Erwägungen
I.
1. Die Kläger waren Vertragsparteien des bis Ende September 2007 gültigen, allgemeinverbindlich erklärten Landesmantelvertrages für das Bauhauptgewerbe (LMV; …). Die Paritätische Berufskommission … (im folgenden kurz: PBK …) war gemäss Art. 76 und 79 LMV - die insoweit allgemeinverbindlich erklärt wurden - ermächtigt, den LMV im lokalen Vertragsgebiet zu vollziehen und dabei namentlich in den unterstellten Betrieben Kontrollen über dessen Einhaltung durchzuführen oder durchführen zu lassen sowie gegebenenfalls Sanktionen auszusprechen und Kontroll- sowie Verfahrenskosten zu verlegen. Die Beklagte betreibt im der PBK unterstellen Gebiet eine Baufirma; dem Schweizerischen Baumeisterverband gehört sie nicht an, und sie hat auch keine Anschlusserklärung zum LMV abgegeben (kläg. act. 6 Anhang; kläg. act. 7, 3; kläg. act. 9, 2).
2. Im Auftrag der PBK führte die Firma X im Sommer 2006 bei der Beklagten eine Lohnkontrolle über den Zeitraum 1. Januar 2004 bis 31. Dezember 2005 durch (Klage, 4; kläg. act. 7). Es ist unbestritten, dass die Beklagte damals darauf verzichtete, die Bestellung eines besonderen, von den Vertragsparteien des LMV unabhängigen Kontrollorgans im Sinne von Art. 6 des Bundesgesetzes über die Allgemeinverbindlicherklärung von Gesamtarbeitsverträgen (AVEG) zu verlangen (vi-act. 18, 2). In ihrem Kontrollbericht vom 17. Juli 2006 (kläg. act. 7) stellte die Firma X verschiedene angebliche Verstösse gegen allgemeinverbindlich erklärte Bestimmungen des LMV fest (Überschreitung der Jahresarbeitszeit, Vorenthalten der Überstundenentschädigung, Nichtaufführen der Lohnklassen auf den Lohnabrechnungen, Unterschreitung der Mindestlöhne, Nichtabführen der Beiträge an den Vollzugs- und den Bildungsfonds). Gestützt darauf auferlegte die PBK der Beklagten - nachdem diese zum Bericht Stellung genommen hatte (kläg. act. 8) - am 14. September 2006 eine Konventionalstrafe von Fr. 7'600.- sowie Kontroll- und Verfahrenskosten von Fr. 5'157.- (Klage, 4; kläg. act. 9).
3. Die Beklagte anerkannte diese Anordnung der PBK nicht, worauf die Kläger nach erfolglosen Vermittlungsverfahren am 19. Juli 2007 beim Kreisgerichtspräsidium Werdenberg-Sargans Klage erhoben mit dem Begehren, die Beklagte sei zu verpflichten, ihnen Fr. 12'757.- nebst 5% Zins seit 15. Februar 2007 zu bezahlen (vi-act. 1; vi-act. 3 = Klage). Mit Klageantwort vom 29. Oktober 2007 liess die Beklagte beantragen, die Klage sei mangels Aktivlegitimation, eventuell mangels Substanziierung abzuweisen (vi-act. 14 = Klageantwort). Am 23. November 2007 wies der Gerichtspräsident die Klage ab, dies im Wesentlichen mit der Begründung, dem mittlerweile nicht mehr gültigen LMV komme keine Nachwirkung zu (vi-act. 21).
4. Am 29. Februar 2008 erhoben die Kläger die vorliegende Berufung mit dem Antrag, der erstinstanzliche Entscheid sei aufzuheben und die Klage sei gutzuheissen, eventuell sei die Streitsache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen (B/1 = Berufung). Mit Berufungsantwort vom 16. April 2008 liess die Beklagte beantragen, die Berufung sei abzuweisen (B/2 = Berufungsantwort). Zugleich hielt sie für den Fall, dass die eingeklagte Forderung noch materiell zu prüfen ist, dafür, dass die Streitsache an die Vorinstanz zurückgewiesen wird (Berufungsantwort, 1 unten).
II.
Der Kläger 1 wie auch die Kläger 2 und 3 haben die Rechtsform eines Vereins, womit sie Partei- und Prozessfähig sind. Soweit die gemeinsame Durchsetzung von Ansprüchen aus dem Gesamtarbeitsvertrag betroffen ist (dazu unten Erw. III.3), bilden sie eine einfache Gesellschaft, womit sie im vorliegenden Prozess zu Recht als Streitgenossen auftreten (Streiff/von Kaenel, Arbeitsvertrag, 6. Aufl., N 4 zu Art. 357b OR; Art. 357b Abs. 3 OR; Leuenberger/Uffer-Tobler, Kommentar zur Zivilprozessordnung des Kantons St. Gallen, N 1 zu Art. 44 ZPO).
Die PBK hat ebenfalls die Rechtsform eines Vereins. Nach dem Rubrum der Klage- und Berufungsschrift sowie den Ausführungen an der erstinstanzlichen Hauptverhandlung (vi-act. 18, 1) zu schliessen, tritt sie im vorliegenden Verfahren - entgegen dem missverständlichen Hinweis auf Seite 3 der Klageschrift - nicht als Klägerin, sondern als Vertreterin der Tarifparteien auf. Sie lässt sich ihrerseits durch einen Anwalt vertreten, der - nach dem klägerischen Rubrum zu schliessen - zugleich die Kläger 1 - 3 vertritt.
III.
1. Der LMV samt Zusatzvereinbarungen war in der hier massgebenden Kontrollperiode wie auch danach bis Ende September 2007 gemäss Art. 1 AVEG allgemeinverbindlich erklärt (vgl. insbesondere Grundbeschluss des Bundesrates vom 10. November 1998 sowie Bundesratsbeschlüsse vom 22. August 2003 und 11. August 2005, abrufbar unter www.seco.admin.ch/themen). Per Ende September 2007 wurde der LMV … gekündigt. Danach herrschte bis Ende April 2008 ein vertragsloser Zustand. Per 1. Mai 2008 trat ein neuer Landesmantelvertrag (im Folgenden: LMV 2008) in Kraft, wobei eine Allgemeinverbindlicherklärung zwar angestrebt wird, bis heute aber noch nicht erfolgte (Vereinbarung zwischen den Tarifparteien vom 14. April 2008, Ziffern 6 und 7; Liste der allgemeinverbindlich erklärten Gesamtarbeitsverträge, abrufbar unter www.seco.admin.ch).
2. Es bestehen keine Zweifel, dass die Beklagte als Bauunternehmung unter den betrieblichen Geltungsbereich des LMV fiel und demnach bis Ende September 2007 als Aussenseiterin den allgemeinverbindlich erklärten Bestimmungen dieses Gesamtarbeitsvertrages unterstand (vgl. Art. 2 LMV). Im Übrigen folgt bereits aus dem in Erw. I.1. Gesagten, dass die PBK ermächtigt war, die Beklagte - die wie erwähnt darauf verzichtete, den Beizug eines unabhängigen Kontrollorgans zu verlangen (Erw. I.2) - einer Kontrolle zu unterziehen sowie gegebenenfalls Sanktionen nach Art. 79 LMV anzuordnen.
3. Gemäss Art. 357b Abs. 1 OR können die Parteien des Gesamtarbeitsvertrages vereinbaren, dass ihnen gemeinsam ein Anspruch auf Einhaltung des Vertrages gegenüber den Arbeitnehmern und Arbeitgebern zusteht, soweit die in lit. a-c aufgeführten Punkte betroffen sind. Ansprüche, die sich aus einer solchen gemeinsamen Vertragsdurchführung ergeben, stehen von Gesetzes wegen der Vertragsgemeinschaft zu (Streiff/von Kaenel, a.a.O., N 5 Absatz 3 zu Art. 357b OR). Hier haben sich die Kläger in Art. 12 Abs. 2 i.V.m. Art. 75 - 79 LMV auf eine gemeinsame Durchführung im Sinne von Art. 357b Abs. 1 OR geeinigt. Vorbehältlich der nachfolgenden Erwägungen Ziffer 5 sind sie daher berechtigt, den behaupteten Anspruch gegenüber der Beklagten gemeinsam geltend zu machen. Kontrovers ist in der Literatur und Rechtsprechung, ob und wenn ja unter welchen Voraussetzungen (auch) eine paritätische Berufskommission im eigenen Namen klagen kann (vgl. dazu Streiff/von Kaenel, a.a.O., N 5 zu Art. 357b OR, mit Hinweisen); diese Frage ist hier allerdings ohne Belang, da die PBK wie erwähnt nicht Prozesspartei ist, sondern bloss Vertretungsfunktion inne hat.
4. Die Vorinstanz ist der Meinung, die Klage sei schon deshalb abzuweisen, weil den Bestimmungen des seit Oktober 2007 nicht mehr gültigen LMV keine Nachwirkung zukomme. Daher fehle es einerseits an der Aktivlegitimation, da diese auch im Urteilszeitpunkt noch gegeben sein müsse (Art. 81 Abs. 2 ZPO). Anderseits gebe es aber auch keine materielle Anspruchsberechtigung mehr. Die vom Bundesgericht (BGE 130 III 19) bestätigte Nachwirkung der normativen Bestimmungen eines Gesamtarbeitsvertrages, wenn die Parteien keine abweichende Vereinbarung getroffen haben, sei im vorliegenden Fall irrelevant, gehe es doch hier einzig um Bestimmungen zur Kontrolle und Durchsetzung des Gesamtarbeitsvertrages, also sogenannt indirekt-schuldrechtliche Bestimmungen (Urteil, 5 f.).
4.1 Das von der Vorinstanz angesprochene Problem der Nachwirkung stellt sich hier nicht. Die vom Bundesgericht in BGE 130 III 19 bestätigte Nachwirkung kann sich nur im Verhältnis zwischen den Parteien eines Gesamtarbeitsvertrages beziehungsweise der ihm angeschlossenen Mitglieder stellen. Sie beruht nämlich auf der Annahme, dass der während der Geltung des Gesamtarbeitsvertrages geschlossene Einzelarbeitsvertrag nach dem effektiven Vertragswillen der Parteien die Normen des Gesamtarbeitsvertrages zum integrierenden Vertragsbestandteil machte; vorbehältlich anderer Abrede ändere der Wegfall des Gesamtarbeitsvertrages aber dann auch nichts an diesem Inhalt des Einzelarbeitsvertrages (E. 3.1.2.2). Gegenüber einem Aussenseiter, der lediglich über die Allgemeinverbindlicherklärung an den Gesamtarbeitsvertrag gebunden ist, stellt sich die Situation aber zum Vornherein anders dar. Für den Aussenseiter sind die allgemeinverbindlich erklärten Bestimmungen objektives Zivilrecht und nicht vereinbarter Vertragsinhalt. Aussenseiter unterstehen daher einem allgemeinverbindlich erklärten Gesamtarbeitsvertrag nur für die Dauer von dessen Inkraftsetzung durch den Bundesrat; klafft zwischen dem Ende der alten Inkraftsetzung und dem Beginn der neuen eine Lücke, entfallen für diese Zeit die Gesamtarbeitsvertrags-Pflichten. Eine Nachwirkung der Allgemeinverbindlichkeit wird also abgelehnt (Streiff/von Kaenel, a.a.O., N 12 zu Art. 356b OR, S. 1049 m.w.N.).
Somit ist zu prüfen, ob gegenüber der Beklagten Pflichten aus dem LMV geltend gemacht werden, die den Zeitraum betreffen, als der Vertrag noch in Kraft war.
4.2 Eingeklagt ist eine Konventionalstrafe von Fr. 7'600.- und Kontroll- und Verfahrenskosten von Fr. 5'157.-. Hierbei handelt es sich um sogenannt indirekt-schuldrechtliche Bestimmungen, da sie eine Partei des Einzelarbeitsvertrags (die Beklagte) verpflichten, ohne deren Partner aus dem Einzelarbeitsvertrag (ihre Arbeitnehmer) zu berechtigen. Berechtigt sind vielmehr die Klägerinnen aus der - gemäss Art. 357b OR vereinbarten - gemeinsamen Vertragsdurchführung (Portmann/Stöckli, Kollektives Arbeitsrecht, N 238; Streiff/von Kaenel, a.a.O., N 2 zu Art. 357b OR; Stöckli, Berner Kommentar, N 3 zu Art. 357b OR und N 102 Absatz 2 zu Art. 356 OR).
Die Vorinstanz (und mit ihr die Beklagte auf den Seiten 2 oben, 3 f. und 4 f. der Berufungsantwort) verweist sinngemäss auf Art. 2 Abs. 2 StGB, der die Rückwirkung des milderen Rechts statuiert. Hier geht es aber nicht um eine strafrechtliche Sanktion, sondern um einen Zivilanspruch (vgl. BGE 118 II 528 E. 2a). Die Analogie zum Strafrecht mag auf den ersten Blick naheliegen wegen der Formulierung des Sanktionsmechanismus in Art. 79 LMV. Dort wird die PBK u.a. berechtigt, eine Konventionalstrafe bis zu Fr. 50'000.- "zu verhängen" und die Neben- und Verfahrenskosten "der fehlbaren Partei aufzuerlegen". Damit wird der Eindruck einer hoheitlichen Entscheidung erweckt, was jedoch nicht zutrifft. Die PBK ist keine öffentlichrechtliche Verwaltungsinstanz mit hoheitlichen Kompetenzen. Sie ist vielmehr eine privatrechtliche Institution sui generis, deren Organkompetenzen durch den Gesamtarbeitsvertrag geregelt werden. Sie hat im Falle der Allgemeinverbindlicherklärung von Gesetzes wegen auch keine schiedsgerichtlichen Kompetenzen (Art. 1 Abs. 3 AVEG). Die rechtsverbindliche Durchsetzung der durch den Gesamtarbeitsvertrag begründeten Ansprüche ist nur auf dem Weg der zivilprozessualen Klage möglich (ZR 1982 Nr. 53 E. 4.2, wobei in diesem Entscheid E. 4.2 a.E. missverständlich festgehalten wird, die Ausfällung einer Konventionalstrafe durch die paritätische Kommission sei direkt durchsetzbar). Die PBK kann somit zwar die ihr vertraglich eingeräumten Kompetenzen wahrnehmen und beispielsweise eine Konventionalstrafe festlegen und die aus der Kontrolle entstanden Kosten einfordern. Bezahlt die Arbeitgeberin diese Beträge jedoch nicht und müssen diese - gegenüber einem Aussenseiter bei den staatlichen Gerichten - eingeklagt werden, so ist die vorgängige "Sanktion" durch die PBK nicht von Bedeutung. Insbesondere ist in Bezug auf die Konventionalstrafe folgendes zu beachten: Eine Konventionalstrafe nach Art. 163 OR ist entweder der Höhe nach zum Voraus durch die Parteien bestimmt (und unterliegt dann allenfalls der richterlichen Herabsetzung gemäss Art. 163 Abs. 3 OR) oder bleibt im Vertrag betragsmässig unbestimmt und wird dann durch das Gericht nach allen massgeblichen Umständen bestimmt (Gauch/Schluep/Schmid/Rey, Schweizerisches Obligationenrecht Bd. II, 8. Aufl., Bern 2003, Rz 4006 m.w.N.). Die Regelung im LMV läuft darauf hinaus, dass eine Partei die Höhe selbständig bestimmen könnte. Das Bundesgericht hat dies in BGE 116 II 302 (E. 4) nicht weiter in Frage gestellt, jedoch festgehalten, dass in einem solchen Fall, wo die Höhe eben nicht durch die Parteien im gegenseitigen Einvernehmen festgelegt wurde und daher eine richterliche Korrektur keinen Eingriff in die Vertragsautonomie bedeutet, jedenfalls keine Zurückhaltung bei der richterlichen Bestimmung angebracht ist.
Massgeblich ist demnach einzig, wann die Beklagte die angeblichen Vertragsverletzungen begangen hat, welche die Konventionalstrafe begründen und zu den Aufwendungen im Zusammenhang mit den Abklärungen führten. Denn nach intertemporalem Recht sind zivilrechtliche Tatsachen, die sich unter der Herrschaft des früheren Rechts ereigneten, grundsätzlich nach diesem zu beurteilen (vgl. Art. 1 Abs. 1 SchlT ZGB und Markus Vischer, Basler Kommentar, N 1 ff. zu Art. 1 SchlT ZGB). Der ganze Kontrollzeitraum fällt nun aber in die Zeit, als der LMV und die Allgemeinverbindlicherklärung noch in Kraft waren.
5. Eine andere Frage ist, ob die Tarifparteien während der Gültigkeit eines Gesamtarbeitsvertrages entstandene gemeinsame Ansprüche nach seinem Dahinfallen gegenüber Dritten noch geltend machen können, ob sie insoweit also noch aktivlegitimiert sind, obwohl es nunmehr an einer rechtlichen Grundlage für ihr organisatorisches Gefüge fehlt. Eugen X. Haener (Das Arbeitsverhältnis nach der ersatzlosen Beendigung des Gesamtarbeitsvertrages, Untersuchungen zum sog. vertragslosen Zustand, Basler Studien zur Rechtswissenschaft, Basel/Frankfurt a.M. 1984) vertritt die Auffassung, eine Durchsetzung durch das paritätische Organ sei auch nach Beendigung des Gesamtarbeitsvertrages weiterhin möglich, soweit vor dessen Beendigung fällig gewordene Ansprüche betroffen sind (S. 96 Fn 12, wobei er als Beispiel Vollzugskosten und Solidaritätsbeiträge nennt). Das Staatssekretariat für Wirtschaft (Seco) scheint diese Meinung zu teilen und geht noch weiter, wenn es … in einem Schreiben vom 2. November 2007 die Auffassung vertritt, die paritätischen Kommissionen könnten für Sachverhalte aus der Zeit vor dem Dahinfallen des LMV und der Allgemeinverbindlicherklärung ihre Funktionen weiterhin wahrnehmen (vi-act. 16; in diesem Sinne schon die Stellungnahme des Seco vom 10. Juni 2004 [vi-act. 15] in einem analogen anderen Fall). Diese Auffassung - die folgerichtig auch für die hinter den paritätischen Kommissionen stehenden Tarifparteien gelten muss - ist zwar für den Zivilrichter nicht bindend; es besteht aber kein Anlass, davon abzuweichen, zumal - wie das Seco zutreffend festhält - die Rechtssicherheit und Rechtsgleichheit wie auch die zweckentsprechende Verwendung der Vollzugskostenbeiträge nur so gewährleistet sind. Hier kommt hinzu, dass es letztlich nicht bei einem vertragslosen Zustand blieb. Vielmehr trat wie erwähnt per 1. Mai 2008 ein neuer (wenn auch noch nicht allgemeinverbindlich erklärter) LMV in Kraft, dessen Vollzugsbestimmungen sich, soweit hier relevant, mit der früheren Regelung decken (Art. 12 ff. und 75 ff. LMV 2008). Es besteht daher erneut eine rechtliche Grundlage für eine gemeinsame Vertragsdurchführung und damit auch für die gemeinsame Durchsetzung damit zusammenhängender Ansprüche. Dabei muss sich die Möglichkeit, gemeinsame Forderungen durchzusetzen, auch auf Ansprüche erstrecken, die unter dem früheren LMV entstanden sind; dies stünde nämlich ausser Frage, wenn der neue Vertrag nahtlos auf den früheren gefolgt wäre, und es ist nicht ersichtlich, aus welchen Gründen hier allein deshalb, weil vorübergehend ein vertragsloser Zustand herrschte, eine andere Betrachtungsweise gerechtfertigt wäre. Das zur Stellungnahme des Seco Gesagte legt vielmehr das Gegenteil nahe. Unerheblich ist in diesem Zusammenhang, dass bis anhin noch keine Allgemeinverbindlicherklärung des LMV 2008 erfolgte; denn hier treten wie erwähnt die Tarifparteien als Kläger auf, und ihre Berechtigung, gemeinsame Ansprüche geltend zu machen, ergibt sich - nachdem erneut eine Abrede zur gemeinsamen Vertragsdurchführung besteht (Art. 12 Abs. 2 i.V.m. Art. 75 ff. LMV 2008) - schon aus Art. 357b Abs. 1 OR (Streiff/von Kaenel, a.a.O., N 5 Absatz 3 zu Art. 357b OR).
6. Aus dem Gesagten folgt, dass die Klage weder wegen fehlender Aktivlegitimation noch deshalb abzuweisen ist, weil den massgebenden Bestimmungen des LMV keine Nachwirkung zukommt. Nicht gefolgt werden kann im Übrigen auch dem Standpunkt der Beklagten, die Kläger hätten es versäumt, ihre Klage hinreichend zu substantiieren, weshalb sie auch aus diesem Grund ohne weiteres abzuweisen sei (Klage, 2 f.); liest man die Klageschrift nämlich - richtigerweise - in Verbindung mit dem Kontrollbericht und dem Entscheid der paritätischen Berufskommission, die beide mit der Klageschrift eingereicht wurden und auf die dort auch verwiesen wird (kläg. act. 7 und 9; Klage Ziffer III.6+7), erweist sich dieser Vorwurf als unberechtigt. Daraus wiederum folgt, dass in einem weiteren Schritt zu prüfen ist, ob und wenn ja in welchem Umfang die geltend gemachte Forderung ausgewiesen ist.
7. Für den Fall, dass die eingeklagte Forderung als solche zu prüfen ist, haben beide Parteien - die Kläger im Sinne eines Eventualantrages - die Rückweisung der Streitsache an die Vorinstanz beantragt (Berufungsantrag Ziffer 3; Berufungsantwort, 1 unten). Gemäss Art. 227 Abs. 3 ZPO kann die Berufungsinstanz die Streitsache auf Antrag zur Neubeurteilung zurückweisen, wenn die Vorinstanz die Rechtsbegehren nicht vollständig behandelt hat. Gerechtfertigt ist dies vor allem dann, wenn die Parteien andernfalls einen Nachteil erleiden, weil nur eine Instanz über wichtige Sach- und Rechtsfragen entscheidet (Leuenberger/Uffer-Tobler, a.a.O., N 3b zu Art. 227 ZPO). Dies wäre hier der Fall, weshalb der erstinstanzliche Entscheid aufzuheben und die Streitsache antragsgemäss im Sinne der Erwägungen zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen ist.