Aus den Erwägungen:
II.2.a) Vorliegend ist einzig Ziff. 5 der Einstellungsverfügung vom 20. November 2018 angefochten, in welcher das Folgende festgehalten wird:
"Für den durch die X.___ AG zufolge strafbarer Handlungen erlangten Vermögensvorteil in der Höhe von CHF 27'060.00 wird auf eine Ersatzforderung des Staates gegen die X.___ AG in dieser Höhe erkannt."
Die Ersatzforderung des Staates begründet die Vorinstanz in ihrer Einstellungsverfügung damit, dass durch das Unterlassen einer Frühkastration mit Schmerzausschaltung die Beschwerdeführerin mindestens 12'300 […] wirtschaftlicher habe produzieren und somit einen unrechtmässigen Vermögensvorteil habe erzielen können. Gemäss dem Synthesebericht […] würden bei der Inhalationsnarkose Mehrkosten pro […] von Fr. 2.20 anfallen, womit die Beschwerdeführerin einen Vermögensvorteil von mindestens Fr. 27'060.– habe.
b) Demgegenüber lässt die Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerde zusammengefasst vorbringen, dass eine Ersatzforderung eine Anlasstat voraussetze. Vorliegend würde es aber genau an einer solchen fehlen. Und selbst wenn die Festlegung einer Ersatzforderung grundsätzlich zulässig wäre, so wäre diese hier zu hoch.
c) Gemäss Art. 320 Abs. 2 StPO hebt die Staatsanwaltschaft in der Einstellungsverfügung bestehende Zwangsmassnahmen auf. Sie kann die Einziehung von Gegenständen und Vermögenswerten anordnen. Sind die Voraussetzungen der Einziehung gegeben, dann hat sie zu erfolgen. Der rechtsanwendenden Behörde steht diesbezüglich – entgegen dem ungenauen Gesetzestext – kein Ermessen zu (BB.2016.81 E. 4.1; Obergericht des Kantons Zürich, Beschluss vom 4. Juli 2016 [UH150122-O/U] E. 4.2.1). Die Staatsanwaltschaft hat somit bei der Einstellung des Strafverfahrens über die Einziehung von Vermögenswerten (Art. 70 StGB) zu entscheiden. Sind die Vermögenswerte nicht mehr vorhanden, kommt eine Einziehung nicht in Frage. Es kann jedoch nach Art. 71 StGB eine Ersatzforderung festgelegt werden, gegen einen Dritten aber nur insoweit, als dies nach Art. 70 Abs. 2 nicht ausgeschlossen ist (BGE 141 IV 155 E. 4.1.; Obergericht des Kantons Zürich, Beschluss vom 4. Juli 2016 [UH150122-O/U] E. 4.2.2).
d) Für die Ersatzforderung (Art. 71 StGB) gelten die gleichen kumulativ erforderlichen Voraussetzungen wie für die Einziehung (Art. 70 StGB). Massgebend ist, dass sich die Ersatzforderung auf eine (nachgewiesene) Straftat (sog. "Anlasstat") stützt. Bei der Straftat muss es sich um ein tatbestandsmässiges (inkl. subjektivem Tatbestand) und rechtswidriges, nicht unbedingt schuldhaftes Verhalten handeln, wobei hierzu sämtliche strafbaren Handlungen des eidgenössischen Rechts, unabhängig von der Deliktsart, in Frage kommen. Notwendig ist ferner ein Kausalzusammenhang zwischen der Ersatzforderung und dem Delikt, d.h. die Erlangung des Vermögenswertes/Vermögensvorteils beim Täter oder Direktbegünstigten muss als direkte und unmittelbare Folge der Straftat erscheinen (BGE 141 IV 155 E. 4.1; 137 IV 305 E. 3.1; 129 IV 305 E.4.2.1; BB.2016. 81 E. 4.2; Obergericht des Kantons Zürich, Beschluss vom 4. Juli 2016 [UH150122-O/U] E. 5.1; BSK StGB I – Baumann, Art. 70/71 N 12, 55; Trechsel/Jean-Richard, in: Trechsel/Pieth [Hrsg.], StGB PK, 3. Aufl., Art. 70 N 2 ff. und Art. 71 N 2).
e) Bei einer Einstellung i.S.v. Art. 319 Abs. 1 lit. a StPO – wie vorliegend – kommt nach einem Teil der Lehre eine Einziehung von vornherein nicht in Frage, da in solchen Fällen der Nachweis einer tatbestandsmässigen bzw. rechtswidrigen Anlasstat fehlt (Landshut/Bossard, in: Donatsch/Hansjakob/Lieber, StPO Komm., Art. 320 N 6a). Andere Autoren schliessen diese Möglichkeit zwar nicht völlig aus, halten aber ausdrücklich fest, dass nicht auf das Erfordernis eines tatbestandsmässigen und rechtswidrigen Verhaltens verzichtet werden kann. In den Fällen von lit. a muss jedenfalls eine strafbare Handlung vorliegen (BSK StPO – Grädel/ Heiniger, Art. 320 N 10).
f) Verfügt die Staatsanwaltschaft in einer Einstellungsverfügung eine Ersatzforderung, so hat sie sich an die Formvorschriften von Art. 80 f. StPO zu halten. Demnach ist eine Verfügung schriftlich zu erlassen und zu begründen (Art. 80 Abs. 2 StPO). Der Umfang und die Tiefe der Begründung haben sich an der Eingriffsintensität des Entscheides sowie dessen Bedeutung für die Parteien und Verfahren zu orientieren (Brüschweiler, in: Donatsch/Hansjakob/ Lieber, StPO Komm., Art. 80 N 2; BB.2016.81 E. 4.3). Die Forderung von Ersatzkosten zuhanden des Staates in einer Einstellungsverfügung ist vergleichbar mit der Kostenauferlegung in einer Einstellungsverfügung gemäss Art. 426 Abs. 2 StPO, bei welcher vor Erlass des Entscheides der betroffenen Person das rechtliche Gehör gewährt werden muss (vgl. BSK StPO – Domeisen, Art. 426 N 33), womit jedenfalls auch hier von einer erhöhten Begründungspflicht aufgrund der Eingriffsintensität trotz Einstellung auszugehen ist. Dem entspricht auch die Rechtsprechung des Bundesstrafgerichts, welches in BB.2016.81 E. 4.3 festhielt, dass, wenn die Einziehung im Rahmen einer Einstellungsverfügung angeordnet wird, sich diese über sämtliche Voraussetzungen der Einziehung zu äussern habe.
g) Vorliegend teilte die Vorinstanz der Beschwerdeführerin mit Parteimitteilung vom 19. Oktober 2018 mit, dass sie das Verfahren einstellen werde, ihr aber eine Ersatzforderung des Staates in Höhe von Fr. 27'060.– im Sinne von Art. 70 ff. StGB auferlegen werde, und räumte ihr eine 10-tägige Frist zur Stellungnahme ein. Am 20. November 2018 erging dann tatsächlich die Einstellungsverfügung mit der Ersatzforderung. In dieser Einstellungsverfügung (wie auch in der Stellungnahme vom 14. Dezember 2018) erwähnt die Vorinstanz dann aber nicht, auf welche Rechtsgrundlage/Bestimmung sie sich stützt. Auch werden die Voraussetzungen der Einziehung/Ersatzmassnahme nicht (klar) abgehandelt. Damit sind bereits die Begründungsanforderungen für die Anordnung einer Ersatzmassnahme nicht erfüllt und Ziff. 5 der Einstellungsverfügung ist bereits aus diesem Grund aufzuheben.
h) Selbst wenn man noch davon ausgehen würde, dass die Begründungsanforderungen in der Einstellungsverfügung hinsichtlich der Ersatzforderung erfüllt wären, könnte vorliegend nicht in einer Einstellungsverfügung über die Ersatzforderung des Staates entschieden werden. Zum jetzigen Zeitpunkt fehlt es an einem tatbestandsmässigen und rechtswidrigen Verhalten bzw. an einer Anlasstat. Das Verfahren gegen das Unternehmen betreffend Art. 102 StGB wurde aufgrund von Art. 319 Abs. 1 lit. a StPO eingestellt und die Anklagen gegen die Mitarbeiter der Beschwerdeführerin sind noch gar nicht gerichtlich beurteilt, d.h. es steht noch gar nicht fest, ob diese sich tatbestandsmässig und rechtswidrig verhalten haben. Es würde, nähme man dennoch eine strafbare Handlung durch die Mitarbeiter an, vielmehr die Unschuldsvermutung verletzt, was fraglos nicht angehen kann. Auch wenn die Mitarbeitenden der Beschwerdeführerin allenfalls verurteilt würden, bestünde wohl keine Möglichkeit, die Ersatzforderung in einer Einstellungsverfügung gegenüber der Beschwerdeführerin festzulegen, da dies unweigerlich zu einem Konflikt zwischen dem Grundsatz der "res iudicata" und dem Anspruch auf rechtliches Gehör der Beschwerdeführerin, sich zum tatbestandsmässigen und rechtswidrigen Verhalten der Mitarbeitenden äussern zu können, führen würde (vgl. Entscheid des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt vom 21. Oktober 2014 [BES.2014.11] E. 3.1).