Erwägungen:
1. Aufgrund eines Antrags des Liquidators der A. AG (in Liquidation) eröffnete das Fürstliche Landgericht des Fürstentums Liechtenstein in Vaduz mit Beschluss vom 6. Dezember 2007 über die Gesellschaft den Konkurs. Zum Masseverwalter wurde gleichentags der Gesuchsteller bestellt. Gemäss dem Bericht des Masseverwalters zur allgemeinen Prüfungstagsatzung vom 6. März 2008 verfügt die Gemeinschuldnerin insbesondere über das Konto Nr. … bei der B. in C. (Kanton St. Gallen) über Fr. … und über das Konto Nr. … über EUR … Dr. D. bestätigte als ehemaliger Verwaltungsrat der A. AG in Konkurs mit Schreiben vom 7. Oktober 2008, dass sich die beiden Konten bei der B. in C. befinden würden und sich die Saldi per 30. September 2008 auf Fr. … und EUR … belaufen würden.
2. Der Gesuchsteller stellte mit Eingabe vom 13. Oktober 2008 beim Kreisgerichtspräsidenten in C. (Kanton St. Gallen) den Antrag, es sei ein entsprechender Anerkennungsentscheid gemäss Art. 166/167 IPRG zu erlassen, damit anschliessend die Vermögenswerte der A. AG bei der B. in C. (Kantons St. Gallen) zur Konkursmasse eingezogen werden können. Der Kreisgerichtspräsident in C. hielt im Entscheid vom 27. Oktober 2008 fest, das Erfordernis der Gewährung von Gegenrecht im Verhältnis zum Fürstentum Liechtenstein sei nicht erfüllt, und wies deshalb das Anerkennungsgesuch ab.
3. Mit dem vorliegenden Gesuch vom 16. Dezember 2008 verlangt der Gesuchsteller die Bestellung eines Sachwalters, damit dieser die Vermögenswerte der A. AG bei der B. in C. einziehe und an den Gesuchsteller überweise. Zur Begründung führte der Gesuchsteller insbesondere aus, er als Masseverwalter sei das einzige vertretungsbefugte Organ, soweit der Gemeinschuldner in seiner Verfügungsfähigkeit beschränkt ist bzw. ihm die freie Verfügung über die Konkursmasse entzogen worden ist; das Letztere sei vorliegend der Fall. Nachdem einerseits eine Anerkennung des ausländischen Konkursdekrets nicht möglich sei und andererseits gemäss der liechtensteinischen Konkursordnung mit Konkurseröffnung ein Verlust der Vertretungsbefugnis der Organe der juristischen Person eintrete, sei ein Sachwalter zu bestellen, wobei diesem der im Rechtsbegehren aufgeführte Auftrag zu erteilen sei.
Dem ehemaligen Verwaltungsrat der A. AG, Dr. D., und der B. in C. wurde Gelegenheit zur Stellungnahme gegeben. Dr. D. teilte mit Schreiben vom 14. Januar 2009 mit, dass seinerseits keine Einwände hinsichtlich der Bestellung eines Sachwalters bestehen würden. Die B. hielt mit Schreiben vom 14. Januar 2009 ebenfalls fest, dass sie gegen die gerichtliche Ernennung eines Sachwalters keine Einwände vorbringen würde. Wesentlich scheine ihr jedoch, dass allfällige Einschränkungen der Verfügungsmacht des Sachwalters aus dem Erkenntnisdispositiv des Gerichts hervorgehen müssten und die B. keine Verpflichtung zur Überwachung und Plausibilisierung der Sachwalterinstruktionen übernehmen würde.
4. Nach Art. 15 Abs. 1 lit. b ZPO ist das Handelsgericht ausschliesslich für Streitigkeiten über Handelsgesellschaften und Genossenschaften zuständig. Die in Art. 731b OR vorgesehenen, bei Mängeln in der Organisation der Gesellschaft vom Richter zu erlassenden Massnahmen betreffen das Aktienrecht. Die vorliegende Sache, bei welcher es um die Bestellung eines Sachwalters geht, fällt damit in die handelsgerichtliche Zuständigkeit. Es kommt das summarische Verfahren zur Anwendung (vgl. Anhang zur Zivilprozessordnung Ziff. 71). Daraus folgt konkret die Zuständigkeit des Handelsgerichtspräsidenten (Leuenberger/Uffer-Tobler, Kommentar zur Zivilprozessordnung des Kantons St. Gallen, Bern 1999, N 2a zu Art. 15 ZPO). Die sachliche Zuständigkeit ergibt sich aus dem Umstand, dass die A. AG bezüglich der Konten bei der B. nur Beziehungen mit der Zweigniederlassung in C. (Kanton St. Gallen) unterhalten hatte und diese auch von dort aus betreut wurden. Damit ist in Übereinstimmung mit dem Entscheid des Kreisgerichtspräsidenten in C. (Kanton St. Gallen) vom 27. Oktober 2008, auf welchen verwiesen werden kann (Urteil S. 3 E.3c), ein überwiegender Zusammenhang mit der Zweigniederlassung und dementsprechend die örtliche Zuständigkeit in C. gegeben.
5. Gemäss dem in Rechtskraft erwachsenen Entscheid des Kreisgerichtspräsidenten in C. vom 27. Oktober 2008 ist das Erfordernis der Gewährung von Gegenrecht im Verhältnis zum Fürstentum Liechtenstein nicht erfüllt (Art. 166 Abs. 1 lit. c IPRG), weshalb das Gesuch um Anerkennung des Beschlusses des Fürstlichen Landgerichts Vaduz, Fürstentum Liechtenstein, vom 6. Dezember 2007 betreffend die Eröffnung des Konkursverfahrens über das Vermögen der A. AG abgewiesen wurde. Gemäss Art. 16 Abs. 1 der Konkursordnung des Fürstentums Liechtenstein wird durch Eröffnung des Konkurses dem Gemeinschuldner die freie Verfügung über die Konkursmasse entzogen. Der Gemeinschuldner ist somit hinsichtlich des durch die Konkurseröffnung seiner freien Verfügung entzogenen Vermögens (Konkursmasse) verfügungsunfähig und daher insoweit auch prozessunfähig. Sein gesetzlicher Vertreter ist der Masseverwalter. Vorliegend ist somit der Gesuchsteller als Masseverwalter berechtigt, die Bestellung eines Sachwalters zu beantragen. Nachdem sich Vermögenswerte der konkursiten A. AG in der Schweiz befinden, stellt sich die Frage, welche Rechtshandlungen der ausländische Massaverwalter in der Schweiz vornehmen kann.
Nachdem es vorliegend nicht möglich ist, dem Konkurserkenntnis des Fürstlichen Landgerichts Vaduz Wirkung für das Gebiet der Schweiz zu verschaffen, fehlt es der ausländischen Konkursverwaltung an der Legitimation, auf dem Boden des Privatrechts rechtsgeschäftliche Handlungen in der Schweiz vorzunehmen und insbesondere auf Schweizer Bankkonten liegendes Vermögen einzuziehen. Gestützt auf die Ausführungen von Franco Lorandi, Handlungsspielraum ausländischer Insolvenzmassen in der Schweiz, AJP 2008, S. 560 ff., insbesondere S. 566, ist deshalb in Anlehnung an den weiten Wortlaut von Art. 393 ZGB auch nach den neuen gesellschaftsrechtlichen Bestimmungen in analoger Anwendung von Art. 393 ZGB und Art. 731b OR ein Sachwalter für eine ausländische juristische Person zu bestellen, über welche im Ausland der Konkurs eröffnet worden ist. Mithin ist der Verlust der Handlungsfähigkeit der bisherigen Organmitglieder, d.h. vorliegend der Konkursmasse bzw. des Massaverwalters, ein tauglicher Grund für Schutzmassnahmen gemäss Art. 731b OR. Der ehemalige Verwaltungsrat der A. AG, Dr. D., wie auch die B. haben denn auch in Kenntnis der gesetzlichen Sachlage keine Einwände gegen die gerichtliche Ernennung eines Sachwalters erhoben.
Auf entsprechende Anfrage hin hat sich E., eidg. dipl. Buchhalter, bereit erklärt, als Sachwalter tätig zu sein.
6. Die Kompetenzen des Sachwalters umfassen nur Handlungen auf dem Gebiet der Schweiz. Er kann grundsätzlich sämtliche rechtsgeschäftlichen Handlungen vornehmen, so insbesondere Aktiven veräussern, den Erlös vereinnahmen und diesen an die ausländische Konkursmasse abliefern (Lorandi, AJP 2008, S. 566). Vorliegend verfügt die konkursite A. AG als Vermögenswerte in der Schweiz ausschliesslich über ein Konto der B. Nr. … in der Höhe von Fr. … und ein Konto der B. Nr. … über EUR … und allfällige Zinsen auf diesen Konten. Dem Sachwalter ist somit der Auftrag zu erteilen, diese Vermögenswerte bei der B. in C. (Kanton St. Gallen) einzuziehen und dem Gesuchsteller als Masseverwalter der A. AG zu überweisen. Sowohl Dr. D. als auch die B. haben in ihren Vernehmlassungen keine Einwendungen gegen dieses Vorgehen erhoben. Als richterlich eingesetztes Organ des ausländischen Gemeinschuldners (vgl. Lorandi, AJP 2008, S. 566) hat der Sachwalter den ihm entstehenden Aufwand dem Gericht in Rechnung zu stellen. Der Sachwalter hat den Auftrag möglichst umgehend auszuführen und dem Handelsgerichtspräsidenten über den Vollzug und den ihm entstandenen Aufwand Bericht zu erstatten. Danach kann das vorliegende Verfahren als erledigt abgeschrieben werden.