr. 9 und 10 (EUR 63'750.00, 57'000.00) hielt das Kantonsgericht Glarus fest, dass diese nicht ausgewiesen seien (Urteil KG GL E. III.10. S. 16 ff.). Die Kontoposition Nr. 11 über EUR 50'685.00 schützte es in der Höhe von EUR 3'070.00 (Urteil KG GL E. III.11. S. 18 f.). Die Position Nr. 12 über EUR 119'099.00 wurde geschützt (Urteil KG GL E. III.12. S. 19 f.). Die Kontopositionen Nr. 13 bis 16 in der Höhe von EUR 502'579.00, EUR 2'607'559.00, EUR 826'065.00 und EUR 1'704'880.00 schützte das Kantonsgericht Glarus in der Höhe von EUR 245'036.00, EUR 2'518'750.00, EUR 796'940.00 und EUR 1'673'318.00 (Urteil KG GL E. III.13. S. 20 ff.). Die Kontopositionen Nr. 17 und 18 in der Höhe von EUR 498'750.00 und EUR 585'000.00 wies das Kantonsgericht Glarus ab, nachdem die von der Beklagten behaupteten Verträge über die Lieferung von zweimal 2.5 Mio. Liter Flugzeugtreibstoff nicht nachgewiesen worden seien. Es wurden deshalb auch die Gutschriften zu Gunsten der Klägerin in der Höhe von EUR 1'434'800.00 und EUR 214'214.00 gemäss Kontopositionen Nr. 19 und 20 nicht berücksichtigt (Urteil KG GL E. III.14. S. 24). Den unter dem Titel "Annullierungskosten" unter der Kontoposition Nr. 21 geltend gemachten Betrag von EUR 1'460'592.00 wies das Kantonsgericht ab (Urteil KG GL E. III.15. S. 24 f.). Es wies auch die weiteren unter den Kontopositionen Nr. 22 bis 24 für die Kosten der Standtage der Tanklastwagen (EUR 8'000.00, EUR 13'500.00, EUR 5'750.00) und die Kontoposition Nr. 25 für Zollkosten (USD 584'500.00) ab (Urteil KG GL E. III.16., III.17. S. 25 f.).
Das Kantonsgericht Glarus stellte die vorstehend aufgeführten, geschützten Beträge von insgesamt EUR 5'652'229.95 den vorstehend aufgeführten Vorauszahlungen der Klägerin für Flugzeugtreibstoff in der Gesamthöhe von EUR 5'782'200.00 gegenüber und hielt fest, dass ein Saldo zu Gunsten der Klägerin von EUR 129'970.05 resultiere, womit die Klage abzuweisen sei (Urteil KG GL E. III.18. S. 26). Nachdem die Klägerin im Verfahren vor Kantonsgericht Glarus ihre Forderungen nur verrechnungsweise, nicht aber im Rahmen einer Widerklage geltend gemacht hatte, hatte es die von den Parteien geltend gemachten Forderungen und Gegenforderungen nur in dem Umfang zu prüfen, als nicht ein Saldo zu Gunsten der T. AG resultierte. Die Klägerin hatte im Verfahren vor Kantonsgericht Glarus mit Schreiben vom 18. April 2008 die Verrechnung erklärt (Urteil KG GL E. I. S. 4). Das Kantonsgericht Glarus hielt fest, nachdem es zum Schluss gekommen war, es resultiere ein Saldo zu Gunsten der Klägerin von EUR 129'970.05, damit sei auch die am 18. April 2008 erklärte Verrechnung "gegenstandslos" geworden (Urteil KG GL E. III.18. S. 27).
Damit steht fest, dass das Kantonsgericht Glarus einen Entscheid über sämtliche Forderungen der Beklagten gefällt und die unbestrittenen Vorauszahlungen der Klägerin in der Höhe von Euro 5'782'200.00 berücksichtigt hatte, jedoch, da die Klage abzuweisen war, die verrechnungsweise geltend gemachten Ansprüche der Klägerin nicht bzw. nur so weit beurteilen musste, als nicht ein Saldo zu Gunsten der Beklagten resultierte. Die Klägerin hatte in der dem Kantonsgericht Glarus eingereichten Klageantwort festgehalten, soweit die Klage geschützt werde, mache sie im entsprechenden Umfang Verrechnung geltend mit der ihr aus dem Geschäft vom 3. Juli 2007 gegen die Beklagte zustehenden Forderung aus der vorausbezahlten, aber bis heute nicht erbrachten Treibstofflieferung in Höhe von EUR 2'010'358.98 (bekl.act. 1 Rz. 45). Diesen, auf EUR 2'010'359.00 aufgerundeten Betrag macht die Klägerin mit der vorliegenden Klage geltend. Nachdem diese im Verfahren vor Kantonsgericht Glarus verrechnungsweise geltend gemachten Ansprüche in jenem Verfahren nicht bzw. nur teilweise beurteilt worden waren, erweist sich die Einrede der abgeurteilten Sache, soweit sie gegen die vorliegende Klage insgesamt erhoben wird, als nicht begründet. Sie ist in jedem Fall in der Höhe von dem vom Kantonsgericht Glarus berechneten Saldo zu Gunsten der Klägerin von EUR 129'970.05 zu verwerfen. Dieser Betrag kann von der Klägerin, auch wenn der Argumentation der Beklagten gefolgt würde, vorliegend geltend gemacht werden. Soweit die vorliegend geltend gemachte Forderung der Klägerin den Betrag von EUR 129'970.05 übersteigt, bleibt aber der Beklagten die Möglichkeit offen, in Bezug auf jede einzelne Position den begründeten Einwand zu erheben, dass diese in dem vom Kantonsgericht Glarus berechnetet Saldo erfasst und damit bereits rechtskräftig beurteilt worden sei.
Von der Beklagten nicht nachgewiesen worden ist die Behauptung, es sei zwischen den Parteien ein Kontokorrentverhältnis (BGE 104 III 92) vereinbart worden, wonach die Forderungen und Gegenforderungen aus dem gegenseitigen Geschäftsverkehr nicht einzeln geltend gemacht, sondern gegeneinander verrechnet worden seien, mithin ein Saldo gezogen worden sei. Es ist somit nicht nachgewiesen, dass durch Anerkennung des gezogenen Saldos die in die laufende Rechnung aufgenommenen Forderungen mit der sich daraus ergebenden Saldoforderung noviert worden wären. Vorliegend handelt es sich um Einzellieferungen, womit jede Lieferung einen eigenen Sachverhalt darstellt und separat abzurechnen war. Zudem umfassen die von der Beklagten vor Kantonsgericht Glarus geltend gemachten Forderungen auch Schadenersatzansprüche, die – auch wenn von der Vereinbarung eines Kontokorrentverhältnisses auszugehen wäre – in jedem Fall nicht von diesem umfasst würden. Auch das Kantonsgericht Glarus ist nicht von der Vereinbarung eines Kontokorrentverhältnisses ausgegangen, sondern es hatte ausschliesslich Forderungen und Gegenforderungen der Parteien einander gegenüber gestellt und die Gegenforderungen der S. GmbH soweit beurteilt, als nicht ein Saldo zu Gunsten der T. AG resultierte.
Aufgrund dieser Überlegungen ist auf die Klage einzutreten.