Erwägungen
I.
1.1 Am 26. Oktober 1999 (unterzeichnet am 11./13. November 1999) schlossen die Parteien einen Werkvertrag betreffend Flachdacharbeiten an einem von den Klägern als Bauherren bestellten Mehrfamilienhaus (kläg. act. I/1). Es wurde die Anwendung der SIA-Norm 118 vereinbart.
1.2 Die Beklagte führte die von ihr übernommenen Arbeiten aus und die Liegenschaft wurde im August 2000 bezogen. Gemäss den Klägern stellten sie im September 2004 in der Attikawohnung Wasserflecken an der Zimmerdecke fest. Ausserdem hätten sich Wassertropfen im Bereich der Storen und der Terrasse an der Südfassade gebildet, was zu ausbleibendem Graswuchs an der entsprechenden Stelle geführt habe. Auf Gesuch des Klägers 1 nahm das Gemeindeammannamt gestützt auf § 234 ZPO/ZH am 7. September 2004 eine Zustandsaufnahme des Flachdachs vor (kläg. act. I/3; amtlicher Befund Nr. 585 vom 6. Oktober 2004). Das Gemeindeammannamt stellte im Wesentlichen fest, dass es im Südwestzimmer im Obergeschoss der Deckenkante entlang einen ca. 40x25 cm grossen Wasserflecken habe und dass das Gras an der Südseite, ca. 6.5 Meter vom Westen her, schlecht wachse.
1.3 Mit Schreiben vom 12. Oktober 2004 wandte sich der Kläger 1 an die Beklagte, stellte ihr eine Kopie des amtlichen Befunds zu und bat sie, die Mängel bis Ende Oktober 2004 zu beheben. Andernfalls werde er die Arbeiten anderweitig vergeben und die Beklagte für die Kosten verantwortlich machen. Auf dieses Schreiben reagierte die Beklagte nicht. Die Kläger beauftragten sodann einen Dritten mit der Sanierung des Flachdachs. Dieser stellte am 9. August 2005 Rechnung über Fr. 32'586.40. Mit Schreiben vom 16. August 2005 forderte der Kläger 1 die Beklagte auf, ihm diese Summe zu bezahlen. Da die Beklagte den verlangten Betrag nicht zahlte, leiteten die Kläger die Betreibung gegen die Beklagte ein, welche dagegen Rechtsvorschlag erhob.
2.1 Mit Klage vom 15. September 2005 machten die Kläger die Streitsache direkt beim Kreisgericht anhängig (Art. 136 lit. a ZPO). Die Beklagte reichte ihre Klageantwort am 19. November 2005 ein.
2.2 Mit Schreiben vom 23. November 2005 erklärten die Kläger der A-GmbH, welche im Werkvertrag als "Bauleitung" aufgeführt ist und diesen ebenfalls unterzeichnet hatte, und der B-AG, welche im Werkvertrag als "Architekt" aufgeführt ist, im Sinne von Art. 49 ZPO den Streit. Die A-GmbH teilte mit Schreiben vom 8. Dezember 2005 mit, sie trete dem Prozess als Nebenpartei bei. Die B- AG trat dem Prozess nicht bei.
2.3 Am 7. April 2006 fand vor der Vorinstanz eine Einigungsverhandlung statt. Daran nahm auch die A-GmbH teil. Die Beteiligten kamen überein, das Gericht solle ein Gutachten betreffend Dachabdichtung in Auftrag geben. Als Gutachter wurde C von der C-AG bestimmt (vi-act. 14 und 15; nachfolgend der Gutachter). Mit Schreiben vom 20. Juni 2006 teilte die A-GmbH der Vorinstanz mit, sie habe mit den Klägern eine aussergerichtliche Vereinbarung getroffen und wünsche deshalb, nicht mehr kontaktiert zu werden.
2.4 Am 23. August 2006 fand (vi-act. 22 und 24) vor Ort die Experteninstruktion statt. Der Gutachter fertigte sein Gutachten am 14. Oktober 2006 aus (vi-act. 29; nachfolgend das Gutachten). Aufgrund von Zusatzfragen der Beklagten vom 29. Dezember 2006 und vom 8. September 2007 (vi-act. 39 und 49) wurden beim Gutachter zwei Zusatzgutachten in Auftrag gegeben. Diese wurden vom Gutachter am 11. August 2007 und am 5. Februar 2008 ausgefertigt (vi-act. 43 und 53; nachfolgend die Zusatzgutachten I und II).
2.5 Mit Eingaben vom 3. respektive 5. Mai 2008 nahmen die Parteien nochmals zum Tatsächlichen und Rechtlichen Stellung (vi-act. 57 und 58). Der vorinstanzliche Entscheid vom 1. Oktober 2008 wurde am 3. Oktober 2008 im Dispositiv an die Parteien versandt (vi-act. 60). Der Versand des begründeten Urteils erfolgte am 30. Dezember 2008 (Urteil, 17; Zugang bei der Beklagten am 5. Januar 2009 [vi-act. 64] und bei den Klägern am 6. Januar 2009 [vi-act. 63]).
3. Gegen diesen Entscheid erhob die Beklagte am 4. Februar 2009 Berufung (act. B1). Mit Berufungsantwort vom 23. März 2009 beantragten die Kläger die Abweisung der Berufung und erhoben gleichzeitig Anschlussberufung (act. B8). Am 29. April 2009 reichte die Beklagte ihre Anschlussberufungsantwort ein (act. B11). Am 15. Mai 2009 reichten die Kläger, am 30. Mai 2009 die Beklagte, je eine nachträgliche Eingabe ein (act. B14 und B17). Mit Stellungnahme vom 5. Juni 2009 verlangten die Kläger, die nachträgliche Eingabe der Beklagten vom 30. Mai 2009 sei aus dem Recht zu weisen (act. B20). Eine mündliche Verhandlung oder ein zweiter Schriftenwechsel wurde vor Kantonsgericht nicht durchgeführt (Art. 234 ZPO; act. B23).
II.
1. Die von Amtes wegen vorzunehmende Prüfung der Prozessvoraussetzungen (Art. 79, 224, 225, 229 ZPO; Art. 82 ff. GerG) ergibt, dass diese erfüllt sind. Auf die Berufung ist einzutreten. Zuständig ist die III. Zivilkammer (Art. 20 Abs. 1 lit. a ZPO; Art. 15 lit. d GO).
2. Die Berufungsantwort und Anschlussberufung der Kläger wurde der Beklagten mit Schreiben vom 27. März 2009 zugestellt. Die Beklagte wurde darauf aufmerksam gemacht, dass sie 10 Tage Zeit für eine nachträgliche Eingabe zur Berufungsantwort und 30 Tage Zeit für die Anschlussberufungsantwort habe. Eine nachträgliche Eingabe ging in der Folge nicht ein. Die Anschlussberufungsantwort erfolgte am 29. April 2009. Sie erweist sich grösstenteils als unzulässig, da es sich dabei inhaltlich nicht um eine Anschlussberufungsantwort, sondern um eine nachträgliche Eingabe zur Berufungsantwort handelt: Die Ausführungen in der "Anschlussberufungsantwort" beruhen auf den einzelnen Ziffern der "Anschlussberufung", enthalten aber inhaltlich Ausführungen dazu, weshalb die Beklagte überhaupt nicht hafte und nicht dazu, weshalb die Beklagte jedenfalls nicht voll hafte (dazu Berufungsantwort und Anschlussberufung, 7 Ziff. 20 f.). Insbesondere der Beweisantrag, wonach gegenüber der Bauleitung eine (rechtzeitige) Abmahnung erfolgt sei (Anschlussberufungsantwort, 4 Ziff. 4.3), ist - da die entsprechenden Ausführungen der Beklagten nur als nachträgliche Eingabe entgegengenommen werden können - verspätet und erfüllt die Begründungserfordernisse nicht (vgl. sogleich E. 3.1).
3.1 Eine Partei, die eine nachträgliche Eingabe zur Wahrung des rechtlichen Gehörs einreicht, hat im Einzelnen darzutun, welche neuen Vorbringen der Gegenpartei eine Stellungnahme erfordern. Unterlässt sie dies, kann das Gericht die nachträgliche Eingabe daher ohne Weiteres aus dem Recht weisen, es sei denn, dass die Zulässigkeit geradezu evident erscheint, was insbesondere dann der Fall ist, wenn mit der nachträglichen Eingabe auf neue Urkunden geantwortet wird (GVP 1993 Nr. 65 lit. b; Leuenberger/Uffer-Tobler, Kommentar zur Zivilprozessordnung des Kantons St. Gallen, Bern 1999, Art. 164 N 3b).
3.2 Die nachträgliche Eingabe der Kläger vom 15. Mai 2009 ist grösstenteils nicht relevant, weil sie sich praktisch nur auf den Teil der "Anschlussberufungsantwort" bezieht, der ohnehin nicht zulässig ist. Ausserdem wird nicht dargelegt, inwiefern die nachträgliche Eingabe zur Wahrung des rechtlichen Gehörs erforderlich gewesen wäre.
3.3 Die nachträgliche Eingabe der Beklagten vom 30. Mai 2009 ist verspätet (vgl. act. B19) und deshalb nicht zuzulassen. Ausserdem wird nicht dargelegt, inwiefern die nachträgliche Eingabe zur Wahrung des rechtlichen Gehörs erforderlich gewesen wäre.
III.
1.1 Der Gutachter stellte fest, die ursprüngliche Dachkonstruktion sei offensichtlich nicht dicht gewesen, wobei nicht mehr nachgewiesen werden könne warum, da nur noch Bilder der ursprünglichen Abdichtung vorhanden seien (Gutachten, 9 Ziff. 7.1; Zusatzgutachten I, 5). Der Gutachter vermutet, der Mangel sei darauf zurückzuführen, dass die Dachränder ungenügend überdeckt gewesen seien, so dass Regenwasser eindringen konnte. Sodann sei die Flüssigkunststoff-Abdichtung offenbar an einer oder mehreren Stellen gerissen oder abgelöst gewesen oder habe Löcher aufgewiesen (Gutachten, 8 f. Ziff. 6). Nach Ansicht des Gutachters hat eine Kombination von risikoreicher Planung und mangelhafter Ausführung zu den Undichtigkeiten geführt. Die Planung sei mit der Wahl einer grossflächigen Kunststoff-Abdichtung ein erhöhtes Risiko eingegangen, da für dieses Material in der Schweiz noch keine Normen beständen. Ein weiteres Risiko sei mit der Planung der Dachränder ohne Abdeckung in Kauf genommen worden; diese Ausführung entspreche weder den gültigen SIA-Normen noch dem Stand der Technik (Gutachten, 9 Ziff. 7.1). Sodann sei aber auch die Ausführung mangelhaft gewesen (Gutachten, 12 Ziff. 7.7; Zusatzgutachten I, 5 Ziff. 5). Nach Ansicht des Gutachters ist eine nicht normgerechte Ausführung mit risikoreichen Materialien erfolgt. Der Mangel sei von Planung und Ausführung zu gleichen Teilen technisch zu verantworten (Zusatzgutachten I, 6 Ziff. 7, 7 Ziff. 11).
1.2 Nach Ansicht der Beklagten ist die nicht normgerechte Ausführung, die zusammen mit der Planung je zur Hälfte als technische Verursacher des Mangels bezeichnet werde, ebenfalls von der Planung verursacht worden. Die B-AG habe der Beklagten aus ästhetischen Gründen eine Dachkonstruktion vorgegeben, die nicht normgerecht gewesen sei und im Bereich der Dachränder den SIA-Normen und dem Stand der Technik widerspreche. Daher könne nicht gesagt werden, die Beklagte habe die Dacharbeiten nicht fachgerecht ausgeführt und sie treffe ein hälftiges Mitverschulden. Aus den Gutachten ergebe sich kein Hinweis darauf, dass die Beklagte die Dacharbeiten nicht fachgerecht ausgeführt habe (Berufung, 5 Ziff. 8.5). Nach Ansicht der Kläger hat die Beklagte die Verantwortung für die Werkmängel vollständig zu übernehmen (Berufungsantwort und Anschlussberufung, 6 Ziff. 18). Die Kläger vertreten die Auffassung, die Beklagte sei als Unternehmerin für die normgerechte Ausführung und die Wahl der geeigneten Materialien verantwortlich. In diesem Ausmass sei sie auch für die Planung der Arbeit verantwortlich (Berufungsantwort und Anschlussberufung, 7 Ziff. 20).
1.3 Gestützt auf den Gutachter muss davon ausgegangen werden, dass das Flachdach tatsächlich undicht und damit mangelhaft war und, dass die Undichtigkeit des Flachdachs zumindest teilweise auf eine fehlerhafte Planung zurückzuführen ist. Nicht rechtsgenüglich nachgewiesen ist hingegen, dass die Beklagte die Arbeiten mangelhaft ausführte. Aufgrund der vor einer Beweisabnahme durchgeführten Ersatzvornahme konnte eine mangelhafte Ausführung nicht mehr mit Sicherheit festgestellt werden. Insbesondere ist die Mangelursache durch den amtlichen Befund des Gemeindeammannamtes nicht nachgewiesen. Beim amtlichen Befund handelt es sich nur um eine Zustandsaufnahme (§ 234 ZPO/ZH) und gerade nicht um eine vorsorgliche Beweisabnahme (§ 231 ff. ZPO/ZH). Es wurde denn im Wesentlichen auch nur das Vorliegen eines Wasserflecks und der Umstand, dass das Gras teilweise schlecht wachse, festgestellt. Dies bedeutet jedoch nicht, dass die Beklagte für den Mangel nicht haftet.
1.4 Nach Art. 165 Abs. 2 der SIA-Norm 118 haftet die Unternehmerin nämlich ohne Rücksicht auf die Ursache des Mangels und unabhängig von ihrem Verschulden. Die Haftung ist jedoch insofern beschränkt, als Mängel, welche die Bauherren selbstverschuldet haben, keine Werkmängel im Sinne der Norm darstellen (Art. 166 Abs. 4 der SIA-Norm 118). Der Unternehmerin steht mit anderen Worten der Entlastungsbeweis des Selbstverschuldens der Bauherren offen (Gauch, Kommentar zur SIA-Norm 118, Art. 157-190, Zürich 1991 [nachfolgend zitiert Gauch, Kommentar], Art. 166 N 13). Kein Selbstverschulden der Bauherren, das zu einer völligen Befreiung der Unternehmerin von der Mängelhaftung führen würde, liegt vor, wenn die Unternehmerin eine bestehende Anzeige- oder Abmahnungspflicht verletzt (Art. 166 Abs. 4 der SIA-Norm 118; Gauch, Kommentar, Art. 166 N 16; Gauch, Der Werkvertrag, 4. Aufl., Zürich 1996 [nachfolgend zitiert Gauch, Werkvertrag], N 2673). Möglich ist aber ein Mitverschulden oder beschränktes Selbstverschulden der Bauherren, das eine Reduktion der Haftung rechtfertigen kann (Gauch, Kommentar, Art. 166 N 14a und 16d; Gauch, Werkvertrag, N 2675). Nach Art. 25 Abs. 3 der SIA-Norm 118 hat die Unternehmerin den Bauherren Unstimmigkeiten oder andere Mängel, die sie bei der Ausführung ihrer Arbeit tatsächlich erkennt, jedenfalls - also selbst dann, wenn die Bauherren wie vorliegend sachverständig beraten respektive durch eine Bauleitung vertreten sind - anzuzeigen (Hürlimann, in: Gauch/Stöckli [Hrsg.], Kommentar zur SIA-Norm 118, Art. 1-37, Zürich 2009, Art. 25 N 14b). Die Anzeige soll gemäss Art. 25 Abs. 2 der SIA-Norm 118 schriftlich erfolgen oder ist zu protokollieren; bei dieser Formvorschrift handelt es sich nicht um ein Gültigkeitserfordernis (Gauch, Werkvertrag, N 1948; Hürlimann, Art. 25 N 10 f.).
1.5 Die Beklagte behauptet, die fehlerhafte Planung respektive die Normwidrigkeit erkannt zu haben (Berufung, 5 Ziff. 8.5). Demzufolge hätte sie die Bauleitung (Art. 25 Abs. 1 i. V. m. Art. 35 der SIA-Norm 118), allenfalls die Bauherren (Gauch, Werkvertrag, N 1944; Hürlimann, Art. 25 N 3) informieren müssen. Die Beklagte behauptet, dies erstmals schriftlich am 26. Juli 2000 gegenüber der A-GmbH getan zu haben (bekl. act. 1; Klageantwort, 3 oben; Berufung, 5 Ziff. 8.5). Die klägerische Behauptung, wonach die Arbeiten damals bereits abgeschlossen waren (vi-act. 58, S. 5 Ziff. 11; Berufungsantwort, 6 Ziff. 16), blieb unbestritten. Damit steht fest, dass die behauptete schriftliche Mahnung untauglich und ohne rechtliche Wirkung war. Es kann offen bleiben, ob diese der A-GmbH tatsächlich zuging und ob eine Anzeige an die Bauleitung genügt hätte. Gemäss dem Schreiben hat die Beklagte die A-GmbH und einen Herrn E bereits früher mündlich informiert. In ihren Rechtsschriften behauptet die Beklagte erstmals in ihrer Anschlussberufungsantwort (3 Ziff. 4.1, 4 Ziff. 4.3 und 5.1) ausdrücklich, während der Ausführung der Dachkonstruktion mehrmals - offensichtlich ohne dabei die Formvorschriften von Art. 25 Abs. 2 der SIA-Norm 118 zu beachten - auf die Unterschreitungen der SIA-Normen hingewiesen zu haben, und zwar gegenüber der A-GmbH und der B-AG. Auch Beweisofferten werden für diese Behauptung von der Beklagten erstmals in der Anschlussberufungsantwort (4 Ziff. 4.3) gemacht. Wie oben in E. II/2 ausgeführt, sind die diesbezüglichen Beweisofferten der Beklagten jedoch nicht formgültig respektive nicht rechtzeitig erfolgt. Die Beklagte ist deshalb mit ihren von den Klägern bestrittenen Behauptungen betreffend rechtzeitige Anzeige nicht zu hören.
1.6 Dies bedeutet, dass für den vorliegenden Prozess davon auszugehen ist, die Beklagte habe die Abmahnung, jedenfalls die rechtzeitige, versäumt. Wie ausgeführt bedeutet dies, dass damit zwar kein Selbstverschulden der Kläger (Bauherren) vorliegt, das zu einer vollständigen Haftungsbefreiung der Beklagten (Unternehmerin) führen würde. Ein beschränktes Selbstverschulden respektive ein Mitverschulden der Bauherren kann aber dennoch berücksichtigt werden (Art. 169 Abs. 1 Ziff. 2 und 170 Abs. 3 der SIA-Norm 118), was im vorliegenden Fall auch angezeigt ist. Unter Berücksichtigung der konkreten Umstände, namentlich dass ein substantieller Teil des Verschuldens in die Risikosphäre der Kläger fällt (Planung und Bauleitung) und der Beklagten zwar keine fehlerhafte Ausführung ihrer Arbeit nachgewiesen ist, sie sich aber die unterlassene Anzeige vorwerfen lassen muss, erscheint im Ergebnis die von der Vorinstanz vorgenommene Reduktion der Haftung der Beklagten um die Hälfte als angemessen. Soweit sich Berufung und Anschlussberufung auf eine andere Aufteilung der Schadensquoten stützen, erweisen sie sich als unbegründet.
2.1 Gestützt auf das Zusatzgutachten II, in dem der Gutachter festgestellt hat, dass die Gestehungskosten der Konstruktion der Sanierung um 54 % unter denjenigen der ursprünglichen Konstruktion liegen und dass die Unterhaltskosten über die Gebrauchsdauer - welche etwa gleich lange sei - ca. 15-25 % geringer seien, verlangt die Beklagte, den Klägern sei ein Mehrwert anzurechnen. Die Kläger würden wirtschaftlich besser gestellt, da die zukünftigen Aufwendungen für das Dach geringer seien. Ihnen entstünde einerseits aufgrund des geringeren Werts geringere Rückstellungen oder Abschreibungen, andererseits fielen geringere Instandhaltungs- und Unterhaltskosten an (vi-act. 57, Ziff. 3 f.; Berufung, 6 f. Ziff. 9). Aus nachfolgenden Gründen erweist sich die Berufung auch diesbezüglich als unbegründet.
2.2 Dass eine Liegenschaft aufgrund einer Nachbesserung, die zwar günstiger als die ursprüngliche Ausführung ist, aber das nachgebesserte Werk nicht besser macht, als es das ursprüngliche Werk seiner Natur nach bei mängelfreier Erstellung gewesen wäre, einen Mehrwert aufweist, erscheint als ausgeschlossen. Was der Kläger tatsächlich geltend macht, ist nicht eine Mehrwert-, sondern eine Vorteilsanrechnung.
2.3 Grundsätzlich sind die mit der Nachbesserung verbundenen Vorteile für den Besteller nicht auf die Nachbesserungskosten anrechenbar. Mit der Nachbesserung kommt der Unternehmer lediglich seiner ursprünglichen Leistungspflicht nach. Das vertragliche Recht des Bestellers auf ein mängelfreies Werk darf nicht dadurch beeinträchtigt werden, dass der Unternehmer den vertragsgemässen Zustand erst im Nachhinein herstellt (Brändli, Die Nachbesserung im Werkvertrag, Diss., St. Gallen 2007, N 525; Gauch, Werkvertrag, N 1731; Koller, Das Nachbesserungsrecht im Werkvertrag, 2. Aufl., Zürich 1995, N 362). Die Verhältnisse des Einzelfalls können nach Treu und Glauben eine teilweise Kostenüberwälzung auf den Besteller rechtfertigen, da die Nachbesserung nicht zu einer Bereicherung des Bestellers führen darf. Es hat eine Abwägung der Vor- und Nachteile des Einzelfalls stattzufinden (Brändli, N 525; Gauch, Werkvertrag, N 1730, 1732; Koller, N 362).
Die Vorteilsanrechnung wird teilweise bejaht, wenn das mangelhafte Werk längere Zeit nach der Ablieferung nachgebessert wird, wenn der Werkmangel sich verhältnismässig spät auswirkt und der Besteller bis dahin keine gravierenden Gebrauchsnachteile hinnehmen musste, und wo durch die späte Nachbesserung ohnehin nötige Renovationsarbeiten, die nicht die Mängelbeseitigung betreffen, miterledigt werden und sich dadurch die Lebensdauer des Werks merklich verlängert (Brändli, N 526; Gauch, Werkvertrag, N 1731 f.; Koller, N 366). Brändli (N 526) erwähnt auch den Fall, in dem durch Verwendung einer neuen Technologie die Unterhaltskosten für den Besteller sinken.
2.4 Im vorliegenden Fall rechtfertigt sich eine Vorteilsanrechnung nicht. Das Flachdach erhielt durch die Nachbesserung keine Eigenschaften, die von ihm nicht bereits ursprünglich erwartet worden wären. Auch kamen bei der Sanierung soweit ersichtlich keine neuen Technologien zur Anwendung. Im Verhältnis zu seiner Lebensdauer erscheint auch die Zeit, in der das Flachdach in Gebrauch war, als nicht genügend lange, um den Klägern einen Vorteil anzurechnen. Schliesslich ist auch eine Anrechnung der tieferen Unterhaltskosten über die gesamte Lebensdauer des Flachdachs nicht angezeigt. Einerseits fallen diese nicht stark ins Gewicht (gemäss dem Zusatzgutachten II ist der Arbeitsaufwand für Kontrollen und allfällige Reparaturen derselbe und nur die bei möglichen Reparaturen zu verwendenden Materialien liegen preislich etwas auseinander) und andererseits ist zu berücksichtigen, dass die Nachbesserungsarbeiten für die Kläger mit Unannehmlichkeiten und Umtrieben verbunden waren, so dass sich eine Vorteilsanrechnung aufgrund der tieferen Kosten des zukünftigen Wartungsaufwands für die nachgebesserte Konstruktion im Vergleich zur ursprünglichen, mangelbehafteten Konstruktion nach Treu und Glauben verbietet (vgl. Koller, N 368).
3.1 Die Beklagte bringt vor, die Kläger hätten sich die Zahlung der A-GmbH über Fr. 20'000.- gestützt auf die aussergerichtliche Vereinbarung vom 9. Juni 2006 (kläg. act. II/3) anrechnen zu lassen (Berufung, 3 f. Ziff. 7). Die Kläger wenden dazu ein, die A-GmbH habe mit dieser Zahlung einerseits nicht die Pflicht eines Dritten erfüllen wollen (Berufungsantwort, 4 Ziff. 8) und andererseits damit nicht nur den konkreten Werkmangel abgegolten, sondern auch Folgeaufwendungen wie insbesondere Zeit- und Geldaufwand durch Beweissicherung, Mahnungen, Verhandlungen und Gerichtsverfahren (Berufungsantwort, 4 f. Ziff. 9).
3.2 Im Grundsatz ist der Beklagten zu folgen. Was die Kläger bezüglich eines nicht vorhandenen Vertrags zu Gunsten Dritter ausführen, geht an der Sache vorbei. Die schweizerische Rechtsordnung enthält - sowohl bei der ausservertraglichen wie bei der vertraglichen Haftung - ein grundsätzliches Überentschädigungs-, Bereicherungs- oder Kommerzialisierungsverbot (BGE 131 III 12 E. 7.1 S. 16; 71 II 86 E. 4 S. 89; Beck, in: Münch/Geiser [Hrsg.], Schaden - Haftung - Versicherung, Basel 1999, N 6.81; Brehm, Berner Kommentar, VI/1/3/1, 3. Aufl., Bern 2006, Art. 42 N 27; Rey, Ausservertragliches Haftpflichtrecht, 3. Aufl., Zürich 2003, N 211; Roberto, Schweizerisches Haftpflichtrecht, 4. Aufl., Zürich 2005, § 1 N 64; Schaer, Grundzüge des Zusammenwirkens von Schadenausgleichsystemen, Basel 1984, N 466). Eine Überentschädigung liegt vor, wenn derselben Person verschiedene schadenausgleichende Leistungen während derselben Zeitspanne für das gleiche Schadensereignis ausgerichtet werden und die Summe der Leistungen den Schaden übertrifft. Anzurechnen sind daher Leistungen Dritter, die ereignisbezogen, sachlich, zeitlich und personell kongruent sind (BGE 131 III 12 E. 7.1 S. 16; Beck, N 6.19; Schaer, N 1105). Diese Grundsätze kommen auch auf den Aufwendungsersatz bei Ersatzvornahmen gestützt auf das Werkvertragsrecht zur Anwendung; die Kläger haben sich diesbezüglich eine Vorteilsanrechnung gefallen zu lassen. Soweit sie gestützt auf Ziff. 5 der Vereinbarung mit der A-GmbH implizit die Auffassung vertreten, sie könnten gestützt auf nachgewiesene Kosten für die Ersatzvornahme von Fr. 32'586.40 von der A-GmbH und der Beklagten gesamthaft Fr. 45'000.- fordern, bevor eine Überentschädigung vorliege (Berufung, 4 Ziff. 8, 5 Ziff. 14), kann den Klägern nicht gefolgt werden. Soweit die Ansprüche der Kläger gegenüber der A-GmbH und der Beklagten kongruent sind, kann den Klägern im vorliegenden Prozess maximal die Differenz zwischen ihrem Anspruch auf Aufwendungsersatz und der diesbezüglich bereits erhaltenen Zahlung der A-GmbH zugesprochen werden. Nachfolgend ist deshalb auf die Frage der Kongruenz der beiden Ansprüche einzugehen, wobei zwischen den Parteien lediglich die Frage der sachlichen Identität strittig ist.
3.3 Sachliche oder funktionale Kongruenz liegt vor, wenn sich die Leistungen der beiden Haftpflichtigen unter wirtschaftlichem Gesichtspunkt nach Art und Funktion entsprechen (BGE 126 III 41 E. 2 S. 43; Beck, N 6.27; Schaer, N 1134 f., 1152).
Dem Wortlaut der Vereinbarung zwischen den Klägern und der A-GmbH kann entnommen werden, dass die von der A-GmbH bezahlte Summe dazu diente, allfällige Ansprüche aus der vorliegenden Streitigkeit zu liquidieren. Die Präambel weist auf die Streitsache und die Streitverkündung der Kläger der A-GmbH gegenüber hin. Die A-GmbH wollte durch den Abschluss der Vereinbarung einer diesbezüglichen (gerichtlichen) Auseinandersetzung mit den Klägern zuvorkommen. In Ziff. 6 der Vereinbarung erklären sich deren Parteien sodann "mit Bezug auf den im Verfahren vor Kreisgericht verhandelten Streitgegenstand als per Saldo aller Ansprüche auseinandergesetzt." Beim erwähnten (vorinstanzlichen) Verfahren geht es nur um den Aufwendungsersatz für die Ersatzvornahme der Dachsanierung und die Entschädigung für die zivilprozessuale Durchsetzung dieses Anspruchs. Die Vereinbarung wurde wie gesehen am 9. Juni 2006 abgeschlossen, also nachdem am 7. April 2006 vor der Vorinstanz eine Einigungsverhandlung (im Beisein der A-GmbH) stattgefunden hatte, aber bevor am 23. August 2006 die Experteninstruktion stattfand. Zu was für tatsächlichen Ergebnissen der Gutachter kommen und was das Gericht rechtlich daraus ableiten würde, konnte den Parteien der Vereinbarung somit nicht bekannt sein. Bekannt war zu diesem Zeitpunkt hingegen schon die höchstmögliche Summe des Aufwendungsersatzes, nämlich Fr. 32'586.40 (nebst Zins). Dazu kam für die A-GmbH das Risiko, gestützt auf Art. 271 ZPO zur Zahlung von Prozesskosten verpflichtet zu werden. Bei Unterliegen der Kläger hätten ihr diejenigen Kosten auferlegt werden können, die auf ihre Anträge zurückgegangen wären (Leuenberger/Uffer-Tobler, Art. 271 N 2). Zum Zeitpunkt des Abschlusses der Vereinbarung hatte die A-GmbH noch keinerlei Anträge gestellt gehabt. Weiter hätten der A-GmbH keine Kosten auferlegt werden können, welche den Klägern deswegen entstanden, dass sie überklagt haben. Dieser Kostenanteil hätte der A-GmbH auch in einem nachfolgenden Zivilprozess nicht entgegengehalten werden können, da es sich dabei um von den Klägern unnötig verursachte Kosten handelt. Wenn die Kläger in der Berufungsantwort, 5 oben, behaupten, neben den Mangelkosten seien gemäss Ziff. 5 der Vereinbarung auch die Anwalts- und Gerichtskosten zum Vergleichsgegenstand geworden, so kann ihnen nicht gefolgt werden. Bei den in Ziff. 5 der Vereinbarung erwähnten Anwalts- und Gerichtskosten geht es einzig um Zahlungen, welche die Kläger von der Beklagten zu erhalten erhofften. Hingegen sprich der Umstand, dass sich die A-GmbH in der Vereinbarung zur Zahlung einer runden Summe - und nicht eines Anteils des eingeklagten Betrags - verpflichtete, dafür, dass die Parteien der Vereinbarung damit nicht einzig den Aufwendungsersatz für die Nachbesserung des Dachs abgelten wollten. Bei Vergleichen ist es üblich, dass nicht nur materiellrechtliche Aspekte berücksichtigt werden, sondern dass auch die bisherigen (auch aussergerichtlichen) Aufwendungen der Parteien und das zukünftige Prozessrisiko berücksichtigt werden. Soweit die Parteien der Vereinbarung übereingekommen sind, neben dem Aufwendungsersatz noch weitere Aufwendungen zu entschädigen und das zukünftige Prozessrisiko berücksichtigt haben, ist die Zahlung der A-GmbH an die Kläger nicht kongruent mit der im vorliegenden Prozess zu beurteilenden Forderung. Unter Berücksichtigung, dass die A-GmbH wegen des Überentschädigungsverbots von den Klägern für den Aufwendungsersatz für maximal Fr. 16'293.20 belangt werden könnte, dass inklusive der bis zur Zahlung der Vergleichssumme aufgelaufenen Zinsen die A-GmbH somit rund Fr. 17'000.- an den Aufwendungsersatz bezahlt hat und dass weitere Kosten für Aufwendungen der Kläger und der Abdeckung des Prozessrisikos von Fr. 3'000.- als angemessen erscheinen, steht fest, dass sich die Zahlung der A-GmbH und die Summe, welche die Beklagten den Klägern aufgrund des vorliegenden Prozesses zu bezahlen hat, nicht in einem Ausmass kongruent sind, das zu einer verpönten Überentschädigung der Kläger führen würde.
3.4 Im Ergebnis kann somit der Beklagten nicht gefolgt werden. Die Kläger haben sich die Zahlung der A-GmbH nicht über den Betrag von Fr. 16'293.20 anrechnen zu lassen. Die Berufung erweist sich auch in diesem Punkt als unbegründet und ist abzuweisen.
4. Soweit die Kläger Verzugszins ab dem 22. August 2005 und Ersatz der Betreibungskosten verlangen, ist die Anschlussberufung abzuweisen. Es kann auf die zutreffenden Erwägungen der Vorinstanz verwiesen werden (Urteil, 15 f. Ziff. 31 f.).