Erwägungen:
Am 29. Dezember 2006 reichte der Kläger die vorliegende Klage beim Handelsgericht ein mit dem Rechtsbegehren, es sei der Kläger mit seiner Forderung von Fr. 33'238.65 in den Kollokationsplan des Konkursverfahrens über die C. AG aufzunehmen, alles unter Kosten- und Entschädigungsfolge zu Lasten der Beklagten. Dabei wies er darauf hin, dass er, um die Klagefrist zu wahren, eine identische Klage auch beim Kreisgericht X. eingereicht habe, nachdem die Zuständigkeit des Handelsgerichts nicht zweifelsfrei feststehe.
Mit Schreiben vom 9. Januar 2007 wies der Handelsgerichtspräsident die Parteien darauf hin, dass erhebliche Gründe zur Annahme bestünden, dass nicht das Handelsgericht sondern das Kreisgericht X. zur Beurteilung der vorliegenden Kollokationsklage zuständig sei. Dabei wies er auf folgendes hin:
Gemäss Art. 15 Abs. 3 ZPO ist das Handelsgericht Stundungs- und Konkursgericht sowie Nachlassbehörde für Banken und Sparkassen. In einer Anmerkung des Gesetzestextes wird auf Art. 29 ff. und Art. 36 ff. des Bundesgesetzes über Banken und Sparkassen (SR 952.0) verwiesen (vgl. Leuenberger/Uffer-Tobler, Kommentar zur Zivilprozessordnung des Kantons St. Gallen, Bern 1999, N 9 zu Art. 15 ZPO). Die Hinweise auf die Gesetzesbestimmungen des BankG sind nicht mehr zutreffend, nachdem insbesondere der zwölfte Abschnitt über die Liquidation insolventer Banken (Bankenkonkurs) revidiert und am 1. Juli 2004 in Kraft gesetzt worden war. Nachdem gemäss Art. 33 Abs. 1 i.V.m. Art. 34 Abs. 1 BankG die Bankenkommission (EBK) einer Bank die Bewilligung entzieht und die Liquidation anordnet, welche die Wirkung einer Konkurseröffnung nach Art. 197-220 SchKG hat, ist die erwähnte Zuständigkeitsnorm der ZPO obsolet. Unter dem alten Recht (Art. 36 f. aBankG) gab es zwei Möglichkeiten der Zwangsliquidation: Entweder wurde ein Konkursverfahren nach den Regeln des SchKG oder ein Nachlassverfahren nach den Regeln des SchKG und der Verordnung des Bundesgerichts vom 11. April 1935 betreffend das Nachlassverfahren von Banken und Sparkassen durchgeführt. Dabei ernannte im Konkursverfahren das zuständige kantonale Konkursgericht (d.h. im Kanton St. Gallen das Handelsgericht) die Konkursverwaltung (vgl. R. Schwob, in: Bodmer/Kleiner/Lutz, Kommentar zum Bundesgesetz über die Banken und Sparkassen, 17. Nachlieferung 2006, N 2 Vorbem. vor Art. 33 BankG). Mit der Revision von Art. 33 ff. BankG wurden alle behördlichen Kompetenzen im Zusammenhang mit Bankeninsolvenzen der EBK übertragen (Schwob, N 3 Vorbem. vor Art. 33 BankG). Die Kollokation der Forderungen ist in Art. 36 BankG und Art. 24 ff. der Verordnung der Eidgenössischen Bankenkommission zum Konkurs von Banken und Effektenhändlern vom 30. Juni 2005 (Bankenkonkursverordnung, BKV; SR 952.812.32) geregelt (vgl. Schwob, N 3 ff. zu Art. 36 BankG). Die Gläubiger können entsprechend Art. 250 SchKG während mindestens 20 Tagen den Kollokationsplan einsehen (Art. 36 Abs. 2 BankG, Art. 27 BKV; Schwob, N 9 ff. zu Art. 36 BankG). Die Kollokationsklage richtet sich nach Art. 250 SchKG (Art. 28 Abs. 1 BKV). Die Klagefrist beginnt in dem Zeitpunkt zu laufen, ab welchem die Möglichkeit besteht, in den Kolloktionsplan Einsicht zu nehmen (Art. 28 Abs. 2 BKV). Nachdem eine Zuständigkeit des Handelsgerichts gemäss Art. 15 Abs. 3 ZPO obsolet ist, kann dessen Zuständigkeit ausschliesslich aufgrund von Art. 14 ZPO in Frage kommen. Dabei ist eine Zuständigkeit des Handelsgerichts nur gegeben, sofern die Streitigkeit mit der gegenseitigen geschäftlichen Tätigkeit zusammenhängt. Dies ist jedoch meistens bei den betreibungs- und konkursrechtlichen Klagen wie insbesondere Kollokations- und Anfechtungsklagen nicht der Fall (Leuenberger/Uffer-Tobler, N 2 und 4d zu Art. 14 ZPO). Vorliegend führt der Kläger zudem selber aus, dass der Streitwert höchstens Fr. 15'000.-- beträgt und damit die Grenze von Fr. 30'000.-- gemäss Art. 14 Abs. 1 ZPO nicht erreicht.
Mit Schreiben vom 10. und 19. Januar 2007 teilten die Parteien mit, sie seien damit einverstanden, dass die eingereichte Kollokationsklage vom Kreisgericht X. beurteilt werde. Das vorliegende Verfahren ist damit als erledigt abzuschreiben. Eine Überweisung des Verfahrens gestützt auf Art. 77 Abs. 1 ZPO entfällt, nachdem der Kläger die identische Klage bereits beim Kreisgericht X. eingereicht hat.