Ende 2001 unterbreitete A dem Gesundheits- und Sozialdepartement des Kantons Luzern (GSD) das Gesuch für eine Bewilligung zur fachlich selbständigen und gewerbsmässigen Ausübung der so genannten "Traditionellen Chinesischen Medizin" (TCM) mit Akupunktur und der allgemeinen Naturheilkunde. Das GSD erteilte A die Bewilligung in Bezug auf die TCM (mit Akupunktur), nicht aber für die selbständige und gewerbsmässige Berufsausübung im Bereich der Naturheilkunde. Eine von A dagegen geführte Verwaltungsbeschwerde wies der Regierungsrat ab. A zog diesen Entscheid an das Verwaltungsgericht weiter. Das Verwaltungsgericht hat die Beschwerde abgewiesen.
Aus den Erwägungen:
1.- a) Entscheide des Regierungsrates können beim Verwaltungsgericht angefochten werden, soweit die Rechtsordnung die Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht ausschliesst (§ 148 lit. b des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege vom 3.7.1972; VRG; SRL Nr. 40).
Die ablehnende Verfügung des GSD sowie der sie bestätigende Beschwerdeentscheid des Regierungsrates sind in erster Linie in Anwendung des Gesetzes über das Gesundheitswesen vom 29. Juni 1981 (Gesundheitsgesetz; GesG; SRL Nr. 800) ergangen. Weder dieses Gesetz noch das VRG schliessen bei Streitsachen der vorliegenden Art die kantonale Verwaltungsgerichtsbeschwerde aus. Derlei liesse sich auch gar nicht halten. Denn im Streit liegt mit dem Zugang zu einer besonderen Berufsausübung ein Erwerbsrecht, das in den Geltungsbereich von Art. 6 Ziff. 1 der Konvention zum Schutz der Menschenrechte und Grundfreiheiten (EMRK; SR 0.101) fällt und der Beurteilung durch ein unabhängiges Gericht nicht entzogen werden darf (vgl. Villiger, EMRK-Handbuch, 2. Aufl., Zürich 1999, N 379 mit Hinweisen, S. 242; Frowein/Peukert, EMRK-Kommentar, 2. Aufl., Kehl/Strassburg/Arlington 1996, S. 187 mit Verweisen; Grabenwarter, Europäische Menschenrechtskonvention, München 2003, S. 328; Herzog/Looser, Der Einfluss der EMRK im öffentlich-rechtlichen Verfahrensrecht, in: Sutter/Zelger [Hrsg.], 30 Jahre EMRK-Beitritt der Schweiz, SGRW Band 9, Zürich 2005, S. 132 ff.). Anderseits darf eine derartige Streitsache - prozessual betrachtet - auch nicht mit einem Verfahren über eine Berufs- oder Fähigkeitsprüfung gleichgestellt werden, in dem der gerichtliche Rechtsschutz grundsätzlich versagt bliebe (vgl. § 150 Abs. 1 lit. f VRG). Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist mithin einzutreten, zumal auch die übrigen Prozessvoraussetzungen erfüllt sind (vgl. dazu: § 107 Abs. 2 lit. a-g VRG).
b) Der hier zu beachtende Art. 6 Ziff. 1 EMRK garantiert in verschiedener Hinsicht ein faires Gerichtsverfahren. Dem zuwider laufende Bestimmungen des kantonalen VRG werden demgegenüber allenfalls zurückzutreten haben. So ruft das nach § 154 Abs. 1 und 2 VRG geltende generelle Novenverbot nach einer differenzierten Umsetzung. Denn aus Sicht von Art. 6 Ziff. 1 EMRK ist das Verwaltungsgericht - obwohl nach dem Regierungsrat zweite Rechtsmittelinstanz - nichts anderes als ein erstes erkennendes Gericht. Insofern kann es hier gar keine Noven geben (dazu: Cavelti/Vögeli, Verwaltungsgerichtsbarkeit im Kanton St. Gallen, 2. Aufl., St. Gallen 2003, Rz. 645, S. 335; Kölz/Bosshart/Röhl, Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich, 2. Aufl., Zürich 1999, Rz. 11 zu § 52; ferner: Wolfahrt, in: AJP 1995 S. 1413).
c) Weil das Verwaltungsgericht als zweite Rechtsmittelinstanz amtet, können bei ihm - unter Vorbehalt abweichender Vorschriften - gemäss § 152 VRG folgende Mängel des angefochtenen Entscheides und des Verfahrens gerügt werden: unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts (lit. a); unrichtige Rechtsanwendung, einschliesslich Überschreitung und Missbrauch des Ermessens (lit. b). Nur soweit das VRG oder andere Erlasse dies vorsehen, kann überdies die unrichtige Handhabung des Ermessens gerügt werden (§ 156 Abs. 1 VRG).
aa) Art. 6 Ziff. 1 EMRK verlangt für die zivilrechtliche Streitigkeiten keine eigentliche Ermessenskontrolle (Herzog, Art. 6 EMRK und kantonale Verwaltungsrechtspflege, Diss. Bern 1995, S. 370; BGE 120 Ia 30). Auch anderen Bestimmungen des übergeordneten Bundesrechts, des VRG oder des GesG lässt sich eine solche Vorgabe nicht entnehmen, weshalb sich die Prüfung durch das Verwaltungsgericht auf die Beurteilung der Rechtmässigkeit beschränkt. Dazu gehört - nebst der umfassenden Sachverhaltskontrolle - freilich die Prüfung der Frage, ob die Verwaltungsbehörden ihr Ermessen (in rechtswidriger Weise) überschritten oder missbraucht haben. Eine weitergehende Beurteilungskompetenz des Verwaltungsgerichts, die die Angemessenheitsprüfung einschliessen würde, scheint hier im Übrigen umso weniger angezeigt, als es in zentralen Belangen um die Würdigung von Fachfragen geht, denen die von einer Fachkommission unterstützte Verwaltung sachgemäss näher steht (dazu: BGE 126 I 222). Gleich verhält es sich in Bezug auf ausgesprochene Ermessensfragen, deren Beantwortung den vorrangig für den Vollzug des Gesundheitsrechts verantwortlichen Behörden überlassen sein muss (vgl. BGE 130 II 452 Erw. 4.1). Abgesehen davon dürfte das Verwaltungsgericht sein Ermessen ohnehin nicht an die Stelle desjenigen der Vorinstanz setzen (BGE 120 Ia 275 Erw. 3b, 119 Ia 96 mit Hinweisen; vgl. ferner: BGE 122 II 91 und 121 I 122 Erw. 4c; ferner auch: LGVE 1997 II Nr. 25 Erw. 3 und ZBl 1998 S. 171 ff.).
bb) Bei alledem ist aber zu unterstreichen, dass die erwähnten, eher generell gehaltenen Hinweise auf Schranken des Prüfungsprogramms nicht von der fallweise zu beantwortenden Frage entbinden, ob die Beurteilung einer bestimmten, besonderen Fachverstand erforderlichen Tätigkeit auf eine Rechtsfrage zielt, eine Tat- oder eine Ermessensfrage betrifft. Die Antwort darauf hängt in erster Linie von der Ausgestaltung der jeweils anwendbaren Gesetzgebung ab (vgl. dazu: Cavelti/Vögeli, a.a.O., Rz. 745 und 746). Je differenzierter die darin enthaltenen Regelungen sind, desto eher wird die Beurteilung zu einer Rechtsfrage; je mehr Spielraum sie demgegenüber den Verwaltungsbehörden einräumen, desto zurückhaltender muss die Überprüfung durch die Justiz ausfallen. Dies gilt sowohl für die Überprüfung gesetzeskonkretisierender Verordnungen, die im Verwaltungsgerichtsverfahren auf ihre Gesetzmässigkeit überprüft werden können, als auch von Verfügungen im Einzelfall (zum Ganzen: Gerber/Seiler, Verwaltungsrichter und Technologie, in: ZBl 1999 S. 302/303). Auch hierauf wird allenfalls zurück zu kommen sein.
d) Schliesslich ist eingangs darauf hinzuweisen, dass das Verfahren vom Untersuchungsgrundsatz und der Rechtsanwendung von Amtes wegen beherrscht ist (§§ 37 und 53 VRG). Diese Grundsätze gelten allerdings nicht uneingeschränkt: Sie werden ergänzt durch die verschiedenen Mitwirkungspflichten der Parteien (§ 55 VRG; vgl. LGVE 1982 II Nr. 36 Erw. 3), namentlich deren Begründungspflicht (§ 133 Abs. 1 VRG). Zu beachten ist ferner das Rügeprinzip, wonach die Beschwerdeinstanz nur die vorgebrachten Beanstandungen untersucht und nicht prüft, ob sich der angefochtene Entscheid unter schlechthin allen in Frage kommenden Aspekten als korrekt erweist (zum Ganzen: LGVE 1998 II Nr. 57, 1994 II Nr. 10 Erw. 1c, 1992 II Nr. 47 Erw. 3 mit Hinweisen). Im Rahmen der Mitwirkungspflicht hat die beschwerdeführende Partei in der Beschwerdebegründung darzutun, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird (§ 133 Abs. 1 VRG). Dabei muss sie sich mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides auseinandersetzen (vgl. BGE 123 V 336 ff., 118 Ib 136, 113 Ib 288 mit zahlreichen Hinweisen). Mit allgemeinen Beanstandungen befasst sich das Verwaltungsgericht nicht (Urteil H. vom 17.3.1998). Ebenso wenig geht es auf Überlegungen oder Fragen ein, die nicht Gegenstand des angefochtenen Entscheides bilden (vgl. BGE 124 II 364 mit Hinweisen; vgl. ferner: Kölz/Bosshart/Röhl, a.a.O., Rz. 5 zu § 50).
2.- a) Das GSD sowie der Regierungsrat haben die Bewilligung zur fachlich selbständigen und gewerbsmässigen Ausübung der allgemeinen Naturheilkunde im Kern mit der Begründung verweigert, die Beschwerdeführerin verfüge hiezu nicht über "ausreichende fachliche Kenntnisse". Damit stützten sie sich auf § 16 Abs. 1 lit. a und § 18 lit. a GesG und auf Ziffer 16.1 der "Richtlinien des GSD für die fachlich selbständige und gewerbsmässige Anwendung der nichtärztlichen Alternativmedizin im Kanton Luzern" (Fassung vom 21.12.2000 [nachstehend: "Richtlinien"]). Ferner wurden die vom GSD am 1. Februar 2002 verabschiedeten Ergänzungen zu den Richtlinien ebenfalls für anwendbar erachtet (nachstehend: "Ergänzungen").
Die betreffenden Richtlinien und ihre Ergänzungen seien von einem interdisziplinären Fachgremium, bestehend aus Medizinern, Naturheilpraktikern und Juristen, erarbeitet worden. Danach würden Bewilligungen zur Berufsausübung nur Personen erteilt, die mindestens eine dreijährige schulische Ausbildung in allgemeiner Naturheilkunde und eine Prüfung absolviert hätten. Nach Massgabe von Ziffer 16.2 dürfe die Ausbildung an höchstens drei Schulen erworben worden sein. Der Gesuchstellerin sei es ferner verwehrt, sich in mehr als drei Verfahren in der allgemeinen Naturheilkunde zu spezialisieren. In den gewählten Verfahren müssten mindestens 1'500 Stunden direkter Unterricht in Theorie und Praxis absolviert werden. Für Anatomie, Physiologie, Krankheitslehre und Hygiene seien mindestens 560 Stunden einzusetzen. Sowohl die Ausbildung als auch die Prüfung hätten sicherzustellen, dass die Gesuchstellerin über ein hinreichendes Grundwissen, die Fähigkeit zur sorgfältigen Beratung und die notwendigen fachlichen Voraussetzungen für die Anwendung der allgemeinen Naturheilpraktiken verfüge (Ziffer 16.3 der Richtlinien).
b) Der Regierungsrat hat im angefochtenen Entscheid erwogen, die Beschwerdeführerin ersuche um die Erteilung der Bewilligung für zwei Verfahren, namentlich die Beratung und Behandlung auf der Basis der Phytotherapie und der Anwendung manuell-energetischen Methoden (spezifischer: Shiatsu). In Anwendung von Ziffer 4 der Ergänzungen zu den Richtlinien sei die Anzahl Stunden des Spezialblocks bis zur Gesamtzahl von 440 Stunden zu erhöhen. In den erwähnten beiden Verfahren habe die Beschwerdeführerin also einen Ausbildungsumfang von insgesamt 440 Stunden nachzuweisen, wobei in beiden Verfahren je einzeln mindestens 132 Stunden belegt werden müssten. Diese Vorgaben seien im Lichte der übrigen Bestimmungen der Richtlinien und der Ergänzungen zu sehen. Die darin verankerten Minimalanforderungen über die Ausbildung bzw. die Dokumentation der im Gesundheitsgesetz grundgelegten fachlichen Kenntnisse seien zu beachten. Das GSD habe die Anrechnung der ausgewiesenen und anzurechnenden Unterrichtszeiten in der Verfügung vom 29. Oktober 2003 richtig bewertet. Soweit die Beschwerdeführerin andere Berechnungsmodalitäten ins Spiel bringe, könne ihren Überlegungen hiezu nicht gefolgt werden. Insbesondere könne ihre Auffassung hinsichtlich der Berechnung der Unterrichtszeiten nicht geteilt werden. Sodann gehe es nicht an, dass Unterrichtszeiten, die für die Bewilligung der TCM mit Akupunktur in Anrechnung gebracht worden seien, ein weiteres Mal als Unterrichtszeit für die Bewilligung der allgemeinen Naturheilkunde einkalkuliert würden. Der Beschwerdeführerin gelinge es nicht, das verlangte Anforderungsprofil in Bezug auf die fachlichen Voraussetzungen für die Bewilligung in Naturheilkunde zu belegen. Mit Recht habe das GSD deswegen das Gesuch in Bezug auf die Naturheilpraktik abgewiesen.
c) Die Beschwerdeführerin wendet dagegen in grundsätzlicher Hinsicht ein, dass sich weder dem Gesundheitsgesetz noch der Verordnung nähere Angaben über die fachlichen Kenntnisse für eine entsprechende gesundheitspolizeiliche Bewilligung entnehmen liessen. Soweit sich die Vorinstanzen auf die Richtlinien und deren Ergänzungen abstützten, stellten diese keine Rechtssätze dar. Angesichts der gegebenen Rechtslage liege die Entscheidung über die Bewilligung der hier strittigen Berufsausübung im "freien Ermessen" der Bewilligungsbehörde, die gleichzeitig gesetzesvertretende Richtlinien erlasse. Damit würden die gemäss Verfassung und Gesetz zu beachtenden Anforderungen an die Bewilligungspflicht umgangen. Die rechtsanwendenden Behörden könnten über den Erlass von Richtlinien die Bewilligungsvoraussetzungen von einem Tag auf den andern ändern und verschärfen. Derlei halte vor der Bundesverfassung nicht Stand. Die Voraussetzungen für die Erteilung einer Bewilligung seien im Gesetz nicht hinreichend geregelt. Davon abgesehen müssten Gesuchsteller darauf vertrauen können, dass Richtlinien nicht plötzlich verschärft oder einmal so und einmal anders angewendet würden.
Im Detail bringt die Beschwerdeführerin vor, die Heilpraktikerschule (HPS) von 1997 bis 2001 absolviert und diese Ausbildung deshalb gewählt zu haben, weil sie die Voraussetzungen für die Bewilligungserteilung sowohl für die Naturheilpraktik als auch für die TCM erfülle. In der Vergangenheit seien denn auch entsprechende Bewilligungen problemlos erteilt worden. Was die Dauer der Ausbildung angehe, sei die HPS gestützt auf die frühere Bewilligungspraxis und ein Schreiben des damaligen Kantonsarztes vom 18. September 1997 davon ausgegangen, dass eine Ausbildungsstunde 45 und nicht 60 Minuten umfasse; dass gewisse Stunden des erfahrungsmedizinischen Teils sowohl der Naturheilkunde als auch der TCM zu 100 % angerechnet würden und dass dies alles durchaus den Richtlinien entspreche. Gestützt auf diese Angaben habe die HPS Bestätigungen ausgestellt, die in der Folge als Grundlage für die Erteilung der Bewilligungen gedient hätten.
Die Beschwerdeführerin verweist ferner vergleichsweise auf die Behandlung des Gesuchs von M. Damals sei erstmals auf einer Ausbildungsstundendauer von 60 Minuten beharrt worden. Gestützt auf eine neue Bestätigung seitens der Schule habe Verena M. die Bewilligung erhalten, obwohl in jenem Verfahren - gemäss früher geübter Praxis - gewisse Stunden im erfahrungsmedizinischen Teil doppelt gezählt worden seien. Die Vorinstanz halte dafür, dass es zulässig sei, Unterrichtszeiten im Bereich der Schulmedizin sowohl für die Bewilligung der TCM mit Akupunktur wie auch für die Bewilligung der Allgemeinen Naturheilkunde zu zählen, da die schulmedizinischen Anforderungen für beide Bewilligungen die gleichen seien. Analoges gelte allerdings nicht für die einzelnen Bereiche der Erfahrungsmedizin, die unterschiedliche Bereiche der Naturheilkunde abdecke, was sich in den verschiedenen Bewilligungstypen äussere. Dass sie Doppelzählungen nicht zulasse, sei nicht nachvollziehbar.
3.- a) Strittig ist nach dem Gesagten, ob die Beschwerdeführerin die Erteilung einer Bewilligung zur selbständigen Führung einer Praxis im Bereich der Naturheilkunde beanspruchen kann. Die damit aufgeworfene Frage der Berufsausübung beschlägt die in Art. 27 Abs. 2 der Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999 (BV; SR 101) garantierte Wirtschaftsfreiheit, schützt doch diese namentlich die wirtschaftliche Entfaltung von Privatpersonen (Vallender, St. Galler-Kommentar zu Art. 27 BV, Rz. 14; Rhinow, Grundzüge des Schweizerischen Verfassungsrechts, Basel 2003, Rz. 2803; Biaggini, Wirtschaftsfreiheit, in: Thürer/Aubert/Müller, [Hrsg.], Verfassungsrecht der Schweiz, Zürich 2001, § 49, Rz. 1). Sie umfasst insbesondere die freie Wahl des Berufes, den freien Zugang zu einer privatwirtschaftlichen Erwerbstätigkeit und deren freie Ausübung (Art. 27 Abs. 2 BV). Unter dem Schutz von Art. 27 BV stehen u.a. gewerbsmässige Tätigkeiten im Bereich diverser Heilverfahren, darunter alternativer Heilmethoden (vgl. BG-Urteil 2P.289/2003 vom 26.3.2004, Erw. 3.1 mit Hinweis auf BGE 117 Ia 446 ff.).
Grundrechte sind freilich nicht schrankenlos ausübbar. Art. 36 BV umschreibt für einen Grundrechtseingriff vier Voraussetzungen, die kumulativ erfüllt sein müssen: Er muss durch Gesetz (oder Notstand) gedeckt sein. Ferner muss hiefür ein positivrechtlich verankertes und das Freiheitsinteresse überwiegendes öffentliches Interesse vorliegen und die Verhältnismässigkeit gewahrt werden. Schliesslich hat ein Grundrechtseingriff den Kerngehalt des tangierten Grundrechts zu wahren. Eine Besonderheit besteht sodann im Bereich der Wirtschaftsfreiheit von Bundesverfassungs wegen insofern (vgl. Art. 94 BV), als wirtschaftspolitische oder standespolitische Massnahmen unzulässig sind, wenn sie den freien Wettbewerb behindern, um gewisse Gewerbezweige oder Bewirtschaftungsformen zu sichern oder zu begünstigen (BGE 125 I 326 Erw. 3; vgl. ferner: Vallender, a.a.O., Art. 27 BV, Rz. 34; Rhinow, a.a.O., Rz. 1094, 2906 ff.; Biaggini, a.a.O., § 49, Rz. 16; Müller, Grundrechte in der Schweiz, 3. Aufl., Bern 1999, S. 636).
b) Die Beschwerdeführerin stellt sich zunächst auf den Standpunkt, die Rechtsordnung kenne keine tragfähige, hinreichend differenziert ausgestaltete gesetzliche Grundlage, um ihr die Bewilligung für die Führung einer Naturheilpraxis verweigern zu können. In Tat und Wahrheit verfüge sie über eine hinreichende Ausbildung, sodass ihr die Bewilligung zu erteilen sei. Die Vorinstanz vertritt den gegenteiligen Standpunkt. Das Gesundheitswesen gilt in der Schweiz grundsätzlich als Angelegenheit der Kantone. Dieser Ansatz trifft zumindest insoweit zu, als der Bund über keine umfassende Kompetenz zum Schutz der Gesundheit verfügt und die Kantone somit nach der bundesstaatlichen Kompetenzregelung in Art. 42 f. BV in all jenen Bereichen und Belangen zuständig sind und bleiben, die nicht in der Verfassung dem Bund zugewiesen und von diesem auch wahrgenommen werden (Schweizer, St. Galler Kommentar zu Art. 43 BV, Rz. 5 ff.). Immerhin sind dem Bund daneben bedeutsame Teilbereiche des Gesundheitswesens zur Regelung aufgetragen worden. Solche bundesrechtlich geregelte Materien stehen hier nicht in Frage und sind auch nicht zu erörtern. Zu den kantonalen Kompetenzen gehört die Regelung von Berufen im Bereich des Gesundheitswesens (vgl. Mächler, Interkantonale Freizügigkeit am Beispiel der Medizinalpersonen, in: ZBl 2002 S. 338 f; Poledna/Berger, Öffentliches Gesundheitsrecht, Bern 2002, Rz. 53 ff.).
c) Was die Rechtslage im Kanton Luzern betrifft, sei hier zunächst an den in § 1 Abs. 1 GesG verankerten Zweck der kantonalen Gesetzgebung im Bereich des Gesundheitswesens erinnert: Angestrebt wird die Erhaltung und Förderung der Gesundheit des Volkes. Vor diesem Hintergrund ist denn auch der Bewilligungsvorbehalt zu sehen. Generell soll die Bewilligungspflicht der Klärung dienen, ob eine bestimmte Verrichtung mit bestehenden polizeilichen Vorschriften übereinstimmt. Wo eine Tätigkeit erfahrungsgemäss regelmässig mit polizeilichen Gefahren verbunden ist und das fallweise Einschreiten daher nicht genügt, soll sie mit Hilfe der Bewilligungspflicht vor ihrer Aufnahme - präventiv - auf eine allfällige Gefährdung hin überprüft werden (Häfelin/Müller, Allgemeines Verwaltungsrecht, 4. Aufl., Zürich 2002, Rz. 2455). Die Bewilligungspflicht gilt grundsätzlich als schwerer Eingriff und ruft nach einer entsprechend ausgestalteten Rechtsgrundlage (BGE 125 I 337 Erw. 2b; Tschannen/Zimmerli, Allgemeines Verwaltungsrecht, 2. Aufl., Bern 2005, § 64 Rz. 29).
d) Es steht zu Recht ausser Frage und braucht hier nicht weiter ausgeführt zu werden, dass die "Gesundheit" zu den polizeilichen Schutzgütern zählt (grundlegend: Wyss, Öffentliche Interessen, Bern 2002, Rz. 215, mit Hinweis auf ZBl 1999 S. 619 ff.; ferner: Rhinow/Schmid/Biaggini, Öffentliches Wirtschaftsrecht, Basel 1998, Kap. I, Rz. 21; Reinhard, Allgemeines Polizeirecht, Bern 1993, insbes. S. 69 f.). In diesem Sinne erweist sich der Bewilligungsvorbehalt - als grundsatzkonforme wirtschaftspolizeiliche Massnahme - im Ansatz als verfassungsgemäss (vgl. Rhinow, a.a.O., Rz. 2915). Denn er dient dem Schutz der Bevölkerung vor unsachgemässer Behandlung, mithin dem Polizeigut "Gesundheit", und wird insoweit von einem gewichtigen öffentlichen Interesse getragen.
Genau daraufhin ist das Gesundheitsgesetz ausgerichtet (LGVE 1998 II Nr. 21 Erw. 4b = ZBl 1999 S. 622). Konkret ist der von der Verfassung getragene Bewilligungsvorbehalt im Kanton Luzern auf Gesetzesstufe in § 16 Abs. 1 GesG verankert. Danach braucht eine Bewilligung des GSD, wer unter eigener fachlicher Verantwortung und gewerbsmässig Krankheiten, Verletzungen oder andere Störungen der physischen und psychischen Gesundheit feststellt und behandelt (lit. a), die Geburtshilfe ausübt (lit. b) oder Heilmittel herstellt, weiterverarbeitet, abgibt oder anwendet (lit. c). Dabei spielt es für die Bewilligungspflicht praxisgemäss zunächst keine Rolle (vgl. LGVE 1988 III Nr. 24), ob Diagnostik und Behandlung mit schul- oder - was hier zentral interessiert - erfahrungsmedizinischen Methoden erfolgen. Von der Bewilligungspflicht ausgenommen sind nur gerade Personen, die gewerbsmässig körperliche oder seelische Funktionsstörungen mit - wie das Gesetz sagt - "geistigen Kräften", wie Parapsychologie, Magnetopathie, Geistheilung, Augendiagnostik und dergleichen behandeln. Derlei steht hier nicht zur Diskussion. Immerhin ist anzumerken, dass selbst diese Tätigkeiten zumindest vor ihrer Aufnahme dem GSD zu melden sind (§ 16 Abs. 3 GesG).
e) Nach § 16 Abs. 2 GesG fallen nun "namentlich" die in § 26 GesG aufgeführten Medizinalpersonen und die in § 41 aufgeführten Berufe der Gesundheitspflege unter die gesetzliche Bewilligungspflicht. Medizinalpersonen im Sinne des Gesetzes sind "Ärzte, Zahnärzte, Tierärzte und Apotheker" (§ 26 GesG). Zu den "anderen Berufe der Gesundheitspflege", die ebenfalls unter eine Bewilligungspflicht fallen, zählt das Gesetz an anderer Stelle den Augenoptiker, den Chiropraktor, den Drogisten, den Fusspfleger, die Hebamme, die Krankenschwester und den Krankenpfleger, den Leiter eines Laboratoriums für medizinisch-chemische, hämatologische, histologische, zytologische und mikrobiologische Untersuchungen, den Physiotherapeuten, den Heilgymnastiker, den Masseur, den Psychotherapeuten und schliesslich den Zahntechniker (§ 41 Abs. 1 lit. a-k GesG).
Allein aufgrund der Tatsache, dass das Gesundheitsgesetz nur die erwähnten Medizinalpersonen und bestimmte Berufe der Gesundheitspflege ausdrücklich nennt, darf keinesfalls geschlossen werden, dass im Kanton Luzern die fachlich selbständige und gewerbsmässige Ausübung von alternativ- oder komplementärmedizinischen Methoden durch Personen verboten ist, die nicht zu diesen Berufen gehören. Eine solche Sicht vertrüge sich nicht mit der grundrechtlichen Wirtschaftsfreiheit. Aufgrund der Materialien zum geltenden Gesundheitsgesetz wird denn auch deutlich, dass sich der Gesetzgeber durchaus bewusst war, nicht sämtliche möglichen Berufe der Gesundheitspflege, die nach § 16 Abs. 1 GesG bewilligungspflichtig sind, auf Gesetzesstufe auch differenziert geregelt zu haben (LGVE 1988 III Nr. 24 Erw. 5; Botschaft des Regierungsrates an den Grossen Rat zum Entwurf des Gesundheitsgesetzes vom 3.9.1979 [B 12], in Verhandlungen des Grossen Rates 1979, insbes. S. 463). Dementsprechend weist § 16 Abs. 2 ausdrücklich darauf hin, dass unter die Bewilligungspflicht "namentlich" die Medizinalpersonen nach § 26 und die in § 41 aufgeführten Berufe der Gesundheitspflege fallen. Konsequenterweise ist die in § 41 Abs. 1 GesG enthaltene Liste der Berufe der Gesundheitspflege nicht als abschliessend zu verstehen. Nach § 41 Abs. 2 GesG überlässt es der kantonale Gesetzgeber ausdrücklich dem Regierungsrat, bei Bedarf - auf Stufe Verordnungsrecht - weitere Berufe der Gesundheitspflege und Betriebe, welche Tätigkeiten im Sinne von § 16 Abs. 1 GesG ausüben, bewilligungspflichtig zu erklären.
f) Zusammenfassend ergibt sich, dass das geltende Luzerner Gesundheitsrecht bei der Frage, ob eine Tätigkeit im Gesundheitswesen bewilligungspflichtig ist, auf das Kriterium der Gefährdung abstellt. Dabei ist der Katalog der bewilligungspflichtigen Tätigkeiten offen, was zunächst im Ansatz verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden ist (vgl. BG-Urteil 2P.289/2003 vom 26.3.2004). Die tangierten Berufe und Tätigkeitsfelder werden auf unterschiedlicher Stufe geregelt. Diejenigen, die im Zeitpunkt des Erlasses des Gesundheitsgesetzes bereits bekannt waren und im Kanton Luzern ausgeübt wurden, hat der Gesetzgeber im Gesundheitsgesetz ausdrücklich aufgenommen. In Bezug auf erst später bekannt gewordene, neuere Berufe im Bereich des Gesundheitswesens - und dazu gehören Betätigungen im Bereich der Naturheilpraktik - sah es der Gesetzgeber für ausreichend an, die Modalitäten der Bewilligungspflicht diesbezüglich dem Verordnungsgeber zu überlassen (vgl. Botschaft zum Entwurf eines neuen Gesundheitsgesetzes vom 19.10.2004 [B 66], Separatum S. 19). Darauf wird zurückzukommen sein.
4.- a) Die Voraussetzungen für die Erteilung von Praxisbewilligungen, von denen in § 16 GesG die Rede ist, finden sich in allgemeiner Hinsicht in § 18 lit. a-d GesG geregelt. Danach wird die Bewilligung Bewerber(inne)n erteilt, die über die vorgeschriebenen fachlichen Kenntnisse verfügen (lit. a), handlungsfähig und vertrauenswürdig sind (lit. b und c) und nicht an einem geistigen oder körperlichen Gebrechen leiden, das sie zur Berufsausübung unfähig macht (lit. d).
Zur Diskussion Anlass geben hier allein die "vorgeschriebenen fachlichen Kenntnisse", die in § 18 lit. a GesG angesprochen, indes auf Gesetzesstufe nicht näher definiert werden. Das Bewilligungskriterium selbst erscheint verfassungsrechtlich unbedenklich, zumal es dem Schutz des Polizeiguts "Gesundheit" dient. Dass die Gesuchstellerin auch in Bezug auf die alternativmedizinischen Heilmethoden über hinreichende fachliche Kenntnisse verfügen muss, entspricht in diesem Sinne der gesundheitspolizeilichen Funktion der Bewilligungspflicht (Botschaft [B 12], a.a.O., S. 456). Mit dem Erlass der Verordnung über die Berufe der Gesundheitspflege vom 17. Dezember 1985 (SRL Nr. 806) hat der Regierungsrat von der in § 41 Abs. 2 GesG übertragenen Verordnungskompetenz teilweise Gebrauch gemacht. Indes sind in dieser Verordnung die Voraussetzungen für eine Praxisbewilligung im Bereich der Naturheilpraktik nicht geregelt worden. Mit anderen Worten besteht für den hier beschlagenen Bereich der "vorgeschriebenen fachlichen Kenntnisse" (vgl. ausdrücklich § 18 lit. a GesG) im Bereich der Naturheilkunde nicht nur im formellen Gesetz, sondern auch auf der Ebene des regierungsrätlichen Verordnungsrechts eine Regelungslücke. Es fragt sich daher, ob und inwieweit die vorinstanzlich angewendeten "Richtlinien für die fachlich selbständige und gewerbsmässige Anwendung der nichtärztlichen Alternativmedizin im Kanton Luzern vom 21. Dezember 2000 (in Kraft seit 1.1.2001)" bzw. die etwas später dazu ergangenen "Ergänzungen" diese Lücke in der Gesetzgebung zu schliessen vermögen.
b) Zunächst stellt sich die Frage nach der Rechtsnatur dieser "Richtlinien", die nicht der Regierungsrat, sondern das im betroffenen Fachbereich zuständige Departement erlassen hat. Ob darin ein rechtssetzender Erlass im Sinne einer Rechtsverordnung erblickt werden kann, hängt zunächst davon ab, ob das Departement über eine entsprechende Verordnungskompetenz verfügt. Ob und allenfalls wie weit eine derartige Subdelegation auf kantonaler Ebene zulässig ist, beurteilt sich aufgrund des kantonalen Staatsrechts. Nach Lehre und Rechtsprechung hätte eine zu beachtende Subdelegationsklausel sodann den allgemeinen Anforderungen an eine Gesetzesdelegation zu genügen (Häfelin/Haller, Schweizerisches Bundesstaatsrecht, 5. Aufl., Zürich 2001, Rz. 1877; BGE 118 Ia 249 mit Hinweisen).
aa) Die noch immer geltende Luzerner Staatsverfassung vom 29. Januar 1875 (StV; SRL Nr. 1) enthält in § 49 Abs. 3 in dieser Hinsicht eine klare Zuständigkeitsordnung: Danach kann der Grosse Rat durch Gesetz dem Regierungsrat, dem Erziehungsrat, dem Ober- und dem Verwaltungsgericht für bestimmte Gegenstände ihres Zuständigkeitsbereichs Verordnungsbefugnisse einräumen. Vorbehalten bleibt ferner die Befugnis des Regierungsrates zum Erlass von Vollzugsverordnungen (vgl. § 67bis StV; dazu ferner: Luzerner Staatskanzlei, Richtlinien über die Gesetzestechnik, Ausgabe vom 5.11.1996, insbes. S. 6). Schon diese Hinweise auf das kantonale Verfassungsrecht zeigen, dass die hier interessierenden Richtlinien nicht als Quelle des materiellen Rechts gelten können. Einen abweichenden Standpunkt verfechten im Übrigen selbst die Vorinstanzen nicht, sodass sich weitere Überlegungen dazu erübrigen.
bb) Mit dem Regierungsrat ist daher folgerichtig festzuhalten, dass die Richtlinien - wie Weisungen, Kreisschreiben, Rundschreiben, Wegleitungen, Merkblättern usw. - als Verwaltungsverordnungen zu qualifizieren sind (vgl. auch: Botschaft [B 66], a.a.O., S.8). Diese stellen indes keine Rechtsquellen des Verwaltungsrechts dar; insbesondere vermögen sie von sich aus keine Pflichten und Rechte von Privaten zu statuieren. Dementsprechend werden sie auch in der offiziellen Gesetzessammlung des Kantons Luzern nicht publiziert (§ 9 Abs. 2 lit. a-c des Gesetzes über die amtlichen Veröffentlichungen; Publikationsgesetz vom 20.3.1984; SRL Nr. 27; ferner: Häfelin/Müller, a.a.O., Rz. 125). Verwaltungsverordnungen können indes dazu dienen, die einheitliche Handhabung des Verwaltungsrechts sicherzustellen, indem sie das Ermessen der Verwaltung im Rahmen der Rechtsanwendung konkretisieren. Grundlage der Rechte und Pflichten bleiben aber stets die zugrunde liegenden einschlägigen Gesetze und - soweit vorhanden - die entsprechenden Verordnungen. Damit ist klargestellt, dass Verwaltungsrechtsverhältnisse nicht gestützt auf Verwaltungsverordnungen geregelt werden können (Tschannen/Zimmerli, a.a.O., § 41, Rz. 13, S. 350). Auch die Missachtung einer Verwaltungsverordnung gilt nicht als Rechtsverletzung im Sinne der Verwaltungsrechtspflege. Schliesslich bleibt zu erwähnen, dass die Verwaltungsjustizbehörden nicht an die Verwaltungsverordnungen gebunden sind. Prüfungsmassstab bilden allein Verfassung, Gesetz und korrekt erlassene und ordnungsgemäss publizierte Rechtsverordnungen (BGE 121 II 478 Erw. 2b).
cc) Freilich pflegt eine Beschwerdebehörde - selbst bei umfassender Ermessenskontrolle - nicht "ohne Not" von der Verwaltungsverordnung abzuweichen, falls darin dem Inhalt nach das von Verfassung und Gesetz verlangte Ermessen pflichtgemäss konkretisiert wird. Umso weniger wird sich ein Verwaltungsgericht davon distanzieren, da ihm aus sachlich-funktionalen Gründen in dieser Hinsicht nicht die primäre Entscheidverantwortung obliegt (vgl. Tschannen/Zimmerli, a.a.O., § 41, Rz. 20 mit zahlreichen Hinweisen; vgl. ferner: Müller, Die Rechtsweggarantie - Chancen und Risiken, ZBJV 2004 S. 181). Die Hauptfunktion der Verwaltungsverordnung besteht also darin, eine einheitliche, gleichmässige und sachrichtige Praxis des Gesetzesvollzugs sicherzustellen und solchermassen behördliche Willkür und Zufälligkeiten zu verhindern. Sie dient der Vereinfachung und Rationalisierung der Verwaltungspraxis. Sie erhöht Kohärenz und Voraussehbarkeit des Verwaltungshandelns und erleichtert die Kontrolle (statt vieler: Biaggini, Die vollzugslenkende Verwaltungsverordnung: Rechtsnorm oder Faktum?, in: ZBl 1997 S. 4).
c) Im hier interessierenden Bereich bestand Bedarf zum Erlass generalisierender Richtlinien. So hatte und hat das GSD zunehmend Gesuche um Praxisbewilligungen für die fachlich selbständige und gewerbsmässige Ausübung alternativ- oder komplementärmedizinischer Therapiemethoden an Kranken zu bearbeiten, ohne sich dabei an hinreichend konkretisierten Rechtsgrundlagen des Gesetz- oder Verordnungsgebers orientieren zu können. Erschwerend kommt hinzu, dass es im fraglichen Bereich an einem standardisierten Berufsbild fehlt. Der Fächer der Methoden und Bezeichnungen ist äusserst weit gespannt, sodass es offenbar selbst unter anerkannten Spezialisten schwer geworden sei, hier noch den Überblick zu behalten (vgl. Botschaft [B 66], a.a.O., S. 19 f.). Vor diesem Hintergrund hat sich das GSD mit dem Erlass der betreffenden Richtlinien beholfen. Im Dienste des - mit gutem Grund - stark gewichteten Polizeigutes der öffentlichen Gesundheit darf damit ein hohes Schutzniveau angestrebt werden. Mit Blick auf die hiefür erforderlichen fachlichen Voraussetzungen werden in den Richtlinien Bewilligungskriterien konkretisiert. Damit ermöglichen sie der Verwaltung nicht nur die Begründung sachgerechter Ergebnisse im Einzelfall, sondern mit einer Vereinheitlichung der Praxis im Ergebnis auch die rechtsgleiche Behandlung der anstehenden Gesuche.
5.- Angesichts der dargelegten Verfassungs- und Rechtslage kann keinem Zweifel unterliegen, dass den nicht medizinischen Heilpraktikern, die über keine hinreichende Ausbildung verfügen, die selbständige Berufsausübung untersagt werden muss (BGE 125 I 322; vgl. ferner: Poledna/Berger, a.a.O., Rz. 67 ff.). Falls die Beschwerdeführerin vor Verwaltungsgericht bereits mit Blick auf die Verfassungslage dem Sinne nach einen abweichenden Standpunkt vertritt, kann ihr von vornherein nicht gefolgt werden. Davon abgesehen vermag sie aus dem Umstand, dass der Verordnungsgeber in diesem Zusammenhang seinem Auftrag nicht nachgekommen ist und in Bezug auf die einzelnen Bewilligungsvoraussetzungen kein gesetzesvertretendes Recht erlassen hat, nichts Entscheidendes abzuleiten. Insbesondere dringt sie allein gestützt auf dieses Versäumnis mit ihrem Antrag auf Bewilligungserteilung nicht durch. Wohl hat sie Anspruch darauf, dass über ihr Gesuch in grundrechtskonformer Weise befunden wird. Soweit dabei indes Fragen der Zweckmässigkeit, der Angemessenheit und des besonderen Fachwissens tangiert werden, wird sich das Verwaltungsgericht auf die ihm auferlegten funktionalen Schranken zu besinnen haben.
6.- a) Die in Rede stehenden Richtlinien sehen Bewilligungen für die Traditionelle Chinesische Medizin (TCM) mit oder ohne Akupunktur vor. Danach erhält eine Bewilligung für TCM mit Akupunktur, wer grundsätzlich mindestens eine dreijährige schulische Ausbildung in TCM mit einer Prüfung abgeschlossen hat. Bei Gesuchsteller(inne)n mit einem Abschluss in Pharmazie oder in einem andern Beruf der Gesundheitspflege kann das GSD andere gleichwertige Ausbildungen ganz oder teilweise anerkennen (Ziff. 12.1). Es ist ferner zu beachten, dass die Ausbildung höchstens an drei Schulen erworben werden darf; zudem muss sie mindestens 1500 Stunden direkten Unterricht in Theorie und Praxis umfassen. Davon müssen für die Fächer Anatomie, Physiologie, Krankheitslehre und Hygiene mindestens 560 Stunden eingesetzt werden. Der Akupunkturanteil muss mindestens 500 Stunden betragen (Ziff. 12.2). Sowohl die Ausbildung als auch die Prüfung müssen sicherstellen, dass die Gesuchstellerin über ein gutes Grundwissen, die Fähigkeit zur sorgfältigen Beratung und die notwendigen fachlichen Voraussetzungen für die Anwendung der TCM und der Akupunktur verfügt (Ziff. 12.3).
Der Beschwerdeführerin ist die Bewilligung für die fachlich selbständige und gewerbsmässige Ausübung der TCM mit Akupunktur erteilt worden. Daher erübrigt es sich, in diesem Rechtsmittelverfahren die von ihr offenkundig erfüllten Anforderungen gemäss der Ziffern 12.1-3 der Richtlinien zu hinterfragen.
b) Demgegenüber divergieren die Auffassungen der Verfahrensbeteiligten in Bezug auf die Anforderungen für eine Praxisbewilligung im Bereich der Naturheilkunde in verschiedener Hinsicht. Die diesbezüglichen Standards finden sich in Ziffer 16.1-3 der Richtlinien. Danach soll eine Bewilligung erhalten, wer mindestens eine dreijährige schulische Ausbildung in allgemeiner Naturheilkunde für Mensch oder Tier mit einer Prüfung abgeschlossen hat. Bei Gesuchsteller(inne)n mit einem Abschluss in Pharmazie oder in einem andern Beruf der Gesundheitspflege kann das GSD andere gleichwertige Ausbildungen ganz oder teilweise anerkennen. (Ziff. 16.1). Die Ausbildung darf an höchstens drei Schulen erworben worden sein. Die Gesuchstellerin muss sich auf höchstens drei Verfahren der allgemeinen Naturheilkunde spezialisiert haben. In den gewählten Verfahren müssen mindestens 1'500 Stunden direkter Unterricht in Theorie und Praxis absolviert worden sein. Davon müssen für die Fächer Anatomie, Physiologie, Krankheitslehre und Hygiene mindestens 560 Stunden eingesetzt worden sein (Ziffer 16.2 der Richtlinien). Endlich haben Ausbildung und Prüfung sicherzustellen, dass die Gesuchstellerin über ein gutes Grundwissen, die Fähigkeit zur sorgfältigen Beratung und die notwendigen fachlichen Voraussetzungen für die Anwendung der allgemeinen Naturheilpraktik verfügt (Ziffer 16.3 der Richtlinien).
c) Unter den Begriffen der Erfahrungsmedizin, Komplementärmedizin, Geistheilung oder Naturheilkunde wird heute eine Vielzahl unterschiedlicher Methoden und Formen erfasst. Wie schon erwähnt (Erw. 4c), kann in diesen Bereichen von einem landesweit einheitlichen und klar definierten Berufsbild nicht gesprochen werden. Es erstaunt daher nicht, wenn die diesbezüglichen kantonalen Regelungen höchst unterschiedlich ausgestaltet sind. Während einige Kantone, darunter Zürich, die Ausübung von Naturheilmethoden auf Inhaber des Arztdiploms beschränken, können in anderen Kantonen, darunter Appenzell Ausserrhoden, auch nicht ärztlich ausgebildete Personen nach Bestehen einer kantonalen Zulassungsprüfung die Bewilligung als Heilpraktiker erhalten (vgl. BGE 125 I 330 Erw. 3g; zu den Revisionsbestrebungen im Kanton Zürich: Poledna/Berger, a.a.O., Rz. 102). Von einem gesamtschweizerischen Konsens darüber, welche Lehrgänge und Prüfungen im Bereich der Naturheilpraktik als notwendig anzusehen sind, kann hier nicht die Rede sein (so: Botschaft [B 66], a.a.O., S. 20). Angesichts dieser Sachlage wird deutlich, dass für die Umschreibung und Konkretisierung der von § 18 lit. a GesG verlangten fachlichen Kenntnisse zahlreiche Wege offen stehen und die für die Regelung zuständige Behörde über einen weiten Gestaltungsspielraum verfügt (vgl. BGE 128 I 97 Erw. 2c). Dass sich bei der entsprechenden Ausgestaltung aus Gründen der Rechtsgleichheit und im Interesse effizienter Verwaltungsführung ein gewisser Schematismus nicht vermeiden lässt, liegt auf der Hand.
d) Die Richtlinien vom 21. Dezember 2000 ergingen durch das in der Sache zuständige Departement. Erarbeitet wurden sie freilich von einem interdisziplinären Fachgremium, bestehend aus Medizinern, Naturheilpraktikern und Juristen (Vernehmlassung S. 3). Bereits aufgrund dieser Zusammensetzung des vorbereitenden Gremiums besteht Gewähr für die gebotene Sachkunde (vgl. § 4 ff. GesG). Genau gleiches gilt für die Anwendung der Richtlinien im Rahmen der Gesuchsbeurteilung durch den Arbeitsausschuss einer Fachkommission, bestehend aus drei Ärzt(inn)en - wovon zwei mit alternativmedizinischer Zusatzausbildung - und zwei Heilpraktikern (vgl. Botschaft [B 66], a.a.O., S. 20). Davon abgesehen kann vorab vermerkt werden, dass die für Praxiszulassung erforderliche Stundenzahl nicht einfach aus der Luft gegriffen ist; sie orientiert sich vielmehr an den Ausbildungsgängen für Physiotherapie und Krankenpflege. Dass dieser Vergleich hinsichtlich des Masses der Ausbildungsdauer nicht abwegig ist, erhellt im Übrigen aus dem Umstand, dass der Verein kantonal approbierter HeilpraktikerInnen Luzern gar eine Ausbildung von 2'500 bis 3'000 Stunden als angemessen erachtet, worauf das GSD in seiner vorinstanzlichen Vernehmlassung verwiesen hat.
Vor diesem Hintergrund wird deutlich, dass es nicht dem Verwaltungsgericht obliegen kann, eigene Überlegungen im Hinblick auf die Konkretisierung von Minimalstandards für den Bereich der Naturheilpraktik zu entwickeln. Daran ändert nichts, dass der dazu berufene Verordnungsgeber untätig geblieben und die entsprechende Lücke mit Richtlinien ohne Rechtssatzqualität gefüllt worden ist. Auch soweit das Verwaltungsgericht hier im Gefolge der Untätigkeit des Verordnungsgebers lückenfüllend tätig ist, wird es die fraglichen Richtlinien - trotz ihrer fehlenden Rechtsquellenqualität - keinesfalls übergehen können. Es wird sich bei seiner Entscheidfindung vielmehr von den departementalen Richtlinien leiten lassen dürfen, sofern und soweit diese im Lichte der einschlägigen Gesetzgebung und der gebotenen Verhältnismässigkeit stand halten. Alles andere würde die in Erwägung 1c und 5 dargelegten Grenzen der verwaltungsgerichtlichen Beurteilungskompetenz verletzen und die Primärverantwortung der Verwaltung für die Konkretisierung des in § 18 lit. a GesG erwähnten unbestimmten Gesetzesbegriffs der "fachlichen Kenntnisse" untergraben (vgl. zur "notwendigen komplementären Rechtserzeugungsbefugnis" der Verwaltung: Biaggini, ZBl 1997 S. 13).
7.- Die Beschwerdeführerin erhebt dem Sinne nach den Vorwurf, das GSD habe seine Praxis in unhaltbarer Weise geändert. So habe es sein Ausbildungsprogramm an einer früheren Praxis ausgerichtet. Die Beschwerdeführerin habe ihr Gesuch zudem zu einem Zeitpunkt eingereicht, als die Ergänzungen zu den Richtlinien noch gar nicht in Kraft gewesen seien. Eine unhaltbare Praxisänderung liege des Weiteren vor in Bezug auf die Dauer einer Unterrichtsstunde, die - entgegen früheren Gepflogenheiten - auf 60 Minuten angehoben worden sei.
a) Der eingelebten Praxis von Verwaltungsbehörden und Gerichten kommt grosse Bedeutung zu, denn sie vermittelt im gleichen Zuge Rechtsgleichheit und -sicherheit. Trotzdem fällt die Änderung einer Praxis nicht ausser Betracht, doch wird sie von verschiedenen Voraussetzungen abhängig gemacht: Es müssen zunächst ernsthafte und sachliche Gründe für die neue Praxis sprechen; die Änderung muss grundsätzlich erfolgen, und schliesslich muss das Änderungsinteresse gegenüber demjenigen an Rechtssicherheit überwiegen. Letzteres verlangt, dass die neue Lösung besserer Erkenntnis des Gesetzeszwecks (ratio legis), veränderten äusseren Verhältnissen oder gewandelten Rechtsanschauungen entspricht (Häfelin/Müller, a.a.O., Rz. 509 ff.; BGE 130 V 372 Erw. 5, 127 II 292, je mit Hinweisen).
b) Soweit sich die Beschwerdeführerin auch in grundsätzlicher Hinsicht gegen eine mit den Richtlinien vom 21. Dezember 2000 und deren Ergänzung vom 1. Februar 2002 einhergehende Verschärfung der Bewilligungsvoraussetzungen zu wenden scheint, verfängt ihre Rüge nicht. Das GSD hat mehrfach darauf verwiesen, dass es im vorliegenden Fall keine Rolle spiele, welche Richtlinien zur Anwendung gelangten, da die Bewilligung auch im Lichte der alten Praxis gemäss den Richtlinien vom 30. November 1995 nicht erteilt werden könne. Die neuen Richtlinien hätten denn auch in materieller Hinsicht gar keine nennenswerten Änderungen gebracht (vgl. vorinstanzl. Bel. B 14). Mit dieser Argumentation ist das GSD dem Einwand entgegen getreten, nach der alten Praxis seien Ausbildungsstunden doppelt angerechnet worden (vgl. vorinstanzl. Bel. B 10, S. 3), ohne dass die Beschwerdeführerin ihren Vorwurf in der Folge in diesem Punkt nochmals erneuert hätte (vgl. vorinstanzl. Bel. B 16). Insbesondere wird auch nicht im Ansatz unterlegt, inwiefern die Beschwerdeführerin die in den alten Richtlinien von 1995 konkretisierten Voraussetzungen erfüllt hätte, sodass es damit sein Bewenden haben kann und auch auf die grundsätzliche Anwendbarkeit der Richtlinienergänzung vom 21. Februar 2002 nicht weiter eingegangen werden muss.
c) Eine unhaltbare Praxisänderung wird alsdann in der Ausdehnung des Stundenumfanges erblickt, da früher eine Unterrichtsstunde von 45 bis 50 Minuten als genügend erachtet worden sei, während nunmehr 60 Minuten verlangt würden.
Sowohl die alten Richtlinien von 1995 als auch die neuen sprechen in diesem Zusammenhang ausdrücklich und schlicht von Stunden, mithin weder von Lektionen noch von Unterrichtsstunden. Dass im Lichte dieser Begrifflichkeit von einer Stundendauer von 60 Minuten ausgegangen wird, bewegt sich zweifelsohne im Rahmen vertretbarer Ermessensausübung, die hier nicht weiter zu hinterfragen ist (Erw. 1c). Weshalb die Richtlinien in dieser Hinsicht einer präziseren Definition bedürften, leuchtet nicht ein, und schon gar nicht kann darin ein Beispiel für ihre fehlende Klarheit erblickt werden. Soweit behauptet wird, dass die Stundendauer in der Vergangenheit insofern anders verstanden worden sei, als auch Lektionen von 45 bis 50 Minuten Dauer genügt hätten, lässt das Departement dies nicht gelten. Ein Beleg dafür muss nicht bereits in der früheren Auffassung der Schulleitung erblickt werden, zumal sich die Möglichkeit nicht ausschliessen lässt, dass in dieser Hinsicht ein unbemerkt gebliebenes Missverständnis bestanden haben könnte. Wie es sich im Einzelnen damit verhält, kann letztlich offen bleiben. So macht die Beschwerdeführerin selbst nicht geltend, dass lediglich in ihrem Falle, nicht aber in anderen Fällen auf vollen Stunden à 60 Minuten beharrt worden wäre. Bereits der Hinweis auf die Behandlung des Gesuchs von M. spräche gegen eine solche Unterstellung. Damit und aufgrund der Verlautbarungen des Departements im Rahmen dieses Verfahrens kann daher davon ausgegangen werden, dass eine allfällige Änderung der Praxis hinsichtlich des Stundenumfanges nicht - je nach Gesuchstellerin - beliebig, sondern in grundsätzlicher Art erfolgt wäre. Im Übrigen liegt auf der Hand, dass mit der behaupteten Ausdehnung der Stundendauer im Ergebnis eine Qualitätssteigerung bewirkt worden wäre, wobei nicht ersichtlich ist, inwiefern dabei die Schranken der Verhältnismässigkeit überschritten worden sein könnten. Dasselbe liesse sich übrigens ebenso für einen Ausschluss der früher in gewissem Masse eventuell zugelassenen Doppelzählungen ins Feld führen. Eine allfällige Praxisänderung wäre mithin nicht nur grundsätzlich, sondern auch sachlich begründet erfolgt. Aufgrund der in den vergangenen Jahren gewachsenen Zahl der zu bearbeitenden Gesuche und der damit einher gehenden Sensibilisierung des Beurteilungsgremiums liesse sich schliesslich die Auffassung vertreten, dass von einer besseren Rechtserkenntnis oder aber zumindest von einem Wandel der Verhältnisse auszugehen wäre, wogegen das Interesse an der Rechtssicherheit zu weichen hätte.
Nach dem Gesagten besteht für eine Einvernahme der beantragten Zeugin Z. kein Anlass, und es kann den Vorinstanzen in dieser Hinsicht - entgegen den Vorbringen in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde - auch keine Gehörsverletzung vorgeworfen werden.
d) Die Beschwerdeführerin beruft sich des weiteren auf den nach Art. 9 BV zu beachtenden Grundsatz von Treu und Glauben.
aa) Soweit in diesem Verfassungsgebot eine Schranke gegen die erfolgten Änderungen und Ergänzungen der Richtlinien erblickt wird, ist darauf aus den dargelegten Gründen mangels praktischer Relevanz nicht weiter einzugehen (Erw. 7b). Nur am Rande sei daher erwähnt, dass eine in Richtlinien verfasste Verwaltungspraxis nach vorherrschender Sicht für sich alleine keine verbindliche Vertrauensbasis zu begründen vermöchte. Wie gezeigt, kann eine solche Praxis im Bedarfsfall unter bestimmten Voraussetzungen angepasst werden. Damit einer dergestalt überholten Praxis im Einzelfall weitere Geltung beigemessen werden könnte oder müsste, bedarf es praxisgemäss weiterer qualifizierter Umstände, wie sie im vorliegenden Fall nicht gegeben sind (vgl. die Praxishinweise und Kritik bei Weber-Dürler, Neuere Entwicklungen des Vertrauensschutzes, ZBl 2002 S. 294 ff.).
bb) Aufgrund von Art. 9 BV besteht unter Umständen ein Anspruch auf Schutz berechtigten Vertrauens in behördliche Zusicherungen oder sonstiges, bestimmte Erwartungen begründendes Verhalten von Behörden, wenn diese über die entsprechenden Zuständigkeiten verfügten oder zumindest für zuständig gehalten werden durften (vgl. BGE 129 I 170 Erw. 4.1, 127 I 36 Erw. 3a, 126 II 387 Erw. 3a, 118 Ia 254 Erw. 4b; ferner: Häfelin/Müller, a.a.O., S. 130 ff.).
Die Voraussetzungen des Vertrauensschutzes sind im vorliegenden Fall nicht erfüllt: So sind Anhaltspunkte dafür, dass das für die Bewilligungserteilung allein zuständige Departement der Beschwerdeführerin jemals eine vorbehaltlose Bewilligungszusicherung für den strittigen Bereich abgegeben hätte, weder dargetan noch ersichtlich. Auch sonstige Auskünfte, aus denen die Beschwerdeführerin etwas zu ihren Gunsten abzuleiten vermöchte, sind nicht erstellt. Entgegen ihren Vorbringen lässt sich auch aus dem von ihr aufgelegten Schreiben des damaligen Kantonsarztes vom 18. September 1997 nichts zu ihren Gunsten ableiten (vorinstanzl. Bel. C 4). Denn auch dieser Brief mit seinen ausdrücklich als unverbindlich deklarierten Angaben enthält keine vorbehaltlose Zusicherung für eine entsprechende Bewilligung. Damit braucht hier die Frage nicht entschieden zu werden, ob der Kantonsarzt im betroffenen Bereich als zuständig erachtet werden durfte, sodass seine Zusagen für das Departement verbindlich gewesen wären.
Hinzuweisen ist endlich darauf, dass allfällige Zusicherungen seitens der privaten Ausbildungsinstitute oder ihrer Organe an die Adresse der Beschwerdeführerin gegenüber den verantwortlichen staatlichen Stellen von vornherein keine Wirkungen entfalten konnten. Von welchen Bewilligungsvoraussetzungen die Schulleitung im Einzelnen ausging und was sie davon der Beschwerdeführerin vermittelt hat, bleibt daher ohne Belang. Abgesehen davon musste der Beschwerdeführerin bekannt gewesen sein, dass sie um eine Bewilligung bei einer Behörde nachzusuchen hatte, weshalb auch unter diesem Gesichtspunkt keineswegs auf eine Vertrauensbasis geschlossen werden darf.
8.- In der Verwaltungsgerichtsbeschwerde werden - wie schon im Verwaltungsverfahren - verschiedene Einwände erhoben gegen die Ausgestaltung der Richtlinien und deren Handhabe durch die Vorinstanzen.
a) In Bezug auf den Aspekt der Ausbildungsdauer ist an Ziffer 16.2 der Richtlinien zu erinnern. Der Mindestumfang der Ausbildung im schulmedizinischen Bereich beträgt danach 560 Stunden. Wird davon ausgegangen, dass die Ausbildungszeit - einschliesslich des so genannten "schulmedizinischen" Teils - mindestens 1'500 Stunden zu umfassen hat, soll die Ausbildung im Bereich der naturheilkundlichen Verfahren einen Mindestumfang von 940 Stunden aufweisen. Das gleiche Ergebnis findet sich unter Ziffer 1 der Ergänzungen zu den Richtlinien. Was die Beschwerdeführerin dagegen ins Feld führt, findet weder in den Richtlinien noch in den Ergänzungen dazu eine Stütze. Angesichts der von den Vorinstanzen aufgezeigten Konsequenzen einer solchen Sicht würde sie sich denn auch von der Sache her alles andere als aufdrängen. Entgegen der Beschwerdeführerin lässt sich die über die Mindestausbildungsdauer hinaus absolvierte Ausbildungszeit in den schulmedizinischen Fächern nicht einfach an den erfahrungsmedizinischen Bereich anrechnen. Es erübrigt sich, an dieser Stelle die zutreffende Argumentation der Vorinstanz ein weiteres Mal zu wiederholen, sodass darauf verwiesen werden kann (vgl. S. 3 der vorinstanzlichen Stellungnahme, ad 8), umso mehr, als es nichts Substanzielles hinzuzufügen gibt.
b) Ebenfalls nicht zu bemängeln ist ferner die von den Vorinstanzen verfolgte Praxis, wonach gewisse Ausbildungszeiten, die bereits bei der Bewilligung für die TCM mit Akupunktur in Anrechnung zu bringen waren, nicht ein weiteres Mal im Bereich der Naturheilkunde berücksichtigt werden dürfen. In Bezug auf die aufgeworfene Frage der Doppelzählung von Unterrichtszeiten liegen die Verhältnisse allein im Bereich der Schulmedizin etwas anders, was die Vorinstanzen mit nachvollziehbarer und vertretbarer Begründung anerkennen (vgl. Erw. 5c des angefochtenen Entscheides). Der sachliche Grund dafür ergibt sich daraus, dass die Anforderungen im Bereich der Schulmedizin sowohl im Bereich der TCM mit Akupunktur als auch im Bereich der Naturheilpraktik mehr oder weniger identisch sind. Entgegen den Vorbringen der Beschwerdeführerin hält indes die Auffassung der Vorinstanzen stand, die eine vergleichbare Analogie im Verhältnis zwischen TCM und Naturheilpraktik nicht zulassen wollen. Die Vorinstanzen warten in dieser Hinsicht mit vertretbaren Gründen auf, die die Beschwerdeführerin nicht zu entkräften vermag und die sich insbesondere nicht als rechtsfehlerhaft erweisen.
c) Angesichts der skizzierten - auf Verfassung und Gesetz - abgestützten Rahmenbedingungen ist davon auszugehen, dass nicht sämtliche Unterrichtsstunden, die die Beschwerdeführerin an der Heilpraktikerschule Luzern (HPS) absolvierte, für den Bereich der Naturheilpraktik in Anrechnung gebracht werden können. Die Vorinstanzen haben deshalb im Rahmen des ihnen zustehenden Ermessens einen beträchtlichen Anteil der Ausbildung, den die Beschwerdeführerin an der HPS absolvierte, allein unter der Ausbildungszeit berücksichtigt, die im Hinblick auf die Bewilligung für den Bereich TCM und Akupunktur dokumentiert wurde. Das GSD hat in diesem Zusammenhang nicht verkannt, dass sich der Bereich TCM/Akupunktur mit demjenigen der Naturheilpraktik in gewissen Teilen überschneide. Dennoch hält es dafür, dass das in einer Stunde erworbene Wissen bloss einem einzigen Bereich zuzuordnen sei, da die Überschneidung nur teilweise bestehe. Nach all dem Gesagten hält sich die diesbezügliche Bewertung und Gewichtung der Verwaltungsbehörden innerhalb des ihnen in dieser Hinsicht zukommenden Beurteilungsspielraums, sodass das Verwaltungsgericht nicht einzuschreiten hat. Das gilt gleichermassen für die Ausscheidung der Bereiche TCM und Naturheilpraktik und die konkrete Zuordnung des Teilbereichs Shiatsu (vgl. Ew. 6b des angefochtenen Entscheides). Die entsprechenden Erwägungen fussen auf einer vertretbaren fachlichen Einschätzung. Selbst wenn sich in dieser Hinsicht auch eine andere Sicht genauso vertreten liesse, ist damit keineswegs dargetan, dass die Vorinstanzen ihr Ermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt hätten. Indem die Vorinstanzen zur Erkenntnis gelangt sind, dass die Beschwerdeführerin die anrechenbare Mindestausbildungszeit von 940 Stunden im erfahrungsmedizinischen Teil - gestützt auf diese von Fachverstand getragene Gewichtung und Differenzierung - klar unterschritten hat, kann ihnen das Gericht angesichts der Kognitionsschranken im Ergebnis jedenfalls keine Rechtsverletzung vorwerfen. Dagegen vermögen die Einwände der Beschwerdeführerin nicht aufzukommen, zumal diese auf eine Angemessenheits- und Zweckmässigkeitskontrolle zielen, die den Rahmen des gesetzlich vorgegebenen Prüfungsprogramms sprengen würde.
9.- Was die Beschwerdeführerin überdies gegen den angefochtenen Entscheid ins Feld führt, vermag am Ausgang des Verfahrens vor Verwaltungsgericht ebenfalls nichts zu ändern.
a) Geltend gemacht wird unter anderem rechtsungleiche Behandlung: Der angesprochene Grundsatz ist in Art. 8 Abs. 1 BV verankert. Danach sind alle Menschen vor dem Gesetz gleich, was die Behörden verpflichtet, Gleiches nach Massgabe seiner Gleichheit gleich und Ungleiches nach Massgabe seiner Ungleichheit ungleich zu behandeln. Im Ergebnis bedeutet dies, dass bei einer Ungleichbehandlung sachlich begründet wird, inwiefern die Differenzierung gerechtfertigt ist (Müller, a.a.O., S. 397).
aa) Wie dargelegt, haben sich die Vorinstanzen in Bezug auf die Bewertung der Ausbildungsparameter im Bereich der Naturheilpraktik von sachlichen Überlegungen leiten lassen, zumal diese dem Polizeigut "Gesundheit" dienen. Die Behörden haben sich ferner an Richtlinien orientiert, die ihrerseits in vertretbarer Weise die Verfassungs- und Rechtslage konkretisieren und daher nicht zu beanstanden sind. Um Wiederholungen zu vermeiden, kann hierbei auf das bereits Gesagte verwiesen werden. Damit haben die rechtsanwendenden Behörden dem Anspruch auf rechtsgleiche Behandlung in verfassungskonformer Weise Rechnung getragen.
Daran ändern die Hinweise und Überlegungen der Beschwerdeführerin auf angeblich abweichende Beurteilungsraster in anderen Bewilligungsverfahren nichts. Wie die Vorinstanz mit nachvollziehbarer Argumentation dargelegt hat, lassen sich keineswegs alle möglichen, divergierenden Ausbildungsgänge im breit gefächerten Berufsfeld der Naturheilpraktik mit jenem der Beschwerdeführerin vergleichen. So muss gegebenenfalls differenziert beurteilt werden, ob und in welchem Mass ein Teil der Ausbildung bei der einen Gesuchstellerin einmal doppelt angerechnet werden kann und wo solches das anzustrebende, aussagekräftige Bild über das Niveau der fachlichen Kenntnisse gerade verfälscht. Anhaltspunkte für Ermessensmissbrauch oder -überschreitungen sind in diesem Zusammenhang weder dargetan noch ersichtlich.
bb) Was im Einzelnen den von der Beschwerdeführerin genannten Fall der M. angeht, ist auch deren Gesuch im Lichte der aktuellen Richtlinien vom 21. Dezember 2000 beurteilt worden. Das in den Akten enthaltene Schreiben des GSD vom 7. November 2001 lässt in dieser Hinsicht keine Zweifel zu. Anderseits ist einzuräumen, dass angesichts der Ausbildungsbestätigung vom 1. August 2001 und der danach erfolgten Präzisierung vom 18. November 2001 Hinweise darauf bestehen, dass bei dieser Gesuchstellerin gewisse Stunden doppelt gezählt worden sein könnten. Anders ist zumindest nicht auf Anhieb zu erklären, wie mit einem von der Schule bestätigten Total von 2599 Unterrichtsstunden (à 45 Min.) 1404 Stunden TCM/Akupunktur und 1304 Stunden Naturheilpraktik absolviert worden sein sollen bzw. von einem bestätigten Total von 1949 Std. à 60 Min. auf 1052 Std. TCM/Akupunktur und 978 Std. Naturheilpraktik (= 2030 Stunden à 60 Min.) geschlossen werden kann. Dennoch vermag die Beschwerdeführerin aus einer allfälligen Doppelanrechnung im Falle der M. nichts zu ihren Gunsten abzuleiten. Zum einen hätte sie sich in einem vergleichsweise engen Rahmen gehalten, sodass mehr als fraglich wäre, ob der Beschwerdeführerin damit bereits zum Ziel gelangen könnte. Vor allem aber ist entscheidend darauf abzustellen, dass diese mit einer singulären Praxisabweichung keinen Anspruch auf Gleichbehandlung zu begründen vermag (Häfelin/Müller, a.a.O., Rz. 518 mit Hinweisen).
cc) Was endlich den Fall der R. angeht, ist mit der Vorinstanz festzuhalten, dass die hier insbesondere interessierende Zusammenstellung vom 1. September 2002 - im Unterschied zum Gesuch der Beschwerdeführerin - keinerlei Doppelzählungen ausweist und zum andern eine klare Zuordnung (von Shiatsu) auf die Bereiche TCM und Naturheilpraktik zulässt. Damit liegen im Vergleich zur Beschwerdeführerin andere Verhältnisse vor. Was im Weiteren dagegen vorgebracht wird, beschlägt vorab den Bereich des technischen Ermessens. Dass die Vorinstanzen in dieser Hinsicht - etwa mit der Zuordnung des "Qi Gong" - rechtsfehlerhaft gehandelt haben könnten, ist nicht anzunehmen. Insbesondere lässt sich nicht ersehen, dass der Fall der Beschwerdeführerin ohne weiteres mit demjenigen der R. vergleichbar wäre und sich daraus Rückschlüsse ergeben könnten, die eine Gesuchserteilung an die Beschwerdeführerin zuliessen. Schon gar nicht kann hier von willkürlicher Ermessensbetätigung die Rede sein. Willkür im Sinne von Art. 9 BV bedeutet nämlich für die Betroffenen unverständliches, nicht nachvollziehbares, durch keine vernünftigen Argumente getragenes Verhalten der Behörden, das oft mit Machtmissbrauch verbunden ist. Willkürlich sind nur Akte, die sachlich nicht begründbar, sinn- und zwecklos erscheinen, höherrangiges Recht krass verletzen oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderlaufen. Derlei kann den Vorinstanzen, wie dargelegt, nicht zur Last gelegt werden.
b) Schliesslich vermag die Beschwerdeführerin aus dem Umstand nichts zu ihren Gunsten abzuleiten, dass der aufgelegte Entwurf eines neuen Gesundheitsgesetzes vom 19. Oktober 2004 das Bewilligungserfordernis für die Ausübung komplementärmedizinischer Tätigkeiten nicht mehr verlangt. Neues Recht wird erst mit seinem Inkrafttreten wirksam (BGE 118 II 175; vgl. auch: BG-Urteil 2P.289/2003 vom 26.3.2004). Davon abgesehen handelt es sich um einen blossen Entwurf, der die Mühlen der Gesetzgebung noch gar nicht durchlaufen hat und über dessen definitive Gestalt im Moment noch nichts Verlässliches gesagt werden kann.
c) Zusammenfassend steht nach all dem Gesagten fest, dass der Vorinstanz in Bezug auf die Bestätigung der Bewilligungsverweigerung keine Rechtsverletzung vorgeworfen werden kann.