Aus den Erwägungen:
II. 2.a) Die Anklagekammer entscheidet über Beschwerden gegen Nichtanhandnahmeverfügungen gemäss Art. 310 StPO (Art. 310 Abs. 2 StPO i.V.m. Art. 322 Abs. 2 StPO und Art. 20 Abs. 1 lit. b StPO i.V.m. Art. 17 Abs. 1 EG-StPO). Zur Beschwerde legitimiert ist gemäss Art. 382 Abs. 1 StPO jede Partei, die ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung eines Entscheides hat. Die Beschwerde hat schriftlich und begründet zu erfolgen und muss innert zehn Tagen bei der Rechtsmittelinstanz eingereicht werden (Art. 310 Abs. 2 StPO i.V.m. Art. 322 Abs. 2 StPO und Art. 393 ff. StPO). Die Beschwerden gegen die angefochtenen Verfügungen wurden fristgerecht eingereicht.
b) Zu prüfen ist des Weiteren, ob der Beschwerdeführer zur Beschwerde legitimiert ist. Er selbst stützt seine Beschwerdelegitimation auf Art. 382 Abs. 1 StPO als „Anzeigeerstatter bzw. Vertreter des Gemeinwesens“ (act. 1, S. 2). Nicht geltend macht er hingegen (richtigerweise) eine eigentliche Geschädigtenstellung im Sinne von Art. 115 StPO.
c) Gemäss Art. 382 Abs. 1 StPO kann jede Partei, die ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung eines Entscheides hat, ein Rechtsmittel ergreifen. Parteien sind nach Art. 104 Abs. 1 StPO die beschuldigte Person, die Privatklägerschaft sowie im Rechtsmittelverfahren die Staatsanwaltschaft. Der blosse Anzeigeerstatter ist in der Regel (und auch vorliegend) nicht zur Beschwerde legitimiert. Ein Ausnahmefall ist nicht gegeben (vgl. Guidon, Die Beschwerde gemäss Schweizerischer Strafprozessordnung, N 293 ff.).
d) Sodann können Bund und Kantone weiteren Behörden, die öffentliche Interessen wahren, volle oder beschränkte Parteirechte einräumen (Art. 104 Abs. 2 StPO). Von dieser Kompetenz hat der Kanton St. Gallen im Wesentlichen in Art. 38 EG-StPO Gebrauch gemacht. Dieser hält fest, dass dem zuständigen Departement bei Widerhandlungen gegen Bestimmungen des Tier- und Umweltschutzes, der Waldgesetzgebung sowie in Jagd- und Fischereiangelegenheiten Parteirechte eingeräumt werden (Art. 38 Abs. 1 EG-StPO).
e) Vorliegend sind jedoch weder Tier-, Umweltschutz-, Waldgesetzgebung noch Jagd- oder Fischereiangelegenheiten betroffen, sondern das Kulturerbegesetz (KEG). Der Gesetzgeber hat diesbezüglich dem zuständigen Departement keine Parteirechte eingeräumt in Art. 38 Abs. 1 EG-StPO. Ebenso wenig findet sich im KEG eine rechtliche Grundlage, welche dem Beschwerdeführer Parteirechte einräumen würde. Solches wird (richtigerweise) auch gar nicht geltend gemacht. Schliesslich fällt auch auf, dass die Frage einer allfällig konkreten Beschwerdelegitimation – anders als in den Fällen von Art. 38 EG-StPO – weder in der Ermächtigungsverordnung noch in den Anhängen dazu eine Regelung erfahren hat. Insgesamt ist der Beschwerdeführer nicht beschwerdelegitimiert nach Art. 382 Abs. 1 StPO (vgl. GVP 2014 Nr. 71; Brandenberger, Der Staat als Verletzter im Strafprozess – eine Rollenverteilung, in: forumpoenale 4/2016, S. 225 ff.). Dies hat er im Übrigen nach Einreichung und Zustellung der Vernehmlassung der Vorinstanz, welche die Legitimation ausdrücklich bestritten hat, unbestritten gelassen.