Aus den Erwägungen:
a) Gemäss Art. 11 Abs. 1 Satz 1 OHG können Opfer einer in der Schweiz verübten Straftat im Kanton, in dem die Tat verübt wurde, eine Entschädigung oder Genugtuung geltend machen. Das Opfer hat Anspruch auf eine Entschädigung für den durch die Straftat erlittenen Schaden, wenn sein Einkommen das Dreifache des Grenzbetrages nach den Artikeln 2-4 des Bundesgesetzes vom 19. März 1965 über Ergänzungsleistungen zur Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung (ELG) nicht übersteigt. Massgebend ist das voraussichtliche Einkommen nach der Straftat (Art. 12 Abs. 1 OHG). Dem Opfer kann unabhängig von seinem Einkommen eine Genugtuung ausgerichtet werden, wenn es schwer betroffen ist und besondere Umstände es rechtfertigen (Abs. 2). Opfer nach diesem Gesetz ist jede Person, die durch eine Straftat in ihrer körperlichen, sexuellen oder psychischen Integrität unmittelbar beeinträchtigt worden ist (Art. 2 Abs. 1 OHG). Dem Opfer gleichgestellt sind, u.a. bei der Geltendmachung von Entschädigung und Genugtuung (Art. 11-17), der Ehegatte des Opfers, dessen Kinder und Eltern sowie andere Personen, die ihm in ähnlicher Weise nahestehen, soweit ihnen Zivilansprüche gegenüber dem Täter zustehen (Abs. 2).
b) Die Beschwerdeführer stellen sich auf den Standpunkt, dass es sich beim Verein zum Schutz misshandelter Frauen um eine andere Person im Sinn von Art. 2 Abs. 2 OHG handelt, die dem Opfer in ähnlicher Weise nahesteht, wie dessen Ehegatte oder die Kinder und damit dem Opfer bei der Geltendmachung von Entschädigung und Genugtuung (Art. 11-17 OHG) gleichgestellt ist. Daraus wird ein Anspruch des Vereins gemäss Art. 12 OHG auf Ersatz des Schadens, welcher ihm durch die Schliessung des Frauenhauses erwachsen ist, abgeleitet. Bei den anspruchsberechtigten Dritten müsse es sich nicht notwendigerweise um natürliche Personen, sondern es könne sich dabei wie im konkreten Fall um eine juristische Person handeln, die sich in besonderer Weise um das Opfer kümmere bzw. mit ihm in besonderer Weise verbunden sei. Diese Voraussetzung sei im Verhältnis zwischen den betroffenen Frauen und Kindern (als Opfer) und dem Verein zum Schutz misshandelter Frauen insofern erfüllt, als der Verein als Träger des Frauenhauses sich der Anliegen psychisch und physisch misshandelter Frauen und ihrer Kinder, die vorliegend Opfer der Straftat geworden seien, annehme und ihnen daher besonders nahestehe. Dem Verein zum Schutze misshandelter Frauen stehe gegenüber dem Todesschützen bzw. dessen Erben zudem eine Zivilforderung zu.
Dieser Argumentation kann nicht gefolgt werden. Mit der Vorinstanz ist festzustellen, dass es nicht die Absicht des Gesetzgebers war, juristische Personen dem Opfer oder andern Personen, die dem Opfer in ähnlicher Weise nahestehen (Art. 2 Abs. 2 OHG; «indirekte Opfer»), gleichzustellen. In der Botschaft zu einem Bundesgesetz über die Hilfe an Opfer von Straftaten (Opferhilfegesetz, OHG) und zu einem Bundesbeschluss über das Europäische Übereinkommen über die Entschädigung für Opfer von Gewalttaten vom 25. April 1990 umschrieb der Bundesrat den im heutigen Art. 2 Abs. 2 OHG erfassten Kreis der neben dem Opfer selbst berechtigten Personen mit: Ehepartner, Kinder, Eltern sowie alle Personen, welche mit dem Opfer im konkreten Fall in vergleichbar enger Beziehung wie die erwähnten Verwandten stehen (z.B. Geschwister, Lebensgefährtinnen oder -gefährten, enge Freundinnen oder Freunde) (BBl 1990 II 978). Daraus erhellt, dass der Gesetzgeber an Personen dachte, zu denen eine persönliche, emotional enge Beziehung besteht, womit juristische Personen zum vornherein ausser Betracht fallen. Gemäss Kommentar zum Opferhilfegesetz (S. 53) ist bei «indirekten» Opfern, denen ein Entschädigungsanspruch zusteht, in erster Linie an Personen zu denken, die einen Versorgerschaden erlitten haben oder einen eigenen Anspruch auf Genugtuung gegenüber dem Täter besitzen. Die bundesgerichtliche Rechtsprechung über den Kreis der Anspruchsberechtigten bei einem Versorgerschaden und einer Genugtuung liesse sich heranziehen (BGE 112 II 122). Von juristischen Personen war denn auch in der Botschaft nie die Rede. Diese bundesrätliche Fassung wurde vom Parlament ohne Diskussion in das Gesetz übernommen (vgl. dazu auch Kommentar zum Opferhilfegesetz, S. 52f.).
c) Nach dem Gesagten steht fest, dass der Verein zum Schutz misshandelter Frauen keine dem Opfer gleichgestellte Person im Sinne von Art. 2 Abs. 2 OHG darstellt, womit ihm kein Anspruch auf Entschädigung oder Genugtuung zusteht.