Aus den Erwägungen
2.a) Mit der Berufung nach Art. 308 ff. ZPO kann die unrichtige Rechtsanwendung und/oder die unrichtige Feststellung des Sachverhalts geltend gemacht werden (Art. 310 ZPO). Den Berufungskläger trifft eine Begründungspflicht (Art. 311 Abs. 1 ZPO). Er hat sich daher sachbezogen mit dem Entscheid der Vorinstanz auseinanderzusetzen und unter Bezugnahme auf die erstinstanzlichen Erwägungen im Einzelnen darzulegen, warum dieser in den angefochtenen Punkten unrichtig sein soll (Reetz/ Theiler, in: Sutter-Somm/Hasenböhler/Leuenberger, ZPO Komm., N 36 zu Art. 311 ZPO; BGer 4A_651/2012 E. 4.2; BGE 138 III 374 E. 4.3.1). Neue Tatsachenbehauptungen und neue Beweismittel sind im Berufungsverfahren nur zulässig, wenn sie trotz zumutbarer Sorgfalt nicht schon vor erster Instanz vorgetragen werden konnten sowie ohne Verzug geltend gemacht werden (Art. 317 Abs. 1 ZPO).
b) Die Beklagte machte im erstinstanzlichen Beweisverfahren mit Eingabe vom 13. Januar 2012 (vi-act. 60) geltend, das Gutachten X sei in wesentlichen Punkten unvollständig, und reichte einen umfangreichen Katalog mit Ergänzungsfragen ein. Mit der Zustimmung zum Prozessvergleich vom 21. Mai 2012 verzichtete sie dann aber auf eine diesbezügliche Ergänzung des Gutachtens im erstinstanzlichen Verfahren; stattdessen wies sie die Vorinstanz - zusammen mit dem Kläger - an, auf der Basis der vorhandenen Aktenlage und ohne Weiterführung des Beweisverfahrens den Sachentscheid zu fällen. Dabei war - wie sich namentlich aus Ziffer 3 des Prozessvergleichs vom 21. Mai 2012 ergibt, wonach der Kläger "aufgrund der Zugaben der Beklagten in Ziff. 2 … von vornherein mit der Einholung eines Obergutachtens" durch das Kantonsgericht "einverstanden" sei und "die Beklagte aufgrund des vor dieser Instanz abgegebenen Verzichts im zweitinstanzlichen Verfahren keinerlei prozessuale Nachteile erleiden soll" - offenbar die Meinung, das Beweisverfahren werde insbesondere dann, wenn der erstinstanzliche Entscheid zum Nachteil der Beklagten ausfalle - was mangels jeglicher Berücksichtigung ihrer Ergänzungsfragen absehbar war –, vor dem Kantonsgericht weitergeführt.
aa) Zu diesem Vorgehen fällt vorab in Betracht, dass es den Parteien im Zeitpunkt der Klageeinleitung (Juni 2010) zwar offen gestanden hätte, die vorliegende Klage einvernehmlich direkt beim Kantonsgericht anhängig zu machen (Art. 19 lit. b ZPO/SG). Von dieser Möglichkeit machten sie allerdings keinen Gebrauch; stattdessen reichte der Kläger die Klage beim Kreisgericht ein. Damit können die Parteien das Kantonsgericht heute nur noch als Berufungsinstanz anrufen mit der Folge, dass sich - da der erstinstanzliche Entscheid nach Inkrafttreten der Schweizerischen Zivilprozessordnung erging - das zweitinstanzliche Verfahren nach den Regeln von Art. 308 ff. ZPO zu richten hat (Art. 405 Abs. 1 ZPO). Nach diesen wiederum kann - wie in E. 2.a dargelegt - das Verfahren nicht umfassend weitergeführt, sondern hinsichtlich des Sachverhalts nur noch - im Rahmen der vorgebrachten Rügen und unter Ausschluss neuer Behauptungen und Beweismittel, die bei zumutbarer Sorgfalt schon erstinstanzlich hätten vorgebracht werden können (Art. 317 Abs. 1 lit. b ZPO) - geprüft werden, ob die Vorinstanz diesen unrichtig festgestellt hat (Art. 310 ZPO). Diese Rechtslage, die unter anderem bezweckt, dass die Parteien den Prozessstoff im Hinblick auf eine beförderliche Prozesserledigung frühzeitig offenlegen, ist grundsätzlich zwingend und untersteht insbesondere nicht in dem Sinn der Disposition der Parteien, dass ihnen - darauf läuft die Abrede im Prozessvergleich vom 21. Mai 2012, wonach beide Parteien mit der Weiterführung des Beweisverfahrens im Berufungsverfahren einverstanden seien, letztlich hinaus - offenstünde, die Berufungsinstanz anzuweisen, einen erstinstanzlich während des Beweisverfahrens einvernehmlich abgebrochenen Prozess in zweiter Instanz weiterzuführen und dabei namentlich das Beweisverfahren zu ergänzen. Insoweit bindet der Prozessvergleich vom 21. Mai 2012 das Kantonsgericht daher nicht.
bb) Soweit somit die Beklagte in der Berufungsschrift zu praktisch allen umstrittenen Fragen die Einholung eines Obergutachtens (oder allenfalls eine Ergänzung des erstinstanzlichen Gutachtens [s. Berufung, S. 3 unten]) beantragt, ist dies im Lichte des soeben Gesagten nicht statthaft. Denn mit der Zustimmung zum Prozessvergleich vom 21. Mai 2012 hat sie auf eine diesbezügliche Beweiserhebung - obschon sie eine solche hätte beantragen können (Obergutachten) respektive am bereits gestellten Antrag (Ergänzung des eingeholten Gutachtens) hätte festhalten können - explizit verzichtet. Zwar bezog sich dieser Verzicht nur auf das erstinstanzliche Verfahren und war wie dargelegt offenbar die Meinung, das Beweisverfahren werde vor dem Kantonsgericht fortgesetzt. Dem steht allerdings die vorn erläuterte prozessuale Rechtslage sowie in diesem Zusammenhang insbesondere der Umstand entgegen, dass im Berufungsverfahren nicht nur ein Novenverbot im vorstehenden Sinn besteht, sondern sich vorliegend der gemäss Art. 310 lit. b ZPO relevante Sachverhalt nach jener Aktenlage bestimmt, die der Vorinstanz im Zeitpunkt ihres Entscheids von den Parteien vorgegeben war, und damit auch - und vor allem - durch das Gutachten X, das zwar möglicherweise unvollständig ist, auf dessen Ergänzung aber bewusst verzichtet wurde. Nachdem sie mit ihrer Zustimmung zum Prozessvergleich vom 21. Mai 2012 auf jegliche Weiterführung des Beweisverfahrens im erstinstanzlichen Verfahren verzichtete, kann die Beklagte der Vorinstanz mit andern Worten im vorliegenden Berufungsverfahren insofern keine unrichtige Feststellung des Sachverhalts vorwerfen - und nur dieser Vorwurf fällt neben demjenigen der unrichtigen Rechtsanwendung im Berufungsverfahren als Berufungsgrund in Betracht (Art. 310 ZPO; E. 2.a hiervor) -, als sie dies, was sie weitgehend tut, aus dem Umstand herleitet, dass ein Ergänzungs- oder Obergutachten zu einem anderen Ergebnis geführt hätte. Daraus folgt im Übrigen zugleich, dass die Streitsache auch nicht gestützt auf Art. 318 Abs. 1 lit. c Ziff. 2 ZPO zur diesbezüglichen Beweisergänzung an die Vorinstanz zurückgewiesen werden kann; denn dieser kann im Lichte der Prozessvereinbarung vom 21. Mai 2012 nicht vorgehalten werden, sie habe den Sachverhalt in wesentlichen Teilen unvollständig festgestellt.
cc) Unerheblich ist, dass das erstinstanzliche Verfahren noch st. gallischem Prozessrecht unterstand und es nach diesem allenfalls möglich gewesen wäre, das erstinstanzlich abgebrochene Beweisverfahren zweitinstanzlich weiterzuführen. Denn bei Abschluss des Prozessvergleichs am 21. Mai 2012 stand bereits fest, dass sich ein allfälliges Berufungsverfahren nach dem am 1. Januar 2011 in Kraft getretenen neuen Prozessrecht richten würde, das in dieser Hinsicht strenger ist (Art. 405 Abs. 1 ZPO). Dass sie sich hinsichtlich der prozessualen Frage, ob das Beweisverfahren in einem allfälligen Berufungsverfahren überhaupt fortgesetzt werden kann, bei Abschluss des Prozessvergleichs in einem Irrtum befunden hätte, wird von der Beklagten in der Berufungsschrift nicht, und zwar auch nicht im Sinne eines Eventualstandpunkts, geltend gemacht. Insbesondere wirft sie in dieser Hinsicht auch dem Referenten der Vorinstanz, in dessen Beisein der Prozessvergleich vom 21. Mai 2012 zustande kam, keine Versäumnisse vor. Und schliesslich macht sie auch nicht geltend, der Prozessvergleich sei unter der stillschweigenden Bedingung abgeschlossen worden, dass eine Fortsetzung des Beweisverfahrens vor dem Kantonsgericht prozessual überhaupt möglich sei.
…
Daraus folgt, dass der erstinstanzliche Entscheid insoweit, als der Sachverhalt betroffen ist, nachfolgend nur, aber immerhin - im Rahmen der vorgebrachten Rügen - im Hinblick auf die Frage zu überprüfen ist, ob die Vorinstanz diesen aufgrund der ihr vorliegenden Aktenlage - die sie gemäss Prozessvergleich vom 21. Mai 2012 auf Geheiss der Parteien gerade nicht zu ergänzen hatte - unrichtig festgestellt hat.