Erwägungen
2. Art. 431 StPO gewährleistet einen aus Art. 5 EMRK abgeleiteten Anspruch auf eine Entschädigung und Genugtuung bei rechtswidrigen Zwangsmassnahmen oder ungerechtfertigter Haft, wobei nur die Haftlänge (Art. 431 Abs. 2 StPO) ungerechtfertigt ist, nicht die Haft per se. Wird im Nachhinein festgestellt, dass die Haft per se, d.h. die gesamte Haftdauer, ungerechtfertigt war, da eine inhaftierte beschuldigte Person freigesprochen wird oder deren Strafverfahren eingestellt wird, waren aber im Zeitpunkt der Haft die Haftgründe gegeben (d.h. die Haft damit nicht rechtswidrig) so kommt Art. 429 StPO zur Anwendung (BSK StPO-Stefan Wehrenberg/Irene Bernhard, Art. 431 N 3). Im Übrigen trägt wie im zivilen Schadenersatzverfahren der Ansprecher auch nach der StPO die Beweislast für die Höhe und das Ausmass des geltend gemachten Schadens (BSK StPO-Stefan Wehrenberg/Irene Bernhard, Art. 431 N 13).
Insbesondere gestützt auf die Strafanzeige von J. war die Einleitung eines Strafverfahrens gegen den Beschwerdeführer wegen des Vergewaltigungsvorwurfes gerechtfertigt. Die gesetzlichen Voraussetzungen für seine Festnahme einschliesslich der rund 26-stündigen Untersuchungshaft, die Entnahme von Blut- und Urinproben, die erkennungsdienstliche Behandlung und die Erstellung eines DNA-Profils waren gegeben. Der Beschwerdeführer behauptet selber begründetermassen nichts anderes.
Sein Vorbringen, wonach ihm die notwendige Verteidigung bzw. der beantragte Beizug eines Verteidigers verweigert worden sei, weshalb sich die Frage stelle, inwieweit die Zwangsmassnahmen (ED-Behandlung, zweite Befragung) rechtswidrig im Sinne von Art. 431 Abs. 1 StPO gewesen sei und "zusätzlich zu entschädigen" sei, erweist sich als nicht stichhaltig. Erkennungsdienstliche Massnahmen sind grundsätzlich ohne (vorgängige) anwaltliche Verteidigung zulässig. Eine notwendige Verteidigung ist erst anzuordnen, wenn die beschuldigte Person trotz Aufforderung der Verfahrensleitung keine Wahlverteidigung bestimmt (Art. 132 Abs. 1 lit. a StPO). Sie ist im Übrigen zwingend erst nach der ersten Einvernahme der beschuldigten Person, aber vor Eröffnung der Untersuchung, sicherzustellen (Art. 131 Abs. 2 StPO). Bei einem allfälligen Verstoss gegen diese Bestimmung kann eine Wiederholung der Beweiserhebung in Frage kommen (Art. 147 Abs. 3 StPO). Der vom Beschwerdeführer in der Einvernahme vom 3. März 2012, ab 16.10 Uhr bis 17.05 Uhr, genannte Rechtsanwalt P. war nicht erreichbar. Im Interesse der Verfahrensbeschleunigung ist grundsätzlich nicht zu beanstanden, dass die Einvernahme ohne den Beizug eines Anwalts durchgeführt wurde. Dies umso mehr, als der Beschwerdeführer im Anschluss daran aus der Haft entlassen wurde.
Insgesamt ist kein Sachverhalt erstellt, aus dem sich ein Anspruch aus Art. 431 StPO ableiten liesse. Zumindest hat dies der anwaltlich vertretene Beschwerdeführer nicht in konkret begründeter Art und Weise aufgezeigt. Damit müssen hierüber durch die Staatsanwaltschaft auch keine weiteren Abklärungen vorgenommen werden.
3. Gemäss Art. 429 Abs. 1 StPO hat die beschuldigte Person bei einer Einstellung des Strafverfahrens Anspruch auf Entschädigung ihrer Aufwendungen für die angemessene Ausübung ihrer Verfahrensrechte (lit. a), auf Entschädigung der wirtschaftlichen Einbusse, die ihr aus ihrer notwendigen Beteiligung am Strafverfahren entstanden sind (lit. b) und Genugtuung für besonders schwere Verletzungen ihrer persönlichen Verhältnisse, insbesondere Freiheitsentzug (lit. c). Die Strafbehörde prüft den Anspruch von Amtes wegen. Sie kann die beschuldigte Person auffordern, ihre Ansprüche zu beziffern und zu belegen (Art. 429 Abs. 2 StPO).
3.1. Der Beschwerdeführer hatte im Strafverfahren mit Eingabe seines Anwalts an die Staatsanwaltschaft vom 7. Dezember 2012 seine Ansprüche im Sinne von Art. 429 StPO geltend gemacht, nämlich im Wesentlichen Folgende:
a) Entschädigung der Aufwendungen gemäss Art. 429 Abs. 1 lit. a StPO:
Gemäss Kostennote von Rechtsanwalt B. Fr. 2'583.35.
b) Entschädigung der Aufwendungen gemäss Art. 429 Abs. 1 lit. b StPO:
Für Krankheits- und Behandlungskosten Fr. 497.40 (gemäss Zahlungsquittung an die ... Kranken-Versicherungs ... vom 30. Mai 2012; sowie 10% Selbstbehalt für weitere Behandlungskosten von insgesamt Fr. 90.60. Für Lohnausfall gemäss Lohnabrechnung für den Monat Juni 2012 Fr. 2'218.50. Zudem Lohnausfall im Zusammenhang mit der Konfrontationseinvernahme vom 14. September 2012 Fr. 301.50. Insgesamt macht der Beschwerdeführer damit für wirtschaftliche Einbusse Fr. 3'107.70 geltend.
c) Genugtuung gemäss Art. 429 Abs. lit. c StPO: Fr. 4'000.–.
Der Beschwerdeführer wurde für die Aufwendungen seines anwaltlichen Verteidigers im eingestellten Strafverfahren gemäss Kostennote des Anwalts entschädigt. Im Weiteren wurde ihm der Lohnausfall für die Einvernahme vom 14. September 2012 gemäss seinem Antrag mit Fr. 301.50 vergütet. Über diese zwei Entschädigungsforderungen braucht damit nicht entschieden werden.
3.2. Die Ansprüche gemäss Art. 429 Abs. 1 StPO sind grundsätzlich von Amtes wegen zu prüfen (Art. 429 Abs. 2 StPO), damit eine Ungleichbehandlung mit anwaltlich nicht vertretenen Personen vermieden wird. Den Freigesprochenen trifft indes eine Mitwirkungspflicht (BSK StPO-Stefan Wehrenberg/Irene Bernhard, Art. 429 N 31). Die Beweislast für Höhe und Ausmass des geltend gemachten Schadens trägt der Freigesprochene (Oberholzer, Strafprozessrecht, 3. Aufl., S. 617, N 1752). Eine anwaltlich vertretene freigesprochene Person hat grundsätzlich den Sachverhalt in der Art und Weise umfassend zu darzulegen, dass daraus die geltend gemachte wirtschaftliche Einbusse wegen der Beteiligung am Strafverfahren abgeleitet werden kann. Es sind nur Schäden zu ersetzen, die kausal durch das Wirken der Strafverfolgungsorgane verursacht wurden. Zu ersetzen sind sowohl unmittelbarer wie auch mittelbarer Schaden, soweit der adäquate Kausalzusammenhang noch gegeben ist. Damit ist auch der Schaden der durch das Strafverfahren verursachten Arbeitslosigkeit zu ersetzen oder der Schaden, der durch eine Haftpsychose oder einer anderen mit der Inhaftierung nachgewiesenermassen im Zusammenhang stehenden Krankheit verursacht wurde (vgl. BSK StPO- Stefan Wehrenberg/Irene Bernhard, Art. 429 N 24 mit Verweisen). Wie bereits erwähnt obliegt es dem Freigesprochenen, den Sachverhalt in der Art und Weise vorzubringen, dass sich hieraus gegebenenfalls ein Entschädigungsanspruch im Sinne von Art. 429 Abs. 1 StGB ableiten lässt. Mangelt es an einem in diesem Sinne vollständigen Sachverhalt, ist es auch unter Berücksichtigung der von Amtes wegen zu prüfenden Entschädigungsansprüche nicht Aufgabe der Staatsanwaltschaft, nach einem allfälligen, einen solchen Anspruch begründenden Sachverhalt zu forschen und in dieser Hinsicht Abklärungen vorzunehmen.
Der Beschwerdeführer hat in der Eingabe seines anwaltlichen Vertreters vom 7. Dezember 2012 keinen Sachverhalt dargelegt, aus welchem sich ein adäquater Kausalzusammenhang zwischen den seiner Krankenkasse selbst bezahlten Krankheits- und Behandlungskosten von Fr. 497.40 bzw. 10% Selbstbehalt von insgesamt Fr. 90.60 und dem Strafverfahren auch nur ansatzweise ableiten lässt. Ein entsprechender Hinweis fehlt im ärztlichen Zeugnis des Psychiatrischen Zentrums Wil betreffend einer stationären Behandlung vom 8. März 2012 bis am 12. März 2012. Im Schreiben vom Dr. S. T. vom 27. November 2012 ist zwar grundsätzlich darauf hingewiesen, dass der Beschwerdeführer "wegen den Vergewaltigungsvorwürfen" in ärztlicher Behandlung gewesen sei. Im Weiteren ist dort festgehalten, dass der Beschwerdeführer "eine akute Belastungsstörung mit Flashbacks, Albträumen und Panikattacken" gehabt habe und er "auch in den externen psychiatrischen Dienst nach St. Gallen" zur Mitbetreuung habe überwiesen werden müssen. Die Rückforderungsbelege von Dr. T. beziehen sich auf die Zeiträume vom 8. März 2012 bis 20. März 2012 und vom 17. April 2012 bis 27. April 2012 sowie für den 26. November 2012. Auch aus diesen Unterlagen lässt sich aber ein kausaler Zusammenhang zwischen den geltend gemachten ärztlichen Kosten und der (kurzen) Inhaftierung bzw. dem Strafverfahren nicht ableiten. Insgesamt ist diesbezüglich der Sachverhalt zu unbestimmt dargestellt bzw. vorgebracht. Zudem mangelt es auch an begründeten Beweisanträgen.
Das Gesagte gilt auch für die Gehaltskorrektur gemäss der Lohnabrechnung für den Monat Juni 2012 im Umfange von Fr. 2'218.50. Ein Kausalzusammenhang mit dem Strafverfahren ist auch diesbezüglich weder substantiiert behauptet noch belegt oder zumindest begründetermassen zum Beweis gestellt. Im Gegenteil ist nicht nachvollziehbar, dass medizinische Behandlungen – soweit überhaupt belegt – in den Monaten März, April und November 2012 zu einer Lohnkorrektur im Juni 2012 um genau 50% des Bruttolohnes führen sollen. Andere angebliche Fehlstunden wegen des Strafverfahrens sind – obwohl ohne weiteres und zumutbarerweise belegbar – unbelegt geblieben.
Schliesslich wird auch in der Beschwerde vom 20. Dezember 2012 kein hinreichend begründeter Sachverhalt mit entsprechenden Beweisanträgen vorgebracht, welcher zu einer anderen Beurteilung führen könnte.
3.3. Die Genugtuung gemäss Art. 429 Abs. lit. c StPO setzt eine besonders schwere Verletzung der persönlichen Verhältnisse i.S.v. Art. 28 Abs. 2 ZGB oder Art. 49 OR voraus. Mithin muss eine gewisse Intensität der Verletzung vorliegen, damit auch bei rechtmässiger Haft eine Entschädigung zugesprochen werden kann. Als Beispiele können neben der ungerechtfertigten Untersuchungs- und Sicherheitshaft die publik gewordene Hausdurchsuchung oder eine breite Darlegung in den Medien genannt werden, wie auch allfällige Probleme im Familien- und Beziehungsleben durch die Strafuntersuchung oder persönlichkeitsverletzende Äusserungen von Strafbehörden (BSK StPO-Stefan Wehrenberg/Irene Bernhard, Art. 429 N 27).
Zu Recht unbestritten ist, dass dem Beschwerdeführer für die erstandene Untersuchungshaft von rund 26 Stunden gestützt auf Art. 429 Abs. lit. c StPO eine Genugtuung zuzusprechen ist. Im angefochtenen Entscheid ist erwogen, dass sich die Höhe der Genugtuung in der Regel ergebe aus der Multiplikation des für die beschuldigte Person errechneten Tagessatzes (jedoch mindestens Fr. 50.– und maximal Fr. 200.–), mit der Anzahl Tage, die der Freiheitsentzug gedauert habe. Aufgrund der besonders belastenden Umstände der Untersuchungshaft werde das Maximum der Entschädigung überschritten und die Höhe der Genugtuung für die zwei Tage (d.h. rund 26 Stunden) Untersuchungshaft auf Fr. 600.– festgelegt.
Diese Erwägungen erweisen sich unter Mitberücksichtigung der bundesgerichtlichen Rechtsprechung als recht- und verhältnismässig (vgl. BGer 6B_211/2012, E. 4). Namentlich kann damit die Schwere des Tatvorwurfs der Vergewaltigung als mit abgegolten betrachtet werden. Die Summe liegt im Übrigen klar über den vom Bundesgericht für kürzere Freiheitsentzüge als angemessene Genugtuung erachteten Fr. 200.– pro Tag. Es liegen keine besonderen Umstände vor, die eine (noch) höhere Entschädigung zu rechtfertigen vermöchten. Hierfür genügen namentlich die Entnahmen von Blut- und Urinproben und die damit verbundene Überführung des Beschwerdeführers in gefesseltem Zustand ins Kantonsspital St. Gallen, wobei er möglicherweise beim Ausstieg aus bzw. Einstieg ins Fahrzeug und in den Räumlichkeiten des Kantonsspitals den Blicken von Drittpersonen ausgesetzt war, nicht. Sodann sind im Zusammenhang mit erkennungsdienstlichen Massnahmen im Normalfall keine Umstände gegeben, welche die Zusprache einer Genugtuung zu rechtfertigen vermöchten. Der Beschwerdeführer zeigte keinen Sachverhalt auf, der zu einer anderen Beurteilung führen könnte. Dies gilt auch für angeblich schwerwiegende Auswirkungen des Strafverfahrens und der (strafprozessualen) Zwangsmassnahmen auf den Familien- und Freundeskreis des Beschwerdeführers.
Schliesslich hat der Beschwerdeführer in tatsächlicher Hinsicht, verbunden mit entsprechenden Beweisanträgen, nicht begründetermassen aufgezeigt, dass die Zwangsmassnahmen und das Strafverfahren sich auf seine Gesundheit ausgewirkt haben und zu einer besonders schweren Verletzung seiner persönlichen Verhältnisse geführt hätten. Unter solchen Voraussetzungen ist es nicht Aufgabe der Staatsanwaltschaft hierüber Ermittlungen vorzunehmen.
3.4. Insgesamt ergibt sich, dass sich Ziffer 4 der angefochtenen Verfügung betreffend Entschädigung der wirtschaftlichen Entschädigungen und Genugtuung als rechtens erweist.
4. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist.