Aus den Erwägungen:
II. 2. Die beschuldigte Person trägt die Verfahrenskosten, wenn sie verurteilt wird (Art. 426 Abs. 1 StPO). Wird das Verfahren eingestellt oder die beschuldigte Person freigesprochen, so können ihr die Verfahrenskosten ganz oder teilweise auferlegt werden, wenn sie rechtswidrig und schuldhaft die Einleitung des Verfahrens bewirkt oder dessen Durchführung erschwert hat (Art. 426 Abs. 2 StPO).
2.1. Bei der Kostenpflicht der freigesprochenen oder aus dem Verfahren entlassenen beschuldigten Person handelt es sich nicht um eine Haftung für ein strafrechtliches Verschulden, sondern um eine zivilrechtlichen Grundsätzen angenäherte Haftung für ein fehlerhaftes Verhalten, durch das die Einleitung oder Erschwerung eines Prozesses verursacht wurde (BGE 119 Ia 332 E. 1.b; BGer. 1P.188/2005 E. 3.1; BSK StPO – Thomas Domeisen, Art. 426 N 29). Eine Kostenauflage bei Freispruch oder Einstellung des Verfahrens verstösst gegen den Grundsatz der Unschuldsvermutung (Art. 32 Abs. 1 BV, Art. 6 Ziff. 2 EMRK), wenn der beschuldigten Person in der Begründung des Kostenentscheids direkt oder indirekt vorgeworfen wird, sie habe sich strafbar gemacht bzw. es treffe sie ein strafrechtliches Verschulden. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts ist es mit Art. 32 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 2 EMRK jedoch vereinbar, einer nicht verurteilten beschuldigten Person Verfahrenskosten aufzuerlegen, wenn sie in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise, d.h. im Sinne einer analogen Anwendung der sich aus Art. 41 OR ergebenden Grundsätze, gegen eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm, die aus der gesamten schweizerischen Rechtsordnung stammen kann, klar verstossen und dadurch das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat (BGer. 6B_315/2007 E. 3.2; BGer. 1P.18/2007 E. 3.3.3; BGer. 1P.188/2005 E. 3.1; BSK StPO – Thomas Domeisen, Art. 426 N 37). Vorausgesetzt wird damit ein unter rechtlichen und nicht bloss unter moralischen oder ethischen Gesichtspunkten vorwerfbares Verhalten (BGer. 6B_783/2007 E. 2.1). Die Überbindung der Verfahrenskosten an die beschuldigte Person bei Freispruch oder Einstellung des Verfahrens soll aber Ausnahmecharakter haben und daher nur in Frage kommen, wenn es sich um einen klaren Verstoss gegen die fragliche Verhaltensnorm handelt. Voraussetzung ist daher, dass sich ein solcher Vorwurf in tatsächlicher Hinsicht auf unbestrittene oder bereits klar nachgewiesene Umstände stützt (BSK StPO – Thomas Domeisen, Art. 426 N 34; BGer. 1P.18/2007 E. 3.3.3). Erforderlich ist zudem, dass das widerrechtliche Verhalten die adäquate Ursache für die Einleitung oder Erschwerung des Strafverfahrens war. Dies trifft dann zu, wenn das gegen entsprechende Normen verstossende Verhalten geeignet war, den Verdacht einer strafbaren Handlung zu erwecken und damit Anlass zur Eröffnung eines Strafverfahrens zu geben (vgl. BSK StPO – Domeisen, Art. 426 N 29).
2.2. Es ist zu begründen, inwiefern die beschuldigte Person durch ihr Handeln in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen eine Verhaltensnorm klar verstossen hat. Die Rechtsmittelinstanz darf lediglich die im angefochtenen Entscheid enthaltene Begründung und nicht jene der Vernehmlassung der Vorinstanz beurteilen. Die Rechtsmittelinstanz darf indessen die Motive des umstrittenen Entscheids ersetzen, wenn der massgebliche Sachverhalt aus den Akten hinreichend ersichtlich ist und die rechtliche Situation als klar erscheint (BSK StPO – Thomas Domeisen, Art. 426 N 33; Pra 91 [2002] Nr. 203 E. 1.2.2, E. 1.3; BGer. 6B_315/2007 E. 4.3; BGer. 1P.188/2005 E. 5.2).
3. Die Vorinstanz begründete ihre Kostenauflage in der Einstellungsverfügung vom 25. November 2015 damit, dass der Beschwerdeführer durch den strafbaren Konsum von Marihuana die Einleitung des strassenverkehrsstrafrechtlichen Verfahrens gegen ihn schuldhaft verursacht habe; gemäss geltender bundesgerichtlicher Rechtsprechung seien ihm daher die Verfahrenskosten von gesamthaft Fr. 1'335.– im Sinne von Art. 426 Abs. 2 StPO aufzuerlegen.
4. Nach besagter bundesgerichtlicher Rechtsprechung ist die Kostenauflage an einen Autolenker, der einzig durch Alkoholgeruch auffällt, bei dem aber kein den Grenzwert überschreitender Blutalkoholgehalt feststellbar ist, unzulässig. Da sowohl der Alkoholkonsum als auch das anschliessende Lenken von Motorfahrzeugen – unter Einhaltung der geltenden Alkoholgrenzwerte – erlaubt sind, sei in derartigen Fällen kein schuldhaftes Verursachen der Verfahrenseinleitung zu erkennen (BGE 119 Ia 332 E. 1 c/d). Diese Rechtsprechung sei indessen nicht auf das Führen von Fahrzeugen unter dem Einfluss verbotener Betäubungsmittel übertragbar, und zwar selbst dann nicht, wenn dabei die Toleranzen für Messungenauigkeiten nicht überschritten würden. Demnach habe ein Autolenker, der mit Spuren verbotener Betäubungsmittel im Blut ein Fahrzeug führt und dabei Symptome aufweist, die ihn für die Polizisten als möglichen Rauschgiftkonsumenten erscheinen lassen, das gegen ihn eingeleitete Verfahren rechtswidrig und schuldhaft verursacht (BGer. 1B_180/2012 E. 4; ferner OGer. BE, Urteil vom 24.01.2012, zit. in CAN 2013 Nr. 24; BSK StPO – Thomas Domeisen, Art. 426 N 42 [S. 3189 a.E.]).
5. Der Beschwerdeführer lässt in seiner Eingabe vom 3. Dezember 2015 geltend machen, ein zeitnaher verkehrsrechtlich relevanter Konsum sei widerlegt. Für einen solchen hätten auch nie Anzeichen bestanden, weshalb für eine – verdachtsabhängige – Blut- und Urinuntersuchung von vornherein kein Anlass bestanden habe und die Verfahrenseinleitung daher auch nicht schuldhaft vom Beschwerdeführer verursacht worden sein könne. Die Fahrfähigkeit des Beschwerdeführers sei im Kontrollzeitpunkt gegeben gewesen. Die Kostenauflage verletze damit die Unschuldsvermutung, weshalb sie nicht zulässig sei.
5.1. Der Einwand des Beschwerdeführers, für einen (verdachtsabhängigen) Drogentest seien lichtunempfindliche Pupillen und gerötete Augenbindehäute nicht ausreichend und die Untersuchung daher unrechtmässig erfolgt, verfängt nicht. Bei seinem Verweis auf Ziff. 2.2.1 der Weisung des ASTRA vom 22. Mai 2008 (bzw. neu vom 5. Dezember 2014) betreffend die Feststellung der Fahrunfähigkeit im Strassenverkehr übersieht er, dass es sich dabei um eine nicht abschliessende Aufzählung der Verdachtsgründe handelt ("insbesondere"). Entsprechend anerkennt auch das Bundesgericht, dass weitere als die in der Weisung genannten Gründe den erforderlichen Anfangsverdacht zu begründen vermögen. Hierfür kommen namentlich auch eine blasse Gesichtsfarbe, glänzende bzw. wässrige Augen (BGer. 6B_244/2011 E. 3) oder gerötete Augen und ein verlangsamtes Verhalten in Betracht (BGer. 1B_180/2012 E. 3.2). Da das Führen von Motorfahrzeugen unter dem Einfluss von (verbotenen) Betäubungsmitteln generell untersagt ist (Art. 55 SVG i.V.m. Art. 2 VRV), bestand für die Kantonspolizei aufgrund ihrer Feststellungen hinsichtlich der Augen des Beschwerdeführers begründeter Anlass zur Durchführung eines Drogenschnelltests und, als dieser ein positives Ergebnis lieferte, zur Anordnung einer Blut- und Urinprobe mit anschliessender chemisch-toxikologischer Untersuchung (Art. 55 Abs. 3 lit. a SVG i.V.m. Art. 12 Abs. 1 lit. b und Art. 12 Abs. 2 SKV). Im Übrigen hat auch die Ärztin im Spital Wil beim Beschwerdeführer gerötete Augen festgestellt.
5.2. Da der Beschwerdeführer nachgewiesenermassen (rechtswidrig) Cannabis konsumierte und im Kontrollzeitpunkt noch immer unter dem Einfluss von THC stand, zog er schuldhaft den Verdacht der Polizeibeamten auf sich, er habe trotz vorangehendem Betäubungsmittelkonsum ein Fahrzeug gelenkt. Die Verfahrenseinleitung und damit einhergehend die Laboruntersuchung der Blutprobe sowie die angefallenen Kosten waren die adäquat-kausale Folge davon. Damit sind die Voraussetzungen für eine Kostenauflage im Sinne von Art. 426 Abs. 2 StPO gegeben. Daran vermag auch der Umstand nichts zu ändern, dass eine strassenverkehrsrechtliche Verurteilung des Beschwerdeführers aufgrund der geltenden technischen Toleranzen letztlich nicht möglich war und er entsprechend als freigesprochen zu gelten hat (vgl. Art. 320 Abs. 4 StPO).
5.3. Nach dem vorstehend Dargelegten erweist sich die angefochtene Kostenauflage als recht- und verhältnismässig, weshalb die Beschwerde abzuweisen ist.