Aus den Erwägungen:
II. 2. Gemäss Art. 184 Abs. 3 StPO gibt die Verfahrensleitung den Parteien vorgängig (zur Erteilung des Gutachterauftrags) Gelegenheit, sich zur sachverständigen Person sowie zu den Fragen zu äussern und dazu eigene Anträge zu stellen. Das Ziel dieser Bestimmung besteht darin, allfällige Ausstandsgründe möglichst frühzeitig zu erkennen und nach Möglichkeit Einigkeit bezüglich der Gutachterfragen zu erzielen. Es handelt sich dabei tendenziell um eine Ordnungsvorschrift, die nichts daran ändert, dass die Person des Gutachters und die Gutachterfragen von der Verfahrensleitung bestimmt werden und nicht von der Zustimmung der Parteien abhängig sind (Niklaus Schmid, StPO Praxiskommentar StPO, Art. 184 N 13). Nach der Rechtsprechung gilt eine Verletzung von Art. 184 Abs. 3 StPO – und damit eine mögliche Verletzung des rechtlichen Gehörs gemäss Art. 29 Abs. 2 BV – als geheilt, wenn die Parteien mit der Zustellung des Gutachterauftrags die Möglichkeit für Einwendungen erhalten (BGer. 6B_298/2012, E. 3.3; BGE 120 V 357, E. 2c; Beschluss OGer. Zürich vom 22.05.2015, E. 1.2 [ZR 2015, S. 204 ff.]; BSK StPO – Marianne Heer, Art. 184 N 21).
3. Im vorliegend zu beurteilenden Fall erteilte die Vorinstanz mit Verfügung vom 29. September 2015 den Gutachterauftrag an X.___ und stellte eine Kopie davon zugleich an den Verteidiger des Beschwerdeführers zu. Im Verteiler der Verfügung findet sich sodann der Hinweis, der Beschwerdeführer bzw. dessen Verteidiger werde gebeten, "gestützt auf Art. 184 Abs. 3 StPO innert zehn Tagen Einwände gegen die sachverständige Person oder zu den gestellten Fragen geltend zu machen oder allfällige Ergänzungsfragen mitzuteilen". Der Beschwerdeführer erhielt damit zwar erst mit der Erteilung des Gutachterauftrags – und nicht vorgängig, wie dies der Wortlaut von Art. 184 Abs. 3 StPO grundsätzlich vorsieht – die Gelegenheit zur Stellungnahme, er konnte sich aber noch vor Erstellung des Gutachtens zu diesen Punkten äussern, was er im Übrigen auch getan hat. Nach der dargelegten Praxis gilt damit eine allfällige Gehörsverletzung als geheilt, weshalb die angefochtene Verfügung nicht aufzuheben ist. Hingegen ist die dagegen erhobene Beschwerde abzuweisen.
4. Der Beschwerdeführer bringt sodann vor, das Vorgehen der Vorinstanz könne zur Unverwertbarkeit des Gutachtens führen, weshalb unnütze und vermeidbare Verfahrenskosten drohten. Es mag zutreffen, dass sich mit dem in Art. 184 Abs. 3 StPO vorgesehenen Vorgehen mit vorgängiger Äusserungsmöglichkeit derartige Probleme vermeiden lassen. Aus formeller Sicht ist das Vorgehen der Vorinstanz aber – wie dargelegt – nicht zu beanstanden, weshalb zumindest diesbezüglich keine Unverwertbarkeit droht. Es bleibt zudem darauf hinzuweisen, dass die Würdigung der im Strafverfahren erhobenen Beweise dem Sachgericht obliegt (Art. 350 Abs. 2 StPO). Dieses – und nicht die Beschwerdeinstanz – entscheidet denn auch, welche Beweise es seinem Urteil zu Grunde legen kann und wie es diese würdigen will. Die Frage nach einem allfälligen Beweisverwertungsverbot bildet in diesem Sinn unmittelbaren Bestandteil der gerichtlichen Beweiswürdigung. Es kann deshalb – jedenfalls solange (wie auch hier) kein krasser Fall eines eindeutigen Beweisverwertungsverbots vorliegt – nicht Aufgabe der Beschwerdeinstanz sein, dem Sachgericht in der Frage der Beweisverwertbarkeit vorzugreifen (Niklaus Oberholzer, Grundzüge des Strafprozessrechts, 3. A., Bern 2012, N 714; GVP 2014 Nr. 72).