Aus den Erwägungen:
II.2.a) Der Beschwerdeführer bringt zunächst vor, dass Art. 144 StPO nicht tel quel auch für das Haftverfahren vor dem Zwangsmassnahmengericht gemäss Art. 225 StPO gelte.
b) In der Schweizerischen Strafprozessordnung gibt es bezüglich der Verwendung von technischen Hilfsmitteln bzw. Videokonferenzen bei Haftverhandlungen keine eigene spezifische Bestimmung im Gegensatz etwa zu Strafprozessordnungen anderer Länder (vgl. etwa § 176 Abs. 3 i.V.m. § 153 Abs. 4 der Österreichischen Strafprozessordnung; Treccani/Maye, Einvernahmen per Videokonferenz, https://www.his-programm.ch /Portals/0/adam/Content/ HibpPUiJu EuQm7h6yA-FNQ/DocumentOrLink/grundlagenbericht-videokonferenz-v1.4-20161202-de.pdf, zuletzt besucht am 25. September 2019). Die Regelung bezüglich Videokonferenzen findet sich in Art. 144 StPO unter dem Titel "Einvernahmen" und hält fest, dass die Staatsanwaltschaft und die Gerichte unter gewissen Voraussetzungen Einvernahmen mittels Videokonferenz durchführen können. Ob unter den Begriff der "Einvernahme" in Art. 144 StPO auch ganze Gerichtsverhandlungen bzw. vollständige Haftverhandlungen fallen, ist nicht klar. Auch in Rechtsprechung und Lehre findet sich diesbezüglich wenig. Für die Anwendung von Art. 144 StPO in Haftverhandlungen vor dem Zwangsmassnahmengericht spricht sich immerhin Niklaus Oberholzer aus (vgl. Oberholzer, Grundzüge des Strafprozessrechts, N 950 f.). In jedem Fall unproblematisch dürfte eine Haftverhandlung per Videokonferenz bei Zustimmung der beschuldigten Person sein, zumal diese ja gemäss Art. 225 Abs. 5 StPO auch ganz auf eine mündliche Verhandlung verzichten kann. Ein solches Einverständnis lag hier jedoch nicht vor.
Letztlich kann aber die Frage, ob Art. 144 StPO überhaupt auf Haftverhandlungen anwendbar ist, wenn die beschuldigte Person einer Videokonferenz nicht zustimmt, offengelassen werden. Denn selbst, wenn man von der grundsätzlichen Anwendbarkeit von Art. 144 StPO auf Haftverhandlungen ausgeht, waren die gesetzlichen Voraussetzungen dafür – wie nachfolgend zu zeigen sein wird – vorliegend nicht gegeben.
3.a) Der Beschwerdeführer rügt des Weiteren, dass selbst wenn Art. 144 StPO zur Anwendung käme, die Voraussetzungen für eine Videokonferenz nicht erfüllt gewesen seien.
b) Gemäss Art. 144 Abs. 1 StPO können Staatsanwaltschaft und Gerichte eine Einvernahme mittels Videokonferenz durchführen. Vorausgesetzt wird dabei, dass das persönliche Erscheinen der einzuvernehmenden Person nicht oder nur mit grossem Aufwand möglich ist. Dementsprechend ist die Einvernahme per Videokonferenz subsidiär zur traditionellen Einvernahme (Godenzi, in: Donatsch/Hansjakob/Lieber, StPO Komm., Art. 144 N 4). Der grosse Aufwand kann dabei in personeller, zeitlicher oder finanzieller Hinsicht bestehen, und zwar sowohl auf Seiten der Strafverfolgungsbehörden als auch auf Seiten der einzuvernehmenden Personen. Er muss jeweils im Hinblick auf den konkreten Einzelfall beurteilt werden (BSK StPO – Häring, Art. 144 N 5). Blosse Bequemlichkeit der Beteiligten berechtigt nicht zu dieser Einvernahmeform, die physische Präsenz vor Ort muss der Regelfall bleiben (Godenzi, in: Donatsch/Hansjakob/Lieber, StPO Komm., Art. 144 N 4 m.w.H.).
c) Die Vorinstanz hielt hinsichtlich der Durchführung der Videokonferenz fest, dass diese keine Einschränkung der Verfahrensrechte zur Folge gehabt habe. Die Verfahrensrechte könnten im Rahmen der im Kanton St. Gallen technisch sehr ausgereiften Form der Videokonferenz gewährt werden. Im Übrigen würden Videokonferenzen in derartigen Fällen seit über zehn Jahren klaglos zum Einsatz kommen. Schliesslich könne durch diese Art der Einvernahme auch eine aufwändige Zuführung von X.___ nach Y.___ und zurück erspart werden.
Dies erscheint nicht grundsätzlich falsch, damit begründet die Vorinstanz jedoch nicht, jedenfalls nicht ausreichend, dass die Voraussetzungen von Art. 144 Abs. 1 StPO vorliegend gegeben gewesen wären. Ansatzpunkt in der Argumentation der Vorinstanz wäre höchstens, es könne durch diese Art der Einvernahme auch eine aufwändige Zuführung von X.___ nach Y.___ und zurück erspart werden. Dies allein genügt aber nicht, um von einem grossen Aufwand sprechen zu können, zumal Zuführungen von sich in Haft befindlichen Personen regelmässig stattfinden und dabei immer ein gewisser (vor allem auch polizeilicher) Aufwand anfällt. Auch die Distanz von X.___ nach Y.___ ist mit etwa einer Stunde Fahrzeit noch nicht aussergewöhnlich lange. Die Voraussetzungen für Art. 144 Abs. 1 StPO können somit hier nicht als erfüllt betrachtet werden.
4.a) Der Beschwerdeführer macht sodann geltend, dass Einvernahmen mittels Videokonferenz mit Bild und Ton festzuhalten sind (Art. 144 Abs. 2 StPO). Dies sei vorliegend nicht erfolgt.
b) Art. 144 Abs. 2 StPO hält fest, dass Einvernahmen mittels Videokonferenz in Ton und Bild festzuhalten sind. Ergänzend bestimmt Art. 78 Abs. 6 StPO hinsichtlich Videokonferenzen, dass die mündliche Erklärung der einvernommenen Person, sie habe das Protokoll zur Kenntnis genommen, die Unterzeichnung und Visierung ersetzt. Diese Erklärung ist im Protokoll zu vermerken und die entsprechenden Videobänder sind zu den Verfahrensakten zu nehmen (BSK StPO – Häring, Art. 144 N 9; Godenzi, in: Donatsch/Hansjakob/Lieber, StPO Komm., Art. 144 N 5).
In den Akten des Zwangsmassnahmengerichts findet sich keine Ton- und Bildaufnahme, sondern einzig das Verhandlungsprotokoll vom 31. August 2019. Dieses enthält den gemäss Art. 78 Abs. 6 StPO erforderlichen Vermerk nicht.
5.a) Insgesamt wurden somit anlässlich der Haftverhandlung sowie auch in Bezug auf deren Protokollierung mehrfach Verfahrensfehler begangen. Zudem wurde das rechtliche Gehör des Beschwerdeführers schwerwiegend verletzt, zumal er grundsätzlich Anspruch auf eine direkte mündliche Verhandlung vor dem Zwangsmassnahmengericht (ohne Videokonferenz) und damit eine Anhörung gehabt hätte. Zu diesem Ergebnis kommt man, wenn man die Anwendbarkeit von Art. 144 StPO auf ganze Haftverhandlungen grundsätzlich verneint, aber auch wenn man davon ausgeht, dass vorliegend jedenfalls die Voraussetzungen dieser Norm nicht erfüllt waren.