Erwägungen
I.
1. Am 1. Januar 2004 unterzeichneten C (Verpächter) und der Kläger (Pächter) einen Pachtvertrag betreffend zweier Grundstücke. Mitverpachtet waren auch die Gebäude Scheune Schopf. Als Pachtzins wurde Fr. 6'500.- pro Jahr vereinbart. Nach dem Tod von C erwarb der Beklagte die Grundstücke von der Erbengemeinschaft C. Mit Schreiben vom 27. Dezember 2007 kündigte der Beklagte den Pachtvertrag per 31. Dezember 2009 (kläg. act. 6).
2. Der Vermittlungsvorstand vom 8. Mai 2008 führte zu keiner Einigung, so dass der Kläger gestützt auf den Leitschein vom 24. Juli 2008 am 25. August 2008 seine Klage mit den eingangs aufgeführten Rechtsbegehren bei der Vorinstanz einreichte (vi-act. 2). Der Beklagte reichte seine Klageantwort am 23. Oktober 2008 ein (vi-act. 7). Er anerkannte, dass das Pachtverhältnis frühestens auf Ende 2010 gekündigt werden kann. Am 13. Januar 2009 fand vor dem Kreisgerichtspräsidenten die vorinstanzliche Hauptverhandlung statt (vi-act. 10). Der Entscheid wurde gleichentags im Dispositiv (vi-act. 15) und am 9. Februar 2009 begründet an die Parteien versandt (Urteil, 7).
3. Am 12. März 2009 erhob der Kläger gegen dieses Urteil Berufung ans Kantonsgericht (act. B1). Der Beklagte reichte seine Berufungsantwort am 27. April 2009 ein (act. B14). Ein zweiter Schriftenwechsel oder eine mündliche Verhandlung wurde nicht durchgeführt (GVP 2005 Nr. 67).
II.
1. Die Voraussetzungen für die Berufung (224, 225, 229 ZPO) sind erfüllt. Es ist darauf einzutreten. Zuständig ist die III. Zivilkammer (Art. 20 ZPO [in der seit dem 1. Juni 2009 geltenden Fassung]; Art. 15 lit. d GO).
2.1 Die von Amtes wegen vorzunehmende Prüfung der sachlichen Zuständigkeit (Art. 79 ZPO) der Vorinstanz ergibt, dass der Präsident des Kreisgerichts zur Beurteilung der vorliegenden Streitigkeit nicht zuständig war; zuständig ist vielmehr das Kreisgericht.
2.2 Bei einem pachtrechtlichen Streit mit einem Fr. 20'000.- übersteigenden Streitwert hat erstinstanzlich das Kreisgericht zu entscheiden (Art. 7 lit. a und 13 ZPO). Vor der Vorinstanz war - nachdem der Beklagte anerkannt hatte, dass seine Kündigung frühestens auf Ende 2010 wirksam wird - strittig, ob die ausgesprochene Kündigung per Ende 2010 oder Ende 2012 wirksam sei und ob das Pachtverhältnis um sechs Jahre zu erstrecken sei. Das Rechtsbegehren richtete sich somit auf eine Verlängerung der Pachtdauer um acht Jahre. Der Streitwert der vorliegenden Sache entspricht somit acht Jahreszinsen à Fr. 6'500.- (vgl. Leuenberger/Uffer-Tobler, Kommentar zur Zivilprozessordnung des Kantons St. Gallen, Bern 1999, Art. 75 N 4d), mithin deutlich über Fr. 20'000.-.
2.3 Die sachliche Zuständigkeit ist in der Regel zwingend (Leuenberger/Uffer-Tobler, vor Art. 5-21 N 2; Frank/Sträuli/Messmer, Kommentar zur zürcherischen Zivilprozessordnung, 3. Aufl., Zürich 1997, § 17 N 19) und deren Beachtung liegt im öffentlichen Interesse (Guldener, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 3. Aufl., Zürich 1979, 281, Anm. 8). Eine Einlassung wie bei der örtlichen Zuständigkeit ist abgesehen von ausdrücklich vorgesehenen Fällen nicht möglich. Die fehlende sachliche Zuständigkeit führt zwar in der Regel nicht zu einem nichtigen Entscheid und ein rechtskräftig gewordenes Urteil eines sachlich nicht zuständigen Richters ist aus Gründen der Rechtssicherheit grundsätzlich vollstreckbar (vgl. Leuenberger/Uffer-Tobler, vor Art. 5-21 N 3; Bühler, in: Bühler/Edelmann/Killer [Hrsg.], Kommentar zur aargauischen Zivilprozessordnung, 2. Aufl., Aarau 1998, vor §§ 10-22 N 19; Staehelin/Sutter, Zivilprozessrecht nach den Gesetzen der Kantone Basel-Stadt und Basel-Landschaft unter Einbezug des Bundesrechts, Zürich 1992, § 8 N 14). Wird der noch nicht rechtskräftige Entscheid eines sachlich nicht zuständigen Gerichts jedoch angefochten, muss er grundsätzlich von der Rechtsmittelinstanz aufgehoben werden (vgl. Hauser/Schweri, Kommentar zum zürcherischen Gerichtsverfassungsgesetz, Zürich 2002, vor §§ 1 ff. N 25; a. M. Leuch/Marbach/Kellerhals/Sterchi, Die Zivilprozessordnung für den Kanton Bern, 5. Aufl., Bern 2000, Art. 333 N 2d, vgl. aber auch Art. 90 N 2b).
2.4 Der vorliegend angefochtene Entscheid ist deshalb aufzuheben, was bedeutet, dass das erstinstanzliche Verfahren vor dem Kreisgericht durchzuführen ist. Beide Parteien haben ihren Wohnsitz in X, wo sich auch das verpachtete Grundstück befindet. Damit ist die Streitsache jedenfalls durch die für X örtlich zuständigen Gerichte zu beurteilen (Art. 23 Abs. 2 GestG). X gehört zur Gemeinde Y, welche im Wahlkreis Z liegt. Örtlich zuständig ist damit seit dem 1. Juni 2009 das Kreisgericht Z (Art. 3 GerG).