Erwägungen
b) Mit Schreiben vom 11. Oktober 2011 ersuchte die C. S.A. das Kreisgericht, die Vollstreckbarkeit des Entscheids zu bescheinigen. Das Gericht kam diesem Ersuchen am 18. Oktober 2011 nach und stellte der Gesuchstellerin hierfür Fr. 20.- in Rechnung. Die Gesuchstellerin retournierte die Rechnung am 19. Oktober 2011. Unter Hinweis auf die Lehre machte sie geltend, für die Vollstreckbarkeitsbescheinigung dürfe keine zusätzliche Gebühr verlangt werden. Sollte das Gericht anderer Meinung sein, ersuche sie um Zustellung einer rechtsmittelfähigen Verfügung. Das Gericht war anderer Meinung und verfügte am 30. November 2011 unter Hinweis auf das Rechtsmittel der Beschwerde nach Art. 319 ff. ZPO, die Gesuchstellerin habe für die Vollstreckbarkeitsbescheinigung auf dem Entscheid vom 15. September 2011 Fr. 20.- zu bezahlen.
c) Mit Eingabe vom 9. Dezember 2011 erhob die Gesuchstellerin Beschwerde beim Kantonsgericht mit dem Begehren, die Verfügung vom 30. November 2011 sei unter Kosten- und Entschädigungsfolge aufzuheben.
2. Prozesskosten im Zivilprozess sind die Gerichtskosten und die Parteientschädigung (Art. 95 Abs. 1 ZPO). Zu den Gerichtskosten gehören dabei gemäss Art. 95 Abs. 2 ZPO neben den Pauschalen für das Schlichtungsverfahren sowie den Kosten für die Beweisführung, die Übersetzung und die Vertretung des Kindes (lit. a und lic. c - e) die Pauschalen für den Entscheid (Entscheidgebühr; lit. b). Die Tarifhoheit liegt bei den Kantonen, sie setzen die Tarife für die Prozesskosten fest (Art. 96 ZPO). Im Kanton St. Gallen erfolgte diese Festsetzung gestützt auf Art. 98 Abs. 1 lit. b Gerichtsgesetz (GerG; sGS 941.1) - danach erlassen das Kantonsgericht und das Verwaltungsgericht gemeinsam durch Verordnung Vorschriften über Gebühren und andere Gerichtskosten - im Rahmen der Gerichtskostenverordnung vom 9. Dezember 2010 (GKV; sGS 941.12). Sie regelt gemäss Art. 1 Abs. 1 die amtlichen Kosten (nach VRP), die Gerichtskosten (nach ZPO) und die Verfahrenskosten (nach StPO) sowie gemäss Art. 1 Abs. 2 die Entschädigung an Verfahrensbeteiligte, die nicht Partei sind, und die Kanzleigebühren. Letztere werden dabei erhoben, wenn die entsprechenden Leistungen nicht Bestandteil des ordentlichen Geschäftsgangs eines Verfahrens sind (Art. 27 GKV). Dazu gehört auch die Gebühr für die Vollstreckbarkeitsbescheinigung; sie beträgt Fr. 20.- (Art. 28 Ziff. 3 GKV).
a) Gemäss Art. 336 Abs. 2 ZPO bescheinigt das Gericht, das den zu vollstreckenden Entscheid erlassen hat, dessen Vollstreckbarkeit. Die Gesuchstellerin ist der Auffassung, dass für diese Bescheinigung keine zusätzliche Gebühr verlangt werden dürfe. Die Ausstellung der Bescheinigung sei nämlich bereits in der Pauschalen für den Entscheid gemäss Art. 95 Abs. 2 lit. b ZPO enthalten, mit welcher alle gerichtlichen Leistungen abgegolten würden, womit der kantonalen Gesetzgebung bzw. dem Gericht verwehrt sei, für die Bescheinigung eine zusätzliche Gebühr zu verlangen. Insofern verletze die Verfügung Bundesrecht.
b) Die Vollstreckbarkeitsbescheinigung gemäss Art. 336 Abs. 2 ZPO ist weder ein Entscheid noch eine prozessleitende Verfügung, sondern ein blosses Beweismittel (hierzu und zur Frage der Bindungswirkung der Bescheinigung für das Vollstreckungsgericht vgl. BSK ZPO-Droese, N 25 f. zu Art. 336 ZPO, Staehelin, in: Sutter-Somm/Hasenböhler/Leuenberger, Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung [ZPO], N 24 ff. zu Art. 336 ZPO, je mit Hinweisen, sowie BGE 117 III 57 E. 4.a und BGE 130 III 125 E. 2.1.1). Die Bescheinigung wird häufig durch die Gerichtskanzlei ausgestellt (BSK ZPO-Droese, N 21 zu Art. 336 ZPO; BSK BGG-Tschümperlin, 2. Aufl., N 16 zu Art. 69 BGG, FN 29; Spühler, in: Internationales Zivilprozess- und Verfahrensrecht V, Rechtskraftbescheinigung und internationale Vollstreckung - insbesondere bei Teilurteilen, S. 130). Die Prüfung der Vollstreckbarkeit kann sich dabei regelmässig darauf beschränken, abzuklären, ob der Entscheid gehörig zugestellt und - bei berufungsfähigen Entscheiden - ob gegen den Entscheid Berufung erhoben worden ist (Staehelin, a.a.O., N 22 zu Art. 336 ZPO). Unter diesen Voraussetzungen und insofern auch im vorliegenden Fall ist die Bescheinigung ohne weiteres zu den gerichtlichen Tätigkeiten zu zählen, für welche eine sogenannte Kanzleigebühr erhoben werden kann. Als solche gelten nämlich Abgaben für einfache Tätigkeiten (der Verwaltung), die ohne besonderen Prüfungs- und Kontrollaufwand erbracht werden und sich in ihrer Höhe in einem bescheidenen Rahmen halten (BGE 107 Ia 29 E. 2.a und BGE 104 Ia 115 E. 3; Häfelin/Müller/Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6. Aufl., N 2629).
c) Damit stellt sich hier die Frage, ob die Erhebung der zusätzlichen Gebühr für die Vollstreckbarkeitsbescheinigung zulässig ist und - im Sinn einer von Amtes wegen zu prüfenden Prozessvoraussetzung (vgl. Art. 60 ZPO) - ob sich die Gläubigerin dagegen überhaupt mittels Beschwerde zur Wehr setzen kann.
aa) Was Letzteres, d.h. die Beschwerdefähigkeit der Verfügung vom 30. November 2011, betrifft, so ist von Art. 319 ZPO auszugehen. Danach sind mit Beschwerde anfechtbar (lit. a) nicht berufungsfähige erstinstanzliche Endentscheide, Zwischenentscheide und Entscheide über vorsorgliche Massnahmen, (lit. b) andere erstinstanzliche Entscheide und prozessleitende Verfügungen in vom Gesetz bestimmten Fällen (Ziff. 1) bzw. wenn durch sie eine nicht leicht wiedergutzumachender Nachteil droht (Ziff. 2), sowie (lit. c) Fälle von Rechtsverzögerung. Offensichtlich ausser Betracht fallen hier die Fälle von Art. 319 lit. a und lit. b Ziff. 2 ZPO. Hingegen fragt sich, ob sich die Beschwerde allenfalls insofern unter Art. 319 lit. b Ziff. 1 ZPO subsumieren lässt, als ein Kostenentscheid selbständig (nur) mit Beschwerde anfechtbar ist (Art. 110 ZPO), bzw. ob in der Nichtausstellung der kostenlosen Vollstreckbarkeitsbescheinigung eine Rechtsverweigerung liegt, welche der Rechtsverzögerung nach Art. 319 lit. c ZPO gleichgestellt wird (zur Gleichstellung vgl. Freiburghaus/Afheldt, in: Sutter-Somm/Hasenböhler/Leuenberger, a.a.O., N 16 zu Art. 319 ZPO; BSK ZPO-Spühler, N 8 zu Art. 319 ZPO). Letztlich kann diese Frage deshalb offen bleiben, weil die Beschwerde, wie nachfolgend zu zeigen ist, abzuweisen ist.
bb) Mit Bezug auf die Frage der Zulässigkeit der Erhebung einer zusätzlichen Gebühr für die Vollstreckbarkeitsbescheinigung fällt in Betracht, dass mit der pauschalen Entscheidgebühr gemäss Art. 95 Abs. 2 lit. b ZPO grundsätzlich alle gerichtlichen Leistungen, also im Unterschied zu früheren kantonalen Zivilprozessordnungen auch Aktenstudium, Zustellungen, Kommunikation, Fristerstreckungen usw. abgegolten werden sollen (Botschaft zur Schweizerischen Zivilprozessordnung vom 28. Juni 2006, BBl 2006 7292; Suter/Von Holzen, in: Sutter-Sommer/Hasenböhler/Leuenberger, a.a.O., N 21 zu Art. 95 ZPO). Die Botschaft (a.a.O.) ging denn auch davon aus, dass die Bandbreiten für die Pauschalen durch die Kantone so festgesetzt würden, dass dem Streitwert und dem Aufwand im Einzelfall angemessen Rechnung getragen werden könne. Dieser Aufwand steht fest, wenn das Verfahren mit einem Entscheid oder der Abschreibung abgeschlossen wird, und es kann ihm bei der Festsetzung der Entscheidgebühr innerhalb des vom Tarif vorgegebenen Rahmens Rechnung getragen werden. Was nicht feststeht, ist hingegen der, wenn auch regelmässig marginale, Aufwand für die Prüfung und die Bescheinigung der Vollstreckbarkeit. Insofern deckt die pauschale Entscheidgebühr nur die bis zur Erledigung, nicht aber die danach erbrachten Leistungen ab und stellt die Vollstreckbarkeitsbescheinigung eine besondere (gerichtliche) Tätigkeit nach Erledigung des Verfahrens dar, welche auch gesondert abzugelten ist. Dies kommt nicht zuletzt auch darin zum Ausdruck, dass die Vollstreckbarkeitsbescheinigung systematisch nicht in den Bestimmungen über das Entscheidverfahren (insbesondere 3. bis 5. Titel), sondern in denjenigen über die Vollstreckung (10. Titel) geregelt ist. Für die gesonderte Abgeltung spricht auch, dass Fälle denkbar sind, in denen die Interessenlage gebietet, den Aufwand für die Vollstreckbarkeitsbescheinigung anders in Rechnung zu stellen als die pauschale Entscheidgebühr, so beispielsweise, wenn sich die Parteien vergleichsweise geeinigt haben und die Ausstellung der Vollstreckbarkeitsbescheinigung im ausschliesslichen Interesse einer Partei liegt (vgl. hierzu Art. 109 Abs. 1 ZPO). Wollte man anders, d.h. im Sinn der von der Gesuchstellerin zitierten Lehre (Staehelin, a.a.O., N 23 zu Art. 336 ZPO), argumentieren, dann hiesse dies, dass die Entscheidgebühr unter Einschluss der möglichen Vollstreckbarkeitsbescheinigung festgesetzt und damit bei einem Verzicht der Parteien auf die Bescheinigung eine Leistung in Rechnung gestellt würde, welche letztlich gar nicht erbracht wird, was im Widerspruch zum auch bei Kanzleigebühren zu beachtenden Äquivalenzprinzip steht (vgl. Häfelin/Uhlmann/Müller, a.a.O., N 2625b). Vor diesem Hintergrund erweist sich die Regelung im Kanton St. Gallen, nach welcher der Aufwand des Gerichts für den Entscheid unter Berücksichtigung der Art des Falles, der finanziellen Interessen der Beteiligten usw. mit der Entscheidgebühr (Art. 1 Abs. 1 lit. a i.V.m. Art. 4 ff. GKV), für die Vollstreckbarkeitsbescheinigung aber mit der Kanzleigebühr (Art. 1 Abs. 2 i.V.m. Art. 27 und Art. 28 Ziff. 3 GKV) abgegolten werden soll, als bundesrechtskonform, indem Art. 95 f. ZPO nicht ausschliesst, dass die Kantone für besondere, nicht zum ordentlichen Geschäftsgang gehörende Leistungen gestützt auf Art. 96 ZPO eine besondere Tarifposition vorsehen (in diesem Sinn offenbar auch Art. 11 lit. d Dekret des Kantons Bern betreffend die Verfahrenskosten und die Verwaltungsgebühren der Gerichtsbehörden und der Staatsanwaltschaft vom 24. März 2010).
Im vorliegenden Fall ist die Kostenpflicht der Gesuchstellerin auch noch aus einem andern Grund gegeben. Die Einzelrichterin hatte in ihrem Entscheid ausdrücklich den Hinweis angebracht, der Entscheid sei, vorbehaltlich der Erteilung der aufschiebenden Wirkung durch die Beschwerdeinstanz, vollstreckbar. Die Gesuchstellerin war mit andern Worten bereits im Besitz einer Vollstreckbarkeitsbescheinigung, an welche grundsätzlich keine hohen formellen Anforderungen gestellt werden dürfen, weshalb ihr Gesuch um eine nochmalige Bescheinigung auf eine Leistung hinauslief, auf welche sie auch bei einer einschränkenderen Auslegung von Art. 95 und Art. 336 Abs. 2 ZPO keinen Anspruch ohne Kostenfolgen hatte (vgl. Art. 108 ZPO).
3. Zusammenfassend ergibt sich demnach, dass fraglich erscheint, ob auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann. Die Frage kann allerdings offen bleiben, weil die Beschwerde abzuweisen ist, da sich Art. 28 Ziff. 3 GKV bzw. die gestützt darauf ergangene Verfügung des Kreisgerichts St. Gallen betreffend Auferlegung einer Gebühr von Fr. 20.- für die Vollstreckbarkeitsbescheinigung als nicht bundesrechtswidrig (Art. 95 f. ZPO) erweist.