Erwägungen (Auszug)
1. Gemäss Art. 98 ZPO kann das Gericht von der klagenden Partei einen Vorschuss bis zur Höhe der mutmasslichen Gerichtskosten verlangen. Dies gilt auch für die mutmasslichen Kosten des Schlichtungsverfahrens (vgl. Art. 95 Abs. 2 lit. a ZPO sowie anstelle Vieler: Honegger, in: Sutter-Somm/Hasenböhler/Leuenberger, ZPO Komm., Art. 207 N 3). Die Tarife für die Prozesskosten – und damit unter anderem für die Gerichtskosten, zu denen auch die Pauschalen für das Schlichtungsverfahren gehören (Art. 95 Abs. 1 lit. a und Abs. 2 lit. a ZPO) – setzen die Kantone fest (Art. 96 ZPO). Im Kanton St. Gallen richtet sich die Höhe der Gerichtskosten nach der Gerichtskostenverordnung vom 9. Dezember 2010 (GKV; sGS 941.12). Diese regelt die Gebühren für Verfahren vor den Schlichtungsbehörden (Vermittlerämter und Schlichtungsstellen) in Art. 8 Abs. 1 Ziff. 1-3 wie folgt: Erteilung der Klagebewilligung: Fr. 200.– bis Fr. 1'000.– (Ziff. 1); Urteilsvorschlag und Entscheid: Fr. 300.– bis Fr. 1'000.– (Ziff. 2); Einigung, Säumnis der klagenden Partei und Rückzug des Schlichtungsgesuchs: Fr. 100.– bis Fr. 600.– (Ziff. 3). Im Rahmen dieser Mindest- und Höchstansätze hat die Gebührenbemessung unter Berücksichtigung der Art des Falls, der finanziellen Interessen der Beteiligten, der Umtriebe, der finanziellen Verhältnisse des/der Kostenpflichtigen und der Art der Prozessführung der Beteiligten zu erfolgen (Art. 4 Abs. 2 lit. a-e GKV). In besonders aufwendigen Fällen kann die Gebühr im Verfahren vor einer Schlichtungsbehörde gemäss Art. 8 Abs. 2 GKV bis zum doppelten Ansatz erhöht werden. Unterschritten werden kann der Gebührenansatz nur, aber immerhin dann, wenn er zu einem offensichtlichen Missverhältnis zwischen Gebühr und Aufwand führen würde oder der Aufwand aussergewöhnlich gering ist (Art. 5 Abs. 1 GKV). Zur Festsetzung der Gebühren für das Verfahren vor dem Vermittleramt erliess die Verwaltungskommission des Kantonsgerichts St. Gallen am 30. März 2011 Richtlinien. Danach sind die Gebühren grundsätzlich gestützt auf die hiervor erwähnten Bestimmungen in pflichtgemässer Ausübung des Ermessens festzusetzen. Für vermögensrechtliche Streitigkeiten stellen die Richtlinien sodann – unter dem Vorbehalt fallspezifischer Besonderheiten – nach Streitwert abgestufte Regeln für die Gebührenbemessung auf; dabei sehen sie für die Erledigung mit Schlichtungsvorstand bei einem Streitwert bis Fr. 5'000.– eine Gebühr von Fr. 200.–, bei einem Streitwert von Fr. 5'001.– bis Fr. 10'000.– eine solche von Fr. 250.–, bei einem Streitwert von Fr. 10'001.– bis Fr. 50'000.– eine solche von Fr. 300.– und bei einem höheren Streitwert eine Gebühr von Fr. 350.– vor, wobei der erste dieser Ansätze im Falle eines Urteilsvorschlags (Art. 210 ZPO) oder eines Entscheids (Art. 212 ZPO) je nach Aufwand um einen Zuschlag von Fr. 100.– bis Fr. 300.– zu erhöhen ist.
3. Damit ist die Verfügung des Vermittleramts vom 13. Oktober 2016 in teilweiser Gutheissung der Beschwerde aufzuheben und die Sache im Sinne der Erwägungen zur Erhebung eines (vorläufigen) Kostenvorschusses von Fr. 200.– an die Vorinstanz zurückzuweisen (Art. 327 Abs. 3 lit. a ZPO).