Aus den Erwägungen:
II.2.a) Der Strafbefehl stellt einen Vorschlag zur aussergerichtlichen Erledigung des Straffalles bzw. ein Angebot zur summarischen Verfahrenserledigung dar. Er entfaltet erst rechtliche Wirkung und wird zum Urteil, wenn dagegen keine gültige Einsprache erhoben wird (vgl. Art. 354 Abs. 3 StPO). Das verurteilende Erkenntnis der Staatsanwaltschaft steht unter dem Vorbehalt, dass sich die beschuldigte Person dem Urteilsspruch unterzieht. Will sie dies nicht, kann sie mit einfacher Erklärung die Durchführung des ordentlichen Verfahrens verlangen. Die Rechtsstaatlichkeit des Strafbefehlsverfahren lässt sich nur damit begründen, dass auf Einsprache hin ein Gericht mit voller Kognition und unter Beachtung der für das Strafverfahren geltenden Mindestrechte über den erhobenen Vorwurf entscheidet (BGer 6B_152/2013 E. 3.1 m.w.H.).
Die Einsprache erhebende Person trifft im Einspracheverfahren von Gesetzes wegen eine Mitwirkungspflicht. Bleibt sie trotz Vorladung im gerichtlichen Verfahren der Hauptverhandlung unentschuldigt fern, gilt ihre Einsprache als zurückgezogen (vgl. Art. 356 Abs. 4 StPO; BGer 6B_152/2013 E. 3.3).
Die in einem Bundesgesetz, und damit auch die in der Strafprozessordnung enthaltenen Bestimmungen sind anzuwenden, selbst wenn sie gegen die Verfassung verstossen sollten (vgl. Art. 190 BV). Das Bundesgericht muss sie aber verfassungskonform auslegen, soweit ein Auslegungsspielraum besteht. Werden die Bestimmungen der Strafprozessordnung verfassungskonform ausgelegt, darf ein konkludenter Rückzug der Einsprache gegen den Strafbefehl nur angenommen werden, wenn sich aus dem gesamten Verhalten der betroffenen Person der Schluss aufdrängt, sie verzichte mit ihrem Desinteresse am weiteren Gang des Verfahrens bewusst auf den ihr zustehenden Rechtsschutz. Der vom Gesetz an das unentschuldigte Fernbleiben geknüpfte (fingierte) Rückzug der Einsprache setzt deshalb voraus, dass sich die beschuldigte Person der Konsequenzen ihrer Unterlassung bewusst ist und sie in Kenntnis der massgebenden Rechtslage auf die ihr zustehenden Rechte verzichtet. Zu verlangen ist, dass die betroffene Person hinreichend über die Folgen des unentschuldigten Fernbleibens in einer ihr verständlichen Weise belehrt wird. Zudem kann die gesetzliche Rückzugsfiktion nur zum Tragen kommen, wenn aus dem unentschuldigten Fernbleiben nach dem Grundsatz von Treu und Glauben auf ein Desinteresse am weiteren Gang des Strafverfahrens geschlossen werden kann (BGer 6B_152/2013 E. 4.1, E. 4.5.1-4.5.4, je m.w.H.; ferner BGer 6B_372/2013 E. 2.2). Ein unentschuldigtes Fernbleiben von der Hauptverhandlung genügt für sich allein dementsprechend nicht, um die gesetzliche Rückzugsfiktion von Art. 356 Abs. 4 StPO eintreten zu lassen.
b) Die Beschwerdeführerin hat am 7. Juni 2011 Einsprache gegen den Strafbefehl vom 30. Mai 2011 erhoben. An den anschliessenden Untersuchungshandlungen hat sie sich beteiligt und im Rahmen des vorinstanzlichen Verfahrens hat sie am 25. Juli 2013 um Einsicht in die Strafakten ersucht sowie am 21. August 2013 Beweisanträge gestellt. Am 2. September 2013 setzte der Verteidiger die Vorinstanz über seinen Unfall telefonisch in Kenntnis, reichte am 2. und 4. September 2013 ärztliche Zeugnisse über seine Arbeitsunfähigkeit ein und ersuchte um entsprechende Verschiebung der Hauptverhandlung. Unter diesen Umständen kann aus dem Fernbleiben der Beschwerdeführerin und ihres Verteidigers von der Hauptverhandlung vom 6. September 2013 nicht geschlossen werden, die Beschwerdeführerin habe auf eine gerichtliche Beurteilung verzichten wollen. Auf ein klares Desinteresse kann im vorliegenden Fall nach dem Grundsatz von Treu und Glauben – wie vom Bundesgericht gefordert – gerade nicht geschlossen werden. Aufgrund der dargelegten Besonderheiten im vorliegenden Fall scheitert damit die Rückzugsfiktion von Art. 356 Abs. 4 StPO an einem klar ableitbaren Desinteresse der Beschwerdeführerin.