Aus den Erwägungen:
2.a) Die Vorinstanz auferlegte der Beschwerdeführerin die Verfahrenskosten von Fr. 100.– mit dem Hinweis auf Art. 426 Abs. 2 StPO (act. 2). Anlässlich der Stellungnahme im Beschwerdeverfahren wurde im Wesentlichen konkretisiert, dass die Beschwerdeführerin die Einleitung des Verfahrens bewirkt habe. Bei einer Opportunitätseinstellung sei eine Teilkostenauflage zulässig (act. 4).
b) Die Beschwerdeführerin machte im Wesentlichen geltend, es werde in der angefochtenen Verfügung weder geprüft noch begründet, inwiefern sie die Voraussetzungen für eine Kostenauflage, nämlich eine rechtswidrige und schuldhafte Verursachung der Einleitung eines Strafverfahrens bzw. die Erschwerung in dessen Durchführung, erfüllt haben soll. Diese Voraussetzungen gälten auch bei einer Verfahrenseinstellung nach dem Opportunitätsprinzip (act. 1).
3.a) Die beschuldigte Person trägt die Verfahrenskosten, wenn sie verurteilt wird (Art. 426 Abs. 1 StPO). Wird das Verfahren eingestellt oder die beschuldigte Person freigesprochen, so können ihr die Verfahrenskosten ganz oder teilweise auferlegt werden, wenn sie rechtswidrig und schuldhaft die Einleitung des Verfahrens bewirkt oder dessen Durchführung erschwert hat (Art. 426 Abs. 2 StPO).
Bei der Kostenpflicht der freigesprochenen oder aus dem Verfahren entlassenen beschuldigten Person handelt es sich nicht um eine Haftung für ein strafrechtliches Verschulden, sondern um eine zivilrechtlichen Grundsätzen angenäherte Haftung für ein fehlerhaftes Verhalten, durch das die Einleitung oder Erschwerung eines Prozesses verursacht wurde (BGE 119 Ia 332 E. 1.b; BGer 1P.188/2005 E. 3.1; BSK StPO - Domeisen, Art. 426 N 29). Eine Kostenauflage bei Freispruch oder Einstellung des Verfahrens verstösst gegen den Grundsatz der Unschuldsvermutung (Art. 32 Abs. 1 BV, Art. 6 Ziff. 2 EMRK), wenn der beschuldigten Person in der Begründung des Kostenentscheids direkt oder indirekt vorgeworfen wird, sie habe sich strafbar gemacht bzw. es treffe sie ein strafrechtliches Verschulden. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts ist es mit Art. 32 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 2 EMRK jedoch vereinbar, einer nicht verurteilten beschuldigten Person Verfahrenskosten aufzuerlegen, wenn sie in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise, d.h. im Sinne einer analogen Anwendung der sich aus Art. 41 OR ergebenden Grundsätze, gegen eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm, die aus der gesamten schweizerischen Rechtsordnung stammen kann, klar verstossen und dadurch das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat (BGer 6B_315/2007 E. 3.2; BGer 1P.18/2007 E. 3.3.3; BGer 1P.188/2005 E. 3.1; BSK StPO - Domeisen, Art. 426 N 37). Vorausgesetzt wird damit ein unter rechtlichen Gesichtspunkten und nicht lediglich ein unter moralischen oder ethischen Gesichtspunkten vorwerfbares Verhalten (BGer 6B_783/2007 E. 2.1). Die Überbindung der Verfahrenskosten an die beschuldigte Person bei Freispruch oder Einstellung des Verfahrens soll aber Ausnahmecharakter haben und daher nur in Frage kommen, wenn es sich um einen klaren Verstoss gegen die fragliche Verhaltensnorm handelt. Voraussetzung ist daher, dass sich ein solcher Vorwurf in tatsächlicher Hinsicht auf unbestrittene oder bereits klar nachgewiesene Umstände stützt (BSK StPO - Domeisen, Art. 426 N 34; Pra 91 (2002) Nr. 203 E. 3.7.3; BGer 1P.18/2007 E. 3.3.3). Erforderlich ist zudem, dass das widerrechtliche Verhalten die adäquate Ursache für die Einleitung oder Erschwerung des Strafverfahrens war. Dies trifft dann zu, wenn das gegen entsprechende Normen verstossende Verhalten geeignet war, den Verdacht einer strafbaren Handlung zu erwecken und damit Anlass zur Eröffnung eines Strafverfahrens zu geben (vgl. BSK StPO - Domeisen, Art. 426 N 29).
Es ist zu begründen, inwiefern die beschuldigte Person durch ihr Handeln in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen eine Verhaltensnorm klar verstossen hat. Die Rechtsmittelinstanz darf lediglich die im angefochtenen Entscheid enthaltene Begründung und nicht jene der Vernehmlassung der Vorinstanz beurteilen. Die Rechtsmittelinstanz darf indessen die Motive des umstrittenen Entscheids ersetzen, wenn der massgebliche Sachverhalt aus den Akten hinreichend ersichtlich ist und die rechtliche Situation als klar erscheint (BSK StPO - Domeisen, Art. 426 N 33; Pra 91 (2002) Nr. 203 E. 1.2.2, E. 1.3, E. 3.7.3; BGer 6B_315/2007 E. 4.3; BGer 1P.188/2005 E. 5.2).
b) In der Einstellungsverfügung wird lediglich erwähnt, dass die Kostenauflage gemäss Art. 426 Abs. 2 StPO erfolgt. Inwiefern die Beschwerdeführerin mit der betreffenden Handlung in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise eine Verhaltensnorm nicht eingehalten hat, wird von der Vorinstanz nicht ausgeführt; die Begründung ist dementsprechend ungenügend.
In der (an sich nicht zu berücksichtigenden) Begründung in der Vernehmlassung wird von der Staatsanwaltschaft Altstätten ausgeführt, dass die Feststellung einer geringen Tatschuld der Einstellungsverfügung nach Art. 319 Abs. 1 lit e StPO zugrunde liege. Eine Kostenauflage in einer Einstellungsverfügung gestützt auf ein (allfällig) strafrechtliches Verschulden verstösst jedoch gegen die Unschuldsvermutung. Überdies wurde in der Einstellungsverfügung explizit offen gelassen, ob die Beschwerdeführerin den Betrag von Fr. 10.90 effektiv veruntreut und sich damit überhaupt strafbar gemacht hatte ("ob A. tatsächlich die CHF 10.90 veruntreute, kann dahingestellt bleiben"). Die Beschwerdeführerin hatte ein strafbares Verhalten stets bestritten und den diesbezüglichen Strafbefehl auch angefochten.
Inwiefern sich die Beschwerdeführerin in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise verhalten haben soll bzw. gegen eine entsprechende Verhaltensnorm klar verstossen und dadurch das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert haben soll, wird von der Vorinstanz weder dargetan, noch sind solche Anhaltspunkte aus den Akten ersichtlich. Schliesslich liesse sich ein solcher Vorwurf zusätzlich auch in tatsächlicher Hinsicht nicht auf unbestrittene oder bereits klar nachgewiesene Umstände stützen, da die Beweislage unklar und der Vorwurf bestritten ist.
c) Zusammenfassend ist festzuhalten, dass die Voraussetzungen für eine Kostenauflage an die Beschwerdeführerin nicht gegeben sind. Die Beschwerde ist daher zu schützen und Ziffer 2 der Einstellungsverfügung der Staatsanwaltschaft Altstätten vom 26. März 2013 (ST.2012.27503) wird aufgehoben. Die Kosten des entsprechenden Strafverfahrens sind vom Staat zu tragen.
4. Da lediglich Ziff. 2 der Einstellungsverfügung angefochten wurde, ist eine Aufhebung der ganzen Einstellungsverfügung zur Erhebung der Anklage beim Kreisgericht – wie von der Staatsanwaltschaft Altstätten beantragt – nicht möglich. Eine "Anschlussbeschwerde" ist in der Strafprozessordnung nicht vorgesehen. Überdies erschiene eine solches Vorgehen auch nicht angebracht, da es der Staatsanwaltschaft frei gestanden wäre, die Sachlage nach Erhebung der Einsprache direkt beim Gericht zur Anklage zu bringen. Stattdessen hat sie jedoch eine Einstellungsverfügung erlassen. Der Eventualantrag der Staatsanwaltschaft Altstätten erscheint daher unzulässig.