a. X.Y. führt in der Gemeinde A. einen Landwirtschaftsbetrieb mit einer Nutzfläche von rund 10.7 ha. Auf dem Grundstück Nr. 000, Grundbuch A., befinden sich das Wohnhaus (Vers.-Nr. 001), ein freistehender Hauptstall (Vers.-Nr. 0002) und ein weiteres dazwischenliegendes Gebäude (Vers.-Nr. 003). Der Laufhof mit angrenzender Weide liegt nördlich des Hauptstalls. Eine weitere Weidemöglichkeit besteht westlich der erwähnten Gebäude. Die Milchkuhhaltung erfolgt im Hauptstall, im Laufhof und auf der Weidefläche. Das Jungvieh ist im Gebäude Vers.-Nr. 003 untergebracht. Das Grundstück Nr. 000 befindet sich gemäss Gewässerschutzkarte des Kantons St. Gallen im Gewässerschutzbereich Au (act. G 11/15). Mit Verfügung vom 23. Oktober 2009 verpflichtete das Amt für Umwelt und Energie (AFU) X.Y., mit Blick auf das vorhandene Güllenlagervolumen den Viehbestand in den Wintermonaten November bis März auf maximal 21 Milchkühe und 8 Kälber zu reduzieren. Im Weiteren wurde festgehalten, dass für eine Anhebung des Viehbestandes in den Wintermonaten über die erwähnte Anzahl hinaus vorgängig die Lagerkapazität für Gülle erhöht werden müsse. Die Zumiete der Güllengrube bei S.J. (Nachbarbetrieb) werde dann nicht mehr berücksichtigt (act. G 11/10/3). Nach Durchführung eines Augenscheins am 23. September 2010, Gewährung des rechtlichen Gehörs und einer Nachkontrolle am 17. August 2011 ordnete das AFU mit Verfügung vom 6. September 2011 zum einen an, die Nutzung des permanent zugänglichen, nicht in die Güllengrube entwässerten Auslaufs mit Tieren müsse unverzüglich eingeschränkt werden. Solange der Auslauf sachgemäss betrieben oder rein gehalten werde, erübrigten sich weitergehende Sanierungsmassnahmen; ansonsten müsse der Auslauf bis zum nächstfolgenden 30. September gewässerschutzkonform saniert werden. Sodann müsse der permanente Zugang der Tiere zur Weide unverzüglich auf den kontrollierten Viehauf- und -abtrieb eingeschränkt werden. Solange die Grasnarbe im Bereich der Treibwege intakt und trittfest sei, erübrigten sich weitergehende Sanierungsmassnahmen; ansonsten müssten die Treibwege bis zum nächstfolgenden 30. September gewässerschutzkonform saniert werden. Schliesslich verfügte das AFU die Sanierung gewässerschutzrelevanter Anlagen (act. G 11/10/4).
b. Im Nachgang zu einem am 8. Oktober 2012 vom Bauverwalter der Gemeinde A. vorgenommenen Augenschein auf dem Betrieb von X.Y. (act. G 11/10/5) eröffnete das AFU letzterem mit Verfügung vom 26. Oktober 2012, die am 23. Oktober 2009 festgelegte Obergrenze für den Viehbestand sei gemäss Tierverkehrsdatenbank (TVD) sowohl im Winter 2010/2011 (Haltung von insgesamt 29.3 Grossvieheinheiten [GVE]) als auch im Winter 2011/2012 (Haltung von 31.01 GVE) deutlich überschritten worden, ohne dass die Lagerkapazität für Gülle vergrössert worden sei. Gemäss Verfügung vom 6. September 2011 hätte unter anderem die Nutzung des permanent zugänglichen, nicht in die Güllengrube entwässerten Auslaufs mit Tieren eingeschränkt werden müssen. Der Bauverwalter habe am 8. Oktober 2012 mitgeteilt, dass der durch die nicht sachgemässe Nutzung des nicht in die Güllengrube entwässerten Auslaufs mit Tieren anfallende Hofdünger versickere. Die Nichteinhaltung von Gewässerschutzvorschriften habe eine Kürzung von Direktzahlungen zur Folge. Das AFU stelle daher für den Landwirtschaftsbetrieb von X.Y. die Nichteinhaltung landwirtschaftsrelevanter Gewässerschutzvorschriften im Jahr 2012 fest. Die Einschränkungen gemäss den erwähnten Verfügungen seien nicht eingehalten worden und die Sanierungspflicht sei nicht erfüllt worden. Durch die nicht sachgemässe Nutzung des nicht in die Güllengrube entwässerten Auslaufs mit Tieren versickere der dabei anfallende Hofdünger (act. G 11/10/6). Den gegen diese Verfügung erhobenen Rekurs (act. G 11/1, 11/3) wies das Baudepartement des Kantons St. Gallen, nachdem das AFU eine Stellungnahme vom 8. Februar 2013 (act. G 11/10) eingereicht hatte und am 6. Mai 2013 ein Augenschein durchgeführt worden war (act. G 11/13 f.), mit Entscheid vom 21. Oktober 2013 ab (act. G 2).
B.
a. Gegen diesen Entscheid erhob X.Y. mit Eingabe vom 31. Oktober 2013 Beschwerde mit dem sinngemässen Antrag auf Aufhebung des Entscheids (act. G 1). Am 14. Dezember 2013 reichte er die Beschwerdeergänzung ein (act. G 7 f.).
b. In der Vernehmlassung vom 20. Dezember 2013 beantragte die Vorinstanz, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten; eventuell sei sie abzuweisen (act. G 10). Der Beschwerdeführer verzichtete auf eine Stellungnahme (act. G 12).
c. Auf die Darlegungen in den Eingaben des vorliegenden Verfahrens wird, soweit für den Entscheid relevant, in den nachstehenden Erwägungen eingegangen.
Darüber zieht das Verwaltungsgericht in Erwägung:
1. Die Zuständigkeit des Verwaltungsgerichts ist gegeben (Art. 59bis Abs. 1 des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege, sGS 951.1, VRP). Der Beschwerdeführer ist zur Ergreifung des Rechtsmittels legitimiert (Art. 64 in Verbindung mit Art. 45 Abs. 1 VRP). Im Weiteren erfüllen die Beschwerdeeingabe vom 31. Oktober 2013 und ihre Ergänzung vom 14. Dezember 2013 die gesetzlichen Anforderungen in zeitlicher und sachlicher Hinsicht (Art. 64 in Verbindung mit Art. 47 Abs. 1 und Art. 48 Abs. 1 und 2 VRP). In inhaltlicher Hinsicht verweist der Beschwerdeführer in der Beschwerdeergänzung jedoch im Wesentlichen auf seine Argumentation im Rekurs und reicht die Stellungnahmen im vorinstanzlichen Verfahren ein, ohne sich mit den Feststellungen der Vorinstanz im angefochtenen Entscheid konkret auseinanderzusetzen (vgl. act. G 7 f.). Damit stellt sich - wie die Vorinstanz zu Recht vorbringt (act. G 10) - die Frage der genügenden Begründung der Beschwerde (vgl. VerwGE B 2012/1 vom 12. Juni 2013, E. 1.3 mit Hinweisen, www.gerichte.sg.ch). Da es nach ständiger Rechtsprechung nicht Aufgabe der Beschwerdeinstanz ist, in vorinstanzlichen Eingaben der Beteiligten nach Gründen zu suchen, aus denen der angefochtene Entscheid unrichtig sein könnte (vgl. VerwGE B 2012/105 vom 13. November 2012 E. 1.3, www.gerichte.sg.ch; Cavelti/Vögeli, Verwaltungsgerichtsbarkeit im Kanton St. Gallen, 2. Aufl. 2003, Rz. 921 mit Hinweisen) kann auf die Beschwerde mangels ausreichender Begründung nicht eingetreten werden.
Selbst wenn auf die Beschwerde einzutreten wäre, müsste sie - wie nachstehend dargelegt wird - abgewiesen werden.
2.
2.1. Nach Art. 3 des Gewässerschutzgesetzes (SR 814.20, GSchG) ist jedermann verpflichtet, alle nach den Umständen gebotene Sorgfalt anzuwenden, um nachteilige Einwirkungen auf die Gewässer zu vermeiden. Damit wird eine allgemeine Sorgfaltspflicht statuiert. Auch wenn keine Gefahr besteht, dass ein Gewässer die Anforderungen an die Wasserqualität nicht erfüllen kann, muss das Zumutbare vorgekehrt werden, um eine Verunreinigung zu vermeiden bzw. möglichst gering zu halten (BGer 1C_390/2008 vom 15. Juni 2009 E. 2.1 mit Hinweis auf 1C_43/2007 vom 9. April 2008 E. 2.2). Ergänzend zu Art. 3 GSchG verbietet Art. 6 Abs. 1 GSchG generell das mittelbare oder unmittelbare Einbringen und Versickernlassen von Stoffen, die Wasser verunreinigen können. Nach Art. 6 Abs. 2 GSchG ist es auch untersagt, solche Stoffe ausserhalb eines Gewässers abzulagern oder auszubringen, sofern dadurch die konkrete Gefahr einer Verunreinigung des Wassers entsteht. Damit wird ein generelles Verunreinigungsverbot statuiert. Die konkrete Gefahr einer Verunreinigung liegt vor, wenn nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge eine Verunreinigung der Gewässer mit grosser Wahrscheinlichkeit früher oder später, beispielsweise durch Abschwemmen oder Versickern von Gülle, Mistwässern, Silosäften usw. eintreten wird (BGer 1C_390/2008 vom 15. Juni 2009 E. 2.2 mit Hinweis auf BBl 1987 II 1109). Nach Art. 4 lit. d GSchG liegt eine Verunreinigung bei einer nachteiligen physikalischen, chemischen oder biologischen Veränderung des Wassers vor. Als "nachteilig" zu qualifizieren ist jede messbare Mehrbelastung gegenüber dem Ausgangszustand, d.h. unabhängig vom ursprünglichen Reinheitsgrad des Wassers. Es gilt das gewässerschutzrechtliche Reinhaltungsgebot (BGer 1C_390/2008 vom 15. Juni 2009 E. 2.2 mit Hinweis auf BGE 125 II 29 E. 3a S. 37 und BGer 1C_43/2007 E. 2.4). Gemäss Art. 4 lit. g GSchG bedeutet Hofdünger Gülle, Mist und Silosäfte aus der Nutztierhaltung. Gülle ist Flüssigmist bzw. flüssiger Hofdünger, der aus Harn und Kot der Nutztiere sowie aus Wasser besteht. Der Gesetzgeber ging bei der Regelung nach Art. 6 GSchG davon aus, dass Gülle, die versickert oder abgeschwemmt wird, Gewässer verunreinigen kann; hingegen soll die fachgerechte Verwertung von Hofdünger nicht als Verunreinigung gelten (BBl 1987 II 1109 ff.). Dementsprechend verlangt Art. 14 Abs. 2 GSchG, dass Hofdünger umweltverträglich und entsprechend dem Stand der Technik landwirtschaftlich oder gartenbaulich verwertet wird. Im Betrieb müssen hinreichende Lagereinrichtungen vorhanden sein, um eine fachgerechte Verwertung des Hofdüngers zu ermöglichen (Art. 14 Abs. 3 GSchG).
2.2. Gülle und Mist sind aufgrund des Nährstoffgehalts für die Erhaltung der Fruchtbarkeit des Bodens wertvoll. Eine Überdüngung des Bodens hat jedoch schädliche Auswirkungen auf das Grundwasser. Grundsätzlich sind bei der Nutztierhaltung Schutzmassnahmen zur Vermeidung einer Mehrbelastung des Grundwassers zu ergreifen (BGer 1C_390/2008 vom 15. Juni 2009 E. 3.2 mit Hinweisen). Ein vollständiges Versickerungsverbot für Hofdünger ist nur für einzelne Anlagen in Landwirtschaftsbetrieben vorgeschrieben, so für Lagerbehälter von Hofdünger einschliesslich Leitungen. Für andere Anlagen - wie Laufhöfe - fehlen demgegenüber auf Bundesebene entsprechende gewässerschutzrechtliche Vollzugsvorschriften. Für Betriebe ausserhalb besonders gefährdeter Grundwasserbereiche lässt sich bei derartigen Anlagen ein absolutes Versickerungsverbot für die Abgänge der Tiere bzw. für deren Hofdünger nicht direkt aus Art. 3 und Art. 6 GSchG ableiten. Nach der Rechtsprechung ist es nicht so, dass keinerlei Ausscheidungen von Rindvieh im Untergrund versickern dürfen. Vielmehr sei das Versickern von Ausscheidungen auf einem Laufhof insofern zulässig, als die Natur grundsätzlich in der Lage sei, die Stoffmenge abzubauen. Unter diesen Umständen bleibe die gesetzlich geforderte Reinhaltung des Grundwassers gewahrt. Mit anderen Worten müsse der Boden des Laufhofs mit Blick auf die Abbaubarkeit der tierischen Ausscheidungen nicht weitergehend befestigt oder gar abgedichtet werden, als dies - zusammen mit anderen Massnahmen wie Bewuchs des Bodens, Einstreuung, periodische Reinigung, Sicherungen gegen Abflüsse in oberirdische Gewässer - nötig sei. Bei der Beurteilung der Frage, ob eine hinreichende Abbaubarkeit der Stoffmenge gegeben sei, komme es auch auf weitere Faktoren an, wie etwa Anzahl der Tiere, beanspruchte Bodenfläche, vorgesehene Benutzungsdauer und den Grad der Durchlässigkeit des Bodens (BGer 1C_390/2008 vom 15. Juni 2009 E. 3.3 und 3.4). Gemäss der Vollzugshilfe "Baulicher Umweltschutz in der Landwirtschaft - Hinweise für Bau und Unterhalt" des BAFU/BLW, Stand Mai 2012 (nachstehend: Vollzugshilfe) sind Laufhöfe Anlagen mit beschränktem Platzangebot ausserhalb des Stalls, welche die Tiere permanent oder zeitweise aufsuchen können. Hierbei werden befestigte Laufhöfe mit dichtem Belag und unbefestigte bzw. teilbefestigte Laufhöfe unterschieden. Permanent zugängliche Laufhöfe bilden eine bauliche Einheit mit dem Stall und verfügen in der Regel über einen dichten Belag. Nicht permanent genutzte Laufhöfe müssen lediglich ausserhalb der nicht besonders gefährdeten Bereiche nicht abgedichtet werden. Auch in den nicht besonders gefährdeten Bereichen ist die Bildung von Morast zu verhindern, z.B. durch die Erhöhung der Mindestfläche pro Tier oder durch Befestigung (Vollzugshilfe, S. 40 f.).
2.3. Der Landwirtschaftsbetrieb des Beschwerdeführers befindet sich gemäss Gewässerschutzkarte des Kantons St. Gallen im Gewässerschutzbereich Au (act. G 11/15). Dieser dient dem Schutz eines nutzbaren Grundwasservorkommens und gilt daher als besonders gefährdeter Bereich. Laufhöfe/Ausläufe mit undichtem Belag erfordern im Gewässerschutzbereich Au eine Bewilligung der zuständigen Behörde nach Art. 19 Abs. 2 GschG in Verbindung mit Art. 32 GschV (Vollzugshilfe, S. 9 und S. 42). Die Vorinstanz kam im angefochtenen Entscheid zum Schluss, aufgrund der Fotos (vgl. Stellungnahme Veterinärdienst vom 16. Januar 2013, act. G 11/10/9) und anlässlich des Rekursaugenscheins (act. G 11/13 f.) habe festgestellt werden können, dass der nicht permanent zugängliche Auslauf auf dem Hof des Beschwerdeführers unbefestigt sei. Die Grasnarbe sei aufgrund zu starker Beanspruchung durch die Tiere verschwunden. Es sei davon auszugehen, dass sich der Boden bei Regen in einen tiefen Morast verwandle. Dasselbe gelte auch für den Zugangsbereich zu den Weiden; auch dort sei die Grasnarbe zerstört. Diese Flächen würden demnach von den Tieren so häufig und intensiv genutzt, dass sich keine Grasnarbe mehr entwickeln könne. Es sei offensichtlich, dass bei dieser Ausgangslage in diesem Bereich vermehrt Kot und Harn anfallen würden und die Gefahr einer Gewässerverunreinigung deutlich erhöht sei. Der Einwand des Beschwerdeführers, diese Flächen würden regelmässig mit Holzschnitzeln eingestreut und sachgerecht genutzt, sei nicht stichhaltig. Eine Holzschnitzelschicht sei nicht dicht. Auch wenn Holzschnitzel durchaus geeignet sein könnten, einen Teil der Exkremente zu binden, sei offensichtlich, dass trotzdem in erheblichem Mass Sickersäfte ins Erdreich gelangen würden. Um eine Versickerung zu unterbinden, sei es unumgänglich, den Auslauf und den Zugang zu den Weiden im Sinn der Vollzugshilfe dicht auszugestalten und die anfallenden Säfte in eine Güllengrube zu leiten bzw. die Nutzung dieser Bereiche erheblich einzuschränken (act. G 2 S. 7 f.).
2.4. Der Beschwerdeführer bringt nichts vor, was die Schlussfolgerungen der Vorinstanz in Frage zu stellen vermöchte. Insbesondere hilft es für die Klärung der Frage der Gewässerschutzes bzw. für den Nachweis des Fehlens einer diesbezüglichen Gefährdung nicht weiter, wenn der Beschwerdeführer auf die Tatsache des felsigen Untergrunds des Grundstücks und die Betonierung des Eingangsbereichs des Laufstalls hinweist und beteuert, dass der Laufhof absolut kein Problem und gesetzeskonform sei (act. G 8.1). Auch die Einwalzung mit Schotter und die Belegung mit Betonrösten (act. G 8.1) vermag eine Gefährdung nicht zu beseitigen bzw. das Abschwemmen und Versickern von Exkrementen nicht zu verhindern. Die Behauptung des Beschwerdeführers, dass sich sein Grundstück in keiner (Gewässer-)Schutzzone befinde (act. G 8.2), trifft offensichtlich nicht zu (act. G 11/15). Wenn er im Weiteren zum Vergleich auf die Zulässigkeit der Mutterkuhhaltung bzw. von Kälberiglus auf dem offenen Feld hinweist (act. G 8.2 S. 4), ist festzuhalten, dass nach der in diesem Zusammenhang ergangenen Rechtsprechung die Iglus auf einer flüssigkeitsdichten Unterlage mit Entwässerung in die Güllegrube aufzustellen sind (VerwG B 2012/152 vom 3. Dezember 2012, E. 4.3). Auf den Umstand, dass die Zumiete der Güllengrube bei S.J. (vgl. act. G 8.2 S. 7) im Fall der Erhöhung des Viehbestandes auf mehr als 21 Milchkühe und 8 Kälber nicht mehr berücksichtigt werde, wies das AFU bereits in der Verfügung vom 23. Oktober 2009 (act. G 11/10/3) hin; aus der Zumiete kann der Beschwerdeführer somit nichts zu seinen Gunsten ableiten.
Angesichts der geschilderten Umstände liesse es sich - soweit auf die Beschwerde einzutreten wäre - nicht beanstanden, dass die Vorinstanz die vom AFU bejahte konkrete Gefahr einer Verunreinigung der Gewässer durch Abschwemmen oder Versickern von Exkrementen bestätigte. Anhaltspunkte für sachverhaltsmässig unrichtige Annahmen werden weder geltend gemacht noch ergeben sich solche aus den Akten.
3. Im Sinn der vorstehenden Erwägungen ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die amtlichen Kosten des Beschwerdeverfahrens dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 95 Abs. 1 VRP). Eine Entscheidgebühr von Fr. 2'000.-- ist angemessen (Art. 7, Ziff. 222 der Gerichtskostenverordnung, sGS 941.12). Sie wird mit dem geleisteten Kostenvorschuss verrechnet und der Rest von Fr. 1'000.-- dem Beschwerdeführer zurückerstattet.
Ausseramtliche Entschädigungen sind nicht zuzusprechen (Art. 98 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 98bis VRP).
Demnach erkennt das Verwaltungsgericht zu Recht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Der Beschwerdeführer hat die amtlichen Kosten von Fr. 2'000.-- unter Verrechnung mit dem von ihm geleisteten Kostenvorschuss zu bezahlen; der Rest von Fr. 1'000.-- wird ihm zurückerstattet.
Der Präsident Der Gerichtsschreiber
Eugster Schmid