Aus den Erwägungen:
Gemäss § 201 Abs. 1 PBG erlischt die Baubewilligung, wenn die Baute oder Anlage nicht innerhalb Jahresfrist, vom Tag des Eintritts der Rechtskraft der Baubewilligung oder im Fall einer Zivilklage vom Tag der rechtskräftigen Erledigung an gerechnet, begonnen wird (lit. a). Ferner erlischt die Baubewilligung, wenn die Bauarbeiten unterbrochen wurden und innerhalb einer vom Gemeinderat festzusetzenden Frist nicht vollendet werden (§ 201 Abs. 1 lit. b PBG). Das luzernische Recht kennt sodann die Möglichkeit einer befristeten Verlängerung der Geltungsdauer einer Baubewilligung. Gemäss § 201 Abs. 2 PBG kann der Gemeinderat auf Gesuch die Gültigkeit einer Baubewilligung, wenn keine öffentlichen Interessen entgegenstehen, um längstens ein Jahr erstrecken, sofern sich weder am bewilligten Projekt noch in dessen nächster Umgebung, noch an den einschlägigen Bau- und Nutzungsvorschriften etwas wesentliches geändert hat. Das Gesuch ist vor Ablauf der Jahresfrist gemäss § 201 Abs. 1 lit. a PBG zu stellen. Diese Lösung begünstigt den Gesuchsteller, zumal die Erstellung einer Baute den Anstössern meist spürbare Immissionen sowie andere Nachteile tatsächlicher Art bringt. Damit das Interesse von Öffentlichkeit und Nachbarn an der baldigen Klärung der Sachlage nicht allzu stark beeinträchtigt wird, ist bei der Beurteilung des Untergangs einer Baubewilligung im Rahmen des Gesetzes grundsätzlich eine gewisse Strenge am Platz (vgl. Mäder, a. a. O., N 405). Zwischen der rechtskräftigen Erledigung der Baubewilligung und der Inangriffnahme der Bauarbeiten besteht ein Schwebezustand, indem die Baubefugnis zwar bestandesfest, aber doch von der Verwirkung bedroht ist. Zur Rechtsnatur der in § 201 Abs. 1 und 2 PBG verankerten Fristen äussert sich das Gesetz nicht. Auch die Botschaft zum PBG schweigt sich darüber aus (Botschaft des Regierungsrates an den Grossen Rat zu einem Entwurf eines Planungs- und Baugesetzes, in: Verhandlungen des Grossen Rates 1986, S. 797). Auch den übrigen Materialien lässt sich zu dieser Frage nichts entnehmen. Wie bei verwandten Regelungen ist davon auszugehen, dass es sich hier um eine Verwirkungsfrist handelt (vgl. Zimmerlin, Kommentar zum Baugesetz des Kantons Aargau, Aarau 1985, N 2 zu § 154; Leutenegger, Das formelle Baurecht der Schweiz, 2. Aufl. 1978, S. 324). Hat einmal die Frist zu laufen begonnen, ist ein Stillstand oder eine Unterbrechung ausgeschlossen, und nach Ablauf der im Gesetz erwähnten Zeitspanne verfällt die Baubewilligung (Mäder, a. a. O., N 405).
a) Am 8. September 1988 erteilte der Gemeinderat dem damaligen Eigentümer des Baugrundstückes die Baubewilligung für ein Büro- und Wohngebäude sowie für zwei Lagerhäuser. Die Baubewilligung verknüpfte er mit verschiedenen Nebenbestimmungen. Unter Ziffer 2.3 der «besonderen Bedingungen und Bemerkungen» hielt die Baubewilligungsbehörde Folgendes fest: «Die Farbwahl für die Fassaden und die Bepflanzung des Betriebsareals haben nach Absprache mit dem Gemeinderat und der Amtsstelle für Natur- und Heimatschutz des Kantons Luzern zu erfolgen. Mit der Gemeindekanzlei ist diesbezüglich rechtzeitig Verbindung aufzunehmen.» Gegen diese Baubewilligung führten u.a. die Eheleute X beim Regierungsrat Verwaltungsbeschwerde sinngemäss mit dem Antrag, die Baubewilligung sei aufzuheben. Mit Entscheid vom 19. Juni 1992 wies der Regierungsrat diese Beschwerde zur Hauptsache ab. Bei der Behandlung der Verwaltungsbeschwerde setzte sich der Regierungsrat u.a. auch mit der Farbgebung und der Bepflanzung des Betriebsareals auseinander. In Erwägung Ziffer 4.1 seines Entscheides vom 19. Juni 1992 hielt er dazu Folgendes fest: «Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid im Zusammenhang mit der Erledigung einer Einsprache des Landschaftsschutzverbandes festgestellt, das geplante Bauvorhaben entspreche den provisorischen Bau- und Nutzungsvorschriften, welche der Regierungsrat mit Entscheid vom 31. Januar 1986 (Planungszone) erlassen habe. Bei der Farbgebung der Fassaden und der Bepflanzung des Betriebsareals hat sich die Vorinstanz zusammen mit dem Amt für Natur- und Landschaftsschutz das volle Mitspracherecht vorbehalten. Folglich verfügte die Vorinstanz in Ziff. 2.3 des angefochtenen Entscheids, die Farbwahl für die Fassaden und die Bepflanzung des Betriebsareals hätten nach Absprache mit dem Gemeinderat und dem Amt für Natur- und Landschaftsschutz zu erfolgen. Damit hat die Vorinstanz den Vorschriften der regierungsrätlichen Planungszone und damit auch dem planerischen Spannungsverhältnis zwischen der Industriezone und der damaligen Schutzzone im Rahmen der geltenden Vorschriften Rechnung getragen. Allerdings hätte die Vorinstanz in der verfügten Auflage Ziff. 2.3 ergänzend festhalten müssen, dass der gemeinderätliche Entscheid über die Farbgebung und die Bepflanzung des Betriebsareals in einem normalen Baubewilligungsverfahren mit Einsprachemöglichkeit zu fällen ist. Der ausserordentliche Weg des nachträglichen Entscheides über öffentlich-rechtliche Vorschriften darf nämlich nicht dazu führen, dass die Beschwerdeführer in ihren Rechten verkürzt werden, d.h. keine Gelegenheit erhalten, ihre Rechte allenfalls durch Einsprache zu wahren (Verwaltungsgerichtsurteil vom 21. Oktober 1991 i. S. J. Erw. 13). Die Auflage Ziff. 2.3 ist daher dahin zu ergänzen, dass der gemeinderätliche Entscheid über die Farbgebung und die Bepflanzung des Betriebsareals in einem normalen Baubewilligungsverfahren mit Einsprachemöglichkeit zu fällen ist.» In diesem Sinne hielt der Regierungsrat in seinem Rechtsspruch Ziffer 1 u.a. fest: «Der Entscheid des Gemeinderates über die Farbgebung und die Bepflanzung des Betriebsareals hat in einem ordentlichen Baubewilligungsverfahren zu erfolgen.» Dieser Entscheid blieb unangefochten. Die Bauherrschaft unterbreitete dem Gemeinderat in der Folge einen Bepflanzungsplan mit einer Pflanzenliste. Als Fassadenfarbe wurde RAL 3004 (P3 Montanacolor) gewählt. Der Gemeinderat legte das Gesuch betreffend die Farbgebung und die Bepflanzung öffentlich auf; Einsprache wurden dagegen keine erhoben. Mit Verfügung vom 16. Dezember 1992 erteilte der Gemeinderat die Bewilligung hinsichtlich Farbgebung und Bepflanzung. Dieser Entscheid blieb unangefochten.
b) Aus dem dargelegten Ablauf der Verfahren ergibt sich, dass die Bewilligung für das Bauvorhaben auf dem Baugrundstück - abgesehen von der Farbgebung und der Bepflanzung der Umgebung - mit dem unangefochtenen Beschwerdeentscheid des Regierungsrates nach dem 19. Juni 1992 in Rechtskraft erwachsen ist. Zudem steht fest, dass zwei Aspekte des Bauvorhabens - die Farbgebung und die Bepflanzung der Umgebung - zum damaligen Zeitpunkt nicht rechtskräftig beurteilt waren. Bei der Farbgebung und der Bepflanzung der Umgebung handelt es sich im Vergleich zum Bauvorhaben nicht um gewichtige Aspekte, welche geeignet gewesen wären, die Realisierbarkeit des Bauvorhabens in Frage zu stellen, sondern offenkundig bloss um Nebenpunkte von untergeordneter Bedeutung. Andernfalls hätten weder die Baubewiligungsbehörde noch der Regierungsrat als Verwaltungsbeschwerdeinstanz die Baubewilligung für die Über-bauung - ungeachtet dieser beiden damals noch offenen Punkte - erteilen bzw. bestätigen können. Es kann auch keine Rede davon sein, dass es dem Gemeinderat bzw. dem Regierungsrat daran gelegen gewesen wäre, diese beiden vorbehaltenen Aspekte zu einer «Bedingung» für die Erteilung der Baubewilligung zu machen, denn diesfalls hätten sie die Baubewilligung bis zur Klärung der Farbgebung und der Umgebungsbepflanzung einstweilen verweigern müssen (vgl. dazu: Zimmerli, Die Baubewilligung: Bedingung und Auflage, in: Unterlagen der Baurechtstagung des Seminars für Schweizerisches Baurecht, Freiburg 1983, S. 7 ff.). Wie dargelegt, verfolgten weder der Gemeinderat noch der Regierungsrat eine derartige Verfahrensweise. Näher zu prüfen ist die Frage, ob die Aspekte Farbgebung und Umgebungsbepflanzung gleich wie «Auflagen» mit der übrigen Baubewilligung verbunden wurden, wie der Beschwerdegegner mit Blick auf seine Argumentationsweise anzunehmen scheint.
Als Auflage wird die mit einer Baubewilligung verbundene behördliche Anordnung bezeichnet, wonach vom Bewilligungsnehmer ein bestimmtes Verhalten (Tun, Unterlassen oder Dulden) gefordert wird. Sie ist - anders als die Bedingung im Rechtssinn - nicht integrierender Bestandteil der Baubewilligung in dem Sinn, dass sie notwendigerweise deren rechtliches Schicksal teilt, sondern selber Verwaltungsakt. Gemeinderat und Regierungsrat haben die Bepflanzung der Umgebung und die Farbgestaltung nicht im Rahmen ein und derselben Baubewilligung behandelt bzw. behandeln wollen, sondern diese beiden Nebenpunkte klarerweise in ein gesondertes Baubewilligungsverfahren verwiesen. Damit folgten sie einer Vorgehensweise, die in der bisherigen Praxis des Verwaltungsgerichts wiederholt als zulässig erklärt worden war (vgl. Urteile A. vom 24.4.1998 und J. vom 21.10.1991 Erw. 13). Es besteht im vorliegenden Verfahren keine Veranlassung, die Rechtmässigkeit dieser Vorgehensweise hinsichtlich der erwähnten Nebenpunkte des Bauvorhabens in Frage zu stellen. Die in der Praxis gesonderte Behandlung der Umgebungsbepflanzung und der Farbgebung macht deutlich, dass diese Aspekte nicht als Bestandteile der Baubewilligung vom 8. September 1988 bzw. 19. Juni 1992 aufgefasst wurden, sondern vielmehr als selbständige «Ergänzungen» gelten sollten, die in einem von der Baubewilligung abgetrennten Verfahren später noch zu beurteilen waren. Unter Ergänzung der Baubewilligung wird in der Lehre eine nachträgliche Hinzufügung von Bestimmungen verstanden. Entsprechende Ergänzungen ändern an der bereits bewilligten Baute nichts (Leutenegger, a. a. O., S. 329). Demzufolge hemmt das nachträgliche Baubewilligungsverfahren betreffend Umgebungsgestaltung und Farbgebung den Fristenlauf der Baubewilligung ebensowenig wie die nachträglichen Projektänderungen (dazu: Zaugg, Kommentar zum Baugesetz des Kantons Bern, Bern 1987, N 4 zu Art. 42). Aus dem Gesagten ergibt sich, dass die Geltungsdauer der Baubewilligung - entgegen der Auffassung des Beschwerdegegners und der Vorinstanz - ca. am 20. Juli 1992 und nicht erst mit der Rechtskraft der zu einem späteren Zeitpunkt erteilten weiteren Baubewilligung betreffend die Farbgebung und die Umgebungsbepflanzung (16. Dezember 1992) zu laufen begann.
c) Wie bereits erwähnt, erlischt die Baubewilligung, wenn die bewilligten Bauten nicht innerhalb einer Jahresfrist, vom Tage des Eintritts der Rechtskraft der Baubewilligung an gerechnet, begonnen werden (§ 201 Abs. 1 lit. a PBG). Anhaltspunkte dafür, dass innerhalb der erwähnten Verwirkungsfrist mit Bauarbeiten begonnen worden wäre, werden weder vom Beschwerdegegner noch von der Vorinstanz behauptet. Auch den Akten sind keine Anhaltspunkte zu entnehmen, die auf Bauarbeiten innerhalb der Geltungsdauer der Baubewilligung hindeuten könnten. Den Akten ist ferner zu entnehmen, dass die Rechtsvorgänger des Beschwerdegegners vor Ablauf der Geltungsdauer der Baubewilligung kein Gesuch um eine Erstreckung im Sinne von § 201 Abs. 2 PBG gestellt hatten. Bei dieser Sach- und Rechtslage ist festzuhalten, dass die Baubewilligung vom 8. September 1988 bzw. 19. Juni 1992 als erloschen zu gelten hat. Die gegenteilige Auffassung des Beschwerdegegners und der Vorinstanz findet im Gesetz keine Stütze.