Sachverhalt
A und B sind seit zwanzig Jahren Mieter einer Werkstatt und eines Verkaufsraums im Raum St. Gallen. Im Juni 2007 teilte die Vermieterin den Mietern mit, sie habe die Liegenschaft erworben und arbeite an einem Projekt für einen Neubau, den sie zum Teil als ihren Geschäftssitz nutzen wolle. Im Januar 2008 kündigte die Vermieterin das Mietverhältnis mit dieser Begründung per 31. Juli 2008. Gleichzeitig kündigte sie auch den anderen Mietern der Liegenschaft.
Im April 2008 wurde auf Antrag der Mieter das Mietverhältnis erstmals um ein Jahr, also bis zum 31. Juli 2009, erstreckt.
Schon vor der Kündigung hatten die Mieter begonnen, eine andere Liegenschaft für ihren Betrieb zu suchen, und stiessen so auf eine ältere Gewerbeliegenschaft, die zum Verkauf stand. Ende April 2008 beauftragten sie ein Architekturbüro mit der Erstellung eines neuen Wohn- und Geschäftshauses auf diesem Grundstück. Ende Mai 2008 schlossen sie einen Kaufvertrag über das Grundstück ab. Die Eigentumsübertragung wurde bis zur Erteilung der Baubewilligung aufgeschoben. Ab Frühsommer 2008 arbeitete das Architekturbüro ein Vorprojekt für einen Neubau aus. Das Projekt wurde Ende Januar 2009 aufgegeben, weil es sich als nicht realisierbar herausstellte. Im März 2009 leiteten die Mieter ein Vorverfahren für ein zweites Neubauprojekt ein. Ende Mai 2009 stellte die Baubewilligungskommission fest, das Projekt sei nicht bewilligungsfähig, weil es den Waldabstand verletzte und keine Ausnahmebewilligung erteilt werden konnte. Praktisch gleichzeitig wurde der Eigentumsübergang am Grundstück im Grundbuch eingetragen und liessen die Mieter ein drittes Projekt ausarbeiten, welches statt eines Neubaus einen Um- und Ausbau vorsah. Das in der Folge von den Mietern eingereichte Baugesuch wurde im Oktober 2009 von der Baubewilligungskommission unter Bedingungen und mit Auflagen bewilligt. Im November 2009 reichten die Mieter ein Korrekturgesuch nach. Nach Eingang der Beurteilung der kantonalen Behörden eröffnete die Baubewilligungskommission die Baubewilligung im Februar 2010.
Ende Mai 2009 - kurz vor der Eröffnung des Beschlusses der Baubewilligungskommission betreffend das zweite Projekt - verlangten die Mieter eine angemessene Zweiterstreckung, die ihnen von den Vorinstanzen für sechs Monate, also bis zum 31. Januar 2010, gewährt wurde. Vor Kantonsgericht verlangen die Mieter eine Zweiterstreckung bis zum 30. September 2010.
Aus den Erwägungen:
1. a) Nach Art. 272 Abs. 1 OR kann der Mieter die Erstreckung eines Mietverhältnisses verlangen, wenn die Beendigung der Miete eine Härte zur Folge hätte, die durch die Interessen des Vermieters nicht zu rechtfertigen wäre. Eine Härte ist anzunehmen, wenn eine Erstreckung eine Milderung der Folgen der Vertragsauflösung für die Mietpartei erwarten lässt (vgl. BGE 116 II 446 E. 3b). Das Gericht entscheidet nach freiem Ermessen (Art. 4 ZGB) über eine Erstreckung und berücksichtigt dabei sämtliche Umstände des Einzelfalls - namentlich jene, die in Art. 272 Abs. 2 OR aufgeführt sind (BGE 135 III 121 E. 2). Verlangt der Mieter eine zweite Erstreckung, so ist gemäss Art. 272 Abs. 3 OR auch zu berücksichtigen, ob er zur Abwendung der Härte alles unternommen hat, was ihm zuzumuten war. Dies bedingt, dass der Mieter bereits nach Erhalt der Kündigung ernsthaft und fortwährend nach Ersatzraum sucht (Urteil des Bundesgerichts 4A_522/2009 vom 13. Januar 2010, E. 3.2 m.w.H.; siehe auch ZK-Higi, Art. 272 OR N 244). Bei der Prüfung einer Zweiterstreckung sind sämtliche ab Erhalt der Kündigung betriebenen Suchbemühungen in Betracht zu ziehen (Beat Rohrer, Die Erstreckung des Mietverhältnisses, MRA 2008, 185 ff., 194; ZK-Higi, Art. 272 OR N 244).
b) Es ist umstritten, ob bei einer Zweiterstreckung das Erfordernis der zumutbaren Suchbemühungen (Art. 272 Abs. 3 OR) im Rahmen der Gesamtabwägung nach Art. 272 Abs. 1 und 2 OR zu würdigen ist (so das Obergericht Zürich, MRA 2000, 380 ff., E. 3; Lachat/Spirig, Das Mietrecht für die Praxis, 8. Aufl., Zürich 2009, Rn. 30/9.2; ZK-Higi, Art. 272 OR N 246 - letzterer betont, dass dieses Kriterium besonders zu gewichten sei), oder ob es isoliert zu betrachten ist, sodass bei ungenügenden Suchbemühungen ungeachtet der allgemeinen Interessenlage keine Zweiterstreckung zu gewähren ist (so der SVIT-Kommentar, 3. Aufl., Zürich 2008, Art. 272 N 64; Raoul Futterlieb, Kommentar zum Entscheid des Obergerichtes des Kantons Zürich vom 23. August 2000, MRA 2000, 384; Rohrer, a.a.O., 194; ders., Bemerkungen zum Urteil des Bundesgerichts 4C.445/2006 neues Fenster vom 7. Juni 2007, MRA 2007, 95; widersprüchlich Obergericht Uri, RBUR 2002 Nr. 8, E. 7 am Ende). Andere Autoren beschränken sich auf die Aussage, bei der Zweiterstreckung komme zusätzlich zu den Kriterien für eine erste Erstreckung die Voraussetzung von Art. 272 Abs. 3 OR hinzu (Anita Thanei, Die Erstreckung des Mietverhältnisses, Zürich 1990, 39; BSK OR I-Weber, Art. 272 N 16). Das Bundesgericht hat die Streitfrage noch nicht entschieden. Insbesondere lässt sich dem vielfach zitierten Urteil 4C.399/1995 vom 31. Januar 1996 (mp 1996, 211 ff.) keine Antwort darauf entnehmen, da das Bundesgericht dort bloss festhielt, die Anforderungen an die Suchbemühungen seien nicht abstrakt, sondern nach den individuellen Verhältnissen des Mieters festzulegen, und im vorliegenden Fall ausreichend gewesen (E. 2b).
c) Der Zweck der Zweiterstreckung leitet sich aus jenem der ersten Erstreckung ab, welche dem Mieter mehr Zeit für die Suche nach Ersatzraum verschaffen soll (vgl. BGE 116 II 446 E. 3b). Die Zweiterstreckung soll dem Mieter eine letzte Gelegenheit für die Suche nach einem Ersatzobjekt bieten, wenn er während der ersten Erstreckung trotz aller Bemühungen keines finden konnte. Demgegenüber hat der Mieter, der während der ersten Erstreckung nicht alles Zumutbare unternommen hat, um Ersatzraum zu suchen, kein schützenswertes Interesse an einer Zweiterstreckung. Es ist diesfalls auch nicht ohne weiteres davon auszugehen, dass der Mieter nach einer zweiten Erstreckung seine Suche intensivieren würde, statt es auf ein Ausweisungsverfahren ankommen zu lassen. Daher ist es nicht gerechtfertigt, mit einer Zweiterstreckung zum zweiten Mal in die Eigentums- und Vertragsfreiheit des Vermieters einzugreifen, wenn der Mieter die Gelegenheit, während der ersten Erstreckung nach Ersatzraum zu suchen, nur ungenügend genutzt hat. Die Voraussetzung von Art. 272 Abs. 3 OR ist deshalb unabhängig von der Interessenabwägung nach Art. 272 Abs. 1 und 2 OR zu prüfen. Die Eigenständigkeit von Art. 272 Abs. 3 OR darf jedoch nicht überschätzt werden, denn die Kriterien, anhand derer zu beurteilen ist, ob der Mieter alles Zumutbare getan hat, um Ersatzraum zu finden, überschneiden sich mit jenen, die für die Interessenabwägung nach Art. 272 Abs. 1 und 2 OR massgebend sind (dies betont das Obergericht Zürich, MRA 2000, 380 ff., E. 3). So ist die Frage, welche Suchbemühungen zumutbar gewesen wären, unter Berücksichtigung der persönlichen Verhältnisse des Mieters zu entscheiden (Urteil des Bundesgerichts 4C.399/1995 vom 31. Januar 1996, mp 1996, 211 ff., E. 2b; vgl. Art. 272 Abs. 2 lit. c OR). Auch können die Marktverhältnisse (vgl. Art. 272 Abs. 2 lit. e OR) gewisse Suchmethoden - namentlich die Aufgabe eigener Inserate - als aussichtslos erscheinen lassen (ZK-Higi, Art. 272 OR N 244; BSK OR I-Weber, Art. 272 N 17; anders, aber ohne Begründung, SVIT-Kommentar, Art. 272 N 61).
2. a) Der vorliegende Fall weist die Besonderheit auf, dass die Kläger sich sehr früh entschlossen hatten, eine Gewerbeliegenschaft zu kaufen, rasch ein geeignetes Objekt fanden und in der Folge nicht mehr nach einem (allenfalls früher bezugsbereiten) Mietobjekt suchten, sondern sich auf den Neu- bzw. Umbau der gekauften Liegenschaft konzentrierten. Die Vorinstanz hielt dieses Vorgehen im Gegensatz zur Beklagten für zulässig.
b) Dem Mieter, dem gekündigt wurde, ist es unbenommen, sich (auch) nach einem Kaufobjekt umzusehen. Es ist aber zweifelhaft, ob er sich zum vornherein auf die Suche nach einem Kaufobjekt beschränken darf, insbesondere wenn auf dem Markt weniger Objekte zu verkaufen als zu vermieten sind - was in der Regel der Fall sein dürfte. Denn der Mieter muss nach Art. 272 Abs. 3 OR "alles" unternehmen, um die Härte abzuwenden, und es ist ihm zuzumuten, wie bis anhin zur Miete zu sein. Ob die Kläger im vorliegenden Fall parallel zu ihrem Bauvorhaben nach einem Mietobjekt hätten suchen müssen, kann aber aus folgenden Gründen offen bleiben.
c) Kauft der Mieter kurz nach der Kündigung eine Ersatzliegenschaft, die er erst nach grösserer Bautätigkeit nutzen kann, und führt dies dazu, dass die Beendigung des Mietverhältnisses für ihn eine Härte nach Art. 272 Abs. 1 OR darstellt, hat er die Härte selbst herbeigeführt. Im Minimum muss er sein Bauprojekt so planen und ausführen, dass der Ersatzraum möglichst rasch bezugsbereit ist, und dabei alles unternehmen, um mögliche Verzögerungen zu verhindern. Entgegen der Ansicht der Kläger können bautypische Verzögerungen wie die (teilweise) Ablehnung eines Baugesuchs, Einsprachen oder ein schleppender Baufortschritt keine Zweiterstreckung rechtfertigen. Diese sind eine direkte Folge des vom Mieter gewählten Vorgehens, und es wäre unbillig (Art. 4 ZGB), solche Risiken dem Vermieter aufzubürden. Deshalb kann sich der bauende Mieter auch nicht darauf berufen, dass die Verzögerungen den von ihm beigezogenen Spezialisten (Architekt, Ingenieur, Bauunternehmer) anzulasten sind.
d) Vorliegend liessen die Kläger vom Frühsommer 2008 bis Januar 2009, also während ca. 8 Monaten, ein erstes Vorprojekt ausarbeiten, welches sich als nicht realisierbar herausstellte. Mit dem zweiten, nicht bewilligungsfähigen Projekt verloren sie weitere vier Monate (Februar bis Ende Mai 2009). Zu einer weiteren, eher geringfügigen Verzögerung kam es im Herbst 2009, als die Kläger das dritte Projekt überarbeiten mussten. Ohne diese Verzögerungen hätten die Kläger die Baubewilligung nicht erst am 9. Februar 2010, sondern rund ein Jahr früher erhalten und ihr Bauvorhaben im Laufe des Jahres 2009 ausführen können. Wie die Vorinstanz zu Recht festhielt, kann unter diesen Umständen nicht gesagt werden, dass die Kläger zur Abwendung der Härte alles unternommen haben, was ihnen zuzumuten war. Vielmehr haben sie sie - wenn auch unabsichtlich - selbst herbeigeführt.
e) Die Zweiterstreckung bis zum 31. Januar 2010 blieb seitens der Beklagten unangefochten. Eine Erstreckung über dieses Datum hinaus ist ausgeschlossen. Die Berufung ist abzuweisen.
3. Die weiteren Vorbringen der Parteien betreffen die Frage, ob eine Härte nach Art. 272 Abs. 1 und 2 OR vorliegt, und ändern aus den vorne genannten Gründen nichts am Verfahrensausgang. Ohnehin hat die Vorinstanz die Interessen der Parteien ausführlich und zutreffend gewürdigt und die seither eingetretenen Umstände ändern nichts am Ergebnis dieser Interessenabwägung. Die Kläger vermuten, dass die Beklagte nicht so rasch als möglich mit den Bauarbeiten beginnen möchte, weil die anderen Mieteinheiten weiterhin vermietet werden. Die Beklagte antwortete darauf, die Mieteinheiten seien nur auf Zusehen hin vermietet und nur an Personen, zu welchen ein besonderes Vertrauensverhältnis bestehe, sodass die Liegenschaft kurzfristig geräumt werden könne. Mit der erteilten Baubewilligung für den Neubau ist der Eigenbedarf der Beklagten ausgewiesen und dringend (Art. 272 Abs. 2 lit. d OR; vgl. BGE 135 III 121, E. 5). Befindet sich ein Vermieter, der die Liegenschaft abreissen will, mit einem Mieter in einem - möglicherweise langwierigen - Rechtsstreit um eine Mieterstreckung oder Ausweisung, ist ihm nicht zuzumuten, die anderen Mieteinheiten während dieser Zeit leer stehen zu lassen. Es soll ihm deshalb nicht schaden, wenn er bis zum Ende des Rechtsstreits die anderen Einheiten weiterhin vermietet. Der Umstand, dass die anderen Mieteinheiten wieder vermietet sind, mindert den dringlichen Eigenbedarf der Beklagten nicht, weshalb die Interessenabwägung auch so zugunsten der Beklagten ausgeht. Daher wäre die Berufung selbst dann abzuweisen, wenn das Erfordernis der zumutbaren Suchbemühungen (Art. 272 Abs. 3 OR) im Rahmen der Gesamtabwägung nach Art. 272 Abs. 1 und 2 OR zu würdigen wäre.