Aus den Erwägungen:
Im luzernischen Recht ist das Ortsplanungsverfahren in den §§ 61-64 PBG geregelt. Im vorliegenden Verfahren interessieren die Bestimmungen, welche die Behandlung der Einsprache zum Gegenstand haben. Der massgebliche § 62 PBG hat folgenden Wortlaut: «Der Gemeinderat prüft die Einsprachen und versucht, sich mit den Einsprechern zu verständigen (Absatz 1). Hat die Verständigung wesentliche Änderungen zur Folge, ist das Einspracheverfahren für betroffene Dritte zu wiederholen (Absatz 2). Kann die Einsprache nicht gütlich erledigt werden, teilt der Gemeinderat dem Einsprecher mit, warum er den Stimmberechtigten die Abweisung der Einsprache beantragen werde (Absatz 3).»
b) Im vorliegenden Fall stellt sich die Frage, ob der Gemeinderat zuständig ist, eigens einen Entscheid über eine Einsprache zu fällen, von der er überzeugt ist, dass diese materiell nicht zu beurteilen sei, weil eine formelle Voraussetzung für ein Eintreten auf die Einsprache fehle.
Zunächst kann nicht gesagt werden, der Wortlaut von § 62 PBG beantworte die gestellte Frage. So spricht sich der Text von § 62 Abs. 3 PBG lediglich ausdrücklich darüber aus, dass nicht der Gemeinderat, sondern die Gemeindeversammlung über eine umstrittene Zonenzuordnung Beschluss zu fassen hat. Die im vorliegenden Fall interessierende Frage, ob die Gemeindeversammlung auch über eine Prozessvoraussetzung für eine Einsprache befinden kann, lässt sich dem Gesetzestext nicht unmittelbar entnehmen. Insofern kann diesbezüglich nicht von einer klaren Norm gesprochen werden. Ist der Gesetzestext aber nicht klar und sind verschiedene Auslegungen möglich, so muss nach seiner wahren Tragweite gesucht werden unter Berücksichtigung aller Auslegungselemente, namentlich des Zwecks, des Sinnes und der dem Zweck zugrunde liegenden Wertung. Wichtig ist ebenfalls der Sinn, der einer Bestimmung im Kontext zukommt (vgl. BGE 122 III 325 Erw. 7a, 122 V 364 Erw. 4a, 121 III 224 Erw. 1d/aa, 117 Ia 331 Erw. 3a, 117 III 45 Erw. 1, 117 V 5 Erw. 5a, je mit Hinweisen; Rhinow/Krähenmann, Schweizerische Verwaltungsrechtsprechung, Ergänzungsband, Nr. 21 B IV). Beizufügen bleibt, dass es hier um die Auslegung von Verfahrensrecht geht. Wohl untersteht die Auslegung des Verfahrensrechts grundsätzlich den gleichen Regeln wie die Interpretation öffentlich-rechtlicher Normen allgemein. Es ist aber zu beachten, dass die enge Verbindung zwischen Prozessrecht und materiellem Recht Auswirkungen auf die Auslegung des Prozessrechts hat. Weil Verfahrensrecht im Dienste des materiellen Rechts steht, ist bei der Auslegung diejenige Lösung vorzuziehen, die der besseren Verwirklichung des materiellen Rechts dient (BGE 123 III 218). Alsdann bleibt anzumerken, dass Form- und Verfahrensbestimmungen nicht allzu interpretiert werden dürfen (Rhinow/Koller/Kiss, Öffentliches Prozessrecht und Justizverfassungsrecht des Bundes, Basel 1995, N 16).
c/aa) Eine Durchsicht der Materialien zeigt, dass die Frage nach der Kompetenz des Gemeinderates zu Entscheiden im Rahmen von Ortsplanungsverfahren offenbar nie ausdrücklich angesprochen wurde. Den Materialien kann denn auch nichts Substantielles für eine Klärung der aufgeworfenen Zuständigkeitsfrage entnommen werden. Für eine Zuständigkeit des Gemeinderates mag sprechen, dass die Gemeindeversammlung grundsätzlich nicht als das geeignetste Forum betrachtet werden kann, welches über prozessuale Fragen wie Fristwahrung, Legitimation oder andere formale Aspekte befinden sollte, denn bei der Gemeindeversammlung stehen zweifellos Sachentscheide im Vordergrund und nicht eher «doktrinäre» Auseinandersetzungen über formelle Vorfragen zu Sachabstimmungen (vgl. zum Ganzen: Winzeler, Die politischen Rechte des Aktivbürgers nach schweizerischem Bundesrecht, Basel 1983, S. 96). Dennoch sprechen gewichtigere Gründe gegen eine Zuständigkeit des Gemeinderates zum Erlass von Verfügungen über Prozessvoraussetzungen zu Einsprachen, die der Sache nach der Gemeindeversammlung unterliegen. Ein Blick auf die Entwicklung der jüngeren bundesgerichtlichen Rechtsprechung legt nahe, insbesondere im Bereich der Rechtspflege sachlich zusammenhängende Fragen gemeinsam zu behandeln. Die Aufspaltung von Streit- und Anfechtungsgegenstand bzw. von formellen und materiellen Rechtsfragen mit der daran anknüpfenden Zweiteilung des Rechtsmittelwegs passt nicht zur gesamtheitlichen Optik (Stichworte: Koordination / Einheit der Materie), die in besonderer Weise auch im Bereich der Raumplanung verfolgt werden muss. Eine Aufspaltung würde den prozessualen Grundsatz, sachlich eng zusammenhängende Fragen ins gleiche Rechtsmittelverfahren zu verweisen, aufweichen (vgl. Karlen, Verwaltungsrechtspflege gegen Raumpläne, in: recht 1997, S. 134 mit Hinweisen).
bb) Im Lichte dieser Überlegung erscheint es naheliegend und sachgerecht, dem Gemeinderat (neben der Gemeindeversammlung) keine gesonderte Zuständigkeit zum Erlass von Verfügungen im Rahmen eines Ortsplanungsverfahrens zuzugestehen. Vielmehr soll die Gemeindeversammlung (oder allenfalls das Gemeindeparlament) nicht bloss über die materielle Zuordnung von Grundstücken zu den diversen Zonenarten Beschluss fassen können, sondern - kraft des Sachzusammenhangs - auch über (prozessuale) Vorfragen zu entsprechenden Einsprachen. Damit ist auch eine sachgerechte Information der Gemeindeversammlung über alle Einwendungen gegen den Ortsplanungsentwurf sichergestellt, zumal die Teilnehmer einer Gemeindeversammlung von sich aus Anträge von Einsprechern aufnehmen können, auf die aus prozessualen Gründen nicht eingetreten werden kann. Schliesslich ist mit der Zuständigkeit der Gemeindeversammlung auch ein einheitlicher Rechtsmittelzug gewährleistet, können doch deren Beschlüsse vorerst mit Verwaltungsbeschwerde beim Regierungsrat anhängig gemacht werden, während Verfügungen des Gemeinderates direkt beim Verwaltungsgericht anzufechten wären. Dem Gemeinderat seinerseits verbleibt somit lediglich die Kompetenz, der Gemeindeversammlung Antrag auf Nichteintreten auf eine Einsprache zu stellen, falls er die Auffassung vertritt, dass Prozessvoraussetzungen für eine Einsprache gegen eine Zonenzuordnung nicht gegeben sein sollten.
cc) Nach dem Gesagten erachtete sich der Gemeinderat zu Unrecht für zuständig, den angefochtenen Nichteintretensentscheid zu fällen. Dieser Entscheid verletzt damit die zwingend zu beachtende Zuständigkeitsordnung, weshalb er aufzuheben ist. Bei diesem Ausgang des Gerichtsverfahrens erübrigt es sich, zu den weiteren Anträgen der Beschwerdeführerin Stellung zu nehmen. Insbesondere wird es Aufgabe der Gemeindeversammlung sein, über die Frage der Einhaltung der Einsprachefrist Beschluss zu fassen. Dem Gemeinderat sollte es möglich sein, in den Abstimmungsunterlagen die Stimmberechtigten darüber zu orientieren und seinen Antrag hiezu zu formulieren. Damit muss es vor Verwaltungsgericht zurzeit sein Bewenden haben.