Aus den Erwägungen:
Die Vorinstanz hält in ihrer Vernehmlassung fest, auch eine gesamtschweizerische Organisation habe eine Einsprache fristgerecht zu begründen. Zur Wahrung ihrer Rechte sei sie nicht auf die Argumente der einheimischen Bevölkerung und der betroffenen Nachbarn angewiesen. Es werde vorausgesetzt, dass sie sich während der Planauflage mit den örtlichen Verhältnissen auseinander setze. Andernfalls müssten allen Einsprechern die jeweils andern Einsprachen eröffnet werden. Dies sei weder vom Gesetz vorgesehen noch gewollt. Die Beschwerdeführerin habe ihre Einsprache nur kurz und allgemein begründet. Die in Aussicht gestellte ausführliche Ergänzung sei nicht eingetroffen und sie habe sich trotz Bemühungen der Gemeinde nicht zu einer Einspracheverhandlung eingefunden. Das Verfahren dürfe nicht wegen einer einzelnen Einsprache über Monate verzögert werden.
b) Für die Verwaltung gilt das Geheimhaltungsprinzip mit Öffentlichkeitsvorbehalt und nicht das Öffentlichkeitsprinzip mit Geheimhaltungsvorbehalt (Rhinow/Koller/Kiss, Öffentliches Prozessrecht und Justizverfassungsrecht des Bundes, Basel 1996, Rz. 338; Albertini, Der verfassungsmässige Anspruch auf rechtliches Gehör im Verwaltungsverfahren des modernen Staates, Diss. Bern 2000, S. 226). Daran vermag auch das Bundesgesetz über das Öffentlichkeitsprinzip der Verwaltung vom 17. Dezember 2004 (BGÖ; BBl 2004 VII 7269) nichts zu ändern. Einerseits tritt es voraussichtlich erst auf den 1. Januar 2006 in Kraft und andererseits gilt es nicht für die kantonale und kommunale Verwaltung (Umkehrschluss aus Art. 2 BGÖ). Zudem ist das neue Gesetz generell nicht anwendbar für die Einsichtnahme einer Partei in die Akten eines erstinstanzlichen Verwaltungsverfahrens (Art. 3 Abs. 1 lit. b BGÖ). Dafür sind die jeweiligen Verwaltungsverfahrensgesetze massgeblich, soweit der Anspruch sich nicht direkt aus der Bundesverfassung ergibt. Über diesen Anspruch hinaus gibt es mithin kein allgemeines Akteneinsichtsrecht.
c) Die Beschwerdeführerin beruft sich in ihrem Gesuch auf Akteneinsicht direkt auf die Bundesverfassung. Art. 29 Abs. 2 BV (wie bereits Art. 4 aBV) räumt den Parteien und Betroffenen als allgemeine Verfahrensgarantie und Teil des Anspruchs auf rechtliches Gehör einen Anspruch auf Akteneinsicht ein. Im Hinblick auf den Erlass einer Verfügung sollen die Verfahrensbeteiligten von den Entscheidungsgrundlagen vorbehaltlos und ohne Geltendmachung eines besonderen Interesses Kenntnis nehmen können (BGE 129 I 253 Erw. 3). Der verfassungsrechtliche Anspruch beschränkt sich somit auf die Entscheidungsgrundlagen. Damit sind alle schriftlichen oder elektronisch aufgezeichneten Akten gemeint, die im fraglichen Verfahren erstellt oder beigezogen werden und geeignet sind, Grundlage des späteren Entscheides zu bilden. Die Akteneinsicht ist auf beweiserhebliche Akten beschränkt, unabhängig davon, ob sie den Ausgang des Verfahrens tatsächlich beeinflussen (Albertini, a.a.O., S. 226f. mit Hinweisen; Kölz/Bosshart/Röhl, Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich, 2.Aufl., Zürich 1999, N 66 zu § 8). Vom Einsichtsrecht ausgeschlossen sind weiter verwaltungsinterne Akten, soweit sie ausschliesslich den internen Meinungsbildungsprozess der entscheidenden Behörde betreffen, wie Entwürfe, Anträge, Notizen, Mitberichte, Hilfsbelege, ausser in diesen Unterlagen seien entscheidswesentliche Sachverhaltsfeststellungen getroffen worden. Eingaben von Behörden, Gegenparteien und Dritten sind zumindest dann dem Gesuchsteller zur Einsichtnahme und allenfalls zur Stellungnahme zuzustellen, wenn darin neue erhebliche Aspekte vorgebracht werden, auf die sich die Behörde zu stützen beabsichtigt (Albertini, a.a.O., S. 274). In besonderer Weise hat dies zu gelten, wenn in einer Eingabe von Behörden, Gegenparteien oder Dritten für die Beurteilung eines Gesuches wesentliche neue Sachverhaltselemente vorgebracht werden. Nicht anders beurteilt sich die Sache für die Einsprecher selber im Verhältnis zu andern Einsprechern. Sie haben Anspruch auf Einsicht in die Akten ihres Einspracheverfahrens. Diese Verfahrensakten betreffen die vom Gesuchsteller zur Begründung des Gesuches eingebrachten Akten und die behördlichen Akten mit den oben genannten Einschränkungen. Einsprachen Dritter und Protokolle von Einspracheverhandlungen mit diesen gehören nicht dazu. Es besteht nach dem Gesagten grundsätzlich kein verfassungsrechtlicher Anspruch auf Einsicht in solche Akten Dritter. Ein Anspruch könnte höchstens dann und soweit bestehen, wenn in Eingaben von Dritten neue entscheidswesentliche Sachverhaltselemente vorgebracht würden, die zur Grundlage des Entscheides gemacht würden. Dies zumindest soweit, als davon auch die übrigen Einsprecher betroffen sein könnten. In solchen Fällen hätte die Behörde wohl alle Betroffenen vorgängig zu informieren und ihnen allenfalls Gelegenheit zur Ergänzung ihrer Einsprache zu geben.
Nichts anderes ergibt sich aus dem von der Vorinstanz zitierten § 48 Abs. 1 VRG. Auch diese Norm beschränkt das Akteneinsichtsrecht auf die Akten in "ihren eigenen Angelegenheiten", worunter die Vorinstanz in zutreffender Weise die Einsprachen Dritter nicht subsumiert. Dass diese Auslegung verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden ist, wurde oben dargelegt, weshalb sich Weiterungen erübrigen. Mit Recht weist die Vorinstanz auch darauf hin, dass die gegenseitige Zustellung aller Eingaben der Einsprecher zu einer problematischen Verfahrensausweitung führen würde, zumal dabei noch geprüft werden müsste, ob nicht private Interessen der Einsprecher betroffen sein könnten. Schliesslich würde eine solche Ausweitung des Verfahrens zu einer Verfahrensverzögerung führen und damit auch öffentlichen Interessen widersprechen.
d) Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Beschränkung des Akteneinsichtsrechts hindere sie, ihrer Aufgabe gemäss Art. 12 NHG und Art. 55 USG nachzukommen. In der Begründung führt sie dazu aus, die Argumente der einheimischen Bevölkerung und der betroffenen Nachbarn würden es ihr ermöglichen, den örtlichen Verhältnissen Rechnung zu tragen.
Die Einsprachebefugnis der Beschwerdeführerin gründet auf dem ideellen Verbandsbeschwerderecht des Bundesrechts, das auch im kantonalen Recht zum Teil analog ausgestaltet ist (z.B. § 207 Abs. 1 lit. c und d PBG). Den einsprache- und beschwerdeberechtigten Verbänden kommt dabei die Aufgabe zu, gewichtige öffentliche Interessen geltend zu machen. Dieses Recht dient mithin auch der einheitlichen Rechtsprechung und deren Kontrolle durch übergeordnete Instanzen (Kölz/Bosshart/Röhl, a.a.O., N 76 zu § 21). Nicht zu den Aufgaben solcher Organisationen gehört die Vertretung der Interessen betroffener Nachbarn oder sonstiger Dritter. Inwiefern die Beschwerdeführerin daher zur Wahrnehmung ihrer Rechte in die Einsprachen Dritter und gar in die Protokolle der Einspracheverhandlungen müsste Einsicht nehmen können, ist nicht einzusehen. Das Einsprache- und Beschwerderecht der ideellen Organisationen ist in gleicher Weise ausgestaltet wie das anderer zur Einreichung einer Einsprache oder Beschwerde befugter Personen und Behörden. Namentlich haben sie sich an die verfahrensrechtlichen Rahmenbedingungen zu halten. Irgendwelche verfahrensrechtliche Sonderrechte stehen ihnen nicht zu. So haben sie namentlich Einsprachen fristgerecht und mit einem Antrag und dessen Begründung einzureichen. Genügt ihre Eingabe diesen Anforderungen nicht, ist darauf in gleicher Weise nicht einzutreten, wie auf Eingaben privater Einsprecher mit solchen Mängeln. Jedenfalls verschafft ihnen das Gesetz grundsätzlich keinen Anspruch auf nachträgliche Ergänzung, es sei denn, neue Sachverhaltselemente würden dazu Anlass geben. Auch die Bestimmung von § 135 Abs. 2 VRG, wonach bei mangelhaften Rechtsschriften eine Nachfrist zur Verbesserung anzusetzen ist, kann jedenfalls nicht dazu dienen, eine inhaltlich ungenügende Rechtsschrift zu ergänzen (Urteil K. vom 29.10.2004 Erw. 3a, V 04 35; LGVE 1997 II Nr. 48 Erw. 2; BGE 123 II 369 Erw. 6b/bb). Ob im hier strittigen Fall die Einsprache der Beschwerdeführerin den gesetzlichen Anforderungen genügte, wird die Vorinstanz noch zu beurteilen haben. Damit erübrigt sich auch die Neuansetzung der im angefochtenen Entscheid gewährten Nachfrist für die Ergänzung der Einsprache.