Aus den Erwägungen:
2.- a) Die Pro Natura Schweiz und ihre Luzerner Sektion (nachfolgend: Beschwerdeführerinnen) sehen den Schutz des zur Diskussion stehenden Moores von nationaler Bedeutung beeinträchtigt, weil die Vorinstanz - zugestandenermassen im Einvernehmen mit dem BUWAL - im südlichen Bereich des Moorgeländes - parallel zur Gemeindestrasse - einen ca. 10 m breiten Streifen aus dem Schutzperimeter entlassen habe. Sie machen geltend, die strittige Schneise sei aus vegetationsökologischer Sicht Teil des Moorbiotops von nationaler Bedeutung. Dem widerspreche weder die Vorinstanz noch das BUWAL oder eine fachliche Beurteilung. Im angefochtenen Entscheid hebe die Vorinstanz unter Ziffer 6.7.1 den hohen Wert des Gebietes Unterallmend ausdrücklich hervor und führe selbst aus, dass dieses Naturobjekt im Kanton Luzern ohne Vergleich dastehe. Ferner verweise die Vorinstanz selbst auf Felderhebungen im Jahre 1987, welche das in Frage stehende Gebiet als erhaltenes Flachmoorgebiet dokumentiere. Weiter habe sie (die Vorinstanz) darauf aufmerksam gemacht, dass sich hier ein Amphibienlaichgebiet befinde. Falls das Gericht den vegetationsökologischen Zustand und die darauf basierende Würdigung des Geländes als Flachmoor in Frage stelle, müsste ein Gutachten Aufschluss geben. Die Vorinstanz begründe die Ablehnung des beschwerdeführerischen Antrages ausschliesslich mit dem Hinweis, die umstrittenen Stellen seien aus dem Bundesinventar bzw. aus dem Perimeter entlassen worden und könnten daher nicht mehr Gegenstand der Verordnung bilden. Die Umstände dieser "Entlassung" schienen indessen so zu sein, dass die Beschwerdegegnerin geplant habe, die Industriezone u.a. über die strittigen Flächen zu erschliessen. Gestützt auf den Schlussbericht einer einberufenen Arbeitsgruppe habe daraufhin die Vorinstanz beim BUWAL die Verkleinerung des Perimeters beantragt. In diesem Zusammenhang sei argumentiert worden, der Korridor mache nur noch einen Fünftel der ursprünglichen Fläche aus und diese werde für den Geleisebau nur zur Hälfte benötigt. Schliesslich biete die Beschwerdegegnerin eine doppelt so grosse Fläche als renaturierbaren Ersatz an. Von diesen Abläufen hätten die Beschwerdeführerinnen bislang keine Kenntnis gehabt. Sie hätten im Rahmen des nunmehr angefochtenen Entscheides erstmals rudimentär Kenntnis davon erhalten. 1996 sei die Fläche seitens des Bundes noch als Flachmoorobjekt ausgeschieden gewesen. Im Kartenausschnitt finde sich keine Schneise, wie sie angeblich bereits im Mai 1995 vom BUWAL zugebilligt worden sei. Es stelle sich die Frage, wie weit die Zusage des BUWAL hier überhaupt verbindlich sei. Massgeblich sei die Verordnung des Bundesrates, die Umschreibung des Objektes im Anhang und das Objektblatt des Bundesinventars. Und auf diesem Plan sei von einer Schneise nichts zu sehen. Die Beschwerde sei bereits aus diesem Grund gutzuheissen. Selbst wenn die Entlassung aus dem Perimeter zulässig wäre, was bestritten sei, müsste sie von betroffenen Dritten in geeigneter Form angefochten werden können. Gemäss Darstellung im Schrifttum gebe es nun aber keine direkte Anfechtung der Inventare. In einem konkreten Verfahren müsse aber geprüft werden können, inwieweit Inventare dem übergeordneten Gesetzesrecht und insbesondere der direkt anwendbaren Verfassung entsprechen würden. Diesen Rechtsschutz biete namentlich das kantonale Verfahren, in welchem der Grenzverlauf festgelegt werde. Dabei müsse u.a. auch die Verhältnismässigkeit bzw. Sachgerechtheit geprüft werden können. Im vorliegenden Fall seien die im Streit liegenden Flächen nicht deshalb aus dem Schutzperimeter entlassen worden, weil Bedeutung oder Schönheit weggefallen wären; die Gründe dafür lägen anderswo. Die Vorinstanz wäre verpflichtet gewesen, die ausgesparten Flächen ebenfalls in die Schutzverordnung einzubeziehen. Was die Vorinstanz dagegen einwende, sei unbehelflich, zumal in Bezug auf das in Frage stehende Flachmoor keine Interessenabwägung zulässig sei. Somit könne von vornherein keine Rolle spielen, welches Erschliessungskonzept die Beschwerdegegnerin allenfalls in naher Zukunft umzusetzen gedenke. Selbst wenn die Argumente der Vorinstanz beachtlich wären, könnte ihnen auch der Sache nach nicht gefolgt werden. Der (angeblich) reduzierte Flächenbedarf gegenüber anderen (erst recht unzulässigen) Varianten müsse ausser Acht bleiben. Gleiches gelte für die "Gleisvariante". Der Beschwerdegegnerin gehe es ausschliesslich um wirtschaftliche Interessen. Indessen zeigten die Planungsunterlagen, dass es ohne Probleme möglich wäre, ohne Beeinträchtigung der Moorflächen Geleise über die Erschliessungsstrasse in das Gebiet Allmend abzuzweigen. Man sehe nicht ein, weshalb bestehende Moorflächen vom Schutz ausgenommen werden müssten. Auch unter dem Gesichtspunkt der Amphibienschutzbestimmungen sei die gewählte Schneise unzulässig, sei sie doch weder zwingend notwendig noch verhältnismässig.
b) In ihrer Vernehmlassung wendet die Beschwerdegegnerin ein, die Vorinstanz halte im angefochtenen Entscheid zu Recht fest, dass der Objektperimeter des Flachmoores mit dem Objektblatt Nr. 2399 definiert sei. Dieses sei verbindlich. Demgemäss reiche das inventarisierte Flachmoor von nationaler Bedeutung nicht bis zur Strasse. Nicht bestritten werde die Tatsache, dass das fragliche Gebiet - und dazu insbesondere auch der Entwässerungskanal entlang der Strasse - für Amphibien wichtig und schutzwürdig sei. Der Schutz des Amphibienlaichgebietes sei auch ausserhalb des Flachmoores gewährleistet. Die Beschwerdeführerinnen stiessen sich offensichtlich daran, dass das Amphibienlaichgebiet zwischen der Grenze des inventarisierten Flachmoores und der Strasse wohl dem Schutz des Natur- und Heimatschutzes unterstehe, nicht aber dem Moorschutz. In diesem Punkt sei die Beschwerde abzuweisen, weil alle Behörden und Fachleute hier eine umfassende Prüfung und Beurteilung vorgenommen hätten. Dabei hätten alle Beteiligten zusammengewirkt wie es im partnerschaftlichen Föderalismus notwendig sei. Der Schutzauftrag lasse sich nicht durch eine fundamentalistische Betrachtung erfüllen. Es treffe nicht zu, dass ein Bestandteil eines Flachmoors aus dem Perimeter entlassen worden sei. Vielmehr sei das Objektblatt Nr. 2399 das Resultat des partnerschaftlichen Zusammenwirkens zwischen dem Bund (BUWAL), dem Kanton (Regierungsrat und ANLS) sowie den Grundeigentümern. Die Rechtssicherheit gebiete, dass das Flachmoor Unterallmend/Perlen gemäss Objektblatt Nr. 2399 (Aufnahme 1996: 2. Serie) verbindlich sei. Das Bundesinventar könne nicht in Frage gestellt werden. Bundesrat und BUWAL hätten bestimmt, in welcher Form und in welchem Umfang das Flachmoor in das Bundesinventar aufgenommen werde. Diese Aufnahme sei auf dem verfassungs- und gesetzmässig vorgesehen Weg, insbesondere durch konstruktives Zusammenwirken von Bund, Kanton und Fachleuten zustande gekommen. Der verfassungsmässig verankerte Moorschutz sei gewährleistet. Das Flachmoor existiere im Übrigen noch, weil die Grundeigentümerin in ihrer 125-jährigen Geschichte dieses nicht trockengelegt habe. Die Beschwerdeführerinnen würden die Aufnahme des Flachmoores Unterallmend gemäss Objektblatt Nr. 2399 kennen. Sie selbst hätten eine Kopie des Objektblattes aufgelegt. Die Festlegung des Flachmoorperimeters sei unter Mitwirkung einer vom Regierungsrat eingesetzten Arbeitsgruppe aus Vertretern der betroffenen Gemeinden, der Grundeigentümerin und des ANLS erfolgt. Aufgrund des Schlussberichtes dieser Arbeitsgruppe hätten Regierungsrat, BUWAL und Bundesrat das Flachmoor im Dezember 1996 in das Bundesinventar der Flachmoore von nationaler Bedeutung aufgenommen. Mit der vorliegenden Beschwerde werde weder das inventarisierte Flachmoor gemäss Objektblatt Nr. 2399 noch der Moorschutz in Frage gestellt. Das Gegenteil sei richtig. Der Regierungsrat stelle in seinem Entscheid zu Recht fest, dass entlang der Strasse ein Entwässerungsgraben bestehe, der für die Amphibien erhalten werden solle. Dieser Entwässerungskanal sei nicht Bestandteil des Flachmoores. Dennoch sei er von der Vorinstanz hier richtigerweise in die Betrachtung einbezogen worden. Es sei verfehlt zu glauben, der Entwässerungsgraben bzw. der Übergang vom Entwässerungsgraben zum Flachmoor lasse sich exakt definieren. Die fundamentalistische Betrachtungsweise der Beschwerdeführerinnen, wonach der Moorschutz jede Würdigung und Berücksichtigung bestehender tatsächlicher Verhältnisse kategorisch ausschliesse, sei verfehlt. Konflikte zwischen den Schutzzwecken und den Nutzungsinteressen seien in einer Industriezone vorgegeben und erforderten geradezu eine vernünftige Interessenabwägung. Die Rechtssicherheit gebiete, dass sich der Kanton bei der Wahrnehmung seiner Obliegenheiten und Befugnisse im Moorschutz auf das massgebliche Objektblatt des Bundesinventars abstützen könne. Gemäss verbindlichem Objekt Nr. 2399 reiche das geschützte Flachmoor, wie erwähnt, nicht bis zur Strasse. Nur innerhalb des massgeblichen Objektes akzeptiere die Beschwerdegegnerin den absoluten Schutz ohne Interessenabwägung - darüber hinaus aber nicht. - Im Ergebnis im Wesentlichen den gleichen Standpunkt vertritt das Justizdepartement namens des Regierungsrates in seiner Vernehmlassung. Der Regierungsrat habe im Einspracheverfahren die Gründe angegeben, die ihn veranlasst hätten, beim BUWAL die geringfügige Revision des Schutzobjektes zu bewirken. Das Bundesamt sei diesen Überlegungen gefolgt und habe den Perimeter des Objektes dementsprechend angepasst. Solchermassen aus dem Bundesinventar entlassene Flächen könnten nicht wieder Gegenstand einer kantonalen Anordnung sein.
3.- a) Gemäss Art. 78 Abs. 1 und 2 der Bundesverfassung vom 18. April 1999 (BV) ist der Natur- und Heimatschutz primär Sache der Kantone, wobei der Bund in Erfüllung seiner Aufgaben Rücksicht auf die Anliegen des Natur- und Heimatschutzes nimmt und Bestrebungen auf diesem Gebiet unterstützt. Die zitierte Verfassungsbestimmung gibt die Nachführung von Art. 24sexies Abs. 1 alt BV wieder, welche vor dem Inkrafttreten der neuen BV die Kompetenz der Kantone für den Natur- und Heimatschutz enthielt (dazu: Botschaft des Bundesrates über eine neue Bundesverfassung vom 20. November 1996, Separatum, insbes. S. 253 ff.). Der Bundesgesetzgeber hat gestützt auf diese Verfassungslage Vorschriften zum Schutze der Tier- und Pflanzenwelt und zur Erhaltung ihrer Lebensräume in der natürlichen Vielfalt erlassen. Diesbezüglich hat er seine Kompetenz in erster Linie im NHG ausgeschöpft. Zusätzlich hat er gestützt auf die Grundsatzgesetzgebungskompetenz in Belangen der Raumplanung (Art. 75 BV) vorgesehen, dass die Kantone entsprechende Schutzzonen ausscheiden oder andere geeignete Massnahmen veranlassen (Art. 17 RPG; vgl. dazu: Haller/Karlen/Thurnherr, Raumplanungs, Bau- und Umweltrecht, Band I, 3. Aufl., Zürich 1999, Rz. 269 ff.).
b) Eine spezielle Schutznorm enthält Art. 78 Abs. 5 BV für Moore und Moorlandschaften von "besonderer Schönheit" und "gesamtschweizerischer Bedeutung". Es dürfen darin weder Anlagen gebaut noch Bodenveränderungen vorgenommen werden. Ausgenommen sind Einrichtungen, die dem Schutz oder der bisherigen landwirtschaftlichen Nutzung der Moore und Moorlandschaften dienen. Die zitierte neue Verfassungsbestimmung übernimmt mit einigen geringfügigen redaktionellen Anpassungen den Text von Art. 24sexies Abs. 5 alt BV. Der bisherige materielle Regelungsinhalt wurde ohne Abstriche übernommen (Trösch, Kommentar zur Schweizerischen Bundesverfassung, Zürich 2002, N 12 und N 14 zu Art. 78). Damit steht vorab fest, dass die - nach dem angefochtenen Entscheid des Regierungsrates erfolgte - Totalrevision der Verfassung hinsichtlich des Moorschutzes keine Änderung brachte (dazu: Haller/Karlen/Thurnherr, a.a.O., Rz. 90; ferner: Mader, Die Umwelt in neuer Verfassung? - Anmerkungen zu umweltschutzrelevanten Bestimmungen der neuen Bundesverfassung, in: URP 2000, S. 112). Moore (und Moorlandschaften) von besonderer Schönheit und nationaler Bedeutung geniessen daher mit Blick auf die Verfassungslage absoluten Schutz. Darauf wird zurückzukommen sein.
c) In Bezug auf den Moorschutz setzte der Bundesrat die in der Verfassung verankerte Vorgabe u.a. in der bereits erwähnten Flachmoorverordnung (FMV) um. Noch einmal sei daran erinnert, dass nicht alle Moore gestützt auf die Verfassung ohne weiteres schutzwürdig sind. Dieses Prädikat kommt ihnen nur zu, wenn sie besonders "schön" sind und das Kriterium der "nationalen Bedeutung" erfüllen (Waldmann, Der Schutz von Mooren und Moorlandschaften, Diss. Freiburg 1997, S. 29). Der Begriff der "nationalen Bedeutung" war im Übrigen bereits vor Inkrafttreten von Art. 24sexies Abs. 5 alt BV bekannt. So knüpfte insbesondere das NHG an verschiedenen Stellen an die "nationale Bedeutung" eines Objektes an, namentlich in den Art. 4, 5, 15 und 16 NHG, ohne diesen Begriff selbst zu definieren. Was darunter zu verstehen ist, ergibt jeweils eine - von Fachwissen getragene - Würdigung (dazu: BBl 1985 II S. 1463). Hinzuweisen ist hierbei auf besondere Aspekte, die bei der Gewichtung bzw. Qualifizierung des Moores zu beachten sind. Nationale Bedeutung liegt vor, wenn an der Erhaltung von Objekten ein über den Kanton oder die Gegend, in der sie liegen, hinaus greifendes Interesse besteht (Waldmann, a.a.O., S. 30). Konkret beurteilt sich die Bedeutung eines Moores mithin nach objektiven und allgemeingültigen Kriterien, die aufgrund eines Bewertungsrasters erhoben werden. Bei der Gewichtung von Flachmooren operieren Fachleute in der Regel mit einem Punktesystem, um auf diese Weise eine sachgerechte Erfassung des in Frage stehenden Biotops zu ermöglichen. Hilfskriterien sind hierbei etwa die Seltenheit von Pflanzen, die Grösse und der Erhaltungszustand des Objektes sowie dessen Beziehung zu seiner Umgebung (Waldmann, a.a.O., S. 31).
d) Die Vorinstanz hält das streitbezogene Naturschutzobjekt Nr. 2399 (Unter-allmend/Perlen) für ein Flachmoor von nationaler Bedeutung. Mit Recht wird dieser Ansatz von keiner Seite in Frage gestellt. Die gut dokumentierte Aktenlage erhellt, dass es sich hier im Wesentlichen um eine Streuwiese handelt, auf der oberflächliches Grundwasser im Überfluss vorhanden ist. Felderhebungen haben ferner gezeigt, dass das Gelände hochangepasste Lebensgemeinschaften von Pflanzen und Tieren - insbesondere von Amphibien - birgt und deshalb auch unter diesem Gesichtswinkel als erhaltenswerter Lebensraum Schutz verdient. Nur am Rande sei an dieser Stelle auf das Objekt Nr. 410 im Bundesinventar der Amphibienlaichgebiete hingewiesen. Für den vorliegenden Fall bedeutsam ist auch die Feststellung, dass der Bereich A des Amphibienlaichgebietes laut Bundesinventar im Bereich des hier interessierenden südlichen Gebietsabschnittes bis zur Strassengrenze reicht. Auch dieser Hinweis mag Aufschluss über die Schutzwürdigkeit des Geländes geben. Ferner ist nicht bestritten, dass das in Frage stehende Objekt als von nationaler Bedeutung einzustufen ist. An dieser Qualifizierung zweifeln, wie erwähnt, weder die Vorinstanz noch das BUWAL. Bei dieser Sach- und Rechtslage hat es vorab mit der Feststellung sein Bewenden, dass zumindest das seitens der Bundesbehörden umrissene Gelände gemäss Inventarblatt über das Objekt Nr. 2399 (1:25'000; Aufnahme 1996 [zweite Serie]) als Flachmoor von nationaler Bedeutung gestützt auf die wiedergegebenen Verfassungslage (Art. 78 Abs. 5 BV) uneingeschränkt geschützt werden muss. Auch die Beschwerdegegnerin relativiert diesen Ansatz in ihrer Vernehmlassung in keiner Weise. Sie selbst integriert den zitierten Kartenausschnitt des Bundesinventars Nr. 3299 in ihre Vernehmlassung. Damit beruft sie sich indessen ausdrücklich auch auf das in diesem Inventarblatt ausgesparte Geländeband unmittelbar nördlich der Gemeindestrasse. Diesbezüglich stellt sie sich auf den Standpunkt, im Verfahren vor Verwaltungsgericht könne die Schutzwürdigkeit dieses Geländebandes nicht mehr zur Sprache gebracht werden, weil die Bundesbehörden im Rahmen ihrer Zuständigkeit hierüber bereits befunden hätten. Wie es sich hinsichtlich dieser Rechtsfrage verhält, wird nachstehend umfassend zu prüfen sein.
4.- Im Kern dreht sich die Streitsache um die Frage nach dem genauen Grenzverlauf des hier interessierenden Flachmoores Nr. 2399, welches, wie dargelegt, an sich unstrittig als von nationaler Bedeutung einzustufen ist und damit bereits gestützt auf Art. 78 Abs. 5 BV geschützt werden muss. Die Beschwerdeführerinnen halten die Grenzziehung im südlichen Bereich für verfassungswidrig. Folgerichtig erachten sie mithin auch die kantonale Festlegung in Bezug auf die "Schneise" für rechtswidrig, ungeachtet der Feststellung, dass der seitens der Beschwerdeführerinnen ins Visier genommene ausgesparte Bereich ("Schneise") entlang der Gemeindestrasse ausserhalb der bundesrätlichen Inventarisierung liegt.
a) Das Bundesinventar der Flachmoore von nationaler Bedeutung (Flachmoorinventar) ist eine Verordnung des Bundesrates und kann als solche von den Gerichten akzessorisch auf ihre Verfassungs- und Gesetzeskonformität überprüft werden (BGE 127 II 190 Erw. 5a; ZBl 1996 S. 122 Erw. 5a; Fahrländer, Kommentar zum NHG, N 12 zu Art. 18a). Eine solche akzessorische Prüfung kann, entgegen der Auffassung der Beschwerdegegnerin, im Rahmen der kantonalen Umsetzung des Moorschutzes erfolgen (Waldmann, a.a.O., S. 152). Soweit die Beschwerdegegnerin geltend macht, die Beschwerdeführerinnen hätten sich mit einem Rechtsmittel gegen die vom Bundesrat verabschiedete Inventarisierung des Moorobjektes Nr. 2399 zur Wehr setzen müssen, erweist sich dieser Einwand als verfehlt, denn eine derart abstrakte Anfechtungsmöglichkeit kennt die Rechtsordnung nicht.
b) Soweit Verfassung und Gesetz dem Bundesrat einen Ermessens- oder Beurteilungsspielraum einräumen, haben die Gerichte diesen zu respektieren. So dürfen diese ihr Ermessen nicht an die Stelle desjenigen des Bundesrates setzen (BGE 127 II 190 Erw. 5a). Immerhin muss es möglich sein, die Bundesinventare auf Lücken dahingehend zu überprüfen, ob gegebenenfalls ein nicht inventarisiertes Teilobjekt unter den verfassungsrechtlichen Schutz von Art. 78 Abs. 5 BV fällt (Waldmann, a.a.O., S. 153). Alles andere liefe auf eine Aushöhlung der in Lehre und Praxis anerkannten akzessorischen Überprüfbarkeit von Bundesinventaren durch Gerichte hinaus. In der Praxis unterstreicht das Bundesgericht, dass der Spielraum der Behörden denn auch nur soweit gefasst werden darf, dass eine effektive gerichtliche Kontrolle noch möglich bleibt (so: BGE 127 II 192 Erw. 5a/cc = URP 2001/S. 917). Im vorliegenden Verfahren kommt hinzu, dass der genaue Grenzverlauf des Flachmoores von nationaler Bedeutung nicht vom Bundesrat festzusetzen ist, sondern zum Aufgabenbereich der Kantone gehört (Art. 3 Abs. 1 FMV). Auch dieser Gesichtspunkt macht deutlich, dass der Beschwerdegegnerin nicht gefolgt werden kann, soweit sie beharrlich nur gerade auf eine in einem Bundesinventarblatt eingezeichnete Grenzziehung des Flachmoorobjektes verweist, wohl wissend, dass der unbestrittenermassen durch die Verfassung gebotene, hinreichende Moorschutz noch der kantonalen Umsetzung bedarf. Nach dem Gesagten kommt das Verwaltungsgericht nicht umhin zu prüfen, ob die strittige Grenzziehung des in Frage stehenden Moorschutzobjektes hinsichtlich des ausgesparten Geländekorridors - im südlichen Bereich, parallel zur Gemeindestrasse - verfassungsrechtlich haltbar ist oder nicht. Dass das Gericht den Ermessensspielraum der Behörden von Bund und Kanton zu beachten hat, steht dabei, um es noch einmal zu sagen, ausser Frage.
c) Wie bereits im Sachverhalt einlässlich wiedergegeben, sahen sich die mit der Inventarisierung betrauten Vertreter des Bundes anlässlich der Begehung des Moorobjektes 1987 offenkundig nicht veranlasst, sachliche Überlegungen anzustellen, die als Begründung für eine Aussparung des strittigen Geländes hätten herhalten können. Auch für die Zeit danach lassen sich in den Akten hiefür keine Anhaltspunkte entnehmen. Die im Sachverhalt erwähnte ursprüngliche Haltung des BUWAL kann als weiterer Fingerzeig für die Schutzwürdigkeit des gesamten Geländes - einschliesslich des heute strittigen und ausgesparten Teils - gewertet werden. Die gleiche Erkenntnis lässt sich aus den zusätzlich eingeholten Unterlagen entnehmen, insbesondere aus der Abgrenzung der Planungszone, den ersten Inventarblättern und den Fotos. Weitere Beweismassnahmen, insbesondere ein Augenschein oder eine Expertise, würden hierüber keine abweichenden Erkenntnisse liefern, weshalb das Verwaltungsgericht keine Veranlassung hat, ein Beweisverfahren zur Frage der Schutzwürdigkeit der "Schneise" in die Wege zu leiten. Sodann lassen die Behörden von Bund und Kantonen keine Zweifel daran, dass das Gelände - einschliesslich der Schneise - bis zur Gemeindestrasse als Amphibienlaichgebiet bedeutsam ist. Auch dieser Gesichtspunkt spricht für die Schutzwürdigkeit des strittigen Geländes. Irgendwelche Anhaltspunkte, die - unter moorschutzrechtlichen Aspekten - auch nur ansatzweise als haltbare Argumente für die Aussparung des strittigen Korridors herangezogen werden könnten, finden sich im angefochtenen Entscheid nicht - ebensowenig in den Akten. Auch der Beschwerdegegnerin gelingt es in diesem Rechtsmittelverfahren nicht, ihren Standpunkt mit Argumenten zu untermauern, die im Rahmen einer Debatte über den Moorschutz im Lichte von Art. 78 Abs. 5 BV beachtlich wären. Nicht dazu zählen die von der Beschwerdegegnerin geltend gemachten wirtschaftlichen Überlegungen. Denn derartige Interessen lassen sich mit dem in Art. 78 Abs. 5 BV verankerten absoluten Vorrang des Moorschutzes, wie bereits angetönt, nicht vereinbaren (BGE 127 II 192 Erw. 5b/aa mit weiteren Hinweisen; ferner: Fleiner-Gerster, Kommentar zur alten BV, Rz. 45 zu Art. 24sexies alt BV; Fahrländer, N 51 zu Art. 18a; Waldmann, a.a.O., S. 251; Wagner-Pfeifer, Umweltrecht II, Zürich 2001, S. 138). Alle diese Überlegungen lassen - im Sinne eines ersten Zwischenergebnisses - nur eine Schlussfolgerung zu. Danach erweist sich die beanstandete, mit wirtschaftlichen Überlegungen untermauerte Schneise im Flachmoorobjekt Nr. 2399 mit Blick auf Art. 78 Abs. 5 BV der Sache nach als nicht haltbar. Demzufolge ist die ausgesparte Fläche auf den betroffenen Parzellen in den Schutzplan aufzunehmen und - gleich wie das Umfeld - der Zone Mahd zuzuweisen (Ziffer 1.1 der Beschwerdeschrift). Immerhin soll nicht verschwiegen werden, dass das Gericht ein gewisses Verständnis für die Anliegen der Beschwerdegegnerin aufbringen kann. Gleichzeitig sei jedoch angefügt, dass die Umsetzung des bundesverfassungsrechtlich gewährleisteten Moorschutzes im Kanton Luzern von vielen zum Teil erhebliche Opfer abverlangt hat. Mit Blick hierauf und die zu beachtende Gleichbehandlung wäre es nicht vertretbar, wenn im vorliegenden Fall nicht auf eine strikte Einhaltung der rechtlichen Vorgaben gedrungen würde.
5.- Für den Fall, dass die Abgrenzung gemäss Objektblatt Nr. 2399 des Bundesinventars der Flachmoore entlang der Strasse abgeändert werde, verlangt die Beschwerdegegnerin in ihrer Vernehmlassung die Entlassung der als Kompensation angebotenen Renaturierungsfläche von 5'600 m2, die ursprünglich ausserhalb des Flachmoorperimeters gelegen war (Eventualantrag Ziffer 2). Es handelt sich hierbei um zwei etwas nördlich gelegenene Teilflächen, die der Zone Mahd zugewiesen wurden.
a) In ihrer Eingabe vom 18. Juli 2002 machten die Beschwerdeführerinnen dazu geltend, die Beschwerdegegnerin habe die Moorschutzverordnung bzw. den diesbezüglichen Schutzbereich akzeptiert. Sie könne sich daher, wenn überhaupt, nur noch zur Frage äussern, ob bzw. warum die geplante Schneise zulässig sei. Anderseits sei es ihr verwehrt, weitergehende Überlegungen zur Sache anzustellen. Dieser Einwand bezieht sich offenkundig auf die von der Beschwerdegegnerin in ihrer Vernehmlassung anvisierte Entlassung der erwähnten Renaturierungsfläche. Die Beschwerdeführerinnen vertreten in diesem Punkt vorab (sinngemäss) die Auffassung, die Beschwerdegegnerin sei prozessual überhaupt nicht befugt, den erwähnten Eventualantrag zu stellen. Diesem Einwand kann nicht gefolgt werden. Vorab ist festzuhalten, dass das Begehren der Beschwerdegegnerin nicht als sogenannte "Anschlussbeschwerde" verstanden werden kann, dies um so weniger, als der Antrag unmittelbar mit der vor Verwaltungsgericht verfolgten Zielrichtung der Beschwerdeführerinnen zusammenhängt. Vor Einreichen der Beschwerde hatte die Beschwerdegegnerin im Übrigen keinen Anlass, eine entsprechende Beschwerde zu stellen, da ihren Anliegen mit der Erledigung der Einsprache Rechnung getragen wurde. Erst die Beschwerde hat diese Ausgangslage erschüttert, so dass der Eventualantrag der Beschwerdegegnerin im Verfahren vor Verwaltungsgericht zuzulassen ist.
b) Aus den Akten ergeben sich keine Anhaltspunke dafür, dass es sich bei der erwähnten Teilfläche im Bereich der erwähnten beiden nördlich gelegenen Grundstücke um ein besonders schutzwürdiges Gebiet handeln würde. Vielmehr geht es hierbei um eine Fläche, die seitens der Beschwerdegegnerin als Kompensation für die Schneise angeboten wurde und damit erst noch renaturiert werden sollte. Es bestehen daher keine Gründe, diese Fläche in der Zone Mahd zu belassen. Ob hier gegebenenfalls ein anderer, niedrigerer Schutzstatus erforderlich ist, lässt sich anhand der Aktenlage nicht eruieren. Die Sache ist mithin in dieser Hinsicht an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese die Sachlage in diesem Punkt einer erneuten Überprüfung unterziehe. Dies rechtfertigt sich auch, weil im Zusammenhang mit der Pufferzone ohnehin eine Überprüfung erfolgen muss. Es kann in diesem Punkt auf die nachfolgenden Erwägungen verwiesen werden.
6.- a) Die Beschwerdeführerinnen beantragen ferner, die Pufferzonen seien für den gesamten Schutzplan M 20 gestützt auf den sogenannten "BUWAL-Schlüssel" zu berechnen und entsprechend anzupassen (Antrag Ziffer 1.2). In der Begründung stellen sie sich im Wesentlichen auf den Standpunkt, die Vorinstanz habe die Pufferzonen nach dem Schlüssel der Bürogemeinschaft für angewandte Ökologie festgelegt. Heute werde indes gemeinhin der BUWAL-Schlüssel verwendet, der auch zu grösseren Pufferzonen führe. Die mit Hilfe des BUWAL-Schlüssels ermittelten Pufferzonen-Breiten lieferten das absolute Mindestmass an Pufferzonen. Man verweise dazu auf die Fachliteratur. Die Vorinstanz sei generell und ohne Berücksichtigung der konkreten Verhältnisse der Auffassung, der veraltete Schlüssel müsse angewendet werden. Hier gehe es indessen um die Einhaltung eines anerkannten Mindeststandards, wie er heute bei der Berechnung von Pufferzonen "lege artis" zur Anwendung gelangen müsse. Die Pufferzonen müssten zumindest so bemessen sein, dass sie das betreffende Gebiet ökologisch ausreichend schützten. Wohl bringe die Vorinstanz vor, es bestünde die Möglichkeit einer Erfolgskontrolle. Wenn diese Möglichkeit tatsächlich Gewicht erhalten sollte, hätte die Vorinstanz eine solche bereits verbindlich anordnen und die Konsequenzen eines positiven oder negativen Ergebnisses festlegen müssen. Eine solche Massnahme erachte die Vorinstanz aber nicht für notwendig. Man bleibe dabei. Die Nichtberücksichtigung des BUWAL-Schlüssels unterschreite den anerkannten Mindeststandard für Pufferzonen.
b) Die Beschwerdegegnerin hält in ihrer Vernehmlassung fest, sie verschliesse sich der Anwendung eines sachgerechten Schlüssels für die Berechnung der Pufferzonen nicht. Soweit es die kantonalen Instanzen für angemessen und notwendig erachteten, Pufferzonen zu erweitern, biete sie Hand dazu. - In seiner Vernehmlassung hält das Justizdepartement namens des Regierungsrates fest, es sei nicht zu erkennen, inwiefern bei der Festlegung der Pufferzonen Verfassung oder Gesetz verletzt worden seien. Im vorliegenden Fall gehe es nicht um die erstmalige Festlegung von Pufferzonen. Hinzuweisen sei hier auf Verhältnisse im Jahre 1993. Damals sei kein anderer Schlüssel zur Festlegung von Pufferzonen zur Verfügung gestanden. Der BUWAL-Schlüssel werde im Übrigen nur von wenigen Kantonen angewandt. Auch heute noch glaubten gewisse Kantone zu Unrecht, auf Pufferzonen überhaupt verzichten zu können. Seit der Schlüssel des BUWAL bekannt sei, gelange er auch im Kanton Luzern zur Anwendung. Entgegen der Meinung der Beschwerdeführerinnen sei es mit der Anwendung des Schlüssels der Bürogemeinschaft für angewandte Ökologie keineswegs darum gegangen, einzelne Grundeigentümer zu privilegieren. Richtschnur sei in diesem Punkt vielmehr der Grundsatz von Treu und Glauben gewesen. Es sei hier um die Glaubwürdigkeit der Vertreter des Staates als Vertragspartner in Sachen Naturschutz gegangen. Die Erfolgskontrolle sei nunmehr abgelaufen, und die Geltungsdauer der ersten Verträge im Gebiet Unterallmend endeten nächstens. Im Rahmen der Überprüfung solcher Verträge würden auch die Pufferzonen einbezogen. Verträge könnten angepasst werden, falls der Schutz wegen besonderer Verhältnisse oder neuer Erkenntnisse nicht gewährleistet sei. Bei der Festlegung der Pufferzonen komme den Behörden im Übrigen ein grosser Ermessensspielraum zu. Der Regierungsrat habe diesen nicht überschritten. Auch das BUWAL akzeptiere ein stufenweises Vorgehen. Im Gebiet Unterallmend seien ökologisch ausreichende Pufferzonen ausgeschieden worden.
c) Wie bereits angetönt, haben die Kantone gemäss Art. 3 Abs.1 FMV nicht nur den genauen Grenzverlauf der Flachmoorobjekte festzulegen, sondern darüber hinaus auch ökologisch ausreichende sogenannte "Pufferzonen" auszuscheiden (Fahrländer, a.a.O., N 41 zu Art. 18a). Als Pufferzonen bezeichnet man im Allgemeinen Flächen, die Areale mit besonderer Schutzwürdigkeit bzw. Schutzbedürftigkeit vor einer Gefährdung durch umgebende Nutzungen und den davon ausgehenden Belastungen schützen sollen. Als eine Art Schutzgürtel um das eigentliche Schutzobjekt herum bezwecken sie, dieses vor schädlichen Einflüssen aus der Umgebung abzuschirmen (Waldmann, a.a.O., S. 174 mit weiteren Hinweisen). Ökologisch ausreichend sind Pufferzonen generell dann, wenn sie geeignet sind, schutzzielwidrige Einwirkungen auf die in Mooren spezifische Tier- und Pflanzenwelt abzuschirmen. Es ist indes zu beachten, dass das Bundesrecht weder festlegt, nach welcher Methode diese Pufferzonen ausgeschieden werden müssten, noch welche Schutzmassnahmen im Einzelnen zu ergreifen wären. Soweit sich die Beschwerdeführerinnen in diesem Verfahren auf den Standpunkt stellen, das Gericht habe die Vorinstanz zu verhalten, die Pufferzonen nach dem BUWAL-Schlüssel festzulegen, fehlt mithin dafür die gesetzliche Grundlage, denn diesem Schlüssel kommt bloss wegleitende Bedeutung zu, so dass er für die Gerichte nicht verbindlich ist (im Ergebnis gleich: Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 10. Februar 2000, auszugsweise publiziert in: URP 2000/8 S. 839). Immerhin hält das Zürcher Verwaltungsgericht im zitierten Urteil in zutreffender Weise fest, dass der BUWAL-Schlüssel aufgrund des darin zum Ausdruck gelangenden Fachwissens geeignet erscheint, einen sachgemässen und rechtsgleichen Vollzug sicherzustellen. Es gebe daher in der Regel keinen Anlass, von den Vorgaben dieses bewährten Schlüssels in wesentlichen Belangen abzuweichen. Folgt man den von der Vorinstanz in ihrer Vernehmlassung wiedergegebenen Überlegungen, kann im Ergebnis Übereinstimmung festgestellt werden, so dass sich weitere Überlegungen zur grundsätzlichen Bedeutung des BUWAL-Schlüssels erübrigen. Daraus kann indessen keineswegs der Schluss gezogen werden, alternative Vorgehensweisen bei der Festlegung von Pufferzonen würden in jedem Fall rechtswidrige Ergebnisse liefern.
d) Die Vorinstanz geht davon aus, dass die ausgeschiedenen Pufferzonen den bundesrechtlichen Minimalanforderungen genügten. Eine Überprüfung werde aber vorgenommen. Die Beschwerdeführerinnen ihrerseits verlangen zwingend die Einhaltung des BUWAL-Schlüssels, ohne auch nur im Ansatz irgendwelche greifbaren Aspekte dafür zu nennen, inwiefern die ausgeschiedenen Pufferzonen in bundesrechtswidriger Weise zu eng wären und daher einen zu geringen Biotopschutz gewährleisteten.
Der in Art. 3 Abs. 1 FMV enthaltene Begriff der "ausreichenden Pufferzonen" ist ein unbestimmter Gesetzesbegriff. Als solcher ist er an sich richterlicher Überprüfung zugänglich. Allerdings wird der Verwaltung bei der Auslegung solcher unbestimmter Gesetzesbegriffe ein beträchtlicher Beurteilungsspielraum zugestanden, so dass das Verwaltungsgericht bei der Überprüfung dementsprechend Zurückhaltung übt. Dies gilt insbesondere für die Würdigung von örtlichen Verhältnissen, für die Beurteilung von Fachfragen auf Spezialgebieten, in denen die Verwaltung über besondere Sachkunde, Fachwissen und Erfahrung verfügt, oder wenn ein Grenzfall vorliegt (LGVE 1992 II Nr. 2 Erw. 4a mit weiteren Hinweisen). Vorab ist davon auszugehen, dass die wiedergegebene Rechtslage die Behörden nicht daran hindert, in Bezug auf den Schutz von Pufferzonen vertragliche Lösungen zu treffen und, solange diese greifen, bzw. das Schutzziel erreicht wird, auf eine Schutzzone zu verzichten (vgl. dazu Waldmann, a.a.O., S. 174 ff.). Mithin erscheint die seitens der Vorinstanz verfolgte Schutzstrategie zunächst im Ansatz als recht- und zweckmässig. Daher ist der Antrag der Beschwerdeführerinnen nach einer direkten Anpassung der Pufferzonen nach dem BUWAL-Schlüssel abzuweisen. Ferner steht fest, dass der BUWAL-Schlüssel rechtlich nicht verbindlich ist. Mithin besteht keine Veranlassung, eine eigene Überprüfung in Auftrag zu geben oder die Vorinstanz zu verhalten, dies nachzuholen. Immerhin ist die Vorinstanz zu verpflichten, die Kontrolle der Wirksamkeit der ausgeschiedenen Pufferzonen innerhalb der nächsten zwei Jahre vorzunehmen. Dabei wird sie insbesondere zu prüfen haben, ob die Schutzziele in den kritischen Bereichen mit den getroffenen Massnahmen erreicht werden. Wäre dies nicht der Fall, müssten entsprechende Schutzmassnahmen getroffen bzw. allenfalls vertragliche Ergänzungen vorgenommen werden. Mit diesen Feststellungen muss es in diesem Punkt sein Bewenden haben.
7.- Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde hinsichtlich der von den Beschwerdeführerinnen beanstandeten Schneise bzw. Aussparung des Schutzgebietes parallel zur Gemeindestrasse gutzuheissen ist. Es kann, um Wiederholungen zu vermeiden, in diesem Punkt auf die Erwägungen 2 bis 4 verwiesen werden. Auf der andern Seite ist dem Antrag der Beschwerdegegnerin hinsichtlich der als Kompensation gedachten Renaturierungsfläche stattzugeben. Danach ist die ursprünglich nicht im Objekt Nr. 2399 des Bundesinventars der Flachmoore von nationaler Bedeutung liegende Renaturierungsfläche von 5'600 m2 aus dem Schutzgebiet zu entlassen und die Sache zur Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen (Erwägung 5). Beizufügen ist, dass der apodiktisch vorgetragenen, der Sache nach indes nicht näher begründeten Rüge der Beschwerdeführerinnen in Bezug auf die angeblich rechtsfehlerhafte Ausscheidung von Pufferzonen nicht gefolgt werden kann, zumal sich die Behörden in dieser Hinsicht innerhalb des ihnen zustehenden Ermessensspielraums bewegen, den das Verwaltungsgericht respektiert (Erwägung 6).
Dieser Entscheid wurde in URP 2003 S. 361 ff. auszugsweise veröffentlicht.