Aus den Erwägungen:
2.a) Beschlagnahmen stellen Zwangsmassnahmen dar. Zwangsmassnahmen sind Verfahrenshandlungen der Strafbehörden, die in Grundrechte der Betroffenen eingreifen und unter anderem dazu dienen, Beweise zu sichern (Art. 196 lit. a StPO). Sie können nach Art. 197 Abs. 1 StPO ergriffen werden, wenn sie gesetzlich vorgesehen sind (lit. a), ein hinreichender Tatverdacht vorliegt (lit. b), die damit angestrebten Ziele nicht durch mildere Massnahmen erreicht werden (lit. c) und die Bedeutung der Straftat die Zwangsmassnahme rechtfertigt (lit. d). Zwangsmassnahmen, die in die Grundrechte nicht beschuldigter Personen eingreifen, sind besonders zurückhaltend einzusetzen (Art. 197 Abs. 2 StPO). Gemäss Art. 263 Abs. 1 StPO können Gegenstände und Vermögenswerte einer beschuldigten Person oder einer Drittperson u.a. beschlagnahmt werden, wenn sie voraussichtlich als Beweismittel gebraucht werden (lit. a) oder einzuziehen sind (lit. d).
b) Die Einziehungsbeschlagnahme richtet sich in ihrem Umfang nach den Vorgaben des materiellen Rechts. Vorausgesetzt wird, dass der einzuziehende Gegenstand zur Begehung einer Straftat gedient hat oder dazu bestimmt war oder durch eine Straftat hervorgebracht worden ist (Deliktskonnex; "Tatverstricktheit"). Erforderlich ist zudem, dass der Gegenstand die Sicherheit von Menschen, die Sittlichkeit oder die öffentliche Ordnung in Zukunft gefährden wird. Dabei genügt nicht, dass der Täter damit die Sicherheit gefährdet hat. Vorausgesetzt ist vielmehr, dass die Gefahr auch weiter besteht. Die Gefahr einer weiteren deliktischen Verwendung kann sich aus der Beschaffenheit des Gegenstandes ergeben. Es genügt aber nicht, dass der Gegenstand bloss geeignet ist, eventuell für eine Straftat gebraucht zu werden; vielmehr muss das Gericht eine Prognose darüber anstellen, ob es hinreichend wahrscheinlich ist, dass der Gegenstand in der Hand des "Täters" in der Zukunft die Sicherheit von Menschen, die Sittlichkeit oder die öffentliche Ordnung gefährdet. Nicht einzuziehen sind Gegenstände dann, wenn sie einem Dritten gehören bzw. nach der Tat von einem Dritten erworben wurden und bei diesem eine weiterbestehende Gefahr nicht anzunehmen ist. Ein in der Täterhand gefährlicher Gegenstand kann dem Dritteigentümer belassen werden, falls er in dessen Hand keine Gefahr darstellt (Art. 69 StGB; BSK StPO - Bommer/Goldschmid, Art. 263 N 36; BSK StGB I - Baumann, Art. 69 N 13 f.; BGer 6B_77/2010 E. 3.3).
c) Nach Art. 1 Abs. 2 lit. a Ziff. 4 BetmG fällt Hanfkraut als Rohmaterial unter die vom Betäubungsmittelgesetz erfassten Substanzen. Dient das Hanfkraut der Gewinnung von Betäubungsmitteln, so verbietet Art. 8 Abs. 1 lit. d BetmG ausnahmslos Anbau und Inverkehrbringen. Wann Hanfkraut als Rohmaterial resp. als gebrauchsfertiges Betäubungsmittel zu gelten hat, geht aus dem Betäubungsmittelgesetz nicht hervor. Die Gesetzgebung zu den Lebensmitteln und der Landwirtschaft erlauben in bestimmten Fällen Anbau und Verkauf von Hanf. Dabei wurden durch die Bundesämter Grenzwerte für den Gehalt an THC festgesetzt, die nicht überschritten werden dürfen, damit die zugelassenen Produkte und Hanfsorten nicht als Betäubungsmittel missbraucht werden. Beim Industriehanf liegt der Grenzwert bei einem THC-Gehalt von 0,3%. Dieser Grenzwert kann als Massstab dafür dienen, ab welchem Gehalt an THC ein Hanfprodukt als Betäubungsmittel gelten muss und nach Art. 8 Abs. 1 lit. d BetmG nicht mehr in Verkehr gebracht werden darf (vgl. BGE 126 IV 198 E.1).
d) Der THC-Gehalt der beschlagnahmten Hanfpflanzen liegt über diesem Grenzwert (2,5-6%, act. 9). Damit war zumindest im Sinne eines Anfangstatverdachts davon auszugehen, dass die beschlagnahmten Hanfprodukte Betäubungsmittel darstellen können, welche grundsätzlich nicht in Verkehr gebracht werden dürfen. Zudem wird Y. vorgeworfen, Hanfpflanzen zu einem Preis veräussert zu haben, der aufgrund der Höhe ein Entgelt für Drogenhanf darstellen könnte. Der Beschwerdeführerin selbst steht jedoch unabhängig davon der Nachweis eines legalen Verwendungszweckes offen, wofür sie bei Überschreitung des festgelegten Grenzwertes von einem THC-Gehalt von 0,3% im Sinne einer Beweislastumkehr eine Nachweispflicht trifft.
Die Beschwerdeführerin macht zufolge finanzieller Investitionen, logistischen Mitwirkens, und gemeinsamen Anbaus Miteigentum an den Hanfpflanzen bzw. in Bezug auf einen Teil Alleineigentum geltend. Ebenso nimmt die Beschwerdeführerin (weitere) Hanfpflanzen Y. ab (vgl. oben E.II.1, insb. act. 3). Welche Anteile an den beschlagnahmten Hanfpflanzen nur im Eigentum von Y. und welche auch oder im alleinigen Eigentum der Beschwerdeführerin stehen, ist nicht klar, braucht aber an der vorliegenden Stelle nicht geklärt zu werden.
Y. wird verdächtigt, Hanfpflanzen, welche Betäubungsmittelzwecken dienen bzw. Drogenhanf darstellen könnten, an Dritte veräussert und damit gegen das Betäubungsmittelgesetz verstossen zu haben. Aufgrund dieses Tatverdachts kann derzeit nicht davon ausgegangen werden, dass die beschlagnahmten Hanfpflanzen in "seiner Hand" künftig die Sicherheit der Menschen nicht gefährden. Insofern erscheint die Einziehungsbeschlagnahme – soweit sie Y. betrifft – beim derzeitigen Verfahrensstand grundsätzlich gerechtfertigt.
Bei der Beschwerdeführerin handelt es sich um eine Aktiengesellschaft mit Sitz in … . Zweck der Gesellschaft ist der Anbau, Kauf, Verkauf und Vertrieb des einheimischen, agrarindustriellen Hanfs (culture, achat, vente, commercialisation de chanvre agro-industriel indigène). Geschäftsführer ist A. (vgl. Handelsregisterauszug). Die Aktivitäten der Beschwerdeführerin scheinen sich auf die Herstellung und den Vertrieb von legalen Produkten wie Salben, Schönheits- und Gesundheitspflegeprodukten, Nahrungsmittel (Öl, Sirup, Tee) etc. zu beschränken (vgl. act. 1a/20). Auch der Homepage der Beschwerdeführerin (www. … .ch, vgl. Rubrik "Verkauf") kann nichts anderes entnommen werden. Anhaltspunkte oder gar Urteile, wonach die Tätigkeit der Beschwerdeführerin eine missbräuchliche Verwendung des Hanfs zu Betäubungsmittelzwecken beinhalten könnte, liegen nicht vor. Bislang wurden keine Einwände gegen die Tätigkeit der Beschwerdeführerin erhoben, noch sind solche bekannt oder werden von der Staatsanwaltschaft vorgebracht. Vielmehr hob das Untersuchungsamt Gossau im Dezember 2008 ein Verfahren gegen die Beschwerdeführerin wegen des Verdachts des Vergehens gegen das BetmG auf (act. 3; vgl. auch das Schreiben der Staatsanwaltschaft St. Gallen vom 26. Oktober 2006 in act. 6). Sodann bestätigte die Fachmesse … (Ausstellung in den Olma-Messen St. Gallen) mit Schreiben vom 5. März 2009, dass die Beschwerdeführerin Produkte aus einheimischem Industriehanf (Kosmetika, Zahnpasta, Shampoo, Tee, Sirup etc.) ausgestellt und beworben habe; dies habe nie zu Beschwerden oder anderen Interventionen, insbesondere auch nicht von der Polizei oder den Strafbehörden, geführt (act. 6, vgl. auch act. 1a/17, act. 3).
Damit liegen keine Anhaltspunkte vor, wonach die beschlagnahmten Hanfpflanzen in der "Hand" der Beschwerdeführerin nicht für einen legalen Verwendungszweck, sondern zur Herstellung von Betäubungsmitteln und damit in einer die Sicherheit gefährdenden Weise verwendet werden könnten. Da eine weiterbestehende Gefahr der beschlagnahmten Hanfpflanzen in der "Hand" der Beschwerdeführerin nicht anzunehmen ist, können die beschlagnahmten Hanfpflanzen insoweit freigegeben werden, als sie durch die Beschwerdeführerin, welche ein Allein- und Miteigentum an den Pflanzen geltend macht, abgenommen werden.
e) Die Herausgabe der Hanfpflanzen an die Beschwerdeführerin steht dem (weiteren) Beschlagnahmegrund der Beweissicherung/-erhaltung (Art. 263 Abs. 1 lit. a StPO) nicht entgegen. Bei der Beweismittelbeschlagnahme handelt es sich um eine provisorische strafprozessuale Massnahme zur Beweissicherung und Beweiserhaltung mit dem Ziel, eine strafrechtlich oder strafprozessual bedeutsame Tatsache zulasten oder zugunsten der beschuldigten Person nachzuweisen. Bei einer Beschlagnahme bei einem Nichtbeschuldigten entfällt das die Beschlagnahme mitlegitimierende und begrenzende Moment des Tatverdachts, die Verhältnismässigkeitsprüfung fällt daher anders aus bei einer Beschlagnahme bei einer beschuldigten Person: Je loser der Zusammenhang zwischen Beschlagnahmebetroffenem und untersuchter Tat, desto strenger sind die Anforderungen an die Verhältnismässigkeit (BSK StPO - Bommer/Goldschmid, Art. 263 N 9, N 31). Die Beweissicherung kann im vorliegenden Fall – in welchem sich der Vorwurf im Wesentlichen auf den (bereits erfolgten) Verkauf von Hanfpflanzen an eine Drittperson stützt – auch durch das Verzeichnis der beim Beschuldigten aufgefundenen weiteren Hanfpflanzen und allfälligen Fotografien sichergestellt werden; Proben betreffend der Eruierung des THC-Gehalts der Pflanzen wurden bereits erstellt und ausgewertet.
f) Zusammenfassend ist festzuhalten, dass die Beschwerde insoweit zu schützen ist, als dass die beschlagnahmten Hanfpflanzen freigegeben werden können, sofern sie durch die Beschwerdeführerin (entgeltlich oder unentgeltlich) abgenommen werden.
(Das Bundesgericht wies eine von der Staatsanwaltschaft gegen diesen Entscheid erhobene Beschwerde ab; 1B_307/2011).