Aus den Erwägungen:
1. So wie über die Scheidungsfolgen eine genehmigungsbedürftige Konvention geschlossen werden kann (Art. 279 ZPO), können auch die Unterhaltsregelungen im Eheschutz- und Scheidungsverfahren (Art. 176 ZGB, Art. 276 ZPO) auf Vereinbarung beruhen (BGE 142 III 518, E. 2.5). Diese ist zu genehmigen.
2. Nach der gerichtlichen Genehmigung ist eine Eheschutz-Vereinbarung nur noch wegen der Verletzung von Art. 279 Abs. 1 ZPO, also wegen Missachtung der Voraussetzungen der reiflichen Überlegung, des freien Willens, der Klarheit der Vereinbarung, der Vollständigkeit der Vereinbarung sowie wegen offensichtlicher Unangemessenheit (BGer 5A_187/2013, E. 5; 5A_74/2014, E. 2; Geiser, Besprechung neuerer Entscheidungen auf dem Gebiet des Eherechts, AJP 2014, 1706, 1711) und wegen Willensmängel anfechtbar (FamKomm Scheidung/Stein-Wigger, Anh. ZPO, Art. 279 ZPO, N 38; Sutter-Somm/Gut, in: Sutter-Somm/Hasenböhler/Leuenberger, ZPO Komm., Art. 279 ZPO, N 26).
3. Der Ehemann macht nun insbesondere geltend (...), er sei bei der Eheschutzverhandlung, anders als die Ehefrau, ohne Anwalt dagestanden und habe sich zur Vereinbarung überreden lassen. Das Gebot der Waffengleichheit sei verletzt worden, und er sei überfordert bzw. nicht in der Lage gewesen, auch psychisch nicht, seine Standpunkte zu kommunizieren sowie seine Beweise darzulegen. Das Einkommen der Ehefrau sei höher und ihr Bedarf geringer als angenommen. Zudem sei sein Einkommen tiefer, und er habe seine Arbeitsstelle per (…) 2017 kündigen müssen. Schliesslich habe die Ehefrau Vermögen verschleiert.
4. Den Ehegatten wurde bereits vor der Hauptverhandlung Gelegenheit eingeräumt, um ihre finanzielle Situation zu belegen (...). Aus diesen Unterlagen ergab sich namentlich, dass die Ehefrau eine Ausbildung in der Erwachsenenbildung absolviert (...), sie (…) Arbeitslosentaggelder von rund Fr. 1'600.00 im Monat bezieht und daneben im Zwischenverdienst als Detailhandelsverkäuferin (…) arbeitet, wobei sie insgesamt (mit den Taggeldern) monatliche Einkünfte von durchschnittlich Fr. 3'000.00 erwirtschaftet (). Der Ehemann hatte im Jahr 2013 zu 100% eine Saisonstelle (…) inne. Danach bezog er (…) ebenfalls eine Arbeitslosentschädigung (…). Von Mitte Mai bis Mitte August 2017 arbeitete er als Mitarbeiter (…) auf Stundenbasis, wiederum bei (…), bei einem Monatsverdienst von rund Fr. 4'000.00 (…). Danach verliess der Ehemann das Unternehmen auf eigenen Wunsch. Schliesslich reichte der Ehemann Belege ein, wonach er ab Juli 2017 bei der (…) GmbH monatliche Einnahmen zwischen Fr. 1'000.00 und Fr. 2'000.00 erzielte (…). Die Ehefrau hielt dessen Einkommenssituation in der Folge für unklar und stellte ein Auskunftsbegehren (…). An der Verhandlung selbst wurde den Ehegatten von der erfahrenen Familienrichterin einerseits der Unterschied zwischen einem Eheschutz- und einem Scheidungsverfahren erklärt (…). Andererseits wurde der Ehemann, gestützt auf das Auskunftsbegehren der Ehefrau, zu seinen finanziellen Verhältnissen befragt. Dieser gab insbesondere an, (…).
Die Vereinbarung basierte in der Folge namentlich auf der Annahme, dass die Ehefrau in den kommenden zwei Jahren den Kurs für Erwachsenenbildung abschliesst, der Ehemann seinen Job bei (…) im Sommer 2017 aufgegeben hatte, er momentan für die (…) GmbH arbeitet und ab November 2017 eine nicht näher definierte selbständige Tätigkeit aufnimmt (…).
5. Der Ehemann wurde bereits am (…), mit der Vorladung zur Hauptverhandlung, eingeladen, die Akten einzusehen und ihm wurde zugleich mitgeteilt, dass an der Verhandlung versucht werde, eine einvernehmliche Lösung zu finden (…). Der Ehemann verzichtete an der Verhandlung dennoch ausdrücklich auf Einsicht in die vollständigen Unterlagen seiner Ehefrau (...). Ausserdem waren ihm seine eigenen Einkommens- und Vermögensverhältnisse, und namentlich seine Kündigung bei der (…), hinlänglich bekannt. Ohnehin war es der Ehemann, der über seine finanziellen Verhältnisse, seine bisherigen beruflichen Tätigkeiten und seine künftigen Erwerbspläne nur ausweichende bzw. vage Antworten gab (…), so dass seine wirtschaftliche Lage insgesamt als undurchsichtig bezeichnet werden musste. Zudem erwies sich der Grund, den der Ehemann für seine Kündigung bei (…) vorbrachte ('er habe die Ehefrau mit einem anderen Mann gesehen'), als wenig stichhaltig bzw. als nicht schützenswert. Die Ehegatten einigten sich vor diesem Hintergrund auf befristete Unterhaltsbeiträge und darauf, dass die Ehefrau ihre Auskunftsbegehren zurückzieht. Die Eheschutzverhandlung dauerte sodann über zwei Stunden (…). Der Ehemann kann daher nicht nachvollziehbar begründen, er habe sich die Vereinbarung nicht reiflich überlegen können bzw. behauptet nicht einmal, er habe nur unzureichend Zeit gehabt, die Konvention zu studieren. Dafür, dass er seinen Willen nicht frei bzw. unbeeinflusst hätte bilden können, fehlen sodann jegliche Hinweise; der Ehemann behauptet das nicht einmal ausreichend konkret. Beeinflussung oder Täuschung liegen offensichtlich nicht vor. Die Vereinbarung ist sodann klar und vollständig. Sie lässt keinen Interpretationsspielraum offen und erfasst sämtliche relevanten Punkte. Eine offensichtliche Unangemessenheit liegt ebensowenig vor (vgl. dazu BGE 121 III 393, E. 5c; BGer 5A_599/2007, E. 6.4.1), zumal eine Trennungsvereinbarung gerade dazu dienen soll, Ungewissheiten bezüglich der beurteilungsrelevanten Tatsachen oder deren rechtlicher Tragweite endgültig zu bereinigen (BGE 142 III 518, E. 2.5; BGer 5A_688/2013, E. 8.2; 5A_187/2013, E. 7.1). Hier bestanden diese Unsicherheiten vor allem in den Einkommensverhältnissen bzw. den Berufsaussichten des Ehemanns, während die Ehefrau ihre wirtschaftliche Lage erschöpfend dargelegt hatte. Dabei ist eine Prognose, welches Einkommen der Ehemann künftig zu verdienen mag, als Schätzung naturgemäss mit Unsicherheiten verbunden (BGer 5A_671/2014, E. 3.3.3).
6. Im Übrigen hat der Ehemann vor Vorinstanz nie ein Gesuch um Beigabe eines (unentgeltlichen) Rechtsanwalts gestellt, obschon er am (…) über die zu erwartenden Prozesskosten und den Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege aufgeklärt worden war (…). Er kann dies daher nicht im Berufungsverfahren rügen. Die unentgeltliche Rechtspflege muss nämlich beantragt werden und wird nicht von Amtes wegen bewilligt (Art. 119 ZPO; Emmel, in: Sutter-Somm/Hasenböhler/Leuenberger, ZPO Komm., Art. 119 ZPO, N 1). Ohnehin wurde dem Ehemann aber am (…) unverzüglich mitgeteilt, dass sich die Ehefrau (…) von einem Anwalt an die Verhandlung begleiten lasse (…). Dennoch verzichtete dieser in der Folge darauf, auch seinerseits einen Anwalt beizuziehen. Zudem vermochte der offensichtlich intelligente, gebildete und der deutschen Sprache mächtige Ehemann, der das Schweizer Bürgerrecht besitzt, seine Standpunkte selber mit der notwendigen Detailgetreue darzulegen und die notwendigen Unterlagen eigenständig einzureichen. Es bestehen keine Hinweise, dass ein Ungleichgewicht zu seinen Lasten entstanden oder er mit der Verhandlung überfordert gewesen wäre. Im Eheschutzverfahren gilt denn auch der soziale Untersuchungsgrundsatz, wonach die Familienrichterin durch ihre Fragepflicht z.B. eine nicht anwaltlich vertretene Partei in einem gewissem Umfang unterstützen darf (KGer SG vom 1. Juli 2013, FE.2013.14, www.gerichte.sg.ch). Der Ehemann macht weder geltend, die Familienrichterin habe diese nur unzureichend ausgeübt, noch konkretisiert er, inwiefern er bei der Verhandlung benachteiligt gewesen sein soll. Für die behauptete Beeinträchtigung des psychischen Zustands des Ehemanns zum Vergleichszeitpunkt fehlen sodann jegliche Belege (z.B. Arztzeugnis). Das Gebot der Waffengleichheit wurde daher offensichtlich nicht verletzt.
7. Zu prüfen bleibt schliesslich, ob ein Willensmangel vorliegt. Der Ehemann behauptet nicht einmal und schon gar nicht substantiiert, er habe sich bei Vertragsabschluss in einem Irrtum befunden bzw. inwiefern dieser bestanden haben sollte. Ein solcher wäre ohnehin nur beachtlich, wenn er wesentlich wäre (Huguenin, Obligationenrecht - Allgemeiner und Besonderer Teil, N 478). Das würde erstens bedeuten, dass der Vater die vorliegende Konvention nicht abgeschlossen hätte ohne den betreffenden Punkt, und zweitens, dass er diesen aus objektiver Betrachtung, also nach Treu und Glauben, auch als notwendige Grundlage der Vereinbarung hätte betrachten dürfen (BGE 142 III 518, E. 2.6.2; Gauch/Schluep, Schweizerisches Obligationenrecht, Band I, N 778 ff.). Im Bereich des caput controversum (den Tatsachen also, welche vergleichsweise definiert worden sind, um die ungewisse Sachlage zu bewältigen, wie hier die Einkommens- und Bedarfsverhältnisse der Ehegatten) besteht ohnehin kein Raum für einen Irrtum; andernfalls würden gerade die Fragen wieder aufgerollt, derentwegen die Beteiligten den Vergleich – mit dem Ziel einer endgültigen Regelung – geschlossen haben (BGE 130 III 49, E. 1.2; 142 III 518, E. 2.6.2). Mit anderen Worten stellt die Vereinbarung regelmässig einen Kompromiss dar, mit dem die Ehegatten auch gewisse Unsicherheiten abschliessend erledigen wollten, so dass nicht mit jeder neuen Erkenntnis ein Willensmangel begründet werden kann (Geiser, Besprechung neuerer Entscheidungen auf dem Gebiet des Eherechts, AJP 2014, 1706, 1711).
Ebensowenig hat der Ehemann eine Drohung oder Täuschung geltend gemacht. Ein Willensmangel bei Vertragsabschluss besteht nicht. Der Berufung bleibt auch vor diesem Hintergrund der Erfolg versagt.