Aus den Erwägungen:
a) Die Parteifähigkeit ist eine Voraussetzung der Parteieigenschaft. Parteifähigkeit ist die prozessuale Rechtsfähigkeit. Rechtsfähig ist, wer fähig ist Rechte und Pflichten zu haben, also jedes Rechtssubjekt. Somit ist parteifähig, wer im Prozess unter eigenem Namen Rechte geltend machen kann. Dazu zählen zunächst natürliche und juristische Personen des Privatrechts, zudem aufgrund spezieller gesetzlicher Regelungen die Kollektiv- und die Kommanditgesellschaft, die Stockwerkeigentümergemeinschaft im Rahmen der ihr obliegenden Verwaltungsaufgaben und die Konkursmasse im Rahmen des für die Liquidation gebildeten Sondervermögens (Kölz/Bosshart/Röhl, Kommentar zum VRG des Kantons Zürich, 2. Auflage, Zürich 1999, N 10 zu § 21). Ferner können auch die juristischen Personen des öffentlichen Rechts parteifähig sein. Dazu zählen der Kanton und die Gemeinden, die Landeskirchen und die vermögensrechtlichen Verwaltungseinheiten des Kantons, der Gemeinden und der Landeskirchen, wie Anstalten mit Rechtspersönlichkeit, Körperschaften und Zweckverbände (vgl. § 1 Abs. 1 VRG). Unselbständigen öffentlich-rechtlichen Stiftungen und Anstalten können die Partei- und die Prozessfähigkeit kraft besonderer gesetzlicher Bestimmungen zukommen. Schliesslich bleibt vorab darauf hinzuweisen, dass Behörden grundsätzlich nicht parteifähig sind (Rhinow/Koller/Kiss, Öffentliches Prozessrecht und Justizverfassungsrecht des Bundes, Basel 1996, Rz. 1287). Indes handeln sie gegebenenfalls als Organe eines parteifähigen Gemeinwesens. Wird ihnen allerdings gesetzlich die Einsprache- und Beschwerdelegitimation im eigenen Namen zugesprochen, ist darin de facto die Gewährung der Partei- und Prozessfähigkeit enthalten (vgl. § 129 Abs. 1 lit. b VRG; dazu: LGVE 1995 II Nr. 38; vgl. ferner: Kölz/Bossart/Röhl, a.a.O., N12 zu § 21; Rhinow/Koller/Kiss, a.a.O., Rz. 1288; Merkli/Aeschlimann/Herzog, Kommentar zum VRG des Kantons Bern, Bern 1997, N 12 zu Art. 12; Zimmerli/Kälin/Kiener, Grundlagen des öffentlichen Verfahrensrechts, Bern 1997, S. 126; Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2. Aufl., Bern 1983, S. 164).
b) Das Raumplanungsamt beruft sich in Bezug auf die Partei- bzw. Prozessfähigkeit auf § 207 Abs. 1 lit. b PBG. Danach sind zur Erhebung von Einsprachen und Beschwerden u.a. Behörden und Dienststellen befugt, sofern der angefochtene Entscheid ein Sachgebiet betrifft, das nach den organisationsrechtlichen Bestimmungen für die kantonale Verwaltung zu ihrem Aufgabenbereich gehört. Zu den massgeblichen organisationsrechtlichen Erlassen gehören die Verordnung über die Organisation und die Kontrolle der kantonalen Verwaltung (Organisationsverordnung; SRL Nr. 36) und die Verordnung über die Aufgaben der Departemente und der Staatskanzlei sowie die Gliederung der Departemente in Dienststellen (SRL Nr. 37). Zu den Sachbereichen des Baudepartementes zählen u.a. die Raumplanung und - jedenfalls teilweise - Fragen im Zusammenhang mit dem Strassenbau (vgl. § 2 lit. a und b der letztgenannten Verordnung). Ferner ist darauf hinzuweisen, dass der Regierungsrat mit Beschluss vom 30. März 1999 die Organisation und Zuständigkeit der neu geschaffenen «Baugesuchszentrale» innerhalb des Raumplanungsamtes zur Kenntnis nahm. Danach ist diese Amtsstelle neu u.a. auch für die Beurteilung von Baugesuchen nach dem Strassengesetz zuständig.
Das Raumplanungsamt stösst sich im Wesentlichen an der vorgesehenen Anlage des Parkplatzes auf dem Baugrundstück. Damit steht fest, dass es sich im Rahmen seiner Sachkompetenz zum umstrittenen Bauvorhaben äusserte. Demnach ist ihm hinsichtlich des Parkplatzes und dessen Einfluss auf die Erschliessung mit dem öffentlichen Verkehrsnetz die Prozessfähigkeit nicht grundsätzlich abzusprechen. Den gegenteiligen Ansatz vertreten im Übrigen weder der Beschwerdegegner noch der Gemeinderat. Damit hat es vorab in diesem Punkt sein Bewenden.
a) § 207 Abs. 2 PBG hat folgenden Wortlaut: «Im Baubewilligungsverfahren können Dritte nur dann Verwaltungsgerichtsbeschwerde erheben, wenn sie rechtzeitig beim Gemeinderat Einsprache erhoben haben.» Bei dieser Formulierung stellt sich die Frage, wer unter den Begriff «Dritte» zu subsumieren ist. In dieser Hinsicht erscheint der Gesetzestext nicht klar zu sein und es sind verschiedene Auslegungen möglich. Bei dieser Ausgangslage muss nach der wahren Tragweite gesucht werden unter Berücksichtigung aller Auslegungselemente, namentlich des Zwecks, des Sinnes und der dem Zweck zugrunde liegenden Wertung. Wichtig ist ebenfalls der Sinn, der einer Bestimmung im Kontext zukommt (vgl. LGVE 1998 II Nr. 7 Erw. 4b, 1997 II Nr. 7 Erw. 3a; ferner: BGE 125 II 185, 122 III 325 Erw. 7a; Rhinow/Krähenmann, Schweizerische Verwaltungsrechtsprechung, Ergänzungsband, Nr. 21 B IV; zum Ganzen ferner: Walter, Der Methodenpluralismus des Bundesgerichts bei der Gesetzesauslegung, in: recht 1999, S. 157 ff.).
b) Was unter «Dritte» im Sinne der zitierten Bestimmung zu verstehen ist, lässt sich anhand der Materialien nicht zweifelsfrei bestimmen. (Das alte Baugesetz verwendete diesen Begriff in § 134 nicht.) Einzig in der Botschaft zu einem Entwurf eines Planungs- und Baugesetzes vom 12. August 1986 (B 119) finden sich nähere Hinweise zur Tragweite von § 203 Abs. 2 des Gesetzesentwurfs. Diese Norm stimmt mit § 207 Abs. 2 PBG wörtlich überein. Zu § 203 Abs. 3 enthält die zitierte Botschaft folgende Erläuterung: «Der Absatz 2 des § 203 ist die logische Folge des § 192 Abs. 1 (heute: § 196 Abs. 1 PBG), nach dem der Gemeinderat über das Baugesuch und die öffentlich-rechtlichen Einsprachen zu entscheiden hat» (Verhandlungen des Grossen Rates 1986, S. 798). Mit dem neuen Absatz 2 wollte somit der Gesetzgeber offenbar möglichst frühzeitig klären, wer sich als Partei am Verfahren beteiligen will und mit welchen Einwänden der Gemeinderat sich in seinem Entscheid auseinandersetzen muss. Damit wird die Beteiligung am Einspracheverfahren gleichsam als eine der Prozessvoraussetzungen für das Eintreten auf ein nachfolgendes Rechtsmittel verstanden, was mit Blick auf die Interessen der Prozessökonomie und der Rechtssicherheit sinnvoll ist. So soll mit der Verpflichtung zur Einsprache sichergestellt werden, dass der Gemeinderat die Prozessvoraussetzungen für die Einsprache klärt, die nötigen Sachverhaltsabklärungen trifft und formell über die Einsprache entscheidet. Zudem dient die erwähnte Obliegenheit der prozessualen Waffengleichheit, indem eine formelle Einsprache dem Bauherrn und Grundeigentümer vorgängig zur Stellungnahme zuzustellen ist (§ 194 Abs. 3 PBG; vgl. zum Ganzen: Gadola, Beteiligung ideeller Verbände am Verfahren vor den unteren kantonalen Instanzen - Pflicht oder blosse Obliegenheit?; in: ZBl 92/1991 S. 372 ff.).
Dass § 207 Abs. 2 PBG auf Behörden und Dienststellen nicht anwendbar sei, diese also nicht unter den Begriff «Dritte» zu subsumieren seien, lässt sich dem Gesetzestext trotz etwas unklarer Formulierung von Abs. 1 lit. b nicht entnehmen. Dies wird übrigens vom Raumplanungsamt auch nicht geltend gemacht. Damit sind unter dem Begriff «Dritte» all jene Verfahrensbeteiligten gemeint, die in einem Baubewilligungsverfahren nicht als Gesuchsteller auftreten oder von Amtes wegen, etwa als Baubewilligungs- und Sonderbewilligungsinstanzen, zwingend daran teilnehmen müssen. Behörden und Dienststellen ausserhalb dieses Kreises haben somit rechtzeitig formelle Einsprache zu erheben, wenn sie im Verfahren als Partei beteiligt werden wollen und ihr Beschwerderecht wahren wollen. Selbstverständlich besteht die Voraussetzung der rechtzeitigen Einsprache nur, wenn die Behörde oder Dienststelle vom Baugesuch Kenntnis erhält und nur soweit, als die vorzubringenden Mängel aus dem Baugesuch erkennbar sind. Allerdings wird der Begriff «rechtzeitig» bei den Behörden und Dienststellen nicht so eng interpretiert werden können, dass die Einsprache immer innerhalb der Auflage- und Einsprachefrist erfolgen muss, ausser, sie seien von der öffentlichen Auflage direkt benachrichtigt worden. Diesen Stellen kann insbesondere nicht zugemutet werden, die Publikationen in kommunalen Anschlagkästen und Publikationsorganen zu konsultieren. Eine allfällige Einsprache muss wohl in der Regel auch als rechtzeitig gelten, wenn diese im Rahmen des Koordinationsverfahrens, also der Stellungnahmen der Behörden und Dienststellen zu Handen der Leitbehörde erfolgt. Unter diesen Voraussetzungen wird durch die Verpflichtung zur vorgängigen Teilnahme am Einspracheverfahren das Beschwerderecht nicht übermässig erschwert.
Diese Rechtslage ändert nichts daran, dass es den kantonalen Instanzen unbenommen bleibt, gegebenenfalls zur Wahrung der Koordination «Bemerkungen» oder «Empfehlungen» zu Bauprojekten zu Handen der Baubewilligungsbehörden abzugeben oder diese auf allfällige Probleme aufmerksam zu machen. Falls Behörden oder Dienststellen indessen ihr Beschwerderecht gemäss § 207 Abs. 1 lit. b PBG wahren wollen, müssen sie, wie dargelegt, gegen ein Baugesuch formell Einsprache einreichen. Nur so lassen sie gegenüber der Baubewilligungsbehörde und dem Gesuchsteller keine Zweifel darüber aufkommen, dass sie das Baugesuch als mangelhaft erachten und nicht gewillt sind, den Mangel hinzunehmen. Im Sinne eines Zwischenergebnisses ist mithin der Umkehrschluss zu ziehen, dass eine Behörde oder Dienststelle, die gegen ein Baugesuch keine Einsprache geführt hat, das Recht auf eine Verwaltungsgerichtsbeschwerde, mit den oben dargestellten Ausnahmen, verwirkt hat. Dem steht nicht entgegen, dass die Einsprache- und Beschwerdebefugnis der Dienststellen durchaus eine «aufsichtsähnliche» Funktion hat. Das Verwaltungsgericht ist indessen keine Aufsichts- sondern ausschliesslich Rechtsmittelbehörde. Die eigentliche Aufsichtsfunktion im Rahmen des PBG kommt nach der Regelung des PBG dem Regierungsrat zu (§ 208 Abs. 1 PBG). Dieser kann denn auch aus wichtigen Gründen ausserhalb eines Beschwerdeverfahrens eingreifen, sei es von Amtes wegen oder auf Gesuch hin, allenfalls somit auch auf Anzeige einer Dienststelle (§ 116 Abs. 2 VRG). Es ist daher folgerichtig, dass Dienststellen, welche höchstens eine aufsichtsrechtliche Hilfsfunktion ausüben, nur im Rahmen formalisierter Verfahren ihre Parteistellung einnehmen können.