Aus den Erwägungen:
Über die M. GmbH wurde der Konkurs eröffnet, nachdem diese die Überschuldung angezeigt und die Bilanz deponiert hatte. Das Konkursamt X ist als Konkursverwaltung tätig und hat der P. AG mit Schreiben vom 15. September 2005 mitgeteilt, sie könne bis zum 30. September 2005 die Durchführung des Konkursverfahrens verlangen, unter Leistung eines Kostenvorschusses von Fr. 8'000.00. Bei Nichtleistung des Kostenvorschusses werde die Einstellung des Verfahrens mangels Aktiven publiziert.
Dagegen erhob die P. AG am 26. September 2005 Beschwerde.
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Eine Verfügung im Sinne von Art. 17 SchKG ist eine Betreibungshandlung. In erster Linie sind darunter Handlungen der Vollstreckungsorgane zu verstehen, insbesondere Handlungen der Betreibungs- und Konkursbeamten, der Konkursverwaltung, der Gläubigerversammlung und der Aufsichtsbehörden. Der Betreibungshandlung oder Verfügung ist es eigen, dass sie auf das Betreibungsverfahren irgendwie rechtlich einwirkt; im Gang des Betreibungsverfahrens führt sie irgendeine rechtliche Veränderung herbei. Unter Verfügung wird aber nicht bloss ein bestimmter amtlicher Erlass, sondern jede amtliche Massregel verstanden, soweit sie einseitig kraft Amtsgewalt mit Wirkung nach aussen erlassen wurde (vgl. Markus Dieth, Beschwerde nach Art. 17 ff. SchKG, in AJP 4/2002, S. 364).
Reicht die Konkursmasse voraussichtlich nicht aus, um die Kosten für ein summarisches Verfahren zu decken, so verfügt das Konkursgericht auf Antrag des Konkursamtes die Einstellung des Konkursverfahrens (Art. 230 Abs. 1 SchKG). Das Konkursamt macht die Einstellung öffentlich bekannt. In der Publikation weist es darauf hin, dass das Verfahren geschlossen wird, wenn nicht innert zehn Tagen ein Gläubiger die Durchführung des Konkursverfahrens verlangt und die festgelegte Sicherheit für den durch die Konkursmasse nicht gedeckten Teil der Kosten leistet (Art. 230 Abs. 2 SchKG). Wenn der Gläubiger findet, der Kostenvorschuss nach Art. 230 Abs. 2 SchKG sei zu hoch, kann er gemäss Art. 17 und 18 SchKG bei der Aufsichtsbehörde Beschwerde erheben (vgl. ATF 130 III 92, mit weiteren Hinweisen, insbesondere P.-R. Gilliéron, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, Lausanne 2001, N 18 zu article 230). Wenn jedoch ein oder mehrere Gläubiger die Sicherheit leisten, weil sie etwa den Umfange der Konkursmasse anders beurteilen als das Konkursamt, so wird das Konkursverfahren durch die Publikation des Konkurses (Art. 232 SchKG) ohne einen weiteren Beschluss des Gerichts eröffnet (SchKG-Lustenberger, Basler Kommentar, 1998, N 13 zu Art. 230 SchKG). Das Konkursamt macht die Eröffnung des Konkurses öffentlich bekannt, sobald feststeht, ob dieser im ordentlichen oder im summarischen Verfahren durchgeführt wird (Art. 232 SchKG).
Entsprechend diesen Ausführungen handelt es sich beim Brief des Konkursamtes vom 15. September 2005 um eine beschwerdefähige Verfügung. Es ist keine blosse schriftliche Meinungsäusserung des Konkursamtes. Der Beschwerdeführerin wurde nicht nur mitgeteilt, wie das Konkursamt weiter vorzugehen gedenkt, sondern ihre Rechtsstellung wurde bereits konkret beeinträchtigt. Nach Ablauf der vom Konkursamt verfügten Frist (30. September 2005) hätte die Beschwerdeführerin den Vorteil der Leistung des Kostenvorschusses ohne weiteren Beschluss des Konkursgerichtes und ohne Publikation der Einstellung des Konkurses mangels Aktiven nicht mehr gehabt. Daran ändert auch der Umstand nichts, dass dieses Vorgehen des Konkursamtes letztlich aus Goodwill gegenüber der Beschwerdeführerin erfolgte (Kostenersparnis) und nicht gesetzlich vorgeschrieben ist. Auf die Beschwerde ist somit einzutreten.
Das Konkursamt darf die in der Publikation geforderte Sicherheit so hoch ansetzen, dass alle zukünftigen Kosten für das gesamte Konkursverfahren gedeckt werden können. Kosten, welche bereits in der Vergangenheit angefallen sind, dürfen jedoch für diese Sicherheit nicht miteingerechnet werden; der geleistete Kostenvorschuss wiederum darf nicht für in der Vergangenheit entstandene Kosten verwendet werden (SchKG-Lustenberger, a.a.O., N 10 zu Art. 230 mit Verweis auf BGE 117 III 67). Bei Einstellung des Konkurses nach Art. 230 SchKG ist dessen Durchführung von der Sicherstellung der zu gewärtigenden künftigen Kosten abhängig zu machen. Für die bis zur Einstellung bereits aufgelaufenen Kosten haftet nur der Gläubiger, der das Konkursbegehren gestellt hat (Art. 169 SchKG) (BGE 64 III 166). Wer das Konkursbegehren stellt, haftet für die Kosten, die bis und mit der Einstellung des Konkurses mangels Aktiven oder bis zum Schuldenruf entstehen (Art. 169 Abs. 1 SchKG). Bei Einstellung eines Verfahrens mangels Aktiven entfällt die Konkursmasse als Haftungssubstrat, da eben gerade kein Konkursverfahren durchgeführt wird. Die Gläubiger, die den Konkurs verlangt haben, haben für die Verfahrenskosten aufzukommen (BGE 102 III 87).
Im vorliegenden Fall wurde der Konkurs eröffnet infolge Überschuldungsanzeige der Schuldnerin und deren Deponierung der Bilanz. Bei Konkurs einer GmbH ohne vorgängige Betreibung ist Art. 169 SchKG nicht anwendbar (vgl. Art. 194 SchKG). Dementsprechend hätte hier bei Einstellung des Konkurses mangels Aktiven grundsätzlich die Schuldnerin die Kosten zu tragen, da es keine Konkursmasse als Haftungssubstrat gibt. Der Staat müsste versuchen, seine Auslagen noch vor Löschung der GmbH erhältlich zu machen. Bei Nichteinbringung würde letztlich auch der Staat diese Kosten tragen, da eben gerade keine Kostenvorschüsse von der Schuldnerin verlangt werden dürfen (vgl. Art. 194 SchKG). Damit hilft die Argumentation des Konkursamtes nicht, dass es nicht sein könne, dass der Staat einen Teil der Kosten zu tragen habe.
Die bisher aufgelaufenen Kosten können nicht der Gläubigerin auferlegt werden. Der vorliegend in Frage stehende Kostenvorschuss ist um die bisher angefallenen Kosten zu reduzieren. Das Konkursamt hat sich dementsprechend über die bisher aufgelaufenen Kosten auszuweisen und einen neuen Kostenvorschuss festzusetzen. Somit wird das Konkursamt angewiesen, den mit Verfügung vom 15. September 2005 verlangten Kostenvorschuss zur Durchführung des Konkursverfahrens um die bis heute angefallenen Kosten im Konkurs der M. GmbH zu reduzieren, unter Gewährung des Nachforderungsrechts für die zukünftigen, den reduzierten Kostenvorschuss übersteigenden Kosten.
Bei Bezahlung des Kostenvorschusses innert der der Beschwerdeführerin anzusetzenden Frist wird das Konkursamt den Konkurs weiterführen.