Aus den Erwägungen:
II.2.a) Die Beschwerdeinstanz kann zur Wahrung der Verfahrensrechte einer Partei auf deren Antrag oder von Amtes wegen nach Erhebung der Anklage die Beurteilung einer Strafsache in Abweichung der gesetzlichen Gerichtsstandsvorschriften einem anderen sachlich zuständigen erstinstanzlichen Gericht des Kantons zur Beurteilung überweisen (Art. 38 Abs. 2 StPO). Im Kanton St. Gallen ist die Anklagekammer Beschwerdeinstanz (Art. 17 EG-StPO) und sie ist demnach für die Bestimmung eines abweichenden Gerichtsstands nach Anklageerhebung zuständig.
b) Die Zuweisung eines Strafverfahrens an ein anderes erstinstanzliches Gericht gemäss Art. 38 Abs. 2 StPO soll dann erfolgen können, wenn es sich zur Wahrung der Verfahrensrechte einer Partei, insbesondere des Anspruchs auf einen unabhängigen Richter und ein faires Verfahren, als notwendig erweist. Dies kann etwa der Fall sein, wenn das an sich örtlich zuständige Gericht aufgrund der Persönlichkeit eines Beschuldigten, wegen der Art des Falles sowie der Schwere der Vorwürfe als nicht ganz unbefangen erscheint oder wenn (allgemeiner) nicht ohne weiteres ein faires Verfahren erwartet werden kann (BSK StPO – Moser/ Schlapbach, Art. 38 N 16; Schmid/Jositsch, StPO Praxiskommentar, Art. 38 N 4). Materiell handelt es sich bei Art. 38 Abs. 2 StPO somit um eine Art (abgeschwächte) Ausstandsbestimmung (Fingerhuth/Lieber, in: Donatsch/Hansjakob/Lieber, StPO Komm., Art. 38 N 10).
c) Das Verfahren richtet sich sinngemäss nach Art. 393 ff. StPO (Schmid/Jositsch, StPO Praxiskommentar, Art. 38 N 6). Dies bedeutet u.a., dass das Verfahren in einem schriftlichen Verfahren behandelt wird (Art. 397 Abs. 1 StPO). Stellung nehmen können dazu die (anderen) Parteien und die Vorinstanz (Art. 390 Abs. 2 StPO). Die Frage, wer die "anderen Parteien" (gemäss Art. 390 Abs. 2 StPO) sind, lässt sich zwar nur im konkreten Einzelfall unter Würdigung der ganzen Sachlage und den in Betracht fallenden, rechtlichen Interessen beurteilen (Guidon, Die Beschwerde gemäss Schweizerischer Strafprozessordnung, N 504). Beim Kreisgericht St. Gallen handelt es sich aber in jedem Fall weder um die Vorinstanz noch um eine Partei mit entsprechend eigenen rechtlichen Interessen. Damit ist die (unaufgefordert erfolgte) Eingabe des Kreisgerichtes St. Gallen unbeachtlich.
3.a) Nach Anklageerhebung am Kreisgericht Werdenberg-Sarganserland kam es regelmässig zu Ausstandsgesuchen, welche bis auf eines alle geschützt werden mussten. Es begann mit Entscheid der Anklagekammer vom 31. Mai 2017, in welchem die (damalige) Verfahrensleiterin A und die (damalige) Gerichtsschreiberin B zufolge Vorbefassung für die hängigen Verfahren in den Ausstand versetzt wurden. Im Dezember 2018 wurde dann – nach Eröffnung des Entscheides durch das Kreisgericht Werdenberg-Sarganserland in der Sache – der nebenamtliche Richter C in den Ausstand versetzt und im August 2019 folgte Gerichtsschreiberin D. Damit mussten durch die Anklagekammer im Fall […] bereits Ausstandsgesuche gegen zwei Richter und zwei Gerichtsschreiberinnen geschützt werden. Aktuell liegen erneut zwei Ausstandsgesuche gegen die aktuelle Verfahrensleiterin E vor, welche bei summarischer Prüfung jedenfalls nicht aussichtslos erscheinen.
b) Es kommt dazu, dass die (übrige) Gerichtsbesetzung, welche an der Hauptverhandlung und dem eröffneten erstinstanzlichen Entscheid beteiligt war (M, N, O, P und Gerichtsschreiber Q), ebenfalls – wegen Vorbefassung – nicht mehr an einer neuen Hauptverhandlung und einem neuen Entscheid mitwirken können.
c) Bereits aufgrund der (dargestellten aussergewöhnlichen) Häufung, aber auch aufgrund der jeweiligen Gründe bei den von Ausstandsgesuchen betroffenen Personen am Kreisgericht Werdenberg-Sarganserland kann – zumal für die Parteien, namentlich für die Beschuldigten – durchaus der Eindruck entstehen, dass das örtlich eigentlich zuständige Kreisgericht in vorliegender Sache kein faires Verfahren vor einem unabhängigen Richter zu gewährleisten vermag. Dafür sind die festgestellten Ausstände und Verfahrensfehler zwischenzeitlich zu häufig und – zumal in ihrer Gesamtheit – zu gravierend.
d) Aufgrund dieser Gesamtumstände erscheint das gesamte Kreisgericht Werdenberg-Sarganserland in dieser Sache als nicht (mehr) unbefangen. Der Anspruch der Parteien, insbesondere auch der Beschuldigten, auf ein faires Verfahren erscheint insgesamt jedenfalls gefährdet. Dementsprechend ist für den Fall […] ein anderer Gerichtsstand zu bestimmen.
4.a) Die Anklagekammer hat in ihrem Schreiben vom 16. September 2019 bereits angekündigt, dass – falls ein abweichender Gerichtsstand bestimmt wird – geplant sei, das gesamte Wirtschaftsstrafverfahren […] an das Kreisgericht St. Gallen zur Beurteilung zu überweisen.
b) Für das Kreisgericht St. Gallen sprechen im Wesentlichen seine räumliche Distanz zu den zu beurteilenden Sachverhalten, seine Grösse sowie insbesondere auch die (im Vergleich zu den übrigen Kreisgerichten tiefere) Gesamtbelastung. Ein grosses Gericht wie das Kreisgericht St. Gallen mit entsprechend insbesondere auch personellen Ressourcen kann einen Fall wie den vorliegenden fraglos besser auffangen bzw. die (übrige ordentliche) Geschäftslast besser auf die einzelnen Richter verteilen als ein kleines Gericht. Dazu kommt schliesslich auch eine gute Erreichbarkeit des Gerichtes für sämtliche Parteien (und, soweit vorhanden, für deren Anwälte).
c) Insgesamt ist das Verfahren […] somit vom Kreisgericht Werdenberg-Sarganserland an das Kreisgericht St. Gallen zu überweisen. Auf die Erhebung von Kosten wird hinsichtlich der Bestimmung eines anderen Gerichtstandes praxisgemäss verzichtet.
5.a) Aufgrund der Festlegung eines anderen Gerichtsstandes sind die beiden Ausstandsverfahren gegen die verfahrensleitende Richterin E am Kreisgericht Werdenberg-Sarganserland als gegenstandslos abzuschreiben.
Der Entscheid ist noch nicht rechtskräftig.