Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde richtete sich gegen den Entscheid des Vorgesetzten des Beschwerdeführers, diesen im Rahmen einer Reorganisation der Dienststelle in eine tiefere Funktionskette und damit in eine tiefere Lohnklasse einzustufen.
Aus den Erwägungen:
1.- a) Der Beschwerdeführer untersteht als Angestellter des Kantons Luzern der kantonalen Personalgesetzgebung (§ 1 lit. a PG). Personalrechtliche Entscheide, mit denen ein Arbeitsverhältnis umgestaltet wird, können direkt mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde angefochten werden (§ 70 Abs. 1 PG). Eine solche Umgestaltung liegt vor, wenn ein wesentlicher Bestandteil des Arbeitsverhältnisses verändert wird und diese Veränderung nicht im beidseitigen Einvernehmen erfolgt (§ 12 Abs. 1 PG). Zu den wesentlichen Bestandteilen gehört unter anderem der Lohn unter Vorbehalt der besoldungsrechtlichen Bestimmungen (§ 12 Abs. 2 PG).
b) Mit dem Entscheid der Dienststelle Z vom 25. April 2006 wurde der Beschwerdeführer von der Lohnklasse 14 in die Lohnklasse 13 versetzt. Das Jahresgehalt von Fr. x erfuhr dabei zwar keine Änderung. Da dieses aber über dem betraglichen Maximum der Lohnklasse 13 liegt, hat dies zur Folge, dass der Beschwerdeführer im Rahmen der jährlichen individuellen Besoldungsanpassungen (IBA) bis auf weiteres keinen Anspruch auf Angleichung seines Gehaltes an die Kaufkraft hat. Er macht denn auch geltend, dass ihm diese Rückstufung in die Lohnklasse 13 sämtliche Chancen auf eine lohnmässige Entwicklung nehme, da seine gegenwärtige Jahresbesoldung um x % über dem Lohnklassenmaximum der Klasse 13 liege. Aus dieser Rückstufung erwachse ihm deshalb in den nächsten Jahren eine Lohneinbusse von einigen Tausend bis einigen Zehntausend Franken.
Die Vorinstanz stellt das Ausmass der vom Beschwerdeführer geltend gemachten Lohneinbusse in Frage. Die allfällige Einbusse beschränke sich auf die mögliche generelle Anpassung der Teuerung, was beim hohen Lohnniveau des Beschwerdeführers als verkraftbar zu bezeichnen sei. Offenkundig - und dies wird auch nicht bestritten - ist jedoch, dass durch das "Einfrieren" auf dem aktuellen Niveau der künftige Lohnanspruch durch den angefochtenen Entscheid tangiert wird. Damit wird der Lohn als wesentlicher Bestandteil des Arbeitsvertrages und mithin auch die Rechtsstellung des Beschwerdeführers (§ 2 lit. e PG) berührt, womit von einer Umgestaltung seines Arbeitsverhältnisses auszugehen ist. Das Verwaltungsgericht ist damit für die Anfechtung dieses Entscheides sachlich zuständig.
c) Das Verwaltungsgericht kann hingegen im vorliegenden Verfahren gemäss § 72 Abs. 1 PG nur prüfen, ob der Entscheid rechtswidrig ist und, wenn es diese Frage bejaht, einen entsprechenden Feststellungsentscheid erlassen. Hebt die zuständige Behörde im Falle der Rechtswidrigkeit ihren Umgestaltungsentscheid nicht auf und können sich die Beteiligten danach nicht auf die Höhe des Schadenersatzes einigen (§ 72 Abs. 2 PG), ist ein solcher im Klageverfahren beim Verwaltungsgericht geltend zu machen (§ 75 PG). Folglich ist auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde von vornherein insoweit nicht einzutreten, als damit die Aufhebung des angefochtenen Entscheides beantragt wird. Zu prüfen bleibt indes dennoch, ob die angefochtene Umgestaltung rechtmässig war, ist doch dieses Begehren in den Beschwerdeanträgen ohne Zweifel enthalten.
d) Im Weiteren sind auch die übrigen Voraussetzungen (Frist, Form usw.) nach § 107 VRG erfüllt, womit mit der erwähnten Einschränkung auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde einzutreten ist.
2.- a) Im vorliegenden Verfahren steht dem Verwaltungsgericht umfassende Prüfungsbefugnis zu. Damit kann der Beschwerdeführer nicht bloss die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts sowie die unrichtige Rechtsanwendung rügen, sondern auch die unrichtige Handhabung des Ermessens (§ 70 Abs. 1 PG, § 156 Abs. 1 in Verbindung mit § 144 Abs. 1 VRG). Trotz dieser umfassenden Überprüfungsbefugnis hat das Verwaltungsgericht die staatliche Gewaltenteilung zu beachten, und es darf dabei insbesondere eine nachvollziehbar begründete und vertretbare Ermessensausübung nicht durch seine eigene ersetzen.
b) Das Verfahren vor Verwaltungsgericht ist vom Untersuchungsgrundsatz und der Rechtsanwendung von Amtes wegen beherrscht (§§ 37 und 53 VRG). Diese beiden Grundsätze gelten indessen nicht uneingeschränkt. Sie werden ergänzt durch die verschiedenen Mitwirkungspflichten der Parteien (§ 55 VRG), namentlich durch deren Begründungspflicht (§ 133 Abs. 1 VRG). Zu beachten ist ferner das Rügeprinzip, wonach die Beschwerdeinstanz nicht prüft, ob sich der angefochtene Entscheid unter schlechthin allen in Frage kommenden Aspekten als korrekt erweist, sondern nur die vorgebrachten Beanstandungen untersucht (vgl. zum Ganzen: LGVE 1994 II Nr. 10 Erw. 1c mit Hinweisen)
3.- a) Die Dienststelle Z entstand in der heutigen Ausgestaltung im Rahmen der Umsetzung der Departementsreform 2003, mit welcher die sieben Departemente des Kantons Luzern auf fünf reduziert wurden. Im Wesentlichen setzt sie sich aus den früheren Organisationseinheiten W, X und Y zusammen. Offenbar wurde die Dienststelle vorerst mit sechs Abteilungen geführt, wobei der hier interessierende Bereich X aus den zwei Abteilungen "Xb" und "Xa" bestand. Der Beschwerdeführer wurde dabei in die Abteilung "Xa" und als Stellvertreter des damaligen Abteilungsleiters eingeteilt. Die Geschäftsleitung der Dienststelle hat jedoch bereits im Januar 2005 entschieden, nach 2006, wenn einige wichtige Personen der Dienststelle nicht mehr tätig seien, sich auf drei Fachabteilungen (X1, W1, Y1) und eine Dienstabteilung (Zentrale Dienste) zu beschränken (vgl. vorinstanzl. Bel. 5, "Ergebnisse der Z-Geschäftsleitungsklausur vom 27. und 28.1.2005 (...)", S. 2 unten). Diese Abteilungen werden ab 1. Januar 2007 unterteilt in Fachbereiche, so die Abteilung X1 in die Fachbereiche "X1a", "X1b" sowie "X1c" (Vernehmlassung S. 1 Ziff. A.; vorinstanzl. Bel. 7). Der Beschwerdeführer arbeitet im Fachbereich "X1a".
b) Die Leitung der Dienststelle Z führt im angefochtenen Entscheid aus, dass sie im Zusammenhang mit der Umstrukturierung alle ihre Arbeitsverhältnisse hinsichtlich Aufgaben, Kompetenzen, Verantwortung und hierarchische Eingliederung überprüft und - wo notwendig - unter Berücksichtigung der besoldungsrechtlichen Bestimmungen an die neuen organisatorischen Gegebenheiten angepasst habe. Es seien dabei 28 Arbeitsverhältnisse umgestaltet worden, wobei sich diese Umgestaltung in Bezug auf die Zuordnung und die Gehaltsperspektiven nur für acht Ingenieure nachteilig auswirke. Von diesen habe nur der Beschwerdeführer den gerichtlichen Weg beschritten. Die Zuordnung in eine neue Lohnklasse erfolge einzig aus Gründen der Organisation und nicht etwa der Leistung. Beim Beschwerdeführer handle es sich um einen überdurchschnittlich fähigen Mitarbeiter. Die neue Organisation habe aber Auswirkungen auf seine berufliche Tätigkeit, insbesondere in Bezug auf seine Aufgabe der Führungsunterstützung. Der Beschwerdeführer gehöre keiner Führungsebene an und übe keine Führungsfunktion aus, womit seine Zuordnung in die Funktionskette "Spezialisierte Fachbearbeitung" korrekt sei (Vernehmlassung Ziff. D). Der im Stellenbeschrieb vom 6. Januar 2005 als unterstellter Mitarbeiter genannte technische Sachbearbeiter sei verstorben. Weiter werde der Beschwerdeführer darin noch als Stellvertreter des Abteilungsleiters aufgeführt. Dieser Stellenbeschrieb sei aber anzupassen: Neu sei er dem Leiter eines Fachbereichs unterstellt. Damit sei der Beschwerdeführer in der Hierarchie eine Stufe nach unten gerückt, was auf die Sachgeschäfte kaum Einfluss habe. Hingegen habe er eine andere Stellung in der Verantwortlichkeitskaskade, und seine Kompetenzen seien geringer.
Der Beschwerdeführer macht demgegenüber geltend, sein Stellenbeschrieb vom Januar 2005 habe nach wie vor Gültigkeit, und er sei gemäss diesem nicht "bloss" ein Ingenieur-Fachspezialist, sondern auch stellvertretender Abteilungsleiter. Gemäss dem Dienststellenleiter gehörten nun aber gerade Abteilungsleiter in die Funktionskette "Leitung spezialisierter Fachbereich" (Lohnklasse 13 - 16). Er sei im Rahmen der Einführung der neuen BVO per 1. Januar 2003 mit Schreiben vom 24. März 2003 in die Lohnklasse 14 eingestuft worden. Mit Schreiben vom 15. Dezember 2005 sei die Richtigkeit dieser Einstufung bestätigt worden. Da sich seine Aufgabe nicht verändert habe, fehle es an der Voraussetzung für eine Änderung der Gehaltseinreihung.
c) Der instruierende Richter hat mit Schreiben vom 16. August 2007 von der Leitung der Dienststelle Z die Zustellung des aktuellen Stellenbeschriebes verlangt. In ihrem Antwortschreiben vom 20. August 2007 erklärt diese, der direkte Vorgesetzte des Beschwerdeführers habe bisher auf eine Anpassung des Stellenbeschriebes verzichtet, weil er das Ergebnis des hängigen Gerichtsverfahrens abwarten wolle. Dieses Vorgehen sei vertretbar, weil der Stellenbeschrieb bezüglich Aufgaben gleich bleibe, mit Ausnahme der Stellvertreterfunktion und der Unterstellung von Mitarbeitenden, die nicht mehr in dieser Art bestünden. Dieses Schreiben des Dienststellenleiters veranlasste nun wiederum den Beschwerdeführer, in einem Brief vom 4. September 2007 darauf hinzuweisen, dass er entgegen der Darstellung der Vorinstanz nach wie vor der Stellvertreter seines Vorgesetzten (Fachleiter C) sei und er die Leitung des Fachbereiches übernehme, wenn dieser abwesend sei. Da C, der seit dem 1. Januar 2007 den Fachbereich führe, kein Spezialist im Bereich x sei, bereite er die entsprechenden Entscheide vor. Sein Vorgesetzter überlasse ihm die fachliche Beurteilung vollständig. Folglich habe er seit dem 1. Januar 2007 tendenziell mehr Verantwortung. Es sei einzig die frühere Abteilung in einen Fachbereich umgewandelt worden. Diese rein organisatorische Massnahme in der Struktur der Dienststelle rechtfertige keine Umgestaltung, weil sich seine konkrete Arbeit und die damit verbundene Verantwortung nicht verändert habe.
Der Leiter der Dienststelle hat nach entsprechender Rückfrage des Gerichts festgehalten, dass der Beschwerdeführer nur eine fachliche Stellvertretungsfunktion ausübe. Diese beinhalte weder eine umfassende Unterschriftsberechtigung noch die Führung von Mitarbeitenden. In der Dienststelle werde generell die rechtsverbindlich relevante Stellvertretung des Fachleiters (Unterschriftsberechtigung, Führung der Mitarbeitenden) durch den vorgesetzten Abteilungsleiter ausgeübt. Der Beschwerdeführer bereite wie die übrigen Projektleiter in seinem geografisch begrenzten Zuständigkeitsgebiet Entscheide vor, was der Funktionskette "Spezialisierte Fachbearbeitung" der Lohnklasse 13 entspreche (Schreiben vom 13.9.2007 [irrtümlich mit 20. August 2007 datiert] und 14.9.2007).
d) aa) Die neue Einstufung des Beschwerdeführers in die Lohnklasse 13 wird sowohl in der angefochtenen Verfügung wie auch in der Vernehmlassung primär mit der Reorganisation der Dienststelle begründet. In der bis Ende 2006 geltenden Aufbauorganisation der Dienststelle Z war der Beschwerdeführer als Projektleiter und Stellvertreter des Leiters der Abteilung "Xa" eingeteilt. Er war folglich echter - d.h. umfassend befugter - Stellvertreter eines Geschäftsleitungsmitgliedes (A) der Dienststelle (vgl. Staatskalender, Ausgabe 2006/2007, S. 22; Stellenbeschrieb (...) vom 6.1.2005).
In dem ab 1. Januar 2007 geltenden Organigramm wird die Abteilung "Xa" neu "nur" noch als Fachbereich (X1a) unter der Abteilung X1 und damit in der Aufbauorganisation hierarchisch eine Stufe tiefer geführt. Selbst wenn der Beschwerdeführer - wie dieser in seiner Eingabe vom 4. September 2007 geltend macht - weiterhin als umfassender (echter) Stellvertreter des ihm überstellten Leiters des Fachbereiches fungiert, ist er durch die Neuorganisation der Dienststelle nicht mehr Stellvertreter eines Abteilungsleiters und damit eines Geschäftsleitungsmitgliedes. Mit der Reorganisation per 1. Januar 2007 ist diese Funktion des (echten) Stellvertreters des Abteilungsleiters und Geschäftsleitungsmitgliedes B an den dem Beschwerdeführer übergeordneten Fachleiter C übergegangen (vorinstanzl. Bel. 9). Der Vorinstanz ist damit zuzustimmen, wenn sie geltend macht, die berufliche Tätigkeit des Beschwerdeführers habe sich insbesondere in Bezug auf seine Aufgabe der Führungsunterstützung verändert. Seine Mitverantwortung als stellvertretender Abteilungsleiter für die strategische und fachliche Führung der Dienststelle ist mit der Reorganisation grösstenteils weggefallen, bzw. sie beschränkt sich neu auf seine Projektleiter- und allfällige Stellvertretungsfunktion im Fachbereich.
bb) Auch eine inhaltliche Überprüfung der Zuteilung des Beschwerdeführers in die Lohnklasse 13 führt zu keinem anderen Resultat. Diese oberste Lohnklasse der Funktionskette "Spezialisierte Fachbearbeitung" ist vorgesehen für Mitarbeiter, die mehrheitlich konzeptionelle Aufgaben unter Vorgabe bereits generell definierter Ziele in einem oder mehreren Fachbereichen wahrnehmen. Dazu gehört die Bearbeitung von sehr anspruchsvollen, komplexen fach- als auch departementsübergreifenden Aufgaben; die anspruchsvolle Beratung, Auskunftserteilung und Verhandlung im Fachbereich mit komplexen Fragestellungen; das Führen von schwierigen Verhandlungen; das Erarbeiten von Expertisen und das Erstellen von komplexen Entscheidungsgrundlagen, aber auch eine sehr hohe Führungsunterstützung für die Leitung einer Abteilung oder Dienststelle und eine fachliche Weisungsbefugnis. Verlangt werden dabei als Ausbildung eine Hochschul-, Fachhochschulausbildung oder ein höherer Fachprüfungsabschluss mit Zusatzwissen, ferner sehr hohe Praxiskenntnisse sowie sehr gute Kenntnisse der Prozesse und Abläufe innerhalb des Departements sowie verwaltungsweit. Demgegenüber ist die Lohnklasse 14 ausschliesslich Leitungsfunktionen vorbehalten (vgl. zum Ganzen: Anhang 1 zur Besoldungsverordnung für das Staatspersonal, S. 25 ff.).
Der Beschwerdeführer begründet nicht, inwiefern die Zuordnung seiner Funktion und Aufgaben in die Lohnklasse 13 nicht sachgerecht wäre. Aus seinem Stellenbeschrieb vom 6. Januar 2005, der in Bezug auf die Aufgabenstellung unbestrittenermassen weiterhin Gültigkeit haben wird, geht hervor, dass er komplexe und sehr anspruchsvolle Aufgaben zu bewältigen hat. Sie übersteigen aber nicht die Anforderungen der Lohnklasse 13.
cc) Die Vorinstanz begründet in ihrer Stellungnahme die Einstufung in die tiefere Lohnklasse auch damit, dass innerhalb der Dienststelle eine gerechte, rechtsgleiche und aufgabengerechte Zuordnung zu einer Funktion bzw. Lohnklasse der Mitarbeiter erreicht werden soll.
Der nächsthöhere Vorgesetzte des Beschwerdeführers ist in die Funktionsgruppe "Leitung Fachbereich" eingeteilt. Diese Funktionskette umfasst die gleichen Lohnklassen wie diejenige der "spezialisierten Fachbearbeitung", nämlich diejenige der Klassen 10 - 13, und ist ebenfalls der Funktionsgruppe II (oberes und mittleres Kader, Fachspezialisten) zugeordnet. Somit ist es zwar möglich, dass der Projektleiter eines Fachbereiches in einer höheren Lohnklasse eingeteilt ist als sein Vorgesetzter. Dies kann bei grosser Praxiserfahrung und/oder umfangreichem Spezialwissen des unterstellten Projektleiters unter Umständen durchaus angezeigt sein. Hingegen erlaubt es die Besoldungsverordnung innerhalb der Funktionsgruppe II nicht, dass ein untergebener Sachbearbeiter eine höhere Lohnklasse erreichen kann, als dies seinem direkten Vorgesetzten in dessen Funktionskette überhaupt möglich ist. Dies erscheint auch sachlogisch, soll doch ein Vorgesetzter, der die gleiche fachliche und soziale Kompetenz sowie Erfahrung aufweist, aber zusätzlich zum vergleichbaren Aufgabenkatalog noch eine Führungsaufgabe zu erfüllen hat, nicht weniger verdienen können als sein unterstellter Mitarbeiter ohne Führungsaufgabe. Die vom Beschwerdeführer geforderte Einstufung in die Lohnklasse 14 würde aber gerade solches ermöglichen, reicht doch die Funktionskette für die Fachleiter, wie erwähnt, ebenfalls nur bis zur Lohnklasse 13. Auch unter Berücksichtigung der Einstufung der Abteilungsleiter - also der Vorgesetzten der Fachbereichsleiter - in die Funktionskette "Leitung spezialisierter Fachbereiche", welche sich über die Lohnklassen 13 - 16, erstreckt, ist die geforderte Einstufung des Beschwerdeführers nicht gerechtfertigt.
dd) Gestützt auf diese Ausführungen erweist sich die Einstufung des Beschwerdeführers in die Lohnklasse 13 der Funktionskette "Spezialisierte Fachbearbeitung" als sachlich gerechtfertigt und der Umgestaltungsentscheid ist diesbezüglich nicht zu beanstanden.
4.- a) Es ist jedoch noch auf Folgendes hinzuweisen: Der Beschwerdeführer macht geltend, er sei Stellvertreter des Leiters der Abteilung Xa. Diese Aussage war offenbar korrekt bis Ende Dezember 2006, d. h. bis zur Zusammenlegung der beiden Abteilungen Xa und Xb zur Abteilung "X1" mit der damit verbundenen Schaffung der Fachbereiche. Der Leiter des Fachbereiches "X1a", C, ist ab 1. Januar 2007 Stellvertreter des Abteilungsleiters X1. Im angefochtenen Umgestaltungsentscheid vom 25. April 2006 wird nicht festgehalten, dass der Beschwerdeführer neu in einem Fachbereich arbeiten und - mit der Einführung der Funktion der Fachleiter - einen neuen Vorgesetzten, der unter dem Abteilungsleiter angesiedelt ist, erhalten wird. Wenn darin ausgeführt wird, dass "der Grund für die beabsichtigte Umgestaltung in der Richtigstellung und Anpassung verschiedener Arbeitsverhältnisse innerhalb der Dienststelle hinsichtlich der mit der Departementsreform einhergehenden geänderten hierarchischen Unterstellungen" liege, ist diese Begründung zuwenig auf den konkreten Fall des Beschwerdeführers zugeschnitten. Dieser rügt demzufolge zu Recht, dass die Begründung des Entscheides zu pauschal ausgefallen sei. Er wusste zwar, dass er nach der Pensionierung seines bisherigen Vorgesetzten A einen neuen Vorgesetzten erhalten wird (Ziff. 6 der Beschwerdeschrift). Trotzdem ging er dabei offenbar immer noch davon aus, dass dieser wiederum Abteilungsleiter und er sein Stellvertreter sein werde. Zwar musste der Beschwerdeführer bereits seit Januar 2005 aufgrund der allen Mitarbeitern der Dienststelle zugestellten "Ergebnisse der Klausur der Z-Geschäftsleitung vom 27. und 28. Januar 2005, (...)" wissen, dass eine Zusammenlegung der beiden Abteilungen Xa und Xb geplant war (vorinstanzl. Bel. 9). Was daraus für seine eigene Funktion und Position folgen würde, geht jedoch weder aus dem angefochtenen Entscheid noch aus den schriftlichen Mitteilungen vom 16. März und vom 4. September 2006 (letztere an die Schlichtungsstelle für Streitigkeiten aus öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnissen) hervor. Hinzu kommt, dass die Stellenbeschreibung des Beschwerdeführers nach wie vor nicht angepasst worden ist und dieser offenbar auch keine neue Wahlurkunde erhalten hat (§ 3 Abs. 2 PG). Unter diesen Umständen leidet der angefochtene Entscheid an einem formellen Mangel, hat doch der von einer Umgestaltung Betroffene im Rahmen des rechtlichen Gehörs Anspruch auf eine schriftliche, sachlich hinreichende Begründung (§ 67 Abs. 1 und 2 PVO in Verbindung mit §§ 110 Abs. 1 lit. c und 112 Abs. 1 VRG).
Der Dienststellenleiter macht allerdings in seiner Vernehmlassung zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde geltend, die Mitarbeiter seien laufend in die Detailplanung über diese Restrukturierung einbezogen und umfassend informiert worden. Diese Behauptung blieb unwidersprochen, und es ist davon auszugehen, dass auch der Beschwerdeführer im Verlaufe der Reorganisation von der neuen - per 1. Januar 2007 - gültigen Struktur der Dienststelle Kenntnis erhalten hat. Dass er diese bereits im Zeitpunkt des angefochtenen Entscheides gehabt hätte, und zwar in einer Weise, die ihm alle Konsequenzen hinsichtlich seiner Funktion und seiner Besoldung im erforderlichen Masse aufzeigten, lässt sich nach Lage der Akten indes nicht ersehen, sodass von einem Begründungsmangel auszugehen ist. Der Beschwerdeführer hat in seiner Eingabe vom 4. September 2007 an das Gericht zu seiner neuen Einordnung in einen Fachbereich Stellung genommen und an seinen Begehren festgehalten. Damit und weil das Verwaltungsgericht im vorliegenden Verfahren über umfassende Überprüfungsbefugnis verfügt (vgl. oben Erw. 2a), steht der erhobene Mangel einer materiellen Beurteilung durch das Gericht nicht im Wege (vgl. dazu: BGE 126 I 72; LGVE 2003 II Nr. 1 Erw. 9 1997 II Nr. 21 Erw. 1d). Auch für eine Feststellung der formellen Rechtswidrigkeit des angefochtenen Entscheides besteht unter den gegebenen Umständen kein Anlass, zumal dem Mangel im Rahmen von § 72 Abs. 2 PG keine Bedeutung beizumessen ist. Die Verletzung der Begründungspflicht ist indes im Rahmen der Kostenverlegung zu berücksichtigen (Albertini, Der verfassungsmässige Anspruch auf rechtliches Gehör im Verwaltungsverfahren des modernen Staates, Diss. Bern 2000, S. 459 ff. und 469 f.; Kneubühler, Die Begründungspflicht, Diss. Bern 1998, S. 36 ff., mit zahlreichen Hinweisen).
b) Auch die künftige Ausgestaltung der Stellvertretungsfunktion des Beschwerdeführers wurde nicht im angefochtenen Entscheid dargelegt, sondern erst im Rahmen der gerichtlichen Sachverhaltsabklärung deutlich. Der Dienststellenleiter Z führte nach einer Anfrage des Gerichtes zur Form der Stellvertretung in seinem Schreiben vom 14. September 2007 aus, der Beschwerdeführer werde lediglich in fachlichen Fragen Stellvertreter von C sein. Die "rechtsverbindlich relevante Stellvertretung des Fachleiters (Unterschriftsberechtigung, Führung der Mitarbeitenden) werde durch den vorgesetzten Abteilungsleiter (B)" ausgeübt.
Diese Begrenzung der Kompetenzen des Beschwerdeführers im Rahmen seiner Stellvertretungsfunktion hat jedoch keinen Einfluss auf die materielle Beurteilung des vorliegenden Falles, lässt sich doch der angefochtene Entscheid nach den obenstehenden Ausführungen auch ohne diese Funktionsänderung halten. Die Fachleiterfunktion ist ebenfalls in die Lohnklassen 10 - 13 eingeteilt, und auch ein echter Stellvertreter kann aus dieser Aufgabe keine höhere Einstufung als die für den von ihm Vertretene beanspruchen.
5.- a) Der Beschwerdeführer rügt weiter eine Verletzung des Gebotes von Treu und Glauben, im Wesentlichen des Verbots widersprüchlichen Verhaltens und des Vertrauensschutzes. Aufgrund der beiden Schreiben vom 24. März 2003 und 15. Dezember 2005 über seine Zuordnung in die Funktion "Leitung spez. Fachbereich" und die Lohnklasse 14 habe er darauf vertrauen dürfen, dass diese Zuordnung definitiv sei (vgl. auch oben Erw. 3b). Sein Interesse an der Beibehaltung des bisherigen Zustandes sei hoch zu bewerten, insbesondere da er schon Jahre unter der im März 2003 zugeteilten Lohnklasse gearbeitet habe. Die Vorinstanz habe deshalb nicht auf die von ihr geschaffenen Vertrauensgrundlage zurückkommen dürfen.
Auch ein Widerruf dieser Verfügungen sei unzulässig, denn die Rechtsgrundlage - die Besoldungsverordnung des Staatspersonals - sei schon seit dem 1. Januar 2003 in Kraft; zudem habe sich seine Aufgabe nicht verändert und seine Verantwortung mit dem Vorgesetztenwechsel sogar noch zugenommen.
b) Der Grundsatz von Treu und Glauben verlangt von Verwaltungsbehörden, dass sie sich gegenüber anderen Behörden und gegenüber Privaten nicht widersprüchlich verhalten. Sie dürfen insbesondere nicht einen einmal in einer bestimmten Angelegenheit eingenommenen Standpunkt ohne sachlichen Grund wechseln (Häfelin/Müller/Uhlmann, Grundriss des Allgemeinen Verwaltungsrechts, 5. Aufl., Zürich 2006, Rz. 707). Zusätzlich verleiht der aus dem gleichen Grundsatz abgeleitete Vertrauensschutz den Privaten einen Anspruch darauf, dass sie in ihrem berechtigten Vertrauen in behördliche Zusicherungen oder in anderes, bestimmte Erwartungen begründendes, Verhalten der Behörden geschützt werden (Häfelin/Müller/Uhlmann, a.a.O., Rz. 627).
Behördliche Verfügungen geniessen eine gewisse Rechtsbeständigkeit. Der Widerruf einer Verfügung fällt daher nur aus wichtigen Gründen (vgl. § 116 VRG), namentlich bei ihrer Fehlerhaftigkeit in Betracht. Diese kann sich im Sinne nachträglicher Fehlerhaftigkeit auch erst im weiteren Verlauf ergeben, wenn seit dem Ergehen der Verfügung eine Änderung der Rechtsgrundlagen oder eine erhebliche Veränderung der tatsächlichen Verhältnisse eingetreten ist. Den Ausschlag für oder gegen den Widerruf (oder die Anpassung) einer Verfügung gibt letztlich eine Interessenabwägung zwischen Rechtssicherheit einerseits und dem Interesse an der richtigen Rechtsanwendung anderseits (vgl. Häfelin/Müller/Uhlmann, a.a.O., Rz. 997 ff. sowie LGVE 1983 II Nr. 1 Erw. 3a und 4a).
c) Der Grund für die Zuordnung des Beschwerdeführers in die tiefere Lohnklasse 13 liegt einerseits in der Reorganisation der Dienststelle und der damit verbundenen hierarchischen Einordnung des Beschwerdeführers in einen Fachbereich, d.h. in eine Organisationseinheit unterhalb einer Abteilung. Wie bereits dargelegt (Erw. 3d/aa) haben sich damit seine Mitverantwortung und seine Kompetenzen in der strategischen und fachlichen Führung der Dienststelle wie auch der Abteilung X1 vermindert. Nicht weniger stark zu gewichten ist die Absicht des Leiters der Dienststelle, im Rahmen der Umsetzung dieser Reorganisation alle seine Mitarbeiter und Mitarbeiterinnen entsprechend ihrer Tätigkeit und Funktion rechtsgleich und sachgerecht zu behandeln. Dass die neue Einstufung sich sowohl inhaltlich korrekt als auch im Vergleich zu den anderen Funktionen innerhalb der Dienststelle als gerecht erweist, wurde bereits ausführlich (vgl. Erw. 3d/aa bis cc) dargestellt. Der sachliche Grund für den angefochtenen Entscheid ist damit gegeben. Zwar wiegen die negativen Folgen für den Beschwerdeführer, welcher über einige Jahre auf eine Erhöhung seines Gehalts verzichten muss, nicht leicht. Andererseits gibt es für die Angestellten des Kantons keinen Rechtsanspruch auf Lohnerhöhungen, auch nicht auf Teuerungsausgleich (vgl. § 32 Abs. 5 PG und § 2 BVO; zum Ganzen Urteil V 03 130 vom 7.9.2004). Diesbezüglich wurden dem Beschwerdeführer mit der Verfügung der Einstufung in die Lohnklasse 14 auch keine festen Zusicherungen gemacht, so dass seine Rüge der Verletzung des Vertrauensschutzes bereits deshalb ins Leere stösst.
Zum Vorwurf, es liege ein unzulässiger Widerruf einer fehlerhaften Verfügung vor, bleibt nach diesen Ausführungen nur noch Folgendes zu ergänzen: Es ist hier nicht zu prüfen, ob die Zuordnung des Beschwerdeführers im März 2003 in die Lohnklasse 14 korrekt erfolgt war. Denn mit der Reorganisation der Dienststelle und dem damit verbundenen Ziel einer funktionsgerechten Lohnklasseneinstufung aller Mitarbeitenden haben sich die tatsächlichen Verhältnisse seit Verfügungserlass erheblich verändert, so dass die Voraussetzungen für einen Widerruf (oder eine Anpassung) einer nachträglich fehlerhaften Verfügung als gegeben erachtet werden können. Der Beschwerdeführer macht endlich zu Recht nicht - zumindest nicht ausdrücklich - geltend, es handle sich bei der Einstufung gemäss den Verfügungen vom 24. März 2003 und 15. Dezember 2005 um ein wohlerworbenes Recht, welches unter einem besonderen Bestandesschutz stehen würde (Häfelin/Müller/Uhlmann, Rz. 1008 und 1591; vgl. ferner: Urteil V 03 130 vom 7.9.2004 mit Hinweisen auf BGE 118 Ia 255 f., 106 Ia 166, 101 Ia 445 Erw. 2a und dort angeführte Entscheide). Dem Beschwerdeführer ist damals keine Zusicherung abgegeben worden, dass er im Sinne eines subjektiven Rechts für alle Zeiten in der betreffenden Lohnklasse bleiben würde. Wesentlich bei der Beurteilung ist zudem, dass mit dem angefochtenen Entscheid das Einkommen des Beschwerdeführers nicht vermindert, sondern im Sinne einer Besitzstandswahrung auf dem aktuellen Stand gleichsam "eingefroren" wird. Damit wird auch seinen Interessen gebührend Rechnung getragen, und es können unter diesen Umständen die Interessen der Verwaltung an einer gerechten und rechtsgleichen Einstufung der Mitarbeiter in der gleichen Dienststelle höher bewertet werden als diejenigen des Beschwerdeführers am Bestand der bisherigen Einreihung und an einer künftigen Lohnerhöhung.
6.- a) Der angefochtene Entscheid erweist sich nach dem Gesagten im Ergebnis als rechtens. Im Rechtsmittelverfahren hat grundsätzlich diejenige Partei die amtlichen Kosten zu tragen, die unterliegt (§ 198 Abs. 1 lit. c VRG). Als unterliegend gilt, wer angesichts des Verfahrensausgangs mit seinen Anträgen nicht durchdringt (Kölz/Bosshart/Röhl, Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich, 2. Aufl., Zürich 1999, N 15 zu § 13). Daher hat der Beschwerdeführer grundsätzlich die amtlichen Kosten zu tragen.
Dabei ist indes zu beachten, dass die Vorinstanz ihrer Begründungspflicht nicht ausreichend nachgekommen ist und damit das rechtliche Gehör verletzt hat (vgl. Erw. 4a hiervor). Amtliche Kosten können dem Kanton nicht auferlegt werden (§ 199 Abs. 1 VRG), dem festgestellten Mangel kann indes mit einer Reduktion des vom Beschwerdeführer zu tragenden Kostenanteils Rechnung getragen werden. Als Folge der Gehörsverletzung ist dem Beschwerdeführer auch eine anteilsmässige Parteientschädigung von Fr. 500.-- zuzusprechen (§ 201 Abs. 2 VRG).
b) Für das zulässige Rechtsmittel an das Bundesgericht ist festzuhalten, dass der Streitwert im vorliegenden Fall mehr als Fr. 15'000.-- beträgt (vgl. Art. 51, 85 Abs. 1 lit. b BGG).