Sachverhalt:
Am 28. September 1994 erteilte der Stadtrat Luzern der Trägerstiftung Kultur- und Kongresszentrum am See die Bewilligung für den Bau des Kultur- und Kongresszentrums Luzern (KKL) am Europaplatz in Luzern. Zugleich eröffnete er u.a. die Bedingungen und Auflagen gemäss Schreiben des Amtes für Umwelt (heute: Dienststelle Umwelt und Energie [uwe]) vom 25. Juli 1994. Das Amt für Umwelt qualifizierte das Dachwasser des KKL damals als unverschmutztes Wasser und stimmte der geplanten Einleitung in den Vierwaldstättersee zu.
Mit Entscheid vom 9. Juni 2006 stellte die Dienststelle uwe nunmehr fest, dass das vom Kupferdach des KKL abfliessende Regenwasser neu als verschmutztes Abwasser beurteilt werde und damit in ihre Zuständigkeit falle. Ausserdem verpflichtete sie die Trägerstiftung, die Möglichkeiten zur Reduktion der Kupferabschwemmung im Rahmen einer Machbarkeitsstudie auf eigene Kosten abzuklären. Über eine Einleitbewilligung und allfällige Sanierungsmassnahmen könne erst entschieden werden, wenn diese Studie vorliege. Gegen diesen Entscheid liess die Trägerstiftung Kultur- und Kongresszentrum am See Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen mit den Anträgen, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben und das Verfahren betreffend Reduktion der Kupferabschwemmung vom Dach des KKL sei vollumfänglich und vorbehaltlos einzustellen.
Im Rahmen ihrer Vernehmlassung vom 7. August 2006 beantragte die Dienststelle uwe die Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, soweit darauf einzutreten sei.
Die Begründung der Anträge ist, soweit sachbezüglich, den nachfolgenden Erwägungen zu entnehmen.
Erwägungen:
1.- a) Der angefochtene Entscheid erging in Anwendung des GSchG. Gemäss § 39 Abs. 4 EGGSchG ist das Verwaltungsgericht zuständig. Als Adressatin des angefochtenen Entscheides ist die Beschwerdeführerin zur Beschwerde legitimiert. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen nach § 107 Abs. 2 VRG erfüllt sind, ist auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde einzutreten. Da das Verwaltungsgericht hier als einzige Rechtsmittelinstanz amtet, steht ihm uneingeschränkte Überprüfungsbefugnis zu (§ 161a VRG). Daher gelten die §§ 144 - 147 VRG (§ 156 Abs. 2 VRG). Trotzdem auferlegt sich das Verwaltungsgericht praxisgemäss eine gewisse Zurückhaltung bei der Würdigung örtlicher Verhältnisse, bei typischen Fachfragen in Spezialgebieten, in denen die Verwaltung über besondere Fachkunde verfügt, oder bei ausgesprochenen Ermessensfragen (LGVE 2000 II Nr. 18 Erw. 3a).
b) Das vorliegende Verfahren ist vom Untersuchungsgrundsatz beherrscht (§ 53 VRG). Dieser Grundsatz gilt nicht uneingeschränkt. Er wird ergänzt durch die verschiedenen Mitwirkungspflichten der Parteien (§ 55 VRG), namentlich deren Begründungspflicht (§ 133 Abs. 1 VRG). Zu beachten ist ferner das Rügeprinzip, wonach die Beschwerdeinstanz nur die vorgebrachten Beanstandungen untersucht und nicht prüft, ob sich der angefochtene Entscheid unter schlechthin allen in Frage kommenden Aspekten als korrekt erweist (vgl. zum Ganzen: LGVE 1994 II Nr. 10 Erw. 1c).
c) Der wesentliche Sachverhalt für die hier materiell zu entscheidenden Fragen ergibt sich hinlänglich aus den Akten. Auf weitere Beweisaufnahmen - insbesondere die Erarbeitung einer Expertise - kann deshalb verzichtet werden (antizipierte Beweiswürdigung; Albertini, Der verfassungsmässige Anspruch auf rechtliches Gehör im Verwaltungsverfahren des modernen Staates, Diss. Bern 2000, S. 372 und 374 f.).
2.- Die vorliegende Streitsache steht und fällt mit der Feststellung der Vorinstanz, beim Dachwasser des KKL handle es sich um verschmutztes Abwasser im Sinne der Gewässerschutzgesetzgebung. Die Beschwerdeführerin hält diesen Befund für nicht erstellt. Der angefochtene Entscheid enthalte keinerlei konkrete Angaben zur aktuellen und zukünftig zu erwartenden Kupferbelastung des Vierwaldstättersees. Die Vorinstanz habe die Auswirkungen des festgestellten Eintrages von rund 11 kg Kupfer pro Jahr ab dem Dach des KKL in den Vierwaldstättersee nicht überprüft. Zeige sich nämlich, dass angesichts des Volumens, der Strömungsverhältnisse und der Durchmischung der Wassermassen negative Auswirkungen auf die Gesundheit des Sees und der dort beheimateten Lebewesen ausgeschlossen seien, könne die Einleitung selbst verschmutzten Abwassers bedenkenlos bewilligt werden. Insofern sei die Verschmutzung des strittigen Dachwassers erst in zweiter Linie relevant. Bei der besagten Kupferfracht von 11 kg jährlich handle es sich im Übrigen um einen gewässerschutzrechtlichen Bagatellfall, der vom Vorsorgeprinzip nicht erfasst werde.
a) Auszugehen ist vom Vorsorgeprinzip, das auch im Gewässerschutzrecht gilt. Nach Art. 3 GSchG ist jedermann verpflichtet, alle nach den Umständen gebotene Sorgfalt anzuwenden, um nachteilige Einwirkungen auf die Gewässer zu vermeiden. Es ist untersagt, Stoffe, die Wasser verunreinigen können, mittelbar oder unmittelbar in ein Gewässer einzubringen oder sie versickern zu lassen (Art. 6 Abs. 1 GSchG). Besteht die Gefahr einer Verunreinigung, so liegt ein sanierungsbedürftiger Zustand vor, welcher vom Störer, d.h. dem Inhaber der sanierungsbedürftigen Anlage, zu beheben ist (Lagger, Anmerkungen zum BG-Urteil 1A.229/1995 vom 28.3.1996, in: URP 1996 S. 418). Laut Griffel setzt diese Bestimmung nicht voraus, dass eine Wasserverunreinigung mit Sicherheit eintreten wird. Der Verzicht auf wissenschaftliche Gewissheit gilt auch im Gewässerschutzrecht (Griffel, Die Grundprinzipien des schweizerischen Umweltrechts, Zürich 2001, Rz. 136). Die Behörde beurteilt, ob Abwasser bei der Einleitung in ein Gewässer oder bei der Versickerung als verschmutzt oder nicht verschmutzt gilt, aufgrund der Art, der Menge, der Eigenschaften und des zeitlichen Anfalls der Stoffe, die im Abwasser enthalten sind und Gewässer verunreinigen können sowie aufgrund des Zustandes des Gewässers, in welches das Abwasser gelangt (Art. 3 Abs. 1 GSchV). Als nicht verschmutzt darf nur solches Abwasser bezeichnet werden, das - im Gegensatz zu verschmutztem Abwasser - nicht geeignet ist, das Gewässer, in welches es durch Einleitung oder Versickerung gelangt, zu verunreinigen (vgl. Art. 4 lit. f GSchV). Es hängt somit vom Zustand dieses Gewässers und vom Ort des Einbringens ab, ob Abwasser als unverschmutzt gelten darf oder ob es als verschmutztes Abwasser vor einer Einleitung oder Versickerung behandelt werden muss (BBl 1987 II 1110). Eine Verunreinigung im Sinne des GSchG ist die nachteilige physikalische, chemische oder biologische Veränderung des Wassers (vgl. Art. 4 lit. d GSchG). Es wird hier nicht wie im USG unterschieden, ob eine Einwirkung für Menschen, Tiere und Pflanzen, ihre Lebensgemeinschaften und Lebensräume schädlich bzw. lästig ist oder nicht. Entscheidend ist lediglich, ob die Einwirkungen für das Gewässer (aus Sicht des Gewässers) nachteilig ist oder nicht (Lagger, Überblick über das neue Gewässerschutzrecht, in: URP 1999 S. 475). Es ist durchaus möglich, dass Abwasser, das bei der Einleitung in ein bestimmtes Gewässer als verschmutzt gilt, bei der Einleitung in ein anderes Gewässer als nicht verschmutzt zu gelten hat (Lagger, a.a.O., in: URP 1999 S. 478). Nicht gesetzeskonform wäre aber, Abwasser solange als nicht verschmutzt zu betrachten, als das Gewässer, in das es eingeleitet wird, auch nach der Einleitung die Anforderungen an die Wasserqualität nach Anhang 2 GSchV erfüllt. Anhang 2 GSchV enthält keine Grenzwerte, die überschritten werden müssen, damit ein Gewässer verunreinigt ist. Auch wenn keine Gefahr besteht, dass ein Gewässer die Anforderungen an die Wasserqualität nicht erfüllen kann, muss im Sinne von Art. 3 GSchG das Zumutbare vorgekehrt werden, um eine Verunreinigung zu vermeiden bzw. möglichst gering zu halten (Lagger, a.a.O., in: URP 1999 S. 478 f.; Rausch/Marti/ Griffel, Umweltrecht, Zürich 2004, Rz. 381). Nach bisheriger Praxis kommt es nicht darauf an, ob eine Mehrbelastung eine Beeinträchtigung der Funktion des Gewässers (Trinkwasser, Fischgewässer, Erholungsfunktion u.a.) bewirkt. Insofern stellt jede zusätzliche Schadstoffmenge eine Verunreinigung dar, unabhängig von den Auswirkungen auf das betroffene Gewässer (Wagner Pfeiffer, Umweltrecht II, Zürich 2001, S. 104).
Von bebauten oder befestigten Flächen abfliessendes Niederschlagswasser gilt in der Regel als nicht verschmutztes Abwasser, insbesondere dann, wenn es von Dachflächen stammt (vgl. Art. 3 Abs. 3 lit. a GSchV). Die Vollzugsbehörde kann somit davon ausgehen, dass Dachwasser nicht verschmutzt ist, solange keine besonderen Umstände vorliegen, die den gegenteiligen Schluss nahe legen. Liegen aber solche Umstände vor (beispielsweise bei der Verwendung spezieller Baumaterialien), muss die Behörde näher abklären, ob das Abwasser tatsächlich verschmutzt ist oder nicht (Lagger, a.a.O., in: URP 1999 S. 478).
b) Dem angefochtenen Entscheid lässt sich entnehmen, dass das grossflächige Dach des KKL zu einer Kupferabschwemmung von rund 11 kg pro Jahr führt, wobei im Regenwasserabfluss eine mittlere Kupferkonzentration von 1 mg/l ermittelt wurde. Bei Regenbeginn (sog. first-flush-Phase) sind Konzentrationsspitzen von bis zu 3.7 mg/l gemessen worden. Auch das im Meteorwasserkanal festgestellte Kupfer stammt zum überwiegenden Teil vom Dach des KKL (vgl. auch: Prüfberichte der Eidgenössischen Materialprüfungs- und Forschungsanstalt EMPA Nrn. 402092 und 402092/1 vom 15.8.2001 bzw. 22.9.2005). Im Bereich des Einlaufes des Meteorwassers in den Vierwaldstättersee hat die Eidgenössische Anstalt für Wasserversorgung, Abwasserreinigung und Gewässerschutz EAWAG erhöhte Kupfergehalte in den Seesedimenten festgestellt. Die erhobenen Werte reichten von 700 mg Kupfer pro kg Sediment unmittelbar bei der Einleitstelle bis zu 100 mg Kupfer pro kg Sediment in einer Entfernung von 1.5 m von der Einleitstelle.
Sodann hat die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid erwogen, dass Kupfer bereits in geringen Konzentrationen auf gewisse Mikroorganismen, Würmer, Pflanzen und Fische toxisch wirken könne. Die Effektbereiche lägen bei Konzentrationen von 0.001 bis 10 mg/l für Algen, von 0.01 bis 0.05 mg/l für Wachstumshemmungen bei Fischen, und von 0.003 bis 0.0015 mg/l für die Mortalität von Fischeiern und Larven.
Eine ausgeprägte Toxizität war im vorliegenden Fall indes nur bezüglich Daphnien und nur unmittelbar bei der Einleitstelle nachzuweisen, wobei deren Ursache offenbar nicht mit Sicherheit ermittelt werden konnte (vgl. Prüfbericht EMPA Nr. 402092 vom 15.8.2001).
c) Aufgrund dieser Feststellungen der Vorinstanz bzw. der EMPA und der EAWAG, welche seitens der Beschwerdeführerin nicht substanziiert bestritten werden, ist davon auszugehen, dass es sich beim kupferhaltigen Dachwasser des KKL um verschmutztes Abwasser im Sinne von Art. 4 lit. f GSchG handelt. Die im Dachwasser des KKL gemessenen Schadstoffgehalte sind zweifellos geeignet, das Seewasser im Sinne einer Verunreinigung zusätzlich zu belasten und damit nachteilig zu beeinflussen. Was die Beschwerdeführerin dagegen einwendet, ist nicht stichhaltig. Zwar ist ihr beizupflichten, dass mit dem Kupfereintrag vom Dach des KKL allein kaum eine generelle Verschlechterung der Lebensbedingungen der im Vierwaldstättersee vorkommenden Lebewesen verbunden ist. Es kann jedoch aufgrund der obigen Erwägungen als erstellt gelten, dass das kupferhaltige Niederschlagswasser aus Sicht des relevanten Zielgewässers eine Verschmutzungsquelle unter vielen darstellt. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin kann es dabei keine Rolle spielen, dass das Kupferkonzentrat durch die Vermischung mit dem Seewasser verdünnt wird. Ihre Bezugnahme auf Art. 47 Abs. 1 GSchV verfängt im vorliegenden Sachzusammenhang nicht. Sie beruht auf der irrtümlichen Annahme, gewässerschutzrechtliche Massnahmen seien erst dann opportun, wenn ein Gewässer die Anforderungen an die Wasserqualität nach Anhang 2 GSchV nicht (mehr) erfülle. Die Beschwerdeführerin verkennt, dass die Gewässerschutzgesetzgebung praktisch jegliche Verunreinigung verbietet (vgl. Rausch/Marti/ Griffel, a.a.O., Rz. 382). Dies im Gegensatz zur Umweltschutzgesetzgebung, welche im Sinne der vorsorglichen Emissionsbegrenzung - etwa in den Bereichen des Lärmschutzes und der Luftreinhaltung - lediglich eine Reduktion, nicht aber eine vollständige Eliminierung der Emissionen verlangt (vgl. Art. 11 Abs. 2 USG).
d) Da der Wasseraustausch bei stehenden Gewässern weit geringer ist als bei Fliessgewässern besteht eine Tendenz zu erhöhter Akkumulation von Schmutz- und Schadstoffen in Organismen und Sedimenten. Gerade Schwermetalle wie Kupfer, Zink oder Blei tendieren dazu, am Sediment zu absorbieren. Erhöhte Konzentrationen dieser Stoffe manifestieren sich in der Regel durch eine Verarmung derjenigen Lebensgemeinschaften, die in den tieferen Schichten der Gewässersohle anzutreffen sind. Da dort die Strömung schwach und gleichmässig sowie auch das Nahrungsangebot relativ konstant und zuverlässig ist, gelten diese Sedimentschichten denn auch als äusserst wichtiges Teilhabitat, insbesondere als Refugium und als "Kinderstube" vieler wirbelloser Tiere (vgl. Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL; heute: Bundesamt für Umwelt [BAFU]), Wegleitung Gewässerschutz bei der Entwässerung von Verkehrswegen, Bern 2002, S. 37; EAWAG/BUWAL, Gewässerbelastungen durch Abwasser aus Kanalisationen bei Regenwetter, 2004, S. 1 und 19). Erhöhte Kupferwerte in den Seesedimenten im Bereich der Eintragung sind im vorliegenden Fall nachgewiesen (vgl. Erw. 2b hiervor). Von einem umweltschutzrechtlichen Bagatellfall kann hier somit nicht die Rede sein.
e) Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin sind im Übrigen die Grenzwerte des Anhanges 3.2 GSchV im vorliegenden Fall durchaus beachtlich. Soweit Ziff. 2 Anhang 3.2 GSchV u.a. besagt, dass Industrieabwasser nur dann in ein Gewässer eingeleitet werden darf, wenn es nicht mehr als 0.5 mg/l Kupfer enthält, so muss dies analog auch für "anderes" Abwasser gelten. Entscheidend ist mit Blick auf die Zielsetzung des Gewässerschutzrechts nicht die Herkunft, sondern das Schädigungspotential des verschmutzten Abwassers (vgl. Rausch/Trüeb, Die Entsorgung von Abfällen aus dem Strassenunterhalt, in: URP 2002 S. 203).
Zu Recht hat die Vorinstanz schliesslich auch auf die Richtlinien des Verbandes Schweizer Abwasser- und Gewässerschutzfachleute (VSA) verwiesen, welche das Regenabflusswasser von grossen Dächern mit erhöhten Anteilen an unbeschichteten Metalleindeckungen (z.B. aus Kupfer) generell als hochgradig schadstoffbelastet taxieren (vgl. VSA, Richtlinie zur Versickerung, Retention und Ableitung von Niederschlagswasser in Siedlungsgebieten, 2002; vgl. Koordination der Bau- und Liegenschaftsorgane des Bundes (KBOB), Empfehlungen 2001/1; vgl. ferner: vgl. auch Schreiben des BUWAL vom 9. Juni 2005.
3.- a) Verschmutztes Abwasser muss behandelt werden. Es darf nur mit behördlicher Bewilligung in ein Gewässer eingeleitet werden (Art. 7 Abs. 1 GSchG; § 9 Abs. 1 EGGSchG). Die Behörde bewilligt die Einleitung von verschmutztem Abwasser in oberirdische Gewässer, wenn die Anforderungen von Anhang 3 GSchV eingehalten sind (Art. 6 Abs. 1 GSchV).
Die GSchV unterscheidet für die Anforderungen an die Ableitung von verschmutztem Abwasser zwischen drei Abwasserkategorien. Es handelt sich um kommunales Abwasser (Anhang 3.1 GSchV), Industrieabwasser (Anhang 3.2 GSchV) und "anderes verschmutztes Abwasser" (Anhang 3.3 GSchV). Unter die letztgenannte Abwasserkategorie fällt auch verschmutztes Niederschlagswasser, das von bebauten oder befestigten Flächen abfliesst und nicht mit anderem verschmutztem Abwasser vermischt ist (Ziff. 1 Abs. 2 Anhang 3.3 GSchV). Für diese Abwasserkategorie legt die Behörde die Anforderungen an die Einleitung auf Grund der Eigenschaften des Abwassers, des Standes der Technik und des Zustandes des Gewässers im Einzelfall fest. Sie berücksichtigt dabei internationale oder nationale Normen, vom Bundesamt veröffentlichte Richtlinien oder von der betroffenen Branche in Zusammenarbeit mit dem Bundesrat erarbeitete Normen (Ziff. 1 Abs. 1 Anhang 3.3 GSchV).
b) Mit der Baubewilligung vom 28. September 1994 liegt eine rechtskräftige Bewilligung zur Einleitung des Niederschlagswassers ab dem Dach des KKL in den Vierwaldstättersee vor. Sie beruhte auf der damaligen Einschätzung der Behörden, die Einleitung des kupferbelasteten Meteorwassers sei unter gewässerschutzrechtlichen Gesichtspunkten unproblematisch. Mit der besseren Erkenntnis verpflichtete die Vorinstanz die Beschwerdeführerin nunmehr gestützt auf Art. 52 Abs. 1 GSchG und § 55 Abs. 1 VRG, die Möglichkeiten der Reduktion der Kupferabschwemmungen im Rahmen einer Machbarkeitsstudie zu erheben.
Die Beschwerdeführerin wehrt sich dagegen. Sie macht geltend, der im Jahre 1994 erteilten Bewilligung zur Einleitung des Dachwassers des KKL in den Vierwaldstättersee sei ein umfassendes Verfahren vorausgegangen, in dem die sich gegenüberstehenden Interessen allseitig geprüft und gegeneinander abgewogen worden seien. Dabei sei eine allfällige Verschmutzung des Zielgewässers durch kupferhaltiges Dachwasser eingehend abgeklärt worden. Unter diesen Umständen erweise sich die erteilte Bewilligung als widerrufs- und abänderungsresistent. Dies gelte umso mehr, als sie im Falle einer Anpassung der damaligen Bewilligungen absehbar zu kostenintensiven baulichen Dispositionen gezwungen werde. Einer Abänderung der ursprünglich erteilten Bewilligung stehe auch die Bestandesgarantie gemäss § 18 Abs. 1 PBG entgegen. Im Übrigen bilde Art. 52 Abs. 1 GSchG keine hinreichende gesetzliche Grundlage, um sie zur Erarbeitung einer Machbarkeitsstudie zu verpflichten. Die Bestimmung statuiere lediglich eine Auskunftspflicht, welche nur leicht abrufbare Informationen betreffe, nicht aber eine darüber hinausgehende Abklärungspflicht.
c) Bei diesen Rügen ist vorab daran zu erinnern, dass der Streitgegenstand im vorliegenden Verfahren nicht über das hinausgehen darf, was die Vorinstanz geregelt hat. Aspekte über die im vorinstanzlichen Entscheid nicht befunden wurde, fallen nicht in die Zuständigkeit des Verwaltungsgerichts (vgl. LGVE 2000 II Nr. 50 Erw. 2a; ferner: Rhinow/Koller/Kiss, Öffentliches Prozessrecht und Justizverfassungsrecht des Bundes, Basel 1996, N 901; Kölz/Bosshart/Röhl, a.a.O., N 86 zu den Vorbemerkungen zu §§ 19-28). Im vorliegenden Fall hat die Vorinstanz nicht über einen Widerruf oder eine Anpassung der geltenden Baubewilligung entschieden. Es ist dem Verwaltungsgericht daher verwehrt, sich inhaltlich dazu zu äussern.
Immerhin steht die Sanierungsbedürftigkeit der streitbetroffenen Anlage fest (vgl. Erw. 2c hiervor). Die Behörde ist deshalb verpflichtet, mögliche Verbesserungen zu prüfen und die erforderlichen Massnahmen anzuordnen (vgl. auch: § 7 Abs. 2 EGGSchG). Diese Sanierungspflicht greift in den durch die Baubewilligung garantierten Bestand der Anlage ein. Sie bildet den Rechtsgrund für eine mögliche Anpassung der bestehenden Baubewilligung. Zwar stellen Lehre und Rechtsprechung seit jeher strenge Anforderungen an die Anpassung einer begünstigenden Verfügung. Aber selbst Verfügungen, die aufgrund eines eingehenden Einsprache- und Ermittlungsverfahrens ergingen, sind unter Umständen einer Abänderung zugänglich. Es ist abzuwägen zwischen dem Interesse an der richtigen Anwendung des objektiven Rechts einerseits und dem Interesse an der Rechtssicherheit bzw. dem Vertrauensschutz andererseits (vgl. von Reding, Sanierungen - verfahrensrechtliche Stolpersteine, in: URP 2001 S. 576 f.; Häfelin/Müller/Uhlmann, S. 206 ff.; Merkli/Aeschlimann/Herzog, Kommentar zum Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege im Kanton Bern, Bern 1997, N 19 ff. zu Art. 56; vgl. auch: § 116 Abs. 1 VRG). Im Übrigen muss sich die von der Vollzugsbehörde anzuordnende Sanierungsmassnahme im konkreten Fall als verhältnismässig erweisen (vgl. Art. 5 Abs. 2 BV). Die Behörde hat jene Sanierungsmassnahme auszuwählen, die für die Erreichung des Sanierungszieles geeignet ist, die Interessen der Beschwerdeführerin am besten berücksichtigt und in einem vernünftigen Verhältnis zum Nutzen für die Umwelt steht. Mit Blick auf die vorliegenden Verhältnisse wird die Vorinstanz dabei den Stand der Sanierungstechnik und den Zustand des Zielgewässers zu beachten haben und dabei insbesondere auch dem Umstand Beachtung schenken müssen, dass das kupferhaltige Dachwasser des KKL mit dem Eintritt in das Luzerner Seebecken eine starke Verdünnung erfährt (vgl. Ziff. 1 Abs. 1 Anhang 3.3 GSchV; vgl. Schrade/Wiestner, in: Kommentar USG, 2. Aufl., Zürich 2000, N 11 zu Art. 17).
d) Die Behörde hat den Sachverhalt im verwaltungsrechtlichen Verfahren grundsätzlich von Amtes wegen abzuklären (§ 53 VRG). Indes haben die Parteien bei der Feststellung des Sachverhaltes mitzuwirken, insbesondere soweit ein Rechtssatz ihnen besondere Auskunftspflichten auferlegt (vgl. § 55 Abs. 1 lit. c VRG). Grundvoraussetzung dafür, dass die Behörden ihren Informationsauftrag erfüllen können, bildet das Vorliegen eines ausreichenden Informationsbestandes (Thurnherr, Transparenz und Geheimhaltung gemäss geltendem schweizerischem Umweltrecht, Zürich 2003, S. 163). Gemäss der spezialgesetzlichen Bestimmung von Art. 52 Abs. 1 GSchG können die Behörden des Bundes und der Kantone im Zusammenhang mit Erhebungen an privaten und öffentlichen Gewässern unter anderem auch Anlagen kontrollieren. Die Grundeigentümer und die Inhaber dieser Anlagen müssen den damit betrauten Personen den Zutritt gewähren und ihnen die erforderlichen Auskünfte erteilen. Diese Auskunftspflicht beinhaltet auch Auskünfte in Form der Durchführung von Abklärungen auch wenn dies, im Gegensatz zur Formulierung in Art. 46 USG aus dem Wortlaut der Bestimmung nicht explizit hervorgeht (vgl. Brunner, Altlasten und die Auskunftspflicht nach Art. 46 USG, in: URP 1997 S. 14 Fn. 25). Zu verweisen ist in diesem Zusammenhang auf das (auch) im Gewässerschutzrecht geltende Verursacherprinzip. Es nimmt den Verursacher bezüglich der Kostentragung in die Pflicht (vgl. Art. 3a und Art. 54 GSchG; vgl. zum Verursacherprinzip im Allgemeinen: Griffel, a.a.O., Rz. 207 ff.). Als Inhaberin der streitbetroffenen Anlage hat die Beschwerdeführerin demnach die Kosten der notwendigen Abklärungen zu tragen unabhängig davon, ob sie selber handelt oder die Vorinstanz an ihrer Statt. Es erscheint deshalb gerechtfertigt, den Begriff der "erforderlichen Auskünfte" gemäss Art. 52 Abs. 1 GSchG grammatikalisch weit auszulegen und ihr die Realleistungspflicht für die entsprechenden Untersuchungsmassnahmen - im Sinne der Abklärungspflicht nach Art. 46 USG - zu auferlegen (vgl. zur analogen Handhabung der Realleistungspflicht im Bereich der Altlastensanierung: Cummins, Kostenverteilung bei Altlastensanierungen, Zürich 2000, S. 50 f.).
Aber auch unter verfahrensrechtlichen Aspekten erscheint die von der Vorinstanz angeordnete Abklärungspflicht sinnvoll. Mit der im angefochtenen Entscheid verfügten Verpflichtung zur Erarbeitung einer Machbarkeitsstudie hat die Beschwerdeführerin nicht nur das Recht, sich zu den wesentlichen Rechtsfragen zu äussern, sondern auch die Möglichkeit, detaillierte Vorschläge zum Inhalt einer allfälligen Sanierungsverfügung zu machen. Die Behörden sind verpflichtet, diese Parteivorschläge zu prüfen und so weit wie möglich zu übernehmen. Insofern ist der Beschwerdeführerin damit ein Teil des Entscheidungsspielraumes bezüglich der Umsetzung möglicher Sanierungsmassnahmen überlassen (vgl. Schrade/Wiestner, a.a.O., N 4 und 89 zu Art. 16). Mit der Vorinstanz ist daher festzuhalten, dass eine qualitative Zusammenarbeit mit der Behörde im Hinblick auf eine möglichst betriebsverträgliche Lösung gerade auch im Interesse der Beschwerdeführerin liegen muss. In diesem Sinne soll die Kooperation zwischen der Anlageninhaberin und der Vollzugsbehörde einen effizienten Vollzug ermöglichen und die Verhältnismässigkeit der angeordneten Sanierungsmassnahmen gewährleisten (Schrade/Wiestner, a.a.O., N 11 zu Vorbemerkungen zu Art. 16-18; vgl. zum Kooperationsprinzip im Allgemeinen: Griffel, a.a.O., Rz. 521 ff.). Dass die Behörden aus zeitlichen, technischen oder organisatorischen oder anderen Gründen im vorliegenden Fall besser geeignet oder in der Lage wären, die notwendigen Erhebungen durchzuführen, ist weder dargetan noch ersichtlich (vgl. Brunner, a.a.O., N 15 zu Art. 46).
f) Klärungsbedarf besteht schliesslich bezüglich der Folgen einer allfälligen Verweigerung der Mitwirkung im Verfahren, zumal die Beschwerdeführerin ein solches Verhalten ins Auge zu fassen scheint.
Weigern sich die Pflichtigen, selber Auskünfte zu erteilen oder Abklärungen vorzunehmen, müssen die Behörden selber handeln. Die Grundstückseigentümer oder Inhaber der betreffenden Anlage haben die entsprechenden Untersuchungshandlungen der Behörden zu dulden und, wie gesagt, im Sinne des Verursacherprinzips (vgl. Art. 3a GSchG und Art. 54 GSchG), die damit verbundenen Kosten zu tragen. Für den Fall ausgeprägter Renitenz sieht Art. 53 GSchG im Übrigen vor, dass die Behörden die von ihnen angeordneten Massnahmen auch zwangsweise durchsetzen können (vgl. von Reding, a.a.O., in: URP 2001 S. 587). Dass sich diese Bestimmung auch auf Abklärungen erstreckt, welche mit der Anordnung allfälliger Sanierungsmassnahmen in Zusammenhang stehen, erscheint selbstverständlich. Auf den Übertretungstatbestand von Art. 71 GSchG sei nur der Vollständigkeit halber noch hingewiesen (vgl. auch § 38 Abs. 1 lit. a EGGSchG).
4.- Im Ergebnis ist die Beschwerde als unbegründet abzuweisen. Zu Recht hat die Vorinstanz das kupferhaltige Dachwasser des KKL als im Sinne der Gewässerschutzgesetzgebung verschmutztes Abwasser qualifiziert und die Beschwerdeführerin zur Erarbeitung einer Machbarkeitsstudie zur Reduktion der Kupferbelastung im Dachwasser des KKL verpflichtet.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (§ 198 Abs. 1 lit. c VRG).
(Das Bundesgericht hat die dagegen erhobene Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten am 9. April 2008 abgewiesen).