Aus den Erwägungen:
II.
[…]
2. a) – d) […]
Beistandschaft
e) Nicht umstritten ist die Weiterführung der Beistandschaft nach Art. 308 Abs. 2 ZGB. Eine solche ist angesichts der überaus konfliktbehafteten Situation zwischen den Beteiligten denn auch notwendig, um die persönlichen Kontakte zwischen dem Berufungskläger und seinen Kindern überhaupt zu ermöglichen. Erfordern es wie vorliegend die Verhältnisse, so können dem Beistand besondere Befugnisse übertragen werden (Art. 308 Abs. 2 ZGB). Der Inhalt des Auftrags ist von der anordnenden Stelle (KESB oder Gericht) präzise festzulegen. Der Beistand kann mit der Überwachung des persönlichen Verkehrs und der Regelung von Über- und Rückgabe des Kindes im Einzelnen betraut werden. Hingegen kann ihm nicht die Aufgabe überbunden werden, anstelle des Richters die Besuchsordnung zu ändern (BGE 118 II 242 E. 2d; BGer 5A_883/2017 E. 3.3; BSK ZGB I-Breitschmid, Art. 308 N 6f.) oder eine angeordnete Überwachung aufzuheben (Büchler/Michel, Besuchsrecht und häusliche Gewalt, FamPra 2011, S. 538f.). Der Beistand kann hier innerhalb der vorstehend vom Gericht festgesetzten Stufenfolge je nach günstigem oder ungünstigem Verlauf das Besuchsrecht erweitern oder einschränken und auch Termine abtauschen. Ursprünglich haben sich die Eltern - sprich im Eheschutzverfahren - über die Kompetenzen des Beistandes in einer Vereinbarung geeinigt, welche alsdann gerichtlich genehmigt und übernommen wurde. Es wurde ihm dabei die Befugnis eingeräumt die Weisung nach Art. 273 Abs. 2 ZGB aufzuheben. Bei der Regelung des persönlichen Verkehrs sind sämtlichen Begebenheiten der konkreten Situation wie auch dem Alter der betroffenen Kinder Rechnung zu tragen. Es kann wohl Situationen geben, in welchen es verhältnismässig ist, dem Beistand die Kompetenz einzuräumen, innerhalb eines Zeitrahmens begleitete Kontakte in unbegleitete zu überführen (vgl. BGer 5A_728/2015 E. 2.2 betreffend ein 13-jähriges Kind, Kompetenzdelegation an den Beistand für eine Überführung innert drei bis fünf Monaten, keine zusätzliche Kindeswohlgefährdung dargetan). Dies entspricht aber nicht der Regel (vgl. zu Kompetenzen des Beistandes BGer 5A_883/2017; Büchler/Michel, a.a.O., S. 538f.). Ein begleitetes Besuchsrecht als Weisung nach Art. 273 Abs. 2 ZGB ist eine Kindesschutzmassnahme im Sinne von Art. 307 ZGB (BSK ZGB I-Schwenzer/Cottier Art. 273 N 25) und die Kindesschutzbehörde oder das Gericht entscheidet, welche geeigneten Massnahmen zum Schutz des Kindes zu treffen sind, wenn eine Kindswohlgefährdung vorliegt (Art. 307 Abs. 1 ZGB; Art. 315 ZGB und Art. 315a ZGB; Büchler/Michel, a.a.O., S. 538). Die Besuchsrechtsbeistandschaft darf nicht zu einer Delegation der behördlichen Verantwortung für Kindeschutzmassnahmen an den Beistand führen. Einzelfallbezogen hängt hier eine zukünftige Überführung des begleiteten Besuchsrechts in ein unbegleitetes massgeblich von der Gefahrensituation für die Kinder ab (z.B. Auswirkungen miterlebter häuslicher Gewalt auf das Kindeswohl, Verdacht auf sexuellen Missbrauch, wiederkehrende Übergabeprobleme; vgl. Büchler/Michel, a.a.O., S. 538ff.). Dieser Kindswohlgefährdung ist präventiv zu begegnen (BSK ZGB I-Breitschmid, Art. 307 N 5 ff.). Die Gefährdung der Kinder steht im direkten Zusammenhang mit der Frage der Notwendigkeit der Begleitung, welche wiederum das Ergebnis des [vorliegend gegen den Vater wegen sexuellen Handlungen mit einem Kind geführten] Strafverfahrens mitzuberücksichtigen hat, jedoch nicht nur von eben diesem abhängt (vgl. BGE 125 III 401 E. 3, der Zivilrichter ist nicht an das Ergebnis des Strafrichters gebunden). Der Beistand kann also die Dauer der Kontakte im Rahmen der gerichtlich festgesetzten Besuchsregelung unter Berücksichtigung des Kindswohls und des Verlaufs bestimmen; wenn es jedoch um die Frage der Aufhebung der Begleitung geht, hat in diesem Fall die zuständige Kindesschutzbehörde oder das Gericht darüber zu entscheiden. Die vorinstanzlich eingeräumten Befugnisse des Beistandes sind somit im Folgenden anzupassen.
Der Beistand ist zu beauftragen, das begleitete Besuchsrecht im genannten Rahmen (Periodizität und Dauer/Stufenfolge) aufzugleisen und für die Umsetzung besorgt zu sein. Dementsprechend ist der Besuchsrechtsbeistand im Allgemeinen mit der Überwachung der persönlichen Kontakte zwischen Kind A und Kind B sowie deren Vater wie auch mit der Beratung und Unterstützung der Eltern bezüglich Besuchsrecht zu betrauen. Er soll im Speziellen ermächtigt werden, unter Berücksichtigung des Kindeswohls die genannte Stufenfolge (bis zur rechtskräftigen Erledigung des Strafverfahrens, sofern keine Verurteilung erfolgt: drei Stunden bis Ende August 2019, maximal sechs Stunden ab September 2019, zweimal sechs Stunden am Besuchswochenende ab Januar 2020) umzusetzen, sowie einzelne begleitete Kontakte an Feiertagen festzulegen. Der jeweils nächste Schritt in der Stufenfolge kann erst gemacht werden, wenn der vorhergehende positiv verlaufen ist. Im Falle einer ungünstigen Entwicklung kann der Beistand die Dauer des Besuchsrechts innerhalb der Stufenfolge wieder einschränken. Spätestens bis zur rechtskräftigen Erledigung des Strafverfahrens ist er zudem damit zu beauftragen, der zuständigen KESB oder dem Gericht, soweit ein eherechtliches Verfahren läuft, ausserordentlich Bericht zu erstatten und nötigenfalls die Anpassung der Kindesschutzmassnahmen zu beantragen (z.B. Aufhebung/Fortführung Begleitung, andere Kindesschutzmassnahmen).