Aus den Erwägungen:
1. Gemäss Art. 85a Abs. 1 SchKG kann der Betriebene jederzeit vom Gericht des Betreibungsortes feststellen lassen, dass die Schuld nicht oder nicht mehr besteht oder gestundet ist. Heisst das Gericht die Klage gut, so hebt es die Betreibung auf oder stellt sie ein (Art. 85a Abs. 3 SchKG). Die negative Feststellungsklage nach Art. 85a SchKG setzt einen rechtskräftigen Zahlungsbefehl voraus (BGE 140 III 41 E. 3.2.2; SK SchKG-Vock/Aepli-Wirz, 4. Aufl., Art 85a N 5); sie bezweckt in solchen Fällen die Ausweitung des Schuldnerschutzes aus materiell-rechtlichen Gründen und soll im Sinne eines Notbehelfs die Korrektur sachlich unbefriedigender Ergebnisse und unverhältnismässiger Härten ermöglichen. Die Klage weist eine Doppelnatur auf, indem sie einerseits – als materiell-rechtliche Klage – die Feststellung der Nichtschuld oder Stundung bezweckt, andererseits bei Gutheissung der Klage aber auch unmittelbar betreibungsrechtliche Wirkung hat (Ammon/Walther, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 9. Aufl., § 20 N 15 f.; KUKO SchKG-Brönnimann, 2. Aufl., Art. 85a N 2; Kren Kostkiewicz, OFK SchKG, 19. Aufl., Art. 85a N 1; SK SchKG-Vock/Aepli-Wirz, Art 85a N 21; BSK SchKG I-Bodmer/Bangert, 2. Aufl., Art. 85a N 1 und 3; Tenchio, Feststellungsklagen und Feststellungsprozess nach Art. 85a SchKG, 1999, S. 51 ff., 56 ff.; BGE 129 III 197 E. 2.1; BGE 132 III 89 E. 1.1). Beizufügen bleibt, dass zwar Spühler (Schuldbetreibungs- und Konkursrecht I, 7. Aufl., N 726) aus Letzterem herleitet, bei der Klage nach Art. 85a SchKG handle es sich um eine betreibungsrechtliche Klage mit (blosser) Reflexwirkung auf das materielle Recht, wobei die gerichtliche Feststellung nur vorfrageweise erfolge und nicht über die Betreibung hinauswirke. Mit dieser Ansicht steht er allerdings soweit ersichtlich allein, und sie wird denn auch von der übrigen Lehre, soweit sich diese damit befasst, abgelehnt (so explizit etwa KUKO SchKG-Brönnimann, Art. 85a N 2, und BSK SchKG I-Bodmer/Bangert, Art. 85a N 3).
2.a) Hier ist Betreibungsort X. Zur Beurteilung einer negativen Feststellungsklage nach Art. 85a SchKG wäre daher grundsätzlich (s. indes zum eurointernationalen Verhältnis sogleich) das Gericht XX (erstinstanzlich) zuständig.
Für Fälle, die – wie der vorliegende (die Beklagte hat ihren Wohnsitz in Deutschland) – dem LugÜ unterstehen, geht die überwiegende Lehre davon aus, dass die Klage nach Art. 85a SchKG aufgrund ihrer materiell-rechtlichen Natur nicht als vollstreckungsrechtliche Angelegenheit im Sinn von Art. 22 Ziff. 5 LugÜ zu qualifizieren ist, weshalb ein Gerichtsstand am Betreibungsort im Allgemeinen nur dann gegeben ist, wenn er sich mit einem solchen nach Art. 2 ff. LugÜ deckt (KUKO SchKG-Brönnimann, Art. 85a N 19; Wiget, Fragen der örtlichen Zuständigkeit für Anerkennungsklagen, Aberkennungsklagen und Klagen nach Art. 85 und Art. 85a SchKG, in: ZZZ 37/2016, S. 55 ff., 61; Tenchio, a.a.O., S. 151 f.). Hier fällt allerdings in Betracht, dass die Parteien […] eine Gerichtsstandsvereinbarung im Sinn von Art. 23 LugÜ zugunsten "der ordentlichen Gerichte von Y" getroffen haben. Ob sich die Klägerin im vorliegenden Zusammenhang auf diese Gerichtsstandsklausel berufen und demgemäss (erstinstanzlich) das Kreisgericht Y (und damit zwar ein Gericht in der Schweiz, nicht aber jenes am Betreibungsort) anrufen kann, hängt davon ab, ob die in Art. 85a Abs. 1 SchKG statuierte örtliche Zuständigkeit am Betreibungsort zwingend ist oder nicht.
b) In der Literatur wird zwar teilweise – indes nur ganz vereinzelt – die Meinung vertreten, die in Art. 85a Abs. 1 SchKG statuierte Zuständigkeit des Gerichts am Betreibungsort sei zwingend (so namentlich BSK SchKG I-Bodmer/Bangert, Art. 85a N 24; zurückhaltender und eher kritisch indes BSK SchKG EB-Daniel Staehelin, Art. 85a ad N 24: der Autor verweist einerseits auf die Meinung von Bodmer/Bangert im Hauptband, andererseits aber auch auf einen anderslautenden Entscheid des Obergerichts des Kantons Luzern, 1. Abteilung, vom 30. Januar 2012 [Verfahren 1B 11 35; LGVE 2012 I, Nr. 49 E. 2.2, auch publiziert in CAN 2012, Nr. 82] und bemerkt, "hier" sei "das letzte Wort noch nicht gesprochen"). Dem steht allerdings die klar überwiegende – um nicht zu sagen annähernd einhellige – Lehrmeinung entgegen, wonach der in Art. 85a Abs. 1 SchKG statuierte Gerichtsstand am Betreibungsort nicht zwingend und daher eine Gerichtsstandsklausel, welche die in Betreibung gesetzte Forderung betreffe, jedenfalls innerhalb der Schweiz zu beachten sei (Kren Kostkiewicz, Gerichtsstände im revidierten SchKG, in: AJP 1996, S. 1360 ff., 1363; Brönnimann, Zur Klage nach Art. 85a SchKG, in: AJP 1996, S. 1394 ff., 1398; Tenchio, a.a.O., S. 150; Ammon/Walther, a.a.O., § 20 N 21; KUKO SchKG-Brönnimann, Art. 85a N 18; Renggli, in: Klagen und Rechtsbehelfe im Schuldbetreibungs- und Konkursrecht, 2018, N 5.236 und 5.262; Wiget, a.a.O., S. 61; SK SchKG-Vock/Aepli-Wirz, Art. 85a N 17; BSK ZPO-Giroud, 3. Aufl., Art. 46 N 19; Vock/Meister-Müller, SchKG-Klagen nach der Schweizerischen ZPO, 2. Aufl., S. 167; Leuenberger/Uffer-Tobler, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 2. Aufl., N 2.127; Sutter-Somm/
Schrank, in: Sutter-Somm/Hasenböhler/Leuenberger, ZPO Komm., 3. Aufl., Art. 46 N 8). Es besteht kein Anlass, von dieser vorherrschenden Lehrmeinung abzuweichen: Zunächst ist kein sachlicher Grund dafür ersichtlich, warum nur das Gericht am Betreibungsort in der Lage sein soll, über eine Feststellungklage nach Art. 85a SchKG und in diesem Zusammenhang namentlich über die allfällige Aufhebung oder Einstellung der Betreibung zu befinden, und nicht auch ein anderes (staatliches) Gericht in der Schweiz, welches in Fällen, in denen es selbst das Gericht am Betreibungsort ist, ja auch (umfassend) über solche Klagen befinden kann (anders hingegen – hier indes nicht relevant – ein Gericht im Ausland, da dieses aufgrund des Territorialitätsprinzips nicht über die Einstellung oder Aufhebung der Betreibung befinden kann, sowie allenfalls ein Schiedsgericht [s. Wiget, a.a.O., S. 61, SK SchKG-Vock/Aepli-Wirz, Art. 85a N 17 f. und KUKO SchKG-Brönnimann, Art. 85a N 18 f.]). Es kommt hinzu, dass – wie Bodmer/Bangert selbst einräumen – im Falle einer Gerichtsstandsvereinbarung zugunsten eines anderen (staatlichen) Gerichts in der Schweiz als jenes am Betreibungsort dann, wenn der in Art. 85a Abs. 1 SchKG statuierte Gerichtsstand am Betreibungsort zwingend wäre, als logische Folge davon dem Schuldner die (gemäss BGE 132 III 277) wohl unteilbare Klage aus Art. 85a SchKG gar nicht zur Verfügung stünde, da er sie einerseits nicht beim prorogierten Gericht, andererseits – wegen der das Erkenntnisverfahren beschlagenden verbindlichen Prorogation – aber auch nicht beim Richter am Betreibungsort erheben könnte. Dass nun aber der Gesetzgeber die Möglichkeit einer Klage nach Art. 85a SchKG ohne sachlich zwingenden Grund von vornherein – auch innerhalb der Schweiz – auf jene Fälle hätte beschränken wollen, in denen keine Gerichtsstandsklausel im vorstehenden Sinn besteht, ist schon allein mit Blick auf den dieser Bestimmung innewohnenden Schuldnerschutz nicht anzunehmen.
3. Daraus folgt, dass die Vorinstanz [Kreisgericht Y] zu Unrecht wegen fehlender örtlicher Zuständigkeit auf die Klage nicht eingetreten ist.